WikiDer > Мотив РНК псевдомон-1
| РНК псевдомон-1 | |
|---|---|
 Консенсусная вторичная структура Псевдомон-1 РНК | |
| Идентификаторы | |
| Символ | Псевдомон-1 |
| Рфам | RF01719 |
| Прочие данные | |
| РНК тип | мРНК |
| Домен (ы) | Псевдомонады' |
| PDB структуры | PDBe |
В Псевдомон-1 мотив РНК консервированный РНК идентифицировано биоинформатика.[1] Он используется большинством виды чья геномы были упорядочены и классифицированы в род Псевдомонады, а также присутствует в Azotobacter vinelandii, близкородственный вид. Предполагается, что он функционирует как некодирующая РНК. Псевдомон-1 РНК постоянно имеют нижний rho-независимый терминатор транскрипции.
Межгенная область, содержащая Псевдомон-1 РНК также были позже обнаружены независимым исследованием, основанным на глубоком секвенировании, и названы SPA0122.[2] Гены, окружающие этот регион, предполагают сходство с Пятно 42 РНК,[2] но Псевдомонады Функции РНК по регулированию фермента AlgC[3] На основании этой информации новое название ErsA для РНК был принят.[3] Отрицательно регулирует основной порин oprD выражение, ответственное за усвоение карбапенем антибиотики путем спаривания оснований с oprD 5′UTR (что приводит к повышению устойчивости бактерий к меропенем).[4] ErsA положительно регулирует мРНК amrZ и способствует образованию и подвижности биопленок.[5]
использованная литература
- ^ Weinberg Z, Wang JX, Bogue J, Yang J, Corbino K, Moy RH, Breaker RR (март 2010 г.). «Сравнительная геномика обнаруживает 104 кандидата структурированных РНК из бактерий, архей и их метагеномов». Геномная биология. 11 (3): R31. Дои:10.1186 / gb-2010-11-3-r31. ЧВК 2864571. PMID 20230605.
- ^ а б Феррара С., Бругноли М., Де Бонис А., Ригетти Ф., Делвиллани Ф., Дехо Дж., Хорнер Д., Бриани Ф., Бертони Дж. (Май 2012 г.). «Сравнительное профилирование штаммов Pseudomonas aeruginosa показывает дифференциальную экспрессию новых уникальных и консервативных малых РНК». PLOS One. 7 (5): e36553. Дои:10.1371 / journal.pone.0036553. ЧВК 3349714. PMID 22590564.
- ^ а б Феррара С., Карлони С., Фулько Р., Фальконе М., Макки Р., Бертони Г. (январь 2015 г.). «Посттранскрипционная регуляция ассоциированного с вирулентностью фермента AlgC с помощью σ (22) -зависимой малой РНК ErsA Pseudomonas aeruginosa». Экологическая микробиология. 17 (1): 199–214. Дои:10.1111/1462-2920.12590. PMID 25186153.
- ^ Чжан Ю.Ф., Хан К., Чандлер К.Э., Тьяден Б., Эрнст Р.К., Лори С. (декабрь 2017 г.). «Исследование регуляторного ландшафта мРНК P. aeruginosa: посттранскрипционный контроль детерминант патогенности и чувствительности к антибиотикам». Молекулярная микробиология. 106 (6): 919–937. Дои:10,1111 / ммi.13857. ЧВК 5738928. PMID 28976035.
- ^ Фальконе М, Феррара С, Росси Э, Йохансен ХК, Молин С, Бертони Дж. (2018). «Pseudomonas aeruginosa способствует развитию и подвижности биопленок посредством посттранскрипционной модуляции AmrZ». Границы микробиологии. 9: 238. Дои:10.3389 / fmicb.2018.00238. ЧВК 5819304. PMID 29497413.
внешние ссылки
 | Эта молекулярный или клеточная биология статья - это заглушка. Вы можете помочь Википедии расширяя это. |