WikiDer > UniProt

UniProt
UniProt
UniProt (логотип) .png
Содержание
ОписаниеUniProt это Uniверсаль Protресурс ein, центральное хранилище белок данные, созданные путем объединения Swiss-Prot, TrEMBL и PIR-PSD базы данных.
Типы данных
захвачен		Аннотации белков
ОрганизмыВсе
Связаться с нами
Исследовательский центрEMBL-EBI, ВЕЛИКОБРИТАНИЯ; SIB, Швейцария; PIR, США.
Основное цитированиеКонсорциум UniProt[1]
Доступ
Формат данныхПользовательский плоский файл, ФАСТА, GFF, RDF, XML.
Интернет сайтwww.uniprot.org
www.uniprot.org/Новости/
Скачать URLwww.uniprot.org/ загрузки & для загрузки полных наборов данных ftp.uniprot.org
веб-сервис URLДа - ЯВА API см. информацию Вот & ОСТАЛЬНЫЕ см. информацию Вот
инструменты
ИнтернетРасширенный поиск, ВЗРЫВ, ClustalO, массовое получение / загрузка, сопоставление идентификаторов
Разное
ЛицензияCreative Commons Attribution-NoDerivs
Управление версиямида
Выпуск данных
частота		8 недель
Политика курированияДа - ручной и автоматический. Правила автоматического аннотирования, создаваемые кураторами баз данных и вычислительными алгоритмами.
Закладки
сущности		Да - как отдельные записи белков, так и поиск

UniProt свободно доступная база данных белковая последовательность и функциональная информация, многие записи получены из проекты секвенирования генома. Он содержит большой объем информации о биологической функции белков, взятой из исследовательской литературы. Он поддерживается консорциумом UniProt, который состоит из нескольких европейских биоинформатика организаций и фонда из Вашингтон, Соединенные Штаты.

Консорциум UniProt

Консорциум UniProt включает Европейский институт биоинформатики (EBI), Швейцарский институт биоинформатики (SIB), а Информационный ресурс о белках (PIR). EBI, расположенный на Кампус Wellcome Trust Genome в Хинкстоне, Великобритания, находится большой ресурс баз данных и услуг по биоинформатике. SIB, расположенный в Женеве, Швейцария, поддерживает ExPASy (Expert Protein Analysis System) серверы, которые являются центральным ресурсом для инструментов и баз данных протеомики. PIR, размещенный Национальным фондом биомедицинских исследований (NBRF) в Медицинском центре Джорджтаунского университета в Вашингтоне, округ Колумбия, США, является наследником самой старой базы данных последовательностей белков, Маргарет ДэйхоффАтлас последовательности и структуры белков, впервые опубликованный в 1965 году.[2] В 2002 году EBI, SIB и PIR объединились в консорциум UniProt.[3]

Истоки баз данных UniProt

Каждый член консорциума активно участвует в обслуживании и аннотации базы данных белков. До недавнего времени EBI и SIB вместе производили базы данных Swiss-Prot и TrEMBL, в то время как PIR производил базу данных последовательностей белков (PIR-PSD).[4][5][6] Эти базы данных сосуществовали с разными белковая последовательность приоритеты охвата и аннотации.

Swiss-Prot была создана в 1986 г. Амос Байрох во время его докторской диссертации и разработан Швейцарский институт биоинформатики и впоследствии разработан Рольф Апвайлер на Европейский институт биоинформатики.[7][8][9] Swiss-Prot стремился предоставить надежные белковые последовательности, связанные с высоким уровнем аннотации (например, описание функции белка, его домен структура, посттрансляционные модификации, варианты и т. д.), минимальный уровень избыточность и высокий уровень интеграции с другими базами данных. Понимая, что данные о последовательностях генерируются со скоростью, превышающей возможности Swiss-Prot, была создана TrEMBL (Библиотека данных транслируемых нуклеотидных последовательностей EMBL) для предоставления автоматизированных аннотаций для тех белков, которых нет в Swiss-Prot. Между тем, PIR поддерживал PIR-PSD и связанные базы данных, включая iProClass, база данных последовательностей белков и тщательно подобранных семейств.

Члены консорциума объединили свои совпадающие ресурсы и опыт и запустили UniProt в декабре 2003 года.[10]

Организация баз данных UniProt

UniProt предоставляет четыре основные базы данных: UniProtKB (с частями Swiss-Prot и TrEMBL), UniParc, UniRef.

