Репрезентативные последовательности короткие регионы внутри белковые последовательности который можно использовать для аппроксимации эволюционные отношения этих белков или организмов, из которых они происходят. Репрезентативные последовательности представляют собой смежные подпоследовательности (обычно 300 остатки) из вездесущий, консервированные белки, так что каждый ортологичный одно семейство репрезентативных последовательностей дает матрица расстояний в полном соответствии с консенсусной матрицей.[1]
Использовать
Последовательности белков может предоставить данные о биологическая функция и эволюция белков и белковые домены. Таким образом, группирование и взаимосвязь белковых последовательностей может предоставить информацию как о биологических процессах человека, так и об эволюционном развитии биологических процессов на Земле; такой кластеры последовательностей позволяют эффективно покрывать пространство последовательностей. Кластеры последовательностей могут уменьшить большую базу данных последовательностей до меньшего набора представители последовательности, каждый из которых должен представлять свой кластер на уровне последовательности. Представители последовательностей позволяют эффективно охватить исходную базу данных меньшим количеством последовательностей. База данных представителей последовательностей называется неизбыточный, поскольку похожие (или повторяющиеся) последовательности были удалены при определенном пороге сходства.
Рекомендации
