WikiDer > MyGrid

MyGrid

консорциум myGrid
Формирование2001
Типэлектронная наука организация
ЦельРазработка программных инструментов для ученых
Место расположения
Кэрол Гобл
Интернет сайтwww.mygrid.org.Великобритания

В myGrid Консорциум производит и использует набор инструментов для разработки, чтобы «помочь электронным ученым заниматься наукой и сотрудничать с учеными». Инструменты поддерживают создание электронные лаборатории и использовались в самых разных областях, как системная биология, социальная наука, Музыка, астрономия,[1] мультимедиа и химия.[2][3]

Консорциум возглавляет Кэрол Гобл кафедры компьютерных наук Манчестерский университет, ВЕЛИКОБРИТАНИЯ.

Инструменты, созданные и используемые myGrid

Инструменты, разработанные консорциумом myGrid, включают:

  • В Верстак Таверна для проектирования, редактирования и исполнения научный рабочий процесс[4][5][6]
  • myExperiment для обмена рабочими процессами и связанными данными[7]
  • Биокаталог публичный реестр Веб-сервисы для ученых-биологов[8]
  • Искать[9][10] выпущен в сотрудничестве с SysModb: Системная биология микроорганизмов база данных[11][12] Поиск, совместное использование и обмен данными, моделями и процессами в системной биологии
  • MethodBox[13][14] Просматривайте наборы данных и делитесь знаниями.
  • Правое поле[15][16] Распространение смысла ваших данных путем встраивания аннотации онтологий в электронные таблицы
  • База данных почек и мочевыводящих путей (KUPKB)[17][18][19]
  • Рабочие процессы навсегда (wf4ever)[20][21] Сохранение научного документооборота

История

Консорциум состоит из трех отдельных этапов:

Фаза 1

Консорциум был сформирован в 2001 году, объединив сотрудников университетов Манчестер, Саутгемптон, Ньюкасл, Ноттингем и Шеффилд, The Европейская лаборатория молекулярной биологии-Европейский институт биоинформатики[22] (EMBL-EBI) в Кембридже и промышленных партнеров GlaxoSmithKline, Merck KGaA, АстраЗенека, Sun Microsystems, IBM, GeneticXchange, Epistemics и Cerebra (ранее Network Inference). Великобритания Совет по инженерным и физическим наукам профинансировал первую фазу проекта на сумму 3,5 миллиона фунтов стерлингов.[23]

На свидание, Сетка Разработка была сосредоточена на основных вопросах хранения, вычислений и управления ресурсами, необходимых для обеспечения доступности информации и инструментов глобального научного сообщества в высокопроизводительной среде. Тем не менее, с точки зрения электронной науки, цель Grid - предоставить среду для сотрудничества и поддержки, которая позволяет географически распределенным ученым более эффективно достигать исследовательских целей. MyGrid будет проектировать, разрабатывать и демонстрировать функциональные возможности более высокого уровня над существующей инфраструктурой Grid, которые поддерживают ученых в использовании сложных распределенных ресурсов.

В рамках проекта разработан электронная наука верстак называется Таверна[4][5][6] который поддерживает:

  • научный процесс экспериментального исследования, накопления доказательств и усвоения результатов;
  • использование ученым информации сообщества; и
  • научное сотрудничество, позволяющее динамическим группам решать возникающие исследовательские проблемы.

Проект myGrid также разработал myExperiment чтобы разрешить обмен научными рабочими процессами из Таверны и других Системы научного документооборота.

Рабочий стол Taverna поддерживает отдельных ученых, предоставляя возможности персонализации, связанные с выбором ресурсов, управлением данными и внедрением процессов. Деятельность по проектированию и разработке будет определяться и оцениваться с использованием проблем в биоинформатике, которая характеризуется высокораспределенным сообществом с множеством общих инструментальных ресурсов. myGrid разработает две прикладные среды, одна из которых поддерживает отдельных ученых в анализе функциональных геномный данные, а другой поддерживает аннотацию шаблона база данных. Обе эти задачи требуют четкого представления и реализации научных процессов и предъявляют высокие требования к производительности.

Фаза 2

На втором этапе, с 2006 по 2009 год, консорциум финансируется в размере 2 миллионов фунтов стерлингов.[24] как часть Институт инфраструктуры открытого промежуточного программного обеспечения. Членство в консорциуме было сосредоточено в Манчестерский университет и EMBL-EBI.

