WikiDer > РНК, присутствующие в образцах окружающей среды

RNAs present in environmental samples

Большое разнообразие некодирующие РНК были выявлены в различных разновидность организмов, известных науке. Однако РНК также были идентифицированы в "метагеномика"последовательности, полученные из образцов ДНК или же РНК извлечены из окружающей среды, в которой содержатся неизвестные виды. Обнаружены первые работы в этой области гомологи известных бактериальный РНК в таких образцах метагенома.[1][2] Многие из этих последовательностей РНК отличались от последовательностей внутри культивируемых бактерий и дают возможность получить дополнительную информацию о классах РНК, к которым они принадлежат.

Различные экологические последовательности были использованы для обнаружения ранее неизвестных РНК в морская бактерия Пелагибактер убик. P. ubique чрезвычайно распространен в морских последовательностях. Итак, последовательности ДНК, извлеченные из океаны, многие из которых неизбежно происходят от видов, связанных с P. ubique, использовались для облегчения анализа возможных второстепенные конструкции предсказанных РНК у этого вида.[3]

Последующие исследования выявили новые РНК исключительно с использованием последовательностей, извлеченных из образцов окружающей среды. Первое исследование определило последовательности РНК, непосредственно экстрагированных из микробной биомассы в Тихий океан.[4] Исследования показали, что большая часть всех экстрагированных молекул РНК, по-видимому, не кодирует белок, но вместо этого, по-видимому, сохраняют согласованные вторичные структуры РНК. Было показано, что некоторые из них принадлежат к известным семействам малых последовательностей РНК, включая рибопереключатели. Большая часть этих микробных малых РНК, по-видимому, представляет новые, некодирующие малые РНК, еще не описанные в каких-либо базах данных. Во втором исследовании использовались последовательности ДНК, извлеченные из различных сред, и предполагалось присутствие консервативных вторичных структур РНК среди некоторых из них. эти последовательности.[5] Оба исследования идентифицировали РНК, которые не присутствовали в доступных тогда последовательностях генома каких-либо известных организмов, и определили, что некоторые из РНК были чрезвычайно многочисленными.[4][5] Фактически, два класса РНК ( IMES-1 РНК-мотив и IMES-2 РНК-мотив) превышено рибосомы по количеству копий, что крайне необычно для РНК бактерий. Было также установлено, что РНК IMES-1 в большом количестве находятся у берега в Атлантический океан используя разные техники.

РНК, которые были идентифицированы в образцах экологической последовательности, включают ИМЕС-1, ИМЕС-3, ИМЕС-4, Китопад-1, potC, Термитflg и Мотивы РНК кишечника-1. Эти структуры РНК не были обнаружены в геноме ни одного известного вида. В IMES-2 РНК-мотив, Мотив РНК GOLLD и Мотив РНК manA были обнаружены с использованием образцов последовательностей ДНК или РНК из окружающей среды и присутствуют у небольшого числа известных видов. Дополнительные некодирующие РНК прогнозируются в морской среде,[4] хотя для этих других кандидатов не было опубликовано никаких конкретных консервативных вторичных структур. Другие консервативные структуры РНК были первоначально обнаружены с использованием данных последовательности в окружающей среде, например, glnA РНК-мотив, но впоследствии были обнаружены у многих культивируемых видов бактерий.

Открытие РНК, которые не обнаруживаются среди известных в настоящее время видов, отражает результаты исследований классов белков, которые в настоящее время являются уникальными для образцов окружающей среды.[6]

Рекомендации

  1. ^ Казанов М.Д., Витрещак А.Г., Гельфанд М.С. (2007). «Изобилие и функциональное разнообразие рибопереключателей в микробных сообществах». BMC Genomics. 8: 347. Дои:10.1186/1471-2164-8-347. ЧВК 2211319. PMID 17908319.
  2. ^ Баррик Дж. Э., Брейкер Р. Р. (2007). «Распределение, механизмы и структуры рибопереключателей, связывающих метаболит». Геном Биол. 8 (11): R239. Дои:10.1186 / gb-2007-8-11-r239. ЧВК 2258182. PMID 17997835.
  3. ^ Мейер М.М., Эймс Т.Д., Смит Д.П. и др. (2009). «Идентификация кандидатных структурированных РНК в морском организме Candidatus Pelagibacter ubique.'". BMC Genomics. 10: 268. Дои:10.1186/1471-2164-10-268. ЧВК 2704228. PMID 19531245.
  4. ^ а б c Ши Ю., Тайсон Г. В., Делонг Е. Ф. (май 2009 г.). «Метатранскриптомика обнаруживает уникальные микробные малые РНК в водной толще океана». Природа. 459 (7244): 266–9. Дои:10.1038 / природа08055. PMID 19444216.
  5. ^ а б Вайнберг З., Перро Дж., Мейер М.М., Брейкер Р.Р. (декабрь 2009 г.). «Исключительные структурированные некодирующие РНК, выявленные с помощью анализа бактериального метагенома». Природа. 462 (7273): 656–9. Дои:10.1038 / природа08586. ЧВК 4140389. PMID 19956260.
  6. ^ Юзеф С., Саттон Дж., Руш Д. Б. и др. (Март 2007 г.). «Экспедиция по отбору проб мирового океана Sorcerer II: расширение вселенной белковых семейств». PLoS Biol. 5 (3): e16. Дои:10.1371 / journal.pbio.0050016. ЧВК 1821046. PMID 17355171.