UniProtKB

База знаний UniProt (UniProtKB) - это база данных белков, частично курируемая экспертами, состоящая из двух разделов: UniProtKB / Swiss-Prot (содержащий проверенные, аннотированные вручную записи) и UniProtKB / TrEMBL (содержащий непроверенные, автоматически аннотированные записи).[11] По состоянию на 19 марта 2014 г.выпуск «2014_03» UniProtKB / Swiss-Prot содержит 542 782 записи последовательности (включая 193 019 802 аминокислоты, взятые из 226 896 ссылок), а выпуск «2014_03» UniProtKB / TrEMBL содержит 54 247 468 записей последовательности (включая 17 207 833 179 аминокислот).[12][13]

UniProtKB / Swiss-Prot

UniProtKB / Swiss-Prot - это аннотированная вручную база данных неизбыточных последовательностей белков. Он объединяет информацию из научной литературы и биокуратор-оцененный вычислительный анализ. Цель UniProtKB / Swiss-Prot - предоставить всю известную релевантную информацию о конкретном белке. Аннотации регулярно пересматриваются, чтобы не отставать от текущих научных открытий. Ручное аннотирование записи включает подробный анализ белковой последовательности и научной литературы.[14]

Последовательности из того же ген и то же самое виды объединяются в одну и ту же запись базы данных. Выявляются различия между последовательностями и документируется их причина (например, альтернативное сращивание, естественное изменение, неверный инициация сайты, неверные экзон границы, кадровые сдвиги, неопознанные конфликты). В аннотации записей UniProtKB / Swiss-Prot используется ряд инструментов анализа последовательности. Компьютерные прогнозы оцениваются вручную, и соответствующие результаты выбираются для включения в запись. Эти прогнозы включают посттрансляционные модификации, трансмембранные домены и топология, сигнальные пептиды, идентификация домена и белковая семья классификация.[14][15]

Соответствующие публикации определяются путем поиска в таких базах данных, как PubMed. Читается полный текст каждой статьи, извлекается информация и добавляется к записи. Аннотации из научной литературы включают, но не ограничиваются:[10][14][15]

Аннотированные записи проходят проверку качества перед включением в UniProtKB / Swiss-Prot. Когда становятся доступными новые данные, записи обновляются.

UniProtKB / TrEMBL

UniProtKB / TrEMBL содержит высококачественные записи, проанализированные с помощью вычислений и дополненные автоматической аннотацией. Он был введен в ответ на увеличение потока данных в результате геномных проектов, поскольку трудоемкий и трудоемкий процесс ручного аннотирования UniProtKB / Swiss-Prot не мог быть расширен для включения всех доступных последовательностей белков.[10] Переводы аннотированных кодовых последовательностей в EMBL-Bank / GenBank / DDBJ база данных нуклеотидных последовательностей автоматически обрабатываются и вводятся в UniProtKB / TrEMBL. UniProtKB / TrEMBL также содержит последовательности из PDBи из предсказания генов, в том числе Ансамбль, RefSeq и CCDS.[16]

UniParc

UniProt Archive (UniParc) - это всеобъемлющая и неизбыточная база данных, которая содержит все последовательности белков из основных общедоступных баз данных последовательностей белков.[17] Белки могут существовать в нескольких разных исходных базах данных и в нескольких копиях в одной базе данных. Чтобы избежать избыточности, UniParc сохраняет каждую уникальную последовательность только один раз. Идентичные последовательности объединяются независимо от того, принадлежат они к одному или разным видам. Каждой последовательности присваивается стабильный и уникальный идентификатор (UPI), позволяющий идентифицировать один и тот же белок из разных исходных баз данных. UniParc содержит только белковые последовательности без аннотации. Перекрестные ссылки базы данных в записях UniParc позволяют получить дополнительную информацию о белке из исходных баз данных. Когда последовательности в исходных базах данных изменяются, эти изменения отслеживаются UniParc, и история всех изменений архивируется.

Исходные базы данных

В настоящее время UniParc содержит последовательности белков из следующих общедоступных баз данных:

UniRef

Справочные кластеры UniProt (UniRef) состоят из трех баз данных кластеризованных наборов последовательностей белков из UniProtKB и выбранных записей UniParc.[20] База данных UniRef100 объединяет идентичные последовательности и фрагменты последовательностей (из любых организм) в одну запись UniRef. Последовательность репрезентативного белка, инвентарные номера всех объединенных записей и ссылок на соответствующие записи UniProtKB и UniParc. Последовательности UniRef100 кластеризованы с использованием CD-HIT алгоритм для сборки UniRef90 и UniRef50.[20][21] Каждый кластер состоит из последовательностей, которые имеют, по крайней мере, 90% или 50% идентичности последовательности соответственно самой длинной последовательности. Кластеризация последовательностей значительно уменьшает размер базы данных, обеспечивая более быстрый поиск последовательностей.

UniRef доступен из FTP-сайт UniProt.

Финансирование

UniProt финансируется за счет грантов Национальный институт исследования генома человека, то Национальные институты здоровья (NIH), Европейская комиссия, Федеральное правительство Швейцарии через Федеральное управление образования и науки, NCI-КАБИГ, и министерство обороны США.[11]

