WikiDer > Аптамер

Aptamer
Структура РНК-аптамера, специфичного для биотин. Поверхность и скелет аптамера показаны желтым цветом. Биотин (сферы) плотно входит в полость на поверхности РНК.

Аптамеры (от латинского aptus - подходит и греческий мерос - часть) являются олигонуклеотид или же пептид молекулы, которые связываются с определенной молекулой-мишенью. Аптамеры обычно создаются путем их выбора из большого случайного числа. последовательность бассейн, но природные аптамеры также существуют в рибопереключатели. Аптамеры могут использоваться как для фундаментальных исследований, так и в клинических целях в качестве макромолекулярных препаратов. Аптамеры можно комбинировать с рибозимы саморасщепляться в присутствии их целевой молекулы. Эти составные молекулы имеют дополнительные исследования, промышленные и клинические применения.

Более конкретно, аптамеры можно классифицировать как

  • ДНК или же РНК или же XNA аптамеры. Они состоят из (обычно коротких) цепей олигонуклеотидов.
  • Пептид аптамеры. Они состоят из одного (или нескольких) коротких вариабельных пептидных доменов, прикрепленных на обоих концах к белковой основе.

Типы

Нуклеиновая кислота

Аптамеры нуклеиновых кислот нуклеиновая кислота разновидность (имитирует антитела следующего поколения) имеющий селективность по номиналу антител к данной мишени, генерируемых in vitro отбор или, что эквивалентно, SELEX (систематическая эволюция лигандов путем экспоненциального обогащения) от небольших объектов, таких как ионы тяжелых металлов, до крупных объектов, таких как клетки.[1] На молекулярном уровне аптамеры связываются со своей родственной мишенью посредством различных нековалентных взаимодействий, а именно электростатических взаимодействий, гидрофобных взаимодействий и индуцированной подгонки. Аптамеры полезны в биотехнологический и терапевтические применения, поскольку они предлагают свойства молекулярного распознавания, которые конкурируют с обычно используемыми биомолекулами, антитела. Помимо отличительного распознавания, аптамеры обладают преимуществами по сравнению с антителами, поскольку они могут быть полностью сконструированы в пробирке, легко производятся химическим синтезом, обладают желаемыми свойствами хранения и мало или совсем не вызывают иммуногенность в терапевтических целях.[2]

В 1990 году две лаборатории независимо друг от друга разработали методику отбора: лаборатория Gold, использовавшая термин SELEX для обозначения процесса отбора РНК. лиганды против Т4 ДНК-полимераза; и лаборатория Шостака, придумав термин отбор in vitro, отбор лигандов РНК против различных органических красителей. Лаборатория Шостака также ввела термин аптамер (от лат. apto, что означает «соответствовать») для этих лигандов на основе нуклеиновых кислот. Два года спустя лаборатория Szostak и Gilead Sciences, независимо друг от друга, используемые отбор in vitro схемы для создания одноцепочечных лигандов ДНК для органических красителей и человеческого коагулянта, тромбина (см. антитромбиновые аптамеры), соответственно. По-видимому, не существует каких-либо систематических различий между аптамерами РНК и ДНК, за исключением большей внутренней химической стабильности ДНК.

Понятие отбора in vitro предшествовало двадцать с лишним лет назад, когда Соль Шпигельман использовал Qbeta система репликации как способ развития самовоспроизводящейся молекулы.[3] Кроме того, за год до публикации отбор in vitro и SELEX, Джеральд Джойс использовал систему, которую он назвал «направленной эволюцией», для изменения активности расщепления рибозима.

С момента открытия аптамеров многие исследователи использовали отбор аптамеров как средство их применения и открытия. В 2001 году процесс отбор in vitro был автоматизирован[4][5][6] Дж. Колина Кокса в лаборатории Эллингтона в Техасский университет в Остине, сокращая продолжительность селекционного эксперимента с шести недель до трех дней.

Хотя процесс искусственной инженерии лигандов нуклеиновых кислот представляет большой интерес для биологии и биотехнологии, понятие аптамеров в мире природы еще не было раскрыто до 2002 года, когда две группы во главе с Рональд Брейкер и Евгений Нудлер открыли генетический регуляторный элемент на основе нуклеиновых кислот (названный рибопереключатель), обладающий сходными с искусственно созданными аптаперами свойствами молекулярного распознавания. В дополнение к открытию нового способа генетической регуляции это еще больше повышает достоверность концепцииМир РНК', постулируемый этап во времени в происхождении жизни на Земле.

