WikiDer > TMEM33

TMEM33

Трансмембранный белок 33 это белок что у человека кодируется TMEM33 ген, также известный как SHINC3.[1]Другое название белка TMEM33 - DB83.

Ген

Расположение TMEM33 на хромосоме 4 человека[2]

У людей этот ген ДНК расположение - короткая рука хромосома 4, положение локусов: 4p13.[3]Геномный диапазон 41937502-41956213, охватывающий 18,7 т.п.н., на положительной цепи.[3]Трансмембранный белок 33 - это повсеместно выражено, но особенно ярко выражено в кровь, лимфатический узел, кость, и жировая ткань.[4][5]

Промоутер

Факторы транскрипции с самой высокой аффинностью связывания матрицы с GXP_4428588[6]

А промоутер Последовательность перед TMEM33 - GXP_4428588. Эта последовательность промотора из 1069 пар оснований охватывает 41936535-41937603 на хромосоме 4 человека.[6]Последовательность промотора перекрывается с 5'-нетранслируемой областью, первым кодирующим экзоном и первым интрон гена TMEM33. Много разных факторы транскрипции как известно, связываются с этим регионом.[6]Факторы транскрипции, наиболее склонные к связыванию, больше всего экспрессируются в соединительная ткань (т.е. кровь, жировая ткань и кость), иммунная система, и нервная система.[6]

мРНК

Все одиннадцать человеческих транскриптов TMEM33 выровнены. Транскрипты a, b, c, d и e кодируют жизнеспособные изоформы TMEM33, а остальные шесть - нет.[7]

Существует одиннадцать различных вариантов транскрипта мРНК TMEM33, 9 альтернативно сплайсированных вариантов и 2 несплайсированные формы.[7]Только 5 вариантов (a, b, c, d и e) кодируют белки. Транскрипты a, b и c кодируют один и тот же белок длиной 247 аминокислот, поскольку каждый из них имеет одинаковое типичное кодирование из 7 экзоны. Эти три варианта различаются только длиной 3 'UTR.[7]Транскрипты a, b и c имеют длинный диапазон кодирования 744 пар оснований и особенно длинный 3 ’ UTR это 6000 пар оснований в длину.[8]

Протеин

Характеристики

SUSIO предсказание расположения аминокислот TMEM33 в клеточной мембране человека [9]

В Homo sapiens, Белок TMEM33 имеет 5 различных вариантов кодирующей мРНК, которые кодируют 3 разных белка. изоформы.[10]Самый большой и самый распространенный белок TMEM33 человека состоит из 247 аминокислотных остатков с 3 трансмембранные домены.[11]Единственный известный ортолог TMEM33 с четырьмя трансмембранными доменами - это Tts1 в Schizosaccharomyces pombe.[12]Человеческий белок предсказал молекулярный вес 28 кДа[13]и изоэлектрическая точка 9,88.[14]TMEM33 имеет значительно высокий чистый положительный заряд и количество гидрофобных остатков. Особенно, лейцин что составляет 17,8% белка TMEM33 человека.[15]TMEM33 содержит консервативный домен суперсемейства белков UPF0121, у Homo sapiens эта область охватывает от аминокислот с 1 до 246.[11]

Постпереводные модификации

Программы и эксперименты, которые анализируют белки, предсказывают различные посттрансляционные модификации TMEM33. Есть экспериментально определенная ацетилирование точка находится в аланин, аминокислота остаток 2 у человека.[11]TMEM33 человека имеет фосфорилирование предсказано на серин остатки 197 и 198 и треонин остатки 5, 127 и 193.[16]Главная киназы , которые предположительно действуют на TMEM33, являются Протеинкиназа C (PKC) и PKA.[17]TMEM33, как ожидается, будет иметь О-гликозилирование сайт на аминокислотных остатках 4 и 5 человека[18]

Структура

Точная вторичная структура TMEM33 неизвестна, но предполагается, что она состоит в основном из альфа-спирали и спиральные домены.[19]В третичная структура неизвестно.

Сотовая локализация

Согласно мотивам последовательности Homo Sapiens, TMEM33 предположительно находится на эндоплазматический ретикулум (ER) 48%, митохондрии 35%, и ядро 13%.[12]TMEM33 ортологи в позвоночные, беспозвоночные, и грибы также было предсказано, что они локализуются в этих трех клеточных местоположениях: сначала ER, а затем в митохондриях, а для некоторых ортологов было предсказано третье местоположение, и это было ядро.[12]TMEM33 человека Homo Sapiens локализован с мембраной ER и экзогенно NE.[20]Ортолог делящихся дрожжей TMEM33, Tts1, как сообщалось, локализуется в ER и NE (ядерная оболочка).[21]

