WikiDer > TimeLogic

TimeLogic
TimeLogic
Частная компания
ПромышленностьБиоинформатика Железо и софт
Основан1981
Штаб-квартираКарлсбад, Калифорния, США
Обслуживаемая площадь
Мировой
ТоварыDeCypher, Tera-BLAST, DeCypherSW, DeCypherHMM, GeneDetective, PipeWorks
РодительActive Motif, Inc.
Интернет сайтTimeLogic

TimeLogic это биоинформатика подразделение Active Motif, Inc. Головной офис компании находится в г. Карловы Вары, Калифорния. TimeLogic развивается FPGA-ускоренные инструменты для биологических сравнение последовательностей в области высокопроизводительной биоинформатики и биокомпьютеров.

История

Компания TimeLogic была основана в 1981 году Джеймсом У. (Джим) Линделеном и разработала один из первых коммерческих с аппаратным ускорением инструменты для биоинформатики, ускоренная версия FPGA Смит-Уотерман алгоритм. Системы DeCypher компании TimeLogic расширились, чтобы обеспечить ускоренную реализацию повсеместных алгоритмов биоинформатики. ВЗРЫВ, Смит-Уотерман, и HMMER с помощью программируемая вентильная матрица (FPGA) технология.

В 2003 году TimeLogic была приобретена Активный мотив,[1] компания по производству биотехнологических реагентов, основанная Invitrogen соучредитель Джозеф Фернандес.

В 2008 году TimeLogic заключила партнерство с Биоматтеры интегрировать Geneious Pro с ускоренными алгоритмами в системах DeCypher.[2]

В 2011 году TimeLogic заключила партнерство с Билефельдский университетЦентр биотехнологии (CeBiTec) совместно разрабатывает инструменты ускоренных вычислений.[3]

Избранные научные статьи

Алгоритмы ускоренной биоинформатики сыграли важную роль в обеспечении высокой пропускной способности. геномика, и системы DeCypher были широко опубликованы как позволяющие технологии для открытия генома в более чем 180 рецензируемых научных статей, включая выбранные ниже этапы:

В 1997 году аннотация первой полной последовательности Кишечная палочка Для определения функции новых транслируемых последовательностей в геноме K12 использовали DeCypher Smith-Waterman.[4]

В 2002 году геном риса, первого полностью секвенированного урожая,[5] был аннотирован с помощью DeCypher FrameSearch "для обнаружения и корректировки кадровые сдвиги вызванный инделы."[6]

В 2004 году высокопроизводительный геномный подход к изучению горизонтальный перенос генов у нематод, паразитирующих на растениях[7] был проведен с использованием DeCypher Tera-BLAST, реализации Timelogic ВЗРЫВ алгоритм.

В 2007, ХМ профилирование метагеномика последовательности, генерируемые Колдун II Глобальная экспедиция по отбору проб океана (GOS) были выполнены с использованием DeCypherHMM для обнаружения 1700 новых белковые семейства и соответствует 6000 последовательностям, ранее классифицированным в научной литературе как ORFans.[8] Доктор Крейг Вентер отметил TimeLogic в своей биографии, отметив, что система DeCypher показала «на порядок или два больше, чем было достигнуто ранее. Окончательные вычисления заняли две недели, но на стандартном компьютере они могли бы длиться более века».[9]

Также в 2007 году физическая карта патогена сои Фузариум виргулиформный был разработан с использованием экзонный фрагменты, идентифицированные с помощью DeCypher GeneDetective.[10]

В 2011 году с помощью DeCypher Tera-BLAST "была проведена глобальная оценка геномной изменчивости крупного рогатого скота для точного определения хромосомных положений SNP места."[11]

Товары

  • Сервер DeCypher - это высокопроизводительный сервер с ускорителем на базе FPGA DeCypher Similarity Search Engine, который можно на лету перепрограммировать для запуска всех алгоритмов ускоренного