Аптамеры как ДНК, так и РНК демонстрируют высокую аффинность связывания с различными мишенями.[7][8][9] Аптамеры ДНК и РНК были выбраны для одной и той же мишени. Эти цели включают лизоцим,[10] тромбин,[11] транс-действующий чувствительный элемент вируса иммунодефицита человека (HIV TAR),[12] гемин,[13] интерферон γ,[14] фактор роста эндотелия сосудов (VEGF),[15] специфический антиген простаты (PSA),[16][17] дофамин,[18] и неклассический онкоген, фактор теплового шока 1 (HSF1).[19] В случае лизоцима, ВИЧ TAR, VEGF и дофамина аптамер ДНК является аналогом аптамера РНК, с тимином, заменяющим урацил. Аптамеры гемина, тромбина и интерферона γ, ДНК и РНК были отобраны путем независимого отбора и имеют уникальные последовательности. Учитывая, что не все ДНК-аналоги аптамеров РНК проявляют функциональность, корреляция между последовательностью ДНК и РНК, их структурой и функцией требует дальнейшего изучения.

В последнее время появилась концепция умные аптамеры, и умные лиганды в общем, был введен. Он описывает аптамеры, выбранные с заранее определенным равновесием. (), ставка (, ) константы и термодинамические (ΔH, ΔS) параметры взаимодействия аптамер-мишень. Кинетический капиллярный электрофорез это технология, используемая для выбора умных аптамеров. Он получает аптамеры за несколько раундов отбора.

Недавние разработки в области терапии на основе аптамеров были вознаграждены в виде первого препарата на основе аптамера, одобренного США. Управление по контролю за продуктами и лекарствами (FDA) в лечении возрастная дегенерация желтого пятна (AMD), называется Macugen предложено OSI Pharmaceuticals. Кроме того, компания NeoVentures Biotechnology Inc.[20] успешно коммерциализировала первую диагностическую платформу на основе аптамеров для анализа микотоксинов в зерне. Многие контрактные компании разрабатывают аптамеры и аптамеры для замены антител в исследованиях, диагностических платформах, разработке лекарств и терапии.

Немодифицированные аптамеры быстро выводятся из кровотока с периодом полураспада от минут до часов, в основном из-за нуклеаза деградация и выведение из организма почками в результате изначально низкой молекулярной массы аптамера. Применение немодифицированных аптамеров в настоящее время сосредоточено на лечении переходных состояний, таких как свертывание крови, или лечении таких органов, как глаз, где возможна местная доставка. Такой быстрый зазор может быть преимуществом в таких приложениях, как in vivo диагностическая визуализация. Примером может служить связывающий тенасцин аптамер, разрабатываемый Schering AG для визуализации рака. Несколько модификаций, например 2'-фторзамещенный пиримидины, полиэтиленгликоль (PEG) связь и т. Д. (Оба из которых используются в Macugen, аптамере, одобренном FDA) доступны ученым, с помощью которых можно увеличить сыворотку период полураспада аптамеров легко с точностью до дня или даже недели.

Другой подход к повышению устойчивости аптамеров к нуклеазам - это разработка Spiegelmers, которые полностью состоят из неестественного остова L-рибонуклеиновой кислоты. Шпигельмер с той же последовательностью имеет те же связывающие свойства, что и соответствующий аптамер РНК, за исключением того, что он связывается с зеркальным отображением своей молекулы-мишени.

Помимо разработки терапевтических средств на основе аптамеров, многие исследователи, такие как лаборатория Эллингтона, разрабатывают диагностические методы для профилирования белков плазмы на основе аптамеров, называемые протеомика плазмы аптамеров. Эта технология позволит в будущем проводить измерения белков с несколькими биомаркерами, которые помогут отличить заболевание от состояния здоровья.

Кроме того, лаборатория Хирао применила расширение генетического алфавита с использованием неестественной пары оснований.[21][22] к SELEX и достигли поколения аптамеров ДНК с высоким сродством.[23] Только небольшое количество гидрофобных неестественных оснований в качестве пятого основания значительно увеличивает сродство аптамера к целевым белкам.

Как ресурс для всех отбор in vitro и SELEX, лаборатория Эллингтона разработала База данных аптамеров каталогизация всех опубликованных экспериментов.

Пептиды

Пептидные аптамеры [24] являются искусственными белками, выбранными или созданными для связывания определенных молекул-мишеней. Эти белки состоят из одной или нескольких пептидных петель с вариабельной последовательностью, отображаемых белковым каркасом. Обычно их выделяют из комбинаторных библиотек и часто впоследствии улучшают путем направленной мутации или раундов мутагенеза и отбора вариабельной области. В естественных условиях, пептидные аптамеры могут связывать клеточные белки-мишени и оказывать биологические эффекты, включая вмешательство в нормальный белковые взаимодействия их целевых молекул с другими белками. Библиотеки пептидных аптамеров были использованы в качестве "мутагены", в исследованиях, в которых исследователь вводит библиотеку, которая экспрессирует различные пептидные аптамеры в популяцию клеток, выбирает желаемый фенотип, и определяет те аптамеры, которые вызывают фенотип. Затем исследователь использует эти аптамеры в качестве приманки, например, в дрожжевых двугибридных скринингах для идентификации клеточных белков, на которые нацелены эти аптамеры. Такие эксперименты идентифицируют определенные белки, связанные аптамерами, и взаимодействия белков, которые аптамеры нарушают, вызывая фенотип.[25][26] Кроме того, пептидные аптамеры, дериватизированные с соответствующими функциональными фрагментами, могут вызывать специфические посттрансляционные модификации своих белков-мишеней или изменять субклеточную локализацию мишеней.[27]

