WikiDer > Сюзанна Льюис - Википедия

Suzanna Lewis - Wikipedia
Сюзанна Льюис
ИзвестенБиомедицинские онтологии
НаградыЧлен AAAS[1]
Научная карьера
УчрежденияНациональная лаборатория Лоуренса Беркли
Интернет сайтБерклибоп.org/человек/ Сюзанна-Льюис
Bioperl.org/ wiki/ Сузи_Льюис

Сюзанна (Сюзи) Э. Льюис учёный и Главный следователь на Беркли Биоинформатика Открытый исходный код Проект основан на Национальная лаборатория Лоуренса Беркли. Льюис руководит разработкой открытых стандартов и программного обеспечения для аннотация генома и онтологии.[2][3][4]

Образование

Льюис Магистр естественных наук степени в Биология и Информатика.[5]

Исследование

Она руководила командой, ответственной за систематическое аннотирование.[6] из Drosophila melanogaster геном, который включал развитие Овода[7] конвейер аннотаций и структура базы данных, а также инструмент создания аннотаций Apollo.[8] Работа Льюиса по аннотации генома также включает в себя инструментальные роли в GASP.[9] упражнения по оценке сообщества для оценки состояния аннотации генома, разработки Gbrowse[10] браузер генома, и центр координации данных для modENCODE проект.[11] Помимо работы в области аннотации генома, Льюис была лидером в разработке Открытые биомедицинские онтологии (ОБО),[12] Национальный центр биомедицинской онтологии (NCBO),[13][14] способствуя Генная онтология[15] Онтология последовательности,[16] Онтологии анатомии Uberon,[17] и разработка открытого программного обеспечения для редактирования и навигации по онтологиям, например AmiGO,[18] OBO-Edit[19] и фенот.

Награды и отличия

В 2005 году Льюис был избран член Американской ассоциации развития науки в знак признания ее вклада в науку в области информации, вычислений и коммуникации.[1]