Гомология

Ортологи TMEM33 и их расхождения с TMEM33 человека, полученные от NCBI

Известно, что ортолог TMEM33 присутствует у более чем 150 организмов и неизвестен. паралоги существовать.[1]

TMEM33 сохраняется у всех животных, сходство с TMEM33 человека составляет> 80% для всех позвоночных и> 60% для всех беспозвоночных.[22]TMEM33 имеет очень далекие ортологи с UPF0121 в грибах, дрожжах и растениях.[22]

Белковые взаимодействия

Используя человеческие белки, аффинная хроматография прогон на TMEM33 показал, что белок связывается с сетка 4C, 1A, 2B, 3C и Arl6IP1 in vitro.[20]TMEM33 взаимодействует с убиквитин С, убиквитинспецифическая пептидаза 19 (USP19), 40S рибосомный белок S14 (RPS14), репликационный белок А (RPA1, RPA2, RPA3), АТФаза переходного эндоплазматического ретикулума (VCP) и фактор инициации РНК-полимеразы III (BRF2) с использованием экспериментов по захвату аффинности с этими белками в качестве приманки.[23]Коиммунопреципитация найден эксперимент двухпористый канал (TPC), ионный канал и TMEM33 связываются.[24]

Функция

TMEM33 локализуется на мембране эндоплазматического ретикулума (ER) и ядерной оболочке и, следовательно, должен функционировать в этих областях.[20]TMEM33 экзогенно подавляет функцию ретикулона 4C, который является белком, который индуцирует образование трубчатой ​​структуры ER.[20]Следовательно, TMEM33, как полагают, регулирует структуру канальцев ER посредством модуляции активности ретикулонов. Tts1, ортолог TMEM33 у S. pombe, как было обнаружено, также участвует в определении кривизны ER.[21]В ядре нокаут-исследования показывают, что Tts1 играет роль в управлении телами полюсов веретена и ядерными ядерными комплексами в ядерной оболочке во время митоза.[21]

Рекомендации

  1. ^ а б «Ген: трансмембранный белок 33». Получено 2014-02-25.
  2. ^ «ТМЭМ33». GeneCards База данных генов человека.
  3. ^ а б "Биоинформатика генома USCS". Получено 2015-04-05.
  4. ^ «Профиль NCBI GEO». Получено 2015-04-05.
  5. ^ "NCBI UniGene EST профиль TMEM33". Получено 2015-04-15.
  6. ^ а б c d «Геноматикс: Эльдорадо». Получено 2015-04-15.
  7. ^ а б c "NCBI Aceview: TMEM33". Получено 2015-04-05.
  8. ^ «Нуклеотид NCBI: мРНК трансмембранного белка 33 (TMEM33) человека». Получено 2015-02-15.
  9. ^ «ExPASy: SUSIO». Получено 2015-04-05.
  10. ^ "NCBI Aceview TMEM33". Получено 2015-04-05.
  11. ^ а б c «Белок NCBI: трансмембранный белок 33 человека». Получено 2015-02-05.
  12. ^ а б c «Сервер PSORTII». Получено 2015-04-22.
  13. ^ «Генные карты: TMEM33». Получено 2015-03-09.
  14. ^ «Сан-Диего Суперкомпьютер: определение изоэлектрической точки». Получено 2015-04-19.[постоянная мертвая ссылка]
  15. ^ "Сан-Диего Суперкомпьютер: SAPS". Получено 2015-04-19.[постоянная мертвая ссылка]
  16. ^ «NetPhos 2.0». Получено 2015-04-12.
  17. ^ «NetPhosK 1.0». Получено 2015-04-12.
  18. ^ "NetOGlyc 4.0". Получено 2015-04-12.
  19. ^ "Сан-Диего Суперкомпьютер: PELE". Получено 2015-04-19.[постоянная мертвая ссылка]
  20. ^ а б c d «Идентификация и характеристика TMEM33 как ретикулон-связывающего белка» (PDF). Получено 2015-02-22.
  21. ^ а б c Чжан, Дан; Олиференко, Снежана (2014). «Tts1, гомолог делящихся дрожжей семейства TMEM33, участвует в ремоделировании NE во время митоза». Молекулярная биология клетки. 25 (19): 2970–2983. Дои:10.1091 / mbc.e13-12-0729. ЧВК 4230586. PMID 25103238.
  22. ^ а б "NCBI: BLAST". Получено 2015-03-22.
  23. ^ «Взаимодействие белков биосетки с TMEM33». Получено 2015-04-17.
  24. ^ «Двухпоровый канал (TPC) взаимодействует с изоформой, раскрывающей специфические роли TPC в эндолизосомной морфологии и пигментации клеток». Получено 2015-02-22.

дальнейшее чтение