использованная литература

  1. ^ ЮниПрот, Консорциум. (Январь 2015 г.). «UniProt: центр информации о белках». Исследования нуклеиновых кислот. 43 (Выпуск базы данных): D204–12. Дои:10.1093 / нар / gku989. ЧВК 4384041. PMID 25348405.
  2. ^ Dayhoff, Маргарет О. (1965). Атлас последовательности и структуры белков. Сильвер-Спринг, Мэриленд: Национальный фонд биомедицинских исследований.
  3. ^ "Выпуск 2002: Глобальная база данных по белкам NHGRI". Национальный институт исследования генома человека (NHGRI). Получено 14 апреля 2018.
  4. ^ О'Донован, К .; Мартин, М. Дж .; Gattiker, A .; Gasteiger, E .; Bairoch, A .; Апвейлер Р. (2002). «Ресурсы о высококачественных белках: SWISS-PROT и TrEMBL». Брифинги по биоинформатике. 3 (3): 275–284. Дои:10.1093 / bib / 3.3.275. PMID 12230036.
  5. ^ Wu, C.H .; Yeh, L. S .; Huang, H .; Армински, Л .; Castro-Alvear, J .; Chen, Y .; Hu, Z .; Kourtesis, P .; Ledley, R. S .; Suzek, B.E .; Vinayaka, C.R .; Zhang, J .; Баркер, В. К. (2003). «Ресурс информации о белках». Исследования нуклеиновых кислот. 31 (1): 345–347. Дои:10.1093 / nar / gkg040. ЧВК 165487. PMID 12520019.
  6. ^ Boeckmann, B .; Bairoch, A .; Apweiler, R .; Blatter, M.C .; Estreicher, A .; Gasteiger, E .; Мартин, М. Дж .; Michoud, K .; О'Донован, К .; Phan, I .; Pilbout, S .; Шнайдер, М. (2003). «База знаний SWISS-PROT по белку и дополнение к ней TrEMBL в 2003 году». Исследования нуклеиновых кислот. 31 (1): 365–370. Дои:10.1093 / nar / gkg095. ЧВК 165542. PMID 12520024.
  7. ^ Bairoch, A .; Апвейлер Р. (1996). «Банк данных о последовательности белков SWISS-PROT и его новая добавка TREMBL». Исследования нуклеиновых кислот. 24 (1): 21–25. Дои:10.1093 / nar / 24.1.21. ЧВК 145613. PMID 8594581.
  8. ^ Байроч А. (2000). "Информативность в биоинформатике, невзгоды швейцарского биоинформатика в захватывающие времена!". Биоинформатика. 16 (1): 48–64. Дои:10.1093 / биоинформатика / 16.1.48. PMID 10812477.
  9. ^ Северин Алтайрак "Naissance d’une banque de données: Интервью проф. Амос Байрох". Protéines à la Une, Август 2006 г. ISSN 1660-9824.
  10. ^ а б c Apweiler, R .; Bairoch, A .; Ву, К. Х. (2004). «Базы данных последовательностей белков». Современное мнение в области химической биологии. 8 (1): 76–80. Дои:10.1016 / j.cbpa.2003.12.004. PMID 15036160.
  11. ^ а б Унипрот, К. (2009). «Универсальный белковый ресурс (UniProt) в 2010 году». Исследования нуклеиновых кислот. 38 (Проблема с базой данных): D142 – D148. Дои:10.1093 / нар / gkp846. ЧВК 2808944. PMID 19843607.
  12. ^ «Статистика UniProtKB / Swiss-Prot Release 2018_03». web.expasy.org. Получено 14 апреля 2018.
  13. ^ EMBL-EBI. «Статистика текущего выпуска . www.ebi.ac.uk. Получено 14 апреля 2018.
  14. ^ а б c "Как мы вручную аннотируем запись UniProtKB?". www.uniprot.org. Получено 14 апреля 2018.
  15. ^ а б Apweiler, R .; Bairoch, A .; Wu, C.H .; Barker, W. C .; Boeckmann, B .; Ferro, S .; Gasteiger, E .; Huang, H .; Lopez, R .; Magrane, M .; Мартин, М. Дж .; Натале, Д. А .; o’Donovan, C .; Редащи, Н .; Да, Л. С. (2004). «UniProt: Универсальная база знаний о белках». Исследования нуклеиновых кислот. 32 (90001): 115D – 1119. Дои:10.1093 / нар / гх131. ЧВК 308865. PMID 14681372.
  16. ^ «Откуда берутся белковые последовательности UniProtKB?». www.uniprot.org. Получено 14 апреля 2018.
  17. ^ Leinonen, R .; Diez, F. G .; Binns, D .; Fleischmann, W .; Lopez, R .; Апвейлер, Р. (2004). «Архив UniProt». Биоинформатика. 20 (17): 3236–3237. Дои:10.1093 / биоинформатика / bth191. PMID 15044231.
  18. ^ http://www.prf.or.jp/index-e.html
  19. ^ ftp://ftp.isrec.isb-sib.ch/pub/databases/trome
  20. ^ а б Suzek, B.E .; Huang, H .; McGarvey, P .; Mazumder, R .; Ву, К. Х. (2007). «UniRef: комплексные эталонные кластеры UniProt без резервирования». Биоинформатика. 23 (10): 1282–1288. Дои:10.1093 / биоинформатика / btm098. PMID 17379688.
  21. ^ Li, W .; Ярошевский, Л .; Годзик, А. (2001). «Кластеризация высокогомологичных последовательностей для уменьшения размера больших баз данных белков». Биоинформатика. 17 (3): 282–283. Дои:10.1093 / биоинформатика / 17.3.282. PMID 11294794.

внешние ссылки