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BLAST
Das Einfaches Suchtool für die lokale Ausrichtung (SPRENGEN) ist ein Algorithmus die zum Vergleich verwendet wird (ausrichten) von a DNA- oder Protein-Reihenfolge in verschiedenen Datenbanken.Das Suchergebnis zeigt, welche verwandten Sequenzen im selben vorkommen Organismus Oder verwandt Organismen. In den meisten Fällen ergibt dies ein Bild einer Funktion eines Gens, dessen Funktion noch unbekannt ist. BLAST ist ein weit verbreitetes Werkzeug in der Bioinformatik.
Verschiedene BLAST-Programme
- blastp: vergleicht a Aminosäuresequenz mit einer Aminosäuresequenz-Datenbank
- blastn: vergleicht a Nukleinsäuresequenz mit einer Nukleinsäuresequenzdatenbank.
- blastx: Vergleicht eine Nukleinsäuresequenz mit einer Proteinsequenzdatenbank, indem die DNA-Sequenz auf allen offenen Leserahmen in eine Aminosäuresequenz übersetzt wird.
- tblastn: vergleicht eine Aminosäuresequenz mit einer Nukleinsäuresequenzdatenbank, die dynamisch in alle offenen Leseraster übersetzt wird.
- tblastx: vergleicht eine in allen Frames translatierte Nukleinsäuresequenz mit einer Nukleinsäuresequenzdatenbank, die ebenfalls in allen Leserastern translatiert wird.