Фаза 3

В декабре 2008 г. Совет по инженерным и физическим наукам одобрил предложение команды о продлении гранта. Грант составляет 1,15 млн фунтов стерлингов.[25] и началось в январе 2009 года. Члены команды myGrid для фазы 3 являются Манчестерский университет и Саутгемптонский университет. Проект организован по четырем темам: управление знаниями для электронной науки, управление метаданными в электронных лабораториях, разработка научного рабочего процесса, управление и внедрение, а также социальные вычисления для электронных ученых. Тема «Социальные вычисления» ориентирована на myExperiment[7] Виртуальная исследовательская среда (VRE) для социального контроля и обмена научными Объекты исследования.

Рекомендации

  1. ^ Hook, R. N .; Romaniello, M .; Ullgrén, M .; Järveläinen, P .; Maisala, S .; Oittinen, T .; Savolainen, V .; Солин, О .; Tyynelä, J .; Peron, M .; Иззо, К .; Лича, Т. (2008). «ESO Reflex: графический рабочий процесс для выполнения рецептов». Семинар ESO по калибровке приборов 2007 г.. Европейская южная обсерватория ESO Astrophysics Symposia. п. 169. Дои:10.1007/978-3-540-76963-7_23. ISBN 978-3-540-76962-0.
  2. ^ Стивенс, Р. Д.; Робинсон, А. Дж .; Гобл, К.А. (2003). «MyGrid: персонализированная биоинформатика в информационной сетке». Биоинформатика. 19: i302 – i304. Дои:10.1093 / биоинформатика / btg1041. PMID 12855473.
  3. ^ Стивенс, Р. Д.; Типни, Х. Дж .; Wroe, C.J .; Oinn, T. M .; Senger, M .; Lord, P.W .; Гобл, К.А.; Латунь, А.; Тассабехджи, М. (2004). «Изучение синдрома Вильямса-Бёрена с помощью myGrid». Биоинформатика. 20: i303 – i310. Дои:10.1093 / биоинформатика / bth944. PMID 15262813.
  4. ^ а б Hull, D .; Wolstencroft, K .; Стивенс, Р.; Гобл, К.А.; Pocock, M. R .; Li, P .; Оинн, Т. (2006). «Таверна: инструмент для создания и управления рабочими процессами служб». Исследования нуклеиновых кислот. 34 (Проблема с веб-сервером): W729 – W732. Дои:10.1093 / нар / gkl320. ЧВК 1538887. PMID 16845108. открытый доступ
  5. ^ а б Oinn, T .; Greenwood, M .; Аддис, М .; Alpdemir, M. N .; Ferris, J .; Glover, K .; Гобл, К.; Годерис, А .; Hull, D .; Марвин, Д .; Li, P .; Лорд, П .; Pocock, M. R .; Senger, M .; Stevens, R .; Wipat, A .; Рое, К. (2006). «Таверна: уроки создания рабочей среды для наук о жизни» (PDF). Параллелизм и вычисления: практика и опыт. 18 (10): 1067–1100. Дои:10.1002 / cpe.993. S2CID 10219281.
  6. ^ а б Oinn, T .; Li, P .; Келл, Д. Б.; Гобл, К.А.; Годерис, А .; Greenwood, M .; Hull, D .; Стивенс, Р.; Turi, D .; Чжао, Дж. (2007). «Taverna / myGrid: согласование системы рабочего процесса с сообществом наук о жизни». Рабочие процессы для электронной науки. С. 300–319. Дои:10.1007/978-1-84628-757-2_19. ISBN 978-1-84628-519-6.
  7. ^ а б Гобл, К.А.; Bhagat, J .; Алексеев, С .; Cruickshank, D .; Michaelides, D .; Newman, D .; Боркум, М .; Bechhofer, S .; Roos, M .; Li, P .; Де Рур, Д. (2010). «MyExperiment: репозиторий и социальная сеть для обмена рабочими процессами биоинформатики». Исследования нуклеиновых кислот. 38 (Проблема с веб-сервером): W677 – W682. Дои:10.1093 / nar / gkq429. ЧВК 2896080. PMID 20501605.
