WikiDer > RAPD

RAPD

Случайная амплификация полиморфной ДНК (RAPD), произносится как "быстрый",[1] это тип полимеразной цепной реакции (ПЦР), но амплифицируемые сегменты ДНК являются случайными.[2] Ученый, выполняющий RAPD, создает несколько произвольных коротких праймеров (8–12 нуклеотидов), затем приступает к ПЦР с использованием большой матрицы геномной ДНК, надеясь, что фрагменты будут амплифицироваться. Разбирая полученные закономерности, можно получить полууникальный профиль из реакции RAPD.

Никаких знаний о последовательности ДНК целевого генома не требуется, поскольку праймеры будут связываться где-то в последовательности, но точно не известно, где именно. Это делает метод популярным для сравнения ДНК биологических систем, которые не привлекали внимание научного сообщества, или в системе, в которой сравнивается относительно небольшое количество последовательностей ДНК (он не подходит для формирования банка данных кДНК). Поскольку он основан на большой неповрежденной матричной последовательности ДНК, он имеет некоторые ограничения при использовании образцов деградированной ДНК. Его разрешающая способность намного ниже, чем у целевых, видоспецифичных методов сравнения ДНК, таких как короткие тандемные повторы. В последние годы RAPD использовался для характеристики и отслеживания филогения разнообразных видов растений и животных.

Вступление

Маркеры RAPD представляют собой декамерные (длиной 10 нуклеотидов) фрагменты ДНК из ПЦР-амплификации случайных сегментов геномной ДНК с одним праймером с произвольной нуклеотидной последовательностью и которые способны различать генетически различных индивидуумов, хотя и не обязательно воспроизводимым образом. для анализа генетического разнообразия человека с помощью случайных праймеров. Из-за проблем с воспроизводимостью экспериментов многие научные журналы больше не принимают эксперименты, основанные только на RAPD. RAPD требует только одного праймера для амплификации.

Как это устроено

В отличие от традиционного ПЦР-анализа, RAPD не требует каких-либо конкретных знаний о последовательности ДНК целевого организма: идентичные 10-мерные праймеры будут или не будут амплифицировать сегмент ДНК, в зависимости от положений, которые комплементарны последовательности праймеров. Например, фрагмент не образуется, если праймеры отожжены слишком далеко друг от друга или 3'-концы праймеров не обращены друг к другу. Следовательно, если в матричной ДНК произошла мутация на участке, который ранее был комплементарен праймеру, продукт ПЦР не будет продуцироваться, что приведет к другому рисунку амплифицированных сегментов ДНК на геле.

Ограничения

  • Почти все маркеры RAPD являются доминантными, то есть невозможно отличить, амплифицирован ли сегмент ДНК из локуса, который является гетерозиготным (1 копия) или гомозиготным (2 копии). Кодоминантные маркеры RAPD, наблюдаемые как сегменты ДНК разного размера, амплифицированные из одного и того же локуса, выявляются очень редко.
  • ПЦР - это ферментативная реакция, поэтому качество и концентрация матричной ДНК, концентрации компонентов ПЦР и условия цикла ПЦР могут сильно повлиять на результат. Таким образом, общеизвестно, что метод RAPD зависит от лаборатории и требует тщательно разработанных лабораторных протоколов для воспроизводимости.
  • Несоответствие между праймером и матрицей может привести к полному отсутствию продукта ПЦР, а также просто к уменьшению количества продукта. Таким образом, результаты RAPD может быть трудно интерпретировать, в отличие от традиционного анализа ПЦР.

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ «Случайная амплифицированная полиморфная ДНК (RAPD)». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-11-10.
  2. ^ «рДНК: случайная амплификация полиморфной ДНК (RAPD)». www.rvc.ac.uk. Получено 2016-06-03.

внешняя ссылка