WikiDer > ЧЭМБЛ

ChEMBL
ЧЭМБЛ
Chembl logo.png
Содержание
ОписаниеБиологическая база данных
Типы данных
захвачен		Молекулы с лекарственными свойствами и биологическая активность
Контакт
Исследовательский центрЕвропейская лаборатория молекулярной биологии
Лабораторияобъединенное Королевство Европейский институт биоинформатики
АвторыЭндрю Лич, руководитель группы с 2016 года по настоящее время; Джон Оверингтон, руководитель группы, 2008-2015 гг.
Основное цитированиеPMID 21948594
Дата выхода2009
Доступ
Интернет сайтЧЭМБЛ
Скачать URLЗагрузки
веб-сервис URLВеб-сервисы ChEMBL
Sparql конечная точкаПлатформа ChEMBL EBI-RDF
Разное
ЛицензияДанные ChEMBL доступны на Creative Commons Attribution-Share Alike 3.0 Непортированная лицензия
Управление версиямиЧЭМБЛ_25

ЧЭМБЛ или же ChEMBLdb курируется вручную химическая база данных из биоактивный молекулы с лекарственными свойствами.[1]Поддерживается Европейский институт биоинформатики (EBI) Европейской лаборатории молекулярной биологии (EMBL) на основе Кампус Wellcome Trust Genome, Хинкстон, Великобритания.

База данных, первоначально известная как StARlite, была разработана биотехнологической компанией Inpharmatica Ltd., позже приобретенной Galapagos NV. Данные были получены для EMBL в 2008 году по награде от The Wellcome Trust,[2] в результате чего был создан ЧЭМБЛ хемогеномика группа в EMBL-EBI во главе с Джоном Оверингтоном.[3][4]

Объем и доступ

База данных ChEMBL содержит данные о биологической активности соединений по отношению к мишеням для лекарств. Биоактивность указывается в Ki, Kd, ​​IC50 и EC50.[5] Данные могут быть отфильтрованы и проанализированы для разработки библиотек для скрининга соединений для идентификации потенциальных клиентов во время открытия лекарств.[6]

ChEMBL версии 2 (ChEMBL_02) был запущен в январе 2010 г., в том числе 2,4 млн. биоанализ измерения охватывают 622 824 соединения, в том числе 24 000 натуральных продуктов. Это было получено в результате кураторства более 34 000 публикаций в двенадцати медицинская химия журналы. Охват доступных данных по биоактивности ChEMBL стал «самым полным из когда-либо представленных в общедоступной базе данных».[3] В октябре 2010 года была запущена версия 8 ChEMBL (ChEMBL_08) с более чем 2,97 миллиона измерений биопроб, охватывающих 636 269 соединений.[7]

На ЧЭМБЛ_10 добавлены PubChem подтверждающий анализы, чтобы интегрировать данные, сопоставимые с типом и классом данных, содержащихся в ChEMBL.[8]

ChEMBLdb можно получить через веб-интерфейс или загрузить с помощью протокол передачи файлов. Он отформатирован таким образом, чтобы его можно было использовать на компьютере. сбор данных, и пытается стандартизировать действия между различными публикациями, чтобы сделать возможным сравнительный анализ.[1] ChEMBL также интегрирован в другие крупные химические ресурсы, в том числе PubChem и ChemSpider система Королевское химическое общество.

Связанные ресурсы

Помимо базы данных, группа ChEMBL разработала инструменты и ресурсы для интеллектуального анализа данных.[9] К ним относятся Kinase SARfari, интегрированная рабочая среда хемогеномики, ориентированная на киназы. Система включает и связывает последовательность, структуру, соединения и данные проверки.