  8. ^ Bhagat, J .; Тано, Ф .; Nzuobontane, E .; Laurent, T .; Орловски, Дж .; Roos, M .; Wolstencroft, K .; Алексеев, С .; Stevens, R .; Pettifer, S .; Lopez, R .; Гобл, К. А. (2010). «Биокаталог: универсальный каталог веб-сервисов для наук о жизни». Исследования нуклеиновых кислот. 38 (Проблема с веб-сервером): W689 – W694. Дои:10.1093 / nar / gkq394. ЧВК 2896129. PMID 20484378.
  9. ^ Wolstencroft, K .; Owen, S .; Du Preez, F .; Krebs, O .; Мюллер, В .; Гобл, К.; Сноуп, Дж. Л. (2011). «ПОИСК». Методы системной биологии. Методы в энзимологии. 500. С. 629–655. Дои:10.1016 / B978-0-12-385118-5.00029-3. ISBN 9780123851185. PMID 21943917.
  10. ^ «Ищите науку | Для поиска, совместного использования и обмена данными, моделями и процессами в системной биологии». Получено 2012-06-21.
  11. ^ Бут, И. Р. (2007). «SysMO: Назад в будущее». Обзоры природы Микробиология. 5 (8): 566. Дои:10.1038 / nrmicro1719. PMID 17632975.
  12. ^ "О компании | SysMO-DB". Получено 2012-06-21.
  13. ^ Thew, S .; Jarvis, P .; Ainsworth, J .; Бьюкен, И. (2010). «Атлас ожирения и набор методов: На пути к открытой структуре для обмена рабочими процессами разведки общественного здравоохранения». Исследования в области технологий здравоохранения и информатики. 160 (Pt 1): 496–500. PMID 20841736.
  14. ^ "Главная страница MethodBox". Архивировано из оригинал на 2011-09-18. Получено 2012-06-21.
  15. ^ Wolstencroft, K .; Owen, S .; Horridge, M .; Krebs, O .; Мюллер, В .; Snoep, J. L .; Du Preez, F .; Гобл, К. (2011). «RightField: встраивание аннотации онтологии в электронные таблицы». Биоинформатика. 27 (14): 2021–2022. Дои:10.1093 / биоинформатика / btr312. PMID 21622664.
  16. ^ "RightField.org.uk | SysMO-DB". Получено 2012-06-21.
  17. ^ Klein, J .; Jupp, S .; Moulos, P .; Fernandez, M .; Buffin-Meyer, B .; Casemayou, A .; Chaaya, R .; Charonis, A .; Bascands, J. -L .; Stevens, R .; Шанстра, Дж. П. (2012). «KUPKB: новое веб-приложение для доступа к мультиомным данным о заболеваниях почек». Журнал FASEB. 26 (5): 2145–2153. Дои:10.1096 / fj.11-194381. PMID 22345404.
  18. ^ Jupp, S .; Klein, J .; Schanstra, J .; Стивенс, Р. (2011). «Создание базы знаний о почках и мочевыводящих путях». Журнал биомедицинской семантики. 2: S7. Дои:10.1186 / 2041-1480-2-S2-S7. ЧВК 3102896. PMID 21624162.
  19. ^ «База знаний почек и мочевыводящих путей». Получено 2012-06-21.
  20. ^ "Дом - wf4ever". Получено 2012-06-21.
  21. ^ Bechhofer, S .; Buchan, I .; Де Рур, Д.; Missier, P .; Ainsworth, J .; Bhagat, J .; Couch, P .; Cruickshank, D .; Delderfield, M .; Dunlop, I .; Gamble, M .; Michaelides, D .; Owen, S .; Newman, D .; Суфи, С .; Гобл, К. (2011). «Почему ученых недостаточно связанных данных» (PDF). Компьютерные системы будущего поколения. 29 (2): 599. Дои:10.1016 / j.future.2011.08.004. S2CID 16783450.
  22. ^ «Проект myGrid в EBI». Архивировано из оригинал на 2012-06-20.
  23. ^ "myGrid: прямая поддержка электронного ученого GR / R67743 / 01". Получено 2012-06-20.
  24. ^ "myGrid: узел OMII-UK (mymes: промежуточное программное обеспечение myGrid для электронных ученых) EP / D044324 / 1". Получено 2012-06-20.
  25. ^ "myGrid: платформа для обновления электронной биологии EP / G026238 / 1". Получено 2012-06-20.