WikiDer > Метаскейп

Metascape
Ресурсы по биоинформатике Metascape
Оригинальный автор (ы)Команда Metascape
Разработчики)Инъяо Чжоу, Бин Чжоу, Ларс Паш, Макс Чанг, Кристофер Беннер, Сумит Чанда
Стабильный выпуск
3.5 / 1 марта 2019; 21 месяц назад (2019-03-01)
ТипБиоинформатика
ЛицензияБесплатное ПО
Интернет сайтметаскейп.org

Метаскейп - это бесплатный ресурс для аннотации и анализа генов, который помогает биологам разобраться в одном или нескольких списках генов. Metascape предоставляет автоматизированные инструменты метаанализа для понимания общих или уникальных путей и белковых сетей в рамках группы ортогональных исследований по обнаружению целей.

История

В век «OMIC» важно получить биологическое представление о списке генов. Хотя для этой цели существует ряд источников по биоинформатике, например ДЭЙВИД, не все они бесплатны, просты в использовании и в хорошем состоянии. Для анализа нескольких списков генов, полученных в результате ортогональных, но дополняющих друг друга исследований «OMIC», инструменты часто требуют вычислительных навыков, недоступных для многих биологов. Согласно блогу Metascape[1], команда ученых самоорганизовалась для решения этой проблемы. В команду входят основные участники Инъяо Чжоу, Бинь Чжоу, Ларс Паш, Макс Чанг, Кристофер Беннер и Сумит Чанда, а также другие участники со временем. Metascape впервые был выпущен в виде бета-версии 8 октября 2015 года. Первое приложение Metascape было опубликовано 9 декабря 2015 года.[2] С тех пор Metascape пережил несколько выпусков. В настоящее время он поддерживает ключевые модельные организмы, анализ пути обогащения, сетевой анализ белок-белок и компонентный анализ, автоматическое представление результатов в виде готового к публикации веб-отчета, презентаций в Excel и PowerPoint.

Документ под названием «Metascape предоставляет ориентированный на биологов ресурс для анализа наборов данных системного уровня» был опубликован 3 апреля 2019 года в журнале Nature Communications.[3]

Рабочий процесс анализа

Metascape реализует рабочий процесс анализа CAME:

  • Преобразование: преобразование идентификаторов генов из популярных типов (например, Символ, RefSeq, Ансамбль, UniProt, UCSC) в человека Entrez идентификаторы генов и наоборот.
  • Аннотация: Выдержка из десятков аннотаций связанных с функциями генов, включая семейства белков, трансмембранные / секретируемые прогнозы, ассоциации болезней, ассоциации соединений и т. Д.
  • Членство: отметьте принадлежность генов на основе пользовательского поиска по ключевым словам в выбранных онтологиях, например, выделите известные гены «вторжения».
  • Обогащение: выявить биологические темы, в частности Условия GO, КЕГГ, Reactome, BioCarta, а также другие пути и наборы данных, собранные в MSigDBи т. д. Кроме того, расширенные термины онтологии автоматически группируются для уменьшения избыточности и облегчения интерпретации. Сети белок-белкового взаимодействия построены на основе BioGRID, OmniPath, InWeb_IM и плотные компоненты идентифицируются и биологически интерпретируются.

Metascape интегрировал более 40 баз знаний в области биоинформатики в единый пользовательский интерфейс, где биологи-экспериментаторы могут использовать функцию экспресс-анализа одним щелчком мыши, чтобы превратить несколько списков генов в интерпретируемые результаты.

Аналитический отчет

Все результаты анализа представлены в веб-отчете, который содержит Excel аннотационные и дополнительные листы, Силовая установка слайды и файлы пользовательского анализа (например, файл .cys от Cytoscape, .svg пользователя Circos) для дальнейшего автономного анализа или обработки.

Заметным преимуществом Metascape является возможность визуализации. Metascape помог интерпретировать 1300 опубликованных исследований по состоянию на октябрь 2020 года. [4], из которых 2/3 публикаций использовали графики или листы, подготовленные Metascape.

Рекомендации

  1. ^ http://metascape.org/blog/?p=78
  2. ^ Tripathi S; и другие. (2015). «Мета- и ортогональная интеграция данных OMIC гриппа определяет роль UBR4 в почковании вируса». Клеточный микроб-хозяин. 18 (6): 723–735. Дои:10.1016 / j.chom.2015.11.002. ЧВК 4829074. PMID 26651948.
  3. ^ Чжоу, Инъяо; Чжоу, Бин; Паче, Ларс; Чанг, Макс; Ходабахши, Алиреза Хадж; Танасейчук Ольга; Беннер, Кристофер; Чанда, Сумит К. (3 апреля 2019 г.). «Metascape предоставляет ориентированный на биологов ресурс для анализа наборов данных системного уровня». Nature Communications. 10 (1): 1523. Дои:10.1038 / s41467-019-09234-6. ЧВК 6447622. PMID 30944313.
  4. ^ http://metascape.org/gp/index.html#/citations/

внешняя ссылка