GPCR SARfari - аналогичная рабочая среда, ориентированная на GPCR, а также ChEMBL-Neglected Tropical Diseases (ChEMBL-NTD) - хранилище для Открытый доступ данные первичного скрининга и медицинской химии, направленные на эндемичный тропические болезни развивающихся регионов Африки, Азии и Америки. Основная цель ChEMBL-NTD - предоставить свободный доступ к постоянному архиву и центру распространения депонированных данных.[3]

В июле 2012 г. был выпущен новый служба данных по малярии, спонсируемая компанией Medicines for Malaria Venture (MMV), ориентированный на исследователей со всего мира. Данные в этой службе включают соединения из набора для скрининга Malaria Box, а также другие предоставленные данные о малярии, найденные в ChEMBL-NTD.

myChEMBL, виртуальная машина ChEMBL, была выпущена в октябре 2013 года, чтобы предоставить пользователям доступ к полной, бесплатной и простой в установке инфраструктуре хеминформатики.

В декабре 2013 года операции с базой данных по патентной информатике SureChem были переданы в EMBL-EBI. В сумке SureChem была переименована в SureChEMBL.

2014 год ознаменовался запуском нового ресурса ADME SARfari - инструмент для прогнозирования и сравнения межвидовых целей ADME.[10]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ а б Голтон, А; и другие. (2011). «ChEMBL: крупномасштабная база данных по биоактивности для открытия лекарств». Исследования нуклеиновых кислот. 40 (Проблема с базой данных): D1100-7. Дои:10.1093 / нар / gkr777. ЧВК 3245175. PMID 21948594.
  2. ^ «Открыта база данных по открытию новых лекарств с полумиллионом соединений | Wellcome». wellcome.ac.uk. 18 января 2010 г.. Получено 31 августа 2019.
  3. ^ а б c Бендер, А (2010). «Базы данных: составные биоактивности становятся общедоступными». Природа Химическая Биология. 6 (5): 309. Дои:10.1038 / nchembio.354.
  4. ^ Оверингтон Дж. (Апрель 2009 г.). «ChEMBL. Интервью с Джоном Оверингтоном, руководителем группы по хемогеномике в отделении Европейского института биоинформатики Европейской лаборатории молекулярной биологии (EMBL-EBI). Интервью Венди А. Уорр». J. Comput.-Aided Mol. Des. 23 (4): 195–8. Bibcode:2009JCAMD..23..195 Вт. Дои:10.1007 / s10822-009-9260-9. PMID 19194660. S2CID 2946417.
  5. ^ Mok, N. Yi; Бренк, Рут (24 октября 2011 г.). «Разработка базы данных ChEMBL: эффективный процесс химиоинформатики для сборки библиотеки скрининга, ориентированной на ионные каналы». J. Chem. Инф. Модель. 51 (10): 2449–2454. Дои:10.1021 / ci200260t. ЧВК 3200031. PMID 21978256.
  6. ^ Brenk, R; Шинпани, А; Джеймс, Д.; Красовский, А (март 2008 г.). «Уроки, извлеченные из создания скрининговых библиотек для открытия лекарств от забытых болезней». ChemMedChem. 3 (3): 435–44. Дои:10.1002 / cmdc.200700139. ЧВК 2628535. PMID 18064617.
  7. ^ ЧЭМБЛ-ог (15 ноября 2010 г.), ChEMBL_08 Выпущен, получено 2010-11-15
  8. ^ ЧЭМБЛ-ог (6 июня 2011 г.), Выпущен ЧЭМБЛ_10, получено 2011-06-09
  9. ^ Беллис, Л. Дж .; и другие. (2011). «Сопоставление и анализ данных литературных данных о биоактивности для открытия лекарств». Сделки биохимического общества. 39 (5): 1365–1370. Дои:10.1042 / BST0391365. PMID 21936816.
  10. ^ Дэвис, М; и другие. (2015). "ADME SARfari: Сравнительная геномика систем метаболизма лекарств". Биоинформатика. 31 (10): 1695–1697. Дои:10.1093 / биоинформатика / btv010. ЧВК 4426839. PMID 25964657. Получено 2015-01-08.

внешняя ссылка