WikiDer > Сравнение программного обеспечения для моделирования нуклеиновых кислот

Comparison of nucleic acid simulation software

Это список компьютерных программ, которые используются для нуклеиновые кислоты симуляции.

ИмяПросмотр 3DСборка моделиМин.MDMCREMCrtIntОпытБесLigGPUКомментарииЛицензияИнтернет сайт
Морское ушкодададададададаНетдадададаДНК, белки, лигандыСвободныйAgile Molecule
ЯНТАРЬ[1]НетдададаНетдадаНетдададада[2]ЯНТАРЬ силовое полеПроприетарныйambermd.org
Аскалаф ДизайнердадададаНетНетдаНетдададаНетЯНТАРЬСвободный, GPLbiomolecular-modeling.com
ОчарованиеНетдадададаНетдаНетдададаНетОчарование силовое полеПроприетарныйcharmm.org
CP2KНетНетдададададаНетдаНетНетдаСвободный, GPLcp2k.org
Синоптик (приспособленный)[3]даНетдаНетНетНетдаНетдаНетдаНетСтыковка малых молекул с нуклеиновыми кислотами с помощью водыБесплатно для академических кругов, ПроприетарныйМолекулярный предсказатель
HyperChemдададададаНетдаНетдададаНетнекоторые силовые поляПроприетарныйHypercube, Inc.
ICM[4]дададаНетдаНетНетдаНетдаНетНетГлобальная оптимизацияПроприетарныйMolsoft
JUMNA[5]НетдадаНетНетНетНетдаНетдаНетНетПроприетарный
MDynaMix[6]дадаНетдаНетНетдаНетдаНетдаНетОбщий MDСвободный, GPLСтокгольмский университет
Молекулярная операционная среда (МЧС)дадададаНетНетдаНетдаНетдаНетПроприетарныйГруппа химических вычислений
Строитель нуклеиновых кислот (NAB)[7]НетдаНетНетНетНетНетНетНетНетНетНетСоздает модели необычной ДНК, РНКСвободный, GPLУниверситет Нью-Джерси
NAnoscale Molecular Dynamics (NAMD)даНетдадаНетНетдаНетдаНетдадаБыстрый, параллельный MD, CUDAСвободныйУниверситет Иллинойса
оксДНК[8]дададададададаНетНетдаНетдаКрупнозернистые модели ДНК, РНКСвободный, GPLdna.physics.ox.ac.ukЛАМПЫ ПОЛЬЗОВАТЕЛЯ-CGDNA
QRNAS [9]НетНетдаНетНетНетдаНетНетдаНетНетДоработка моделей с высоким разрешением РНК, ДНК и гибриды с использованием ЯНТАРЬ силовое поле .Свободный, GPLGenesilico Github
SimRNA[10]дадаНетНетдадададаНетдаНетНетГрубое моделирование РНКБесплатно для академических, ПроприетарныйGenesilico
SimRNAweb[11]дадаНетНетдадададаНетдаНетНетГрубое моделирование РНКСвободныйGenesilico
ЯСАРАдадададаНетНетдаНетдаНетдаНетИнтерактивные симуляцииПроприетарныйwww.YASARA.org

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Cornell W.D .; Cieplak P .; Bayly C.I .; Gould I.R .; Merz K.M., Jr .; Ferguson D.M .; Спеллмейер, округ Колумбия; Fox T .; Caldwell J.W .; Коллман П.А. (1995). «Силовое поле второго поколения для моделирования белков, нуклеиновых кислот и органических молекул». Варенье. Chem. Soc. 117 (19): 5179–5197. CiteSeerX 10.1.1.323.4450. Дои:10.1021 / ja00124a002.
  2. ^ http://ambermd.org/GPUSupport.php
  3. ^ Вэй, Ванлей; Ло, Цзяин; Вальдиспюль, Жером; Муассье, Николя (24 июня 2019 г.). «Прогнозирование положения мостиковых молекул воды в комплексах нуклеиновая кислота-лиганд». Журнал химической информации и моделирования. 59 (6): 2941–2951. Дои:10.1021 / acs.jcim.9b00163. ISSN 1549–960X. PMID 30998377.
  4. ^ Абагян Р.А., Тотров М.М. , Кузнецов Д.А. (1994). «Icm: новый метод моделирования и дизайна белков: приложения к стыковке и предсказанию структуры на основе искаженной нативной конформации». J. Comput. Chem. 15 (5): 488–506. Дои:10.1002 / jcc.540150503.
  5. ^ Лавери Р., Закжевска К. и Скленар Х. (1995). «JUMNA: минимизация соединений нуклеиновых кислот». Comput. Phys. Сообщество. 91 (1–3): 135–158. Bibcode:1995CoPhC..91..135L. Дои:10.1016 / 0010-4655 (95) 00046-I.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  6. ^ А.П. Любарцев, А.Лааксонен (2000). «MDynaMix - масштабируемый портативный пакет параллельного МД моделирования для произвольных молекулярных смесей». Компьютерная физика Коммуникации. 128 (3): 565–589. Bibcode:2000CoPhC.128..565L. Дои:10.1016 / S0010-4655 (99) 00529-9.
  7. ^ Макке Т. и Кейс Д.А. (1998). «Моделирование необычных структур нуклеиновых кислот». Молекулярное моделирование нуклеиновых кислот: 379–393.
  8. ^ Петр Шульц; Флавио Романо; Томас Э. Оулдридж; Лоренцо Ровигатти; Джонатан П. К. Дой; Ард А. Луи (2012). «Последовательно-зависимая термодинамика крупнозернистой модели ДНК». J. Chem. Phys. 137 (13): 135101. arXiv:1207.3391. Bibcode:2012ЖЧФ.137м5101С. Дои:10.1063/1.4754132. PMID 23039613.
  9. ^ Стасевич, Юлиуш; Мукерджи, Сунандан; Нитин, Чандран; Буйницки, Януш М. (21.03.2019). «QRNAS: программный инструмент для уточнения структур нуклеиновых кислот». BMC Структурная биология. 19 (1): 5. Дои:10.1186 / s12900-019-0103-1. ISSN 1472-6807. ЧВК 6429776. PMID 30898165.
  10. ^ Boniecki, Michal J .; Лах, Гжегож; Доусон, Уэйн К .; Томала, Конрад; Лукаш, Павел; Солтысинский, Томаш; Ротер, Кристиан М .; Буйницки, Януш М. (2015-12-19). «SimRNA: крупнозернистый метод моделирования сворачивания РНК и предсказания трехмерной структуры». Исследования нуклеиновых кислот. 44 (7): e63. Дои:10.1093 / нар / gkv1479. ISSN 0305-1048. ЧВК 4838351. PMID 26687716.
  11. ^ Магнус, Марцин; Boniecki, Michał J .; Доусон, Уэйн; Буйницки, Януш М. (2016-04-19). «SimRNAweb: веб-сервер для моделирования трехмерной структуры РНК с дополнительными ограничениями». Исследования нуклеиновых кислот. 44 (W1): W315 – W319. Дои:10.1093 / nar / gkw279. ISSN 0305-1048. ЧВК 4987879. PMID 27095203.