WikiDer > Euryarchaeota

Euryarchaeota

Euryarchaeota
Halobacteria.jpg
Галобактерии sp. штамм NRC-1, каждая клетка длиной около 5 мкм.
Научная классификация
Домен:
Археи
Королевство:
Euryarchaeota

Классы[5]
Синонимы
  • Euryarchaeota Woese et al. 1990 г.
  • Эвриархеота Гаррити и Холт 2002
  • не Euryarchaeota Cavalier-Smith 2002

Euryarchaeota (Греч. «Широкое старое качество») - это филюм из археи.[6] Это один из двух типов архей, другой - Crenarchaeota.[7] Эвриархеи очень разнообразны и включают метаногены, которые производят метан и часто находятся в кишечнике, галобактерии, которые выживают экстремальные концентрации соли, а некоторые очень теплолюбивый аэробы и анаэробы, которые обычно живут при температуре от 41 до 122 ° C. Они отделены от других архей главным образом на основании рРНК последовательности и их уникальная ДНК-полимераза.[8]

Описание

В Euryarchaeota разнообразны по внешнему виду и метаболическим свойствам. Тип содержит организмы самых разных форм, включая как стержни и кокки. Euryarchaeota может появиться либо грамположительный или грамотрицательный в зависимости от того, псевдомореин присутствует в клеточной стенке.[9] Euryarchaeota также демонстрируют разнообразный образ жизни, включая метаногены, галофилы, сульфатредукторы и экстремальные термофилы в каждом из них.[9] Другие живут в океане, взвешенные планктоном и бактериями. Хотя эти морские эвриархеи сложно культивировать и изучать в лаборатории, геномное секвенирование предполагает, что они подвижны. гетеротрофы.[10]

Хотя ранее считалось, что эвриархеи обитают только в экстремальных условиях (с точки зрения температуры, содержания соли и / или pH), статья Корженкова и др., Опубликованная в январе 2019 года, показала, что эвриархеи также живут в умеренных средах, таких как низкие температуры. кислая среда. В некоторых случаях эвриархей было больше, чем присутствующих бактерий.[11] Эвриархеи также были обнаружены в других умеренных средах, таких как источники, болота, почва и ризосферы.[7] Некоторые эвриархеи легко адаптируются; Отряд, называемый Halobacteriales, обычно встречается в чрезвычайно соленой и богатой серой окружающей среде, но может также расти при концентрациях соли до 2,5% в морской воде.[7] В ризосферах присутствие эвриархей, по-видимому, зависит от присутствия микоризный грибы; более высокая популяция грибов коррелировала с более высокой частотой и разнообразием эвриархеот, в то время как отсутствие микоризных грибов коррелировало с отсутствием эвриархеот.[7]

Филогения

В настоящее время принятая таксономия основана на Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN)[12] и Национальный центр биотехнологической информации (NCBI)[13]а филогения основана на высвобождении 121 LTP на основе 16S рРНК Проект "Все виды живого дерева".[14]

Euryarchaeota 
 

 Метанопири

 
 
 

 Метанококки

 
 
 
 

 Термококки

 
 

 Термоплазмы

 
 
 
 

 Метанобактерии

 
 
 

 Археоглоби

 
 
 

 Метаномикробия

 
 

 Галоархеи

 
 
 
 
 
 
 

Другой филогенетический анализ показал, что археи клады DPANN также могут принадлежать к Euryarchaeota и что они могут даже быть полифилетический группа, занимающая разные филогенетические позиции в пределах Euryarchaeota. Также обсуждается, является ли тип Altiarchaeota должны быть отнесены к DPANN или Euryarchaeota. Кладограмма, обобщающая это предложение, представлена ​​на графике ниже.[15][16] Группы, отмеченные кавычками, представляют собой линии, присвоенные DPANN, но филогенетически отделенные от остальных.

 

Бактерии

 
Археи
Euryarchaeota
 
 

Термококки

 
 
 

Гадесархея

 
 
 
 

Метанобактерии

 
 
 

Метанопири

 
 

Метанококки

 
 
 
 
 
 

Термоплазмы

 
 
 

Археоглоби

 
 
 

Метаномикробия

 
 
 

"Nanohaloarchaeota"

 
 

Галоархеи

 
 
 
 
 
 
 

"Altiarchaeota"

 
DPANN
 
 

Диаферотриты

 
 

Micrarchaeota

 
 
 
 

Undinarchaeota

 
 
 

Aenigmarchaeota

 
 
 
 

Наноархей

 
 

Parvarchaeota

 
 
 
 

Мамархеота

 
 
 

Pacearchaeota

 
 

Woesearchaeota

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Протеоархеи
 

TACK

 
Асгард
 
 

Lokiarchaeota

 
 
 

Odinarchaeota

 
 

Торархеота

 
 
 
 
 

Heimdallarchaeota

 
(+α─Протеобактерии)

