WikiDer > Циклический рибопереключатель di-GMP-II - Википедия
 Консенсусная вторичная структура циклических рибопереключателей di-GMP-II | |
| Идентификаторы | |
|---|---|
| Символ | ц-ди-GMP-II |
| Рфам | RF01786 |
| Прочие данные | |
| РНК тип | Riboswitch |
| Домен (ы) | Clostridia, Деинококк |
| PDB структуры | PDBe |
| c-ди-GMP-II-GAG | |
|---|---|
 Консенсус вторичная структура и сохранение последовательности рибопереключателя c-di-GMP-II-GAG | |
| Идентификаторы | |
| Символ | c-ди-GMP-II-GAG |
| Рфам | RF03169 |
| Прочие данные | |
| РНК тип | Снг |
| ИДТИ | ИДТИ: 0010468,ИДТИ: 0035438 |
| ТАК | ТАК: 0000035 |
| PDB структуры | PDBe |
| c-ди-GMP-II-GCG | |
|---|---|
 Консенсус вторичная структура и сохранение последовательности рибопереключателя c-di-GMP-II-GCG | |
| Идентификаторы | |
| Символ | ц-ди-GMP-II-GCG |
| Рфам | RF03170 |
| Прочие данные | |
| РНК тип | Снг |
| ИДТИ | ИДТИ: 0010468,ИДТИ: 0035438 |
| ТАК | ТАК: 0000035 |
| PDB структуры | PDBe |
Циклические рибопереключатели di-GMP-II (также рибопереключатели c-di-GMP-II) образуют класс рибопереключатели что конкретно связывает циклический ди-GMP,[1] а второй посланник используется в нескольких бактериальный такие процессы как вирулентность, подвижность и биопленка формирование. Циклические рибопереключатели di-GMP II структурно не связаны с циклические рибопереключатели di-GMP-I, хотя функции у них одинаковы.
Циклические рибопереключатели di-GMP-II были открыты биоинформатика, и распространены в разновидность в пределах учебный класс Clostridia и род Деинококк. Они также встречаются в некоторых других бактериальный родословные. Существует значительное совпадение между видами, которые используют циклические рибопереключатели ди-GMP-I и циклические ди-GMP-II, поскольку оба класса рибопереключателей распространены у Clostridia.
В Clostridium difficile штаммов, циклический рибопереключатель ди-GMP-II обнаружен рядом с каталитический интрон группы I. Интроны группы I рибозимы которые катализируют сращивание из РНК молекула, в которую они встроены. В случае, связанном с рибопереключателем, результат реакции сплайсинга, катализируемой интроном, контролируется рибопереключателем в ответ на уровни циклического ди-GMP.[1] Регулируется и реакция сращивания. in vitro по уровням гуанозинтрифосфат, поскольку интроны группы I требуют гуанозин производная по их деятельности.[1]
Интроны группы I функционируют как часть эгоистичных элементов, где они снижают вероятность того, что элемент негативно повлияет на приспособленность хозяина, прерывая белок-кодирование ген. Однако интрон группы I, связанный с циклическим рибопереключателем ди-GMP-II, не является эгоистичным, поскольку, по-видимому, он выполняет полезную функцию для клетки. Они также показывают, что естественные клетки используют аллостерический рибозимы для регулирования экспрессии генов, механизм, обычно используемый в инженерных аптамеры но ранее не наблюдалось в природе.
Циклические рибопереключатели di-GMP-II представляют собой псевдоузловой структура. Большинство этих рибопереключателей сохраняют перегиб поворот структурный мотив, позволяющий изгибать соответствующий стержень, предположительно способствуя псевдоузлу. Некоторые положения нуклеотидов являются высококонсервативными, причем многие из них находятся вокруг концевых петель, участвующих во взаимодействии псевдоузлов.
Рекомендации
- ^ а б c Ли Э. Р., Бейкер Дж. Л., Вайнберг З., Сударсан Н., Брейкер Р. Р. (2010). «Аллостерический рибозим самосплайсинга, активируемый бактериальным вторичным посланником». Наука. 329 (5993): 845–848. Дои:10.1126 / science.1190713. ЧВК 4538695. PMID 20705859.
внешняя ссылка
 | Этот молекулярный или же клеточная биология статья - это заглушка. Вы можете помочь Википедии расширяя это. |