WikiDer > Монорафидиум прыщавый

Monoraphidium neglectum

Монорафидиум прыщавый
Научная классификация редактировать
Тип:Хлорофита
Учебный класс:Chlorophyceae
Заказ:Sphaeropleales
Семья:Selenastraceae
Род:Монорафидиум
Разновидность:
M. neglectum
Биномиальное имя
Монорафидиум прыщавый
Heynig & Krienitz

Монорафидиум прыщавый это одноклеточный зеленая водоросль семьи Selenastraceae.[1][2] Есть интерес к использованию M. neglectum для производства биотопливо потому что он может накапливать большие количества (до 33% от сухого веса клеток) триацилглицериды (ТЭГИ).[3]

В 2013 году был опубликован проект ядерного, митохондриального и хлоропластного генома с предполагаемым размером ядра 68 мегабайт и примерно 16 761 геном.[4] Вероятно, ядерный геном диплоид.[4] Митохондриальный геном M. neglectum составляет 96 кб, что вдвое больше, чем Нанохлоропсис гадитана и почти в шесть раз больше зеленой водоросли Хламидомонада Reinhardtii, но содержит меньше генов.[4][5]

Метод ядерной трансформации был разработан для M. neglectum с помощью электротрансформация как способ доставки ДНК.[6] Стратегия, описанная в этом исследовании, включая этап предварительной обработки для ослабления клеточной стенки[6], может вдохновить на будущие исследования с другими микроводорослями, также нацеленные на стабильную ядерную генетическую трансформацию с использованием электротрансформации.

Транскриптом M. neglectum был упорядочен с использованием Технология Illumina HiSeq. Используя поли-А-фишинг и подход, управляемый геномом, транскриптом был собран в 20 751 ген (т.е. локусы).[7] Набор данных включает эксперимент с течением времени в условиях как высокого накопления ТАГ, так и последующей деградации ТАГ.[7] Накопление и разложение ТАГ были вызваны удалением азота (условия -N) и пополнением запасов азота (условия NR).[7] В общей сложности транскриптом был секвенирован в 12 временных точках (t0, 7x-N, 4x NR), что дало полный и высококачественный набор данных.[7] Необработанные данные (100 нт парных чтений) были депонированы в SRA под регистрационным номером исследования SRA SRP112537.[7] Обработанные данные доступны по адресу http://tdbmn.cebitec.uni-bielefeld.de, у которых прямой ген и ВЗРЫВ поиск позволяет осуществлять интеллектуальный анализ данных и исследовать паттерны экспрессии целевых генов в автотрофных условиях -N и NR.[7] Кроме того, можно сравнить паттерны экспрессии целевых генов M. neglectum с таковыми из других микроводорослей, которые также были подвергнуты -N условиям, чтобы вызвать накопление ТАГ.[7]

Рекомендации

  1. ^ Heynig H, Krienitz L (1982). "Монорафидиум прыщавый п. sp. sowie einige Bemerkungen zu den Gattungen Monoraphidium, Chlorolobium und Keratococcus (Chlorococcales) ". Archiv für Protistenkunde (на немецком). 125 (1–4): 335–344. Дои:10.1016 / S0003-9365 (82) 80032-8.
  2. ^ Увидеть NCBI веб-страница на Монорафидиуме. Данные извлечены из "Ресурсы таксономии NCBI". Национальный центр биотехнологической информации. Получено 2017-03-17.
  3. ^ Jaeger D, Pilger C, Hachmeister H, Oberländer E, Wördenweber R, Wichmann J, Mussgnug JH, Huser T, Kruse O (октябрь 2016 г.). «Безмаркированный анализ in vivo внутриклеточных липидных капель маслянистой микроводоросли Monoraphidium neglectum с помощью микроскопии когерентного комбинационного рассеяния света». Научные отчеты. 6: 35340. Дои:10.1038 / srep35340. ЧВК 5073319. PMID 27767024.
  4. ^ а б c Боген С., Аль-Дилаими А., Альберсмайер А., Вичманн Дж., Грундманн М., Рупп О., Лауэрсен К. Дж., Блифернез-Классен О., Калиновски Дж., Гесманн А., Мусгнюг Дж. Х., Круз О. (декабрь 2013 г.) «Реконструкция липидного обмена микроводоросли Monoraphidium neglectum на основе ее геномной последовательности позволяет выявить характеристики, пригодные для производства биотоплива». BMC Genomics. 14: 926. Дои:10.1186/1471-2164-14-926. ЧВК 3890519. PMID 24373495.
  5. ^ Радаковиц Р., Джинкерсон Р. Э., Фюрстенберг С. И., Тае Х., Сеттладж Р. Э., Буре Дж. Л., Посевиц М.С. (февраль 2012 г.). «Проект последовательности генома и генетической трансформации маслянистой водоросли Nannochloropis gaditana». Nature Communications. 3: 686. Дои:10.1038 / ncomms1688. ЧВК 3293424. PMID 22353717.
  6. ^ а б Jaeger D, Hübner W, Huser T., Mussgnug JH, Kruse O (май 2017 г.). «Ядерная трансформация и функциональная экспрессия генов в маслянистой микроводоросли Monoraphidium neglectum». Журнал биотехнологии. 249: 10–15. Дои:10.1016 / j.jbiotec.2017.03.011. PMID 28302588.
  7. ^ а б c d е ж грамм Jaeger D, Winkler A, Mussgnug JH, Kalinowski J, Goesmann A, Kruse O (2017-08-14). «Monoraphidium neglectum раскрывает модель триацилглицерина и гипераккумуляции липидов». Биотехнология для биотоплива. 10: 197. Дои:10.1186 / s13068-017-0882-1. ЧВК 5556983. PMID 28814974.

внешняя ссылка