Пептидные аптамеры также могут распознавать мишени. in vitro. Они нашли применение вместо антител в биосенсорах. [28][29] и используется для обнаружения активных изоформ белков из популяций, содержащих как неактивные, так и активные формы белка.[30] Производные, известные как головастики, в которых «головы» пептидных аптамеров ковалентно связаны с «хвостами» двухцепочечной ДНК с уникальной последовательностью, позволяют количественно определять дефицитные целевые молекулы в смесях с помощью ПЦР (с использованием, например, количественного полимеразная цепная реакция в реальном времени) их хвостов ДНК.[31]

Пептиды, которые образуют вариабельные области аптамера, синтезируются как часть той же полипептидной цепи, что и каркас, и ограничены на своих N- и C-концах за счет связывания с ним. Это двойное структурное ограничение уменьшает разнообразие конформаций, которые могут принимать вариабельные области,[32] и это сокращение конформационного разнообразия снижает энтропийную стоимость молекулярное связывание когда взаимодействие с мишенью приводит к тому, что вариабельные области принимают единую конформацию. Как следствие, пептидные аптамеры могут прочно связывать свои мишени с связывающее сродство сопоставимы с показателями антител (наномолярный диапазон).

Каркасы пептидных аптамеров обычно представляют собой небольшие упорядоченные растворимые белки. Первый эшафот,[24] который до сих пор широко используется,[33] является кишечная палочка тиоредоксин, то trxA генный продукт (TrxA). В этих молекулах один пептид с вариабельной последовательностью отображается вместо мотива Gly-Pro в петле активного сайта TrxA -Cys-Gly-Pro-Cys-. Улучшения TrxA включают замену серинов на фланкирующие цистеины, что предотвращает возможное образование дисульфидной связи в основании петли, введение замены D26A для уменьшения олигомеризации и оптимизацию кодонов для экспрессии в клетках человека.[33][34] В обзорах 2015 г. сообщалось об исследованиях с использованием 12 [33] и 20 [35] другие подмости.

Выбор пептидного аптамера может производиться с использованием различных систем, но в настоящее время наиболее часто используется дрожжи двухгибридная система. Пептидные аптамеры также могут быть выбраны из комбинаторных пептидных библиотек, созданных с помощью фаговый дисплей и другие технологии отображения поверхности, такие как отображение мРНК, рибосомный дисплей, бактериальный дисплей и дрожжевой дисплей. Эти экспериментальные процедуры также известны как биопэннинг. Среди пептидов, полученных из биопэннингов, мимотопы можно рассматривать как разновидность пептидных аптамеров. Все пептиды, отобранные из комбинаторных пептидных библиотек, хранятся в специальной базе данных под названием MimoDB.[36][37]

Был продемонстрирован выбор регулируемых лигандом пептидных аптамеров (LiRPA). Показывая пептиды из 7 аминокислот из нового каркасный белок на основе тример Структура FKBP-рапамицин-FRB, взаимодействие между рандомизированным пептидом и молекулой-мишенью можно контролировать с помощью небольшой молекулы Рапамицин или неиммуносупрессивные аналоги.

Аффимер

В Аффимер белок, эволюция пептидных аптамеров, представляет собой небольшой, очень стабильный белок разработан для отображения пептид петли, которые обеспечивают поверхность связывания с высоким сродством для конкретного целевого белка. Это белок с низким молекулярным весом, 12–14 кДа,[38] полученный из цистеиновая протеаза семейство ингибиторов цистатины.[39][40][41][42]

Каркас Affimer представляет собой стабильный белок, основанный на белковой складке цистатина. Он отображает две пептидные петли и N-концевую последовательность, которую можно рандомизировать для связывания различных белков-мишеней с высокой аффинностью и специфичностью, аналогичной антителам. Стабилизация пептида на белковом каркасе ограничивает возможные конформации, которые может принимать пептид, тем самым увеличивая аффинность и специфичность связывания по сравнению с библиотеками свободных пептидов.

Белковый каркас Affimer был первоначально разработан в Отделение раковых клеток MRC в Кембридже, затем в двух лабораториях Университет Лидса.[39][40][41][42] Технология Affimer была коммерциализирована и разработана Avacta Life Sciences, которая разрабатывает ее в качестве реагентов для исследований и терапевтических применений.

