WikiDer > ПЕЧАТИ

PRINTS

В молекулярной биологии ПЕЧАТИ база данных представляет собой совокупность так называемых «отпечатков пальцев»:[1][2] он предоставляет как подробный ресурс аннотаций для белковые семействаи диагностический инструмент для вновь определенных последовательностей. Отпечаток пальца - это группа сохраненных мотивы взято из множественное выравнивание последовательностей - вместе мотивы образуют характерную подпись для выровненного семейства белков. Сами мотивы не обязательно являются смежными в последовательности, но могут объединяться в трехмерном пространстве для определения участков связывания молекул или поверхностей взаимодействия. Особая диагностическая сила отпечатков пальцев заключается в их способности различать различия в последовательностях на уровне клана, надсемейства, семьи и подсемейства. Это позволяет выполнять точную функциональную диагностику не охарактеризованных последовательностей, позволяя, например, различать членов семейства на основе лигандов, которые они связывают, или белков, с которыми они взаимодействуют, и выделять потенциальные олигомеризационные или аллостерические сайты.

ПРИНЦ - партнер-учредитель интегрированного ресурса, ИнтерПро, широко используемая база данных семейств белков, доменов и функциональных сайтов.

Рекомендации

  1. ^ Аттвуд, Т.К.; Bradley, P .; Flower, D. R .; Gaulton, A .; Maudling, N .; Mitchell, A. L .; Moulton, G .; Nordle, A .; Paine, K .; Taylor, P .; Уддин, А .; Зигури, К. (2003). «ОТПЕЧАТКИ и их автоматические дополнения, препринты». Исследования нуклеиновых кислот. 31 (1): 400–402. Дои:10.1093 / нар / gkg030. ЧВК 165477. PMID 12520033.
  2. ^ Scordis, P .; Flower, D. R .; Аттвуд, Т.К. (1999). «FingerPRINTScan: интеллектуальный поиск в базе данных PRINTS». Биоинформатика. 15 (10): 799–806. Дои:10.1093 / биоинформатика / 15.10.799. PMID 10705433.

внешняя ссылка

  • База данных ПРИНТОВ (Манчестерский университет образования и исследований в области биоинформатики)