WikiDer > График последовательности

В сравнительная геномика, а граф последовательности, также называемый график выравнивания, график точек останова, или же граф смежности, это двунаправленный граф в котором вершины представляют собой отрезки ДНК а края представляют смежность между сегментами в геном.^[1] Сегменты маркируются цепочкой ДНК, которую они представляют, и каждый край соединяет задний конец одного сегмента с головным концом другого сегмента. Каждое ребро смежности помечено (возможно, пустой) цепочкой ДНК. Прохождение связного компонента сегментов и ребер смежности (называемого нить) дает последовательность, которая обычно представляет собой геном или часть генома. Сегменты можно представить как синтения блоки, причем края определяют, как расположить эти блоки в конкретном геноме, и маркировка краев смежности, представляющих основания, которые не содержатся в блоках синтении.

Приложения

Множественное выравнивание последовательностей

Графики последовательностей могут использоваться для представления множественное выравнивание последовательностей с добавлением нового вида ребра, представляющего гомология между сегментами.^[2] Для набора геномов можно создать ациклический граф точек останова с потоком для каждого генома. Для двух сегментов ${ Displaystyle (а, б)}$ и ${ displaystyle (c, d)}$, куда ${ displaystyle a}$,${ displaystyle b}$,${ displaystyle c}$, и ${ displaystyle d}$ представляют собой концы двух сегментов, ребра гомологии могут быть созданы из ${ displaystyle a}$ к ${ displaystyle c}$ и ${ displaystyle b}$ к ${ displaystyle d}$ или из ${ displaystyle a}$ к ${ displaystyle d}$ и ${ displaystyle b}$ к ${ displaystyle c}$ - представляющие две возможные ориентации гомологии. Преимущество представления множественного выравнивания последовательностей таким способом состоит в том, что можно включать инверсии и другие структурные перестройки, которые не допускаются в матричном представлении.

Представление вариации

Если существует несколько возможных путей при обходе потока в графе последовательностей, несколько последовательностей могут быть представлены одним и тем же потоком. Это означает, что можно создать граф последовательностей, который представляет популяцию людей с немного разными геномами, причем каждому геному соответствует один путь через граф. Эти графики были предложены в качестве замены ссылка человеческий геном.^[3]

Рекомендации