X-аптамеры

X-Аптамеры - это аптамеры нового поколения, разработанные для улучшения привязка и универсальность обычных аптамеров на основе ДНК / РНК. X-Аптамеры созданы с использованием комбинации природных и химически модифицированных нуклеотидов ДНК или РНК. Модификации оснований позволяют включать различные функциональные группы / небольшие молекулы в X-аптамеры, открывая широкий спектр применений и повышая вероятность успешного связывания по сравнению со стандартными аптамерами. Тиофосфат Модификации остова в выбранных положениях повышают стабильность нуклеазы и сродство связывания без ущерба для специфичности. [43] [44]

X-Aptamers могут исследовать новые функции, используя новый процесс выбора. В отличие от SELEX, Выбор X-Aptamer не зависит от многократных повторных циклов ПЦР-амплификация а скорее включает в себя двухэтапный процесс обнаружения на основе шариков. В процессе первичного отбора создаются комбинаторные библиотеки, в которых каждая гранула будет содержать примерно 10 ^ 12 копий одной последовательности. Гранулы действуют как носители, где связанные последовательности в конечном итоге отделяются в раствор. В процессе извлечения вторичного раствора каждая цель будет использоваться для индивидуального извлечения связывающих последовательностей из раствора. Связывающие последовательности амплифицируются, секвенируются и анализируются. Затем можно синтезировать и охарактеризовать последовательности, обогащенные для каждой мишени.[45]

Разработка

AptaBiD

AptaBiD или Aptamer-Facilitated Biomarker Discovery - это технология для биомаркер открытие.[46] AptaBiD основан на многократной генерации аптамера или пула аптамеров для дифференциальных молекулярных мишеней на клетках, что облегчает экспоненциальное обнаружение биомаркеров. Он включает три основных этапа: (i) дифференциальный многоэтапный отбор аптамеров для биомаркера клеток-мишеней; (ii) выделение биомаркеров из клеток-мишеней на основе аптамера; и (iii) масс-спектрометрии идентификация биомаркеров. Важной особенностью технологии AptaBiD является то, что она производит синтетические аффинные зонды (аптамеры) одновременно с открытием биомаркеров. В AptaBiD аптамеры разрабатываются для биомаркеров клеточной поверхности в их естественном состоянии и конформации. Помимо облегчения идентификации биомаркеров, такие аптамеры можно напрямую использовать для выделения клеток, визуализации клеток и отслеживания клеток. in vivo. Их также можно использовать для модуляции активности клеточных рецепторов и доставки различных агентов (например, миРНК и лекарства) в клетки.

Приложения

Аптамеры можно использовать в:

  • Аффинные реагенты
  • Зонды для биовизуализации
  • Зондирование[47][48][49][50]
  • Терапевтические средства, например Пегаптаниб.
  • Контролируемый выпуск терапевтических средств
  • Клиническая и экологическая диагностика [51]

Аптамеры также были против нескольких патогенов, как бактериальных, так и бактериальных.[52] и вирусы, включая вирусы гриппа A и B,[53] Респираторно-синцитиальный вирус (RSV)[53] и коронавирус SARS (SARS-CoV)[53] в различных экспериментальных условиях.

Замена антител

Аптамеры обладают врожденной способностью связываться с любой молекулой, на которую они нацелены, включая раковые клетки и бактерии. Связанные с мишенью аптамеры подавляют ее активность. Аптамеры страдают двумя проблемами, ограничивающими их эффективность. Во-первых, связи, которые они образуют с целевыми молекулами, обычно слишком слабы, чтобы быть эффективными,[нужна цитата] во-вторых, они легко перевариваются ферменты.

Добавление неестественного основания к стандартному аптамеру может увеличить его способность связываться с молекулами-мишенями. Второе добавление в виде «мини-ДНК шпильки» придает аптамеру стабильную и компактную структуру, устойчивую к перевариванию, продлевая срок его службы с часов до дней.[нужна цитата]

Аптамеры реже вызывают нежелательные иммунные реакции, чем антитела.[нужна цитата]

Контролируемое высвобождение терапевтических средств

Способность аптамеров обратимо связывать молекулы, такие как белки, вызвала растущий интерес к их использованию для облегчения контролируемый выпуск терапевтических биомолекул, таких как факторы роста. Это может быть достигнуто путем настройки силы сродства для пассивного высвобождения факторов роста,[54] наряду с активным высвобождением через такие механизмы, как гибридизация аптамера с дополнительным олигонуклеотиды[55] или разворачивание аптамера из-за клеточных сил тяги.[56]

ПЦР

Аптамеры использовались для создания горячий старт функции в ПЦР ферменты для предотвращения неспецифической амплификации во время настройки и начальных фаз ПЦР реакции.[57]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Каур, Харманджит; Шори, Муниш (2019). «Аптасенсоры на основе наноматериалов для клинической диагностики и диагностики окружающей среды». Наноразмерные достижения. 1 (6): 2123–2138. Дои:10.1039 / C9NA00153K.
  2. ^ Малликаратчи П. (январь 2017 г.). «Эволюция комплексной мишени SELEX для идентификации аптамеров против антигенов клеточной поверхности млекопитающих». Молекулы. 22 (2): 215. Дои:10.3390 / молекулы22020215. ЧВК 5572134. PMID 28146093.
  3. ^ Миллс Д. Р., Петерсон Р. Л., Шпигельман С. (июль 1967 г.). «Внеклеточный дарвиновский эксперимент с самодублирующейся молекулой нуклеиновой кислоты». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 58 (1): 217–24. Bibcode:1967ПНАС ... 58..217М. Дои:10.1073 / pnas.58.1.217. ЧВК 335620. PMID 5231602.
  4. ^ Cox JC, Ellington AD (октябрь 2001 г.). «Автоматический подбор антибелковых аптамеров». Биоорганическая и медицинская химия. 9 (10): 2525–31. Дои:10.1016 / s0968-0896 (01) 00028-1. PMID 11557339.
  5. ^ Кокс Дж. К., Раджендран М., Ридель Т., Дэвидсон Э. А., Сутер Л. Дж., Байер Т. С. и др. (Июнь 2002 г.). «Автоматическое получение последовательностей аптамеров». Комбинаторная химия и высокопроизводительный скрининг. 5 (4): 289–99. Дои:10.2174/1386207023330291. PMID 12052180.
  6. ^ Cox JC, Hayhurst A, Hesselberth J, Bayer TS, Georgiou G, Ellington AD (октябрь 2002 г.). «Автоматизированный отбор аптамеров против белков-мишеней, транслируемых in vitro: от гена к аптамеру». Исследования нуклеиновых кислот. 30 (20): 108e – 108. Дои:10.1093 / нар / gnf107. ЧВК 137152. PMID 12384610.
  7. ^ Невес М.А., Рейнштейн О., Саад М., Джонсон П.Е. (декабрь 2010 г.). «Определение вторичных структурных требований кокаин-связывающего аптамера с помощью термодинамических и мутационных исследований». Биофизическая химия. 153 (1): 9–16. Дои:10.1016 / j.bpc.2010.09.009. PMID 21035241.
  8. ^ Baugh C, Grate D, Wilson C (август 2000 г.). «2.8 Кристаллическая структура аптамера малахитового зеленого». Журнал молекулярной биологии. 301 (1): 117–28. Дои:10.1006 / jmbi.2000.3951. PMID 10926496.
  9. ^ Dieckmann, T .; Э. Фудзикава; X. Xhao; Я. Шостак; Дж. Фейгон (1995). «Структурные исследования аптамеров РНК и ДНК в растворе». Журнал клеточной биохимии. 59: 13–81. Дои:10.1002 / jcb.240590703.
  10. ^ Potty AS, Kourentzi K, Fang H, Jackson GW, Zhang X, Legge GB, Willson RC (февраль 2009 г.). «Биофизическая характеристика взаимодействий ДНК-аптамеров с фактором роста эндотелия сосудов». Биополимеры. 91 (2): 145–56. Дои:10.1002 / bip.21097. PMID 19025993.
  11. ^ Long SB, Long MB, White RR, Sullenger BA (декабрь 2008 г.). «Кристаллическая структура аптамера РНК, связанного с тромбином». РНК. 14 (12): 2504–12. Дои:10.1261 / rna.1239308. ЧВК 2590953. PMID 18971322.
  12. ^ Дарфей Ф., Рейгадас С., Хансен Дж. Б., Орум Х., Ди Примо С., Тулме Дж. Дж. (Октябрь 2006 г.). «Аптамеры, нацеленные на шпильку РНК, демонстрируют улучшенную специфичность по сравнению со специфичностью комплементарных олигонуклеотидов». Биохимия. 45 (39): 12076–82. Дои:10.1021 / bi0606344. PMID 17002307.
  13. ^ Лю, М .; Т. Кагахара; Х. Абэ; Ю. Ито (2009). «Прямой отбор in vitro гемин-связывающего ДНК-аптамера с пероксидазной активностью». Бюллетень химического общества Японии. 82: 99–104. Дои:10.1246 / bcsj.82.99.
  14. ^ Мин К., Чо М, Хан С.Ю., Шим И.Б., Ку Дж., Бан С. (июль 2008 г.). «Простое и прямое электрохимическое обнаружение гамма-интерферона с использованием его аптамеров РНК и ДНК». Биосенсоры и биоэлектроника. 23 (12): 1819–24. Дои:10.1016 / j.bios.2008.02.021. PMID 18406597.