Рекомендации

  1. ^ а б "Новости и заметки AAAS". Архивировано из оригинал на 2012-12-17. Получено 16 июн 2012.
  2. ^ «Номинации на премию Бенджамина Франклина за открытый доступ в области наук о жизни 2012». Архивировано из оригинал на 2012-03-05.
  3. ^ "Сьюзи Льюис - BioPerl". Архивировано из оригинал на 2012-03-05.
  4. ^ "Berkeley Drosophila Genome Project BDGP: Контактная информация". Архивировано из оригинал на 2012-03-05.
  5. ^ "Сюзанна Льюис: проекты с открытым исходным кодом Berkeley Bioinformatics (BBOP)". Архивировано из оригинал на 2012-10-23.
  6. ^ Misra, S .; Кросби, М .; Mungall, C .; Matthews, B .; Кэмпбелл, К .; Градецкий, П .; Huang, Y .; Kaminker, J .; Millburn, G .; Прочник, С. Э .; Smith, C.D .; Tupy, J. L .; Whitfied, E.J .; Байрактароглу, Л .; Berman, B.P .; Bettencourt, B.R .; Celniker, S.E .; Де Грей, A.D .; Drysdale, R.A .; Harris, N.L .; Richter, J .; Руссо, С .; Schroeder, A.J .; Shu, S. Q .; Stapleton, M .; Yamada, C .; Ashburner, M .; Gelbart, W. M .; Рубин, Г. М .; Льюис, С. Э. (2002). "Аннотация эухроматического генома Drosophila melanogaster: систематический обзор". Геномная биология. 3 (12): research0083.research0081–83.research0081. Дои:10.1186 / gb-2002-3-12-research0083. ЧВК 151185. PMID 12537572.
  7. ^ Mungall, C.J .; Misra, S .; Berman, B.P .; Карлсон, Дж .; Frize, E .; Harris, N .; Marshall, B .; Шу, С .; Kaminker, J. S .; Прочник, С. Э .; Smith, C.D .; Smith, E .; Tupy, J. L .; Wiel, C .; Рубин, Г. М .; Льюис, С. Э. (2002). «Интегрированный вычислительный конвейер и база данных для поддержки аннотации последовательности всего генома». Геномная биология. 3 (12): research0081.research0081–81.research0081. Дои:10.1186 / gb-2002-3-12-research0081. ЧВК 151183. PMID 12537570.
  8. ^ Льюис, С.Э.; Searle, S.M .; Harris, N .; Гибсон, М .; Lyer, V .; Richter, J .; Wiel, C .; Байрактароглир, Л .; Бирни, Э.; Кросби, М. А .; Kaminker, J. S .; Matthews, B.B .; Прочник, С. Э .; Smithy, C.D .; Tupy, J. L .; Рубин, Г. М .; Misra, S .; Mungall, C.J .; Зажим, М. Э. (2002). "Аполлон: редактор аннотаций к последовательности". Геномная биология. 3 (12): research0082.research0081–82.research0081. Дои:10.1186 / gb-2002-3-12-research0082. ЧВК 151184. PMID 12537571.
  9. ^ Reese, M. G .; Hartzell, G .; Harris, N.L .; Ohler, U .; Abril, J. F .; Льюис, С.Э. (2000). «Оценка аннотации генома у Drosophila melanogaster». Геномные исследования. 10 (4): 483–501. Дои:10.1101 / гр. 10.4.483. ЧВК 310877. PMID 10779488.
  10. ^ Штейн, Л.; Mungall, C .; Shu, S .; Caudy, M .; Mangone, M .; День, А .; Nickerson, E .; Stajich, J. E .; Harris, T. W .; Arva, A .; Льюис, С. (2002). "Общий браузер генома: строительный блок для системной базы данных модельного организма". Геномные исследования. 12 (10): 1599–1610. Дои:10.1101 / гр. 403602. ЧВК 187535. PMID 12368253.
  11. ^ Вашингтон, Н. Л .; Стинсон, Э. О .; Perry, M.D .; Рузанов, П .; Contrino, S .; Smith, R .; Жа, З .; Lyne, R .; Carr, A .; Lloyd, P .; Kephart, E .; McKay, S.J .; Micklem, G .; Stein, L.D .; Льюис, С. Э. (2011). «Координационный центр данных modENCODE: уроки сбора исчерпывающих экспериментальных деталей». База данных. 2011: bar023. Дои:10.1093 / база данных / bar023. ЧВК 3170170. PMID 21856757.
  12. ^ Смит, Б.; Эшбернер, М.; Rosse, C .; Bard, J .; Ошибка, W .; Ceusters, W .; Goldberg, L.J .; Eilbeck, K .; Ирландия, A .; Mungall, C.J .; Leontis, N .; Rocca-Serra, P .; Руттенберг, А .; Sansone, S.A .; Scheuermann, R.H .; Shah, N .; Whetzel, P. L .; Льюис, С. (2007). «The OBO Foundry: скоординированная эволюция онтологий для поддержки интеграции биомедицинских данных». Природа Биотехнологии. 25 (11): 1251–1255. Дои:10.1038 / nbt1346. ЧВК 2814061. PMID 17989687. открытый доступ
  13. ^ Musen, M. A .; Ной, Н. Ф .; Shah, N.H .; Whetzel, P. L .; Chute, C. G .; Рассказ, М. -А .; Smith, B .; И Ncbo, Т. (2011). «Национальный центр биомедицинской онтологии». Журнал Американской ассоциации медицинской информатики. 19 (2): 190–195. Дои:10.1136 / amiajnl-2011-000523. ЧВК 3277625. PMID 22081220.
  14. ^ Рубин, Д. Л .; Льюис, С.Э.; Mungall, C.J .; Misra, S .; Westerfield, M .; Эшбернер, М.; Sim, I .; Chute, C. G .; Стори, М. А .; Smith, B .; Day-Richter, J .; Ной, Н. Ф .; Musen, M. A .; Мусен, М. А. (2006). «Национальный центр биомедицинской онтологии: продвижение биомедицины через структурированную организацию научных знаний» (PDF). OMICS: журнал интегративной биологии. 10 (2): 185–198. Дои:10.1089 / omi.2006.10.185. PMID 16901225.
  15. ^ Ботштейн, Д.; Cherry, J.M .; Эшбернер, М.; Ball, C.A .; Blake, J. A .; Батлер, H .; Дэвис, А. П .; Долинский, К .; Дуайт, С. С .; Eppig, J. T .; Harris, M. A .; Hill, D.P .; Issel-Tarver, L .; Касарскис, А .; Льюис, С.; Matese, J.C .; Richardson, J.E .; Ringwald, M .; Рубин, Г.М.; Шерлок, Г. (2000). «Генная онтология: инструмент для объединения биологии. Консорциум генных онтологий». Природа Генетика. 25 (1): 25–29. Дои:10.1038/75556. ЧВК 3037419. PMID 10802651. открытый доступ
  16. ^ Eilbeck, K .; Льюис, С.Э.; Mungall, C.J .; Yandell, M .; Штейн, Л.; Дурбин, Р.; Эшбернер, М. (2005). «Онтология последовательности: инструмент для унификации аннотаций генома». Геномная биология. 6 (5): R44. Дои:10.1186 / gb-2005-6-5-r44. ЧВК 1175956. PMID 15892872.
  17. ^ Mungall, C.J .; Torniai, C .; Gkoutos, G.V .; Льюис, С.Э.; Хендель, М.А. (2012). «Уберон, интегративная онтология многовидовой анатомии». Геномная биология. 13 (1): R5. Дои:10.1186 / gb-2012-13-1-r5. ЧВК 3334586. PMID 22293552.
  18. ^ Карбон С., Ирландия А., Мунгалл С.Дж., Шу С., Маршал Б., Льюис С. AmiGO Hub; Рабочая группа по веб-присутствию (2008 г.). «AmiGO: онлайн-доступ к онтологии и аннотационным данным». Биоинформатика. 25 (2): 288–289. Дои:10.1093 / биоинформатика / btn615. ЧВК 2639003. PMID 19033274.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  19. ^ Day-Richter, J .; Harris, M. A .; Haendel, M .; Льюис, С. (2007). «OBO-Edit - редактор онтологий для биологов». Биоинформатика. 23 (16): 2198–2200. Дои:10.1093 / биоинформатика / btm112. PMID 17545183.