WikiDer > ESyPred3D
 | Эта статья включает Список ссылок, связанное чтение или внешняя ссылка, но его источники остаются неясными, потому что в нем отсутствует встроенные цитаты. (Апрель 2009 г.) (Узнайте, как и когда удалить этот шаблон сообщения) |
 | Эта статья тон или стиль могут не отражать энциклопедический тон используется в Википедии. (Апрель 2009 г.) (Узнайте, как и когда удалить этот шаблон сообщения) |
ESyPred3D это автоматизированный моделирование гомологии программа. Преимущество этого метода заключается в увеличении производительности выравнивания стратегии выравнивания, использующей нейронные сети. Выравнивания получают путем объединения, взвешивания и проверки результатов нескольких программ выравнивания. Окончательная трехмерная конструкция построена с помощью пакета моделирования. МОДЕЛЛЕР.
Шаги
Выполняются обычные четыре шага моделирования гомологии:
- поиск шаблона (аналогичная последовательность известной структуры),
- выровнять последовательности запроса и шаблона,
- построить 3D-модель, используя последнее выравнивание и структуру шаблона и
- оценить окончательную 3D-модель.
Выбор шаблона
Шаблон - это первое совпадение PDB, обнаруженное с помощью максимум четырех итераций PSI-BLAST в банке данных NCBI nr.
ABH08746
Выравнивание последовательности
Последовательности запроса и шаблона выравниваются с использованием метода согласованного выравнивания. Различные сопоставления множественных последовательностей строятся с использованием разных программ сопоставления для двух наборов последовательностей, включая запрос и последовательность шаблона. Метод консенсуса использует нейронную сеть для поиска наилучших выровненных остатков и анализ всех возможных комбинаций с использованием алгоритма исключения тупика.
Генерация модели и моделирование контура
Окончательная 3D-модель строится из выравнивания мишени и шаблона и 3D-структуры шаблона с использованием МОДЕЛЛЕР. MODELLER также используется для построения недостающих петель.
Оценка модели
Окончательная модель оценивается с помощью программы PROCHECK.
использование
ESypred3D был оценен в EVA, CASP и КАФАСП.
ESyPred3D является частью некоторых мета-серверов: Мета-ПП, Genetegrate и PredictProtein.
Веб-сервер ESyPred3D выполняет около 2600 прогнозов в месяц.
Смотрите также
- Список программ для предсказания структуры белков
- Прогноз структуры белка
- Гомологическое моделирование
Рекомендации
- Ламберт С., Леонард Н., Де Болле Х, Депьерее Э. ESyPred3D: Прогнозирование трехмерных структур белков. Биоинформатика. 18 (9): 1250-1256 (2002).