  15. ^ Нг Э. У., Шима Д. Т., Калиас П., Каннингем Е. Т., Гайер Д. Р., Адамис А. П. (февраль 2006 г.). «Пегаптаниб, целевой аптамер против VEGF для лечения глазных сосудистых заболеваний». Обзоры природы. Открытие наркотиков. 5 (2): 123–32. Дои:10.1038 / nrd1955. PMID 16518379.
  16. ^ Савори Н., Абе К., Соде К., Икебукуро К. (декабрь 2010 г.). «Выбор ДНК-аптамера против простатического специфического антигена с использованием генетического алгоритма и применения к зондированию». Биосенсоры и биоэлектроника. 26 (4): 1386–91. Дои:10.1016 / j.bios.2010.07.057. PMID 20692149.
  17. ^ Чжон С., Хан С.Р., Ли Ю.Дж., Ли С.В. (март 2010 г.). «Выбор РНК-аптамеров, специфичных к активному простатоспецифическому антигену». Письма о биотехнологии. 32 (3): 379–85. Дои:10.1007 / s10529-009-0168-1. PMID 19943183.
  18. ^ Уолш Р., ДеРоса М.С. (октябрь 2009 г.). «Сохранение функции ДНК-гомолога дофаминового аптамера РНК». Сообщения о биохимических и биофизических исследованиях. 388 (4): 732–5. Дои:10.1016 / j.bbrc.2009.08.084. PMID 19699181.
  19. ^ Саламанка Х. Х., Антоньяк М. А., Церионе Р. А., Ши Х., Лис Дж. Т. (2014). «Ингибирование фактора теплового шока 1 в раковых клетках человека с помощью мощного аптамера РНК». PLOS ONE. 9 (5): e96330. Bibcode:2014PLoSO ... 996330S. Дои:10.1371 / journal.pone.0096330. ЧВК 4011729. PMID 24800749.
  20. ^ «Аптамерс NeoVentures Biotechnology». www.neoventures.ca. Получено 2016-02-03.
  21. ^ Кимото М., Кавай Р., Мицуи Т., Ёкояма С., Хирао И. (февраль 2009 г.). «Неестественная система пар оснований для эффективной ПЦР-амплификации и функционализации молекул ДНК». Исследования нуклеиновых кислот. 37 (2): e14. Дои:10.1093 / нар / gkn956. ЧВК 2632903. PMID 19073696.
  22. ^ Ямашиге Р., Кимото М., Такэдзава И., Сато А., Мицуи Т., Ёкояма С., Хирао И. (март 2012 г.). «Высокоспецифичные системы неестественных пар оснований в качестве третьей пары оснований для ПЦР-амплификации». Исследования нуклеиновых кислот. 40 (6): 2793–806. Дои:10.1093 / nar / gkr1068. ЧВК 3315302. PMID 22121213.
  23. ^ Кимото М., Ямашиге Р., Мацунага К., Йокояма С., Хирао И. (май 2013 г.). «Генерация высокоаффинных ДНК-аптамеров с использованием расширенного генетического алфавита». Природа Биотехнологии. 31 (5): 453–7. Дои:10.1038 / nbt.2556. PMID 23563318.
  24. ^ а б Колас П., Коэн Б., Джессен Т., Гришина И., Маккой Дж., Брент Р. (апрель 1996 г.). «Генетический отбор пептидных аптамеров, которые распознают и ингибируют циклин-зависимую киназу 2». Природа. 380 (6574): 548–50. Bibcode:1996 Натур. 380..548C. Дои:10.1038 / 380548a0. PMID 8606778.
  25. ^ Гейер Ч.Р., Колман-Лернер А., Брент Р. (июль 1999 г.). ""Мутагенез «с помощью пептидных аптамеров определяет членов генетической сети и соединения путей». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 96 (15): 8567–72. Bibcode:1999PNAS ... 96.8567G. Дои:10.1073 / пнас.96.15.8567. ЧВК 17557. PMID 10411916.
  26. ^ Dibenedetto S, Cluet D, Stebe PN, Baumle V, Léault J, Terreux R и др. (Июль 2013). «Кальциневрин A против домена NS5A-TP2 / HD, содержащего 2: тематическое исследование сайт-направленного низкочастотного случайного мутагенеза для анализа целевой специфичности пептидных аптамеров». Молекулярная и клеточная протеомика. 12 (7): 1939–52. Дои:10.1074 / mcp.M112.024612. ЧВК 3708177. PMID 23579184.
  27. ^ Колас П., Коэн Б., Ко Ферриньо П., Сильвер ПА, Брент Р. (декабрь 2000 г.). «Целенаправленная модификация и транспортировка клеточных белков». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 97 (25): 13720–5. Bibcode:2000PNAS ... 9713720C. Дои:10.1073 / пнас.97.25.13720. ЧВК 17642. PMID 11106396.