Эукариоты

 
 
 
 
 

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Woese CR, Kandler O, Wheelis ML (июнь 1990 г.). «На пути к естественной системе организмов: предложение по доменам архей, бактерий и эукариев». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 87 (12): 4576–9. Bibcode:1990PNAS ... 87,4576 Вт. Дои:10.1073 / pnas.87.12.4576. ЧВК 54159. PMID 2112744.
  2. ^ NCBI: Candidatus Poseidoniia (учебный класс)
  3. ^ Аня Спанг, Ева Ф. Касерес, Тийс Дж. Г. Эттема: Геномное исследование разнообразия, экологии и эволюции архейной области жизни. В: Science Volume 357 Issue 6351, eaaf3883, 11 августа 2017 г., DOI: 10.1126 / science.aaf3883
  4. ^ Sometines, неправильно написанные как Theinoarchaea: Кэтрин Бадель, Гаэль Эраузо, Анника Л. Гомес, Райан Кэтчпол, Матье Гонне, Жак Оберто, Патрик Фортерре, Виолетта Да Кунья: Глобальное распространение и эволюционная история семейства архейных плазмид pT26-2. В кн .: Экологическая микробиология. sfam 10 сен 2019. DOI: 10.1111 / 1462-2920.14800
  5. ^ Castelle CJ, Banfield JF. (2018). «Основные новые группы микробов расширяют разнообразие и меняют наше понимание Древа жизни». Клетка. 172 (6): 1181–1197. Дои:10.1016 / j.cell.2018.02.016. PMID 29522741.CS1 maint: использует параметр авторов (связь)
  6. ^ Хоган CM (2010). Э. Моноссон, К. Кливленд (ред.). «Архея». Энциклопедия Земли. Национальный совет по науке и окружающей среде. Получено 18 августа 2017.
  7. ^ а б c d Бомберг М., Тимонен С. (октябрь 2007 г.). «Распределение cren- и euryarchaeota в микоризосферах сосны обыкновенной и гумусе бореальных лесов». Микробная экология. 54 (3): 406–16. Дои:10.1007 / s00248-007-9232-3. PMID 17334967.
  8. ^ Линкольн С.А., Вай Б., Эппли Дж. М., Черч М.Дж., Summons RE, Делонг Е.Ф. (июль 2014 г.). «Планктонные Euryarchaeota - важный источник липидов тетраэфиров архей в океане». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 111 (27): 9858–63. Bibcode:2014ПНАС..111.9858Л. Дои:10.1073 / pnas.1409439111. ЧВК 4103328. PMID 24946804.
  9. ^ а б Гаррити GM, Холт JG (2015). "Euryarchaeota phy. Nov.". В Whitman WB (ред.). Руководство Берджи по систематике архей и бактерий. Джон Уайли и сыновья. Дои:10.1002/9781118960608. ISBN 9781118960608.
  10. ^ Айверсон В., Моррис Р.М., Фразар С.Д., Бертьям К.Т., Моралес Р.Л., Армбраст Е.В. (февраль 2012 г.). «Распутывание геномов из метагеномов: выявление некультурного класса морских Euryarchaeota». Наука. 335 (6068): 587–90. Bibcode:2012Наука ... 335..587I. Дои:10.1126 / science.1212665. PMID 22301318.
  11. ^ Корженков А.А., Тощаков С.В., Барджела Р., Гиббард Х., Феррер М., Теплюк А.В., Джонс Д.Л., Кубланов И.В., Голышин П.Н., Голышина О.В. (январь 2019). «Археи доминируют в микробном сообществе в экосистеме с низкой или умеренной температурой и экстремальной кислотностью». Микробиом. 7 (1): 11. Дои:10.1186 / s40168-019-0623-8. ЧВК 6350386. PMID 30691532.
  12. ^ Euzéby JP. «Эвриархеота». Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN). Получено 2017-08-09.
  13. ^ Сэйерс; и другие. «Эвриархеота». Браузер таксономии. Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) база данных таксономии. Получено 2017-08-09.
  14. ^ Проект "Все виды живого дерева".«Выпуск 121 LTP на основе 16S рРНК (полное дерево)» (PDF). Комплексная база данных рибосомных РНК Silva. Архивировано из оригинал (PDF) на 2015-09-23. Получено 2017-08-09.
  15. ^ Нина Домбровски, Джун-Хоу Ли, Том А. Уильямс, Пьер Оффре, Аня Спанг (2019). Геномное разнообразие, образ жизни и эволюционное происхождение архей DPANN. Природа.
  16. ^ Джордан Т. Берд, Бретт Дж. Бейкер, Александр Дж. Пробст, Мирча Подар, Карен Г. Ллойд (2017). Геномные сравнения, не зависящие от культуры, выявляют адаптацию Altiarchaeales к окружающей среде. Границы.

дальнейшее чтение

внешняя ссылка