  28. ^ Шу В., Лоуренсон С., Ноулз Т.П., Ферриньо П., Сешия А.А. (октябрь 2008 г.). «Обнаружение высокоспецифичных белков без меток из лизированных клеток с использованием датчиков микрокантилевера с внутренними ссылками». Биосенсоры и биоэлектроника. 24 (2): 233–7. Дои:10.1016 / j.bios.2008.03.036. PMID 18495468.
  29. ^ Ко Ферриньо П. (июнь 2016 г.). «Биосенсоры на основе белков без антител». Очерки биохимии. 60 (1): 19–25. Дои:10.1042 / EBC20150003. ЧВК 4986471. PMID 27365032.
  30. ^ Дэвис Дж. Дж., Ткач Дж., Хамфрис Р., Бакстон А. Т., Ли Т. А., Ко Ферриньо П. (май 2009 г.). «Пептидные аптамеры в обнаружении белков без метки: 2. Химическая оптимизация и обнаружение отдельных изоформ белка». Аналитическая химия. 81 (9): 3314–20. Дои:10.1021 / ac802513n. PMID 19320493.
  31. ^ Нолан ГП (январь 2005 г.). «Головастики за хвост». Методы природы. 2 (1): 11–2. Дои:10.1038 / nmeth0105-11. PMID 15782163.
  32. ^ Spolar RS, Record MT (февраль 1994 г.). «Сцепление локального фолдинга с сайт-специфическим связыванием белков с ДНК». Наука. 263 (5148): 777–84. Bibcode:1994Наука ... 263..777С. Дои:10.1126 / наука.8303294. PMID 8303294.
  33. ^ а б c Reverdatto S, Burz DS, Шехтман А (2015). «Пептидные аптамеры: разработка и применение». Актуальные темы медицинской химии. 15 (12): 1082–101. Дои:10.2174/1568026615666150413153143. ЧВК 4428161. PMID 25866267.
  34. ^ Бикл МБ, Дуссер Э, Монкорге О, Боттин Н, Колас П. (2006). «Отбор и характеристика больших коллекций пептидных аптамеров с помощью оптимизированных двухгибридных процедур дрожжей». Протоколы природы. 1 (3): 1066–91. Дои:10.1038 / nprot.2006.32. PMID 17406388.
  35. ^ Шкрлец К., Штрукель Б., Берлец А. (июль 2015 г.). «Неиммуноглобулиновые скаффолды: фокус на их мишени». Тенденции в биотехнологии. 33 (7): 408–18. Дои:10.1016 / j.tibtech.2015.03.012. PMID 25931178.
  36. ^ Хуанг Дж, Ру Б, Чжу П, Ни Ф, Ян Дж, Ван Х и др. (Январь 2012 г.). «MimoDB 2.0: база данных мимотопов и не только». Исследования нуклеиновых кислот. 40 (Проблема с базой данных): D271-7. Дои:10.1093 / nar / gkr922. ЧВК 3245166. PMID 22053087.
  37. ^ «MimoDB: база данных мимотопов и не только». Immunet.cn. Архивировано из оригинал на 2012-11-16. Получено 2016-02-03.
  38. ^ Робертс, Джош П. (2013). «Биомаркеры в центре внимания». GEN. 33.
  39. ^ а б Вудман Р., Йе Дж. Т., Лоренсон С., Ко Ферриньо П. (октябрь 2005 г.). «Дизайн и проверка нейтрального белкового каркаса для презентации пептидных аптамеров». Журнал молекулярной биологии. 352 (5): 1118–33. Дои:10.1016 / j.jmb.2005.08.001. PMID 16139842.
  40. ^ а б Хоффманн Т., Штадлер Л.К., Басби М., Сонг К., Бакстон А.Т., Вагнер С.Д. и др. (Май 2010 г.). «Структурно-функциональные исследования сконструированного каркасного белка, полученного из стефина A. I: Разработка варианта SQM». Белковая инженерия, дизайн и выбор. 23 (5): 403–13. Дои:10.1093 / белок / gzq012. ЧВК 2851446. PMID 20179045.
  41. ^ а б Стадлер Л.К., Хоффманн Т., Томлинсон Д.К., Сонг К., Ли Т., Басби М. и др. (Сентябрь 2011 г.). «Структурно-функциональные исследования сконструированного каркасного белка, полученного из Стефина А. II: Разработка и применение варианта SQT». Белковая инженерия, дизайн и выбор. 24 (9): 751–63. Дои:10.1093 / белок / gzr019. PMID 21616931.
  42. ^ а б Tiede C, Tang AA, Deacon SE, Mandal U, Nettleship JE, Owen RL и др. (Май 2014 г.). «Adhiron: стабильный и универсальный каркас пептидного дисплея для приложений молекулярного распознавания». Белковая инженерия, дизайн и выбор. 27 (5): 145–55. Дои:10.1093 / белок / gzu007. ЧВК 4000234. PMID 24668773.
  43. ^ Абейдера Н.Д., Эгли М., Кокс Н., Мерсье К., Конде Дж. Н., Паллан П.С. и др. (Сентябрь 2016 г.). «Вызывая пикомолярное связывание в РНК одной фосфородитиоатной связью». Исследования нуклеиновых кислот. 44 (17): 8052–64. Дои:10.1093 / нар / gkw725. ЧВК 5041495. PMID 27566147.
  44. ^ Ян X, Динука Абейдера Н., Лю Ф. В., Эгли М. (сентябрь 2017 г.). «Истоки повышенной аффинности РНК-белковых взаимодействий, вызванных модификацией фосфородитиоатного остова РНК». Химические коммуникации. 53 (76): 10508–10511. Дои:10.1039 / C7CC05722A. ЧВК 5608642. PMID 28868553.
  45. ^ Локеш Г.Л., Ван Х., Лам С.Х., Тивиянатан В., Уорд Н., Горенштейн Д.Г., Фольк Д.Е. (2017). «Выбор и проверка X-аптамера». В Bindewald E, Shapiro BA (ред.). РНК-наноструктуры. Методы молекулярной биологии. 1632. Springer Нью-Йорк. С. 151–174. Дои:10.1007/978-1-4939-7138-1_10. ISBN 9781493971381. PMID 28730438.
  46. ^ Березовский М.В., Лехманн М., Мушеев М.Ю., Мак Т.В., Крылов С.Н. (июль 2008 г.). «Обнаружение биомаркеров с аптамером (AptaBiD)». Журнал Американского химического общества. 130 (28): 9137–43. Дои:10.1021 / ja801951p. PMID 18558676.
  47. ^ Вэй Х, Ли Би, Ли Дж, Ван Э, Донг С. (сентябрь 2007 г.). «Простое и чувствительное колориметрическое определение белка на основе аптамеров с использованием немодифицированных зондов наночастиц золота». Химические коммуникации. 0 (36): 3735–7. Дои:10.1039 / B707642H. PMID 17851611.
  48. ^ Ченг Х, Цю Х, Чжао Х, Мэн В., Хо Д., Вэй Х (март 2016 г.). «Функциональный зонд нуклеиновой кислоты для параллельного мониторинга K (+) и протопорфирина IX в живых организмах». Аналитическая химия. 88 (5): 2937–43. Дои:10.1021 / acs.analchem.5b04936. PMID 26866998.
  49. ^ Xiang Y, Lu Y (июль 2011 г.). «Использование персональных глюкометров и функциональных датчиков ДНК для количественной оценки различных аналитических целей». Химия природы. 3 (9): 697–703. Bibcode:2011НатЧ ... 3..697X. Дои:10.1038 / nchem.1092. ЧВК 3299819. PMID 21860458.
  50. ^ Агниво Госай, Брендан Шин Хау Да, Марит Нильсен-Гамильтон, Пранав Шротрия, Обнаружение тромбина без метки в присутствии высокой концентрации альбумина с использованием аптамерно-функционализированной нанопористой мембраны, Биосенсоры и биоэлектроника, Том 126,2019, страницы 88-95, ISSN 0956-5663,https://doi.org/10.1016/j.bios.2018.10.010.
  51. ^ Каур, Харманджит; Шори, Муниш (2019). «Аптасенсоры на основе наноматериалов для клинической диагностики и диагностики окружающей среды». Наноразмерные достижения. 1 (6): 2123–2138. Дои:10.1039 / C9NA00153K.
  52. ^ Каур, Харманджит; Шори, Муниш; Сабхервол, Приянка; Гангули, Ашок К. (15 декабря 2017 г.). «Аптасенсор, функционализированный с помощью мостиковой арматуры и графена для обнаружения патогенных E. coli O78: K80: H11». Биосенсоры и биоэлектроника. 98: 486–493. Дои:10.1016 / j.bios.2017.07.004. PMID 28728009.
  53. ^ а б c Аша К., Кумар П., Саникас М., Месеко К.А., Кханна М., Кумар Б. (декабрь 2018 г.). «Достижения в терапии на основе нуклеиновых кислот против респираторных вирусных инфекций». Журнал клинической медицины. 8 (1): 6. Дои:10.3390 / см 8010006. ЧВК 6351902. PMID 30577479.
  54. ^ Soontornworajit B, Zhou J, Shaw MT, Fan TH, Wang Y (март 2010 г.). «Функционализация гидрогеля ДНК-аптамерами для длительного высвобождения PDGF-BB». Химические коммуникации. 46 (11): 1857–9. Дои:10.1039 / B924909E. PMID 20198232.
  55. ^ Баттиг М.Р., Сунторнворжит Б., Ван И (август 2012 г.). «Программируемое высвобождение множества белковых лекарств из гидрогелей, функционализированных аптамером, посредством гибридизации нуклеиновых кислот». Журнал Американского химического общества. 134 (30): 12410–3. Дои:10.1021 / ja305238a. PMID 22816442.
  56. ^ Стейскалова А., Олива Н., Англия Ф.Дж., Альмквист Б.Д. (февраль 2019 г.). «Биологически стимулированное селективное высвобождение факторов роста, захваченных аптамером, с помощью сил тяги». Современные материалы. 31 (7): e1806380. Дои:10.1002 / adma.201806380. ЧВК 6375388. PMID 30614086.
  57. ^ Мастер-микс Sahara Hot Start PCR Master Mix

дальнейшее чтение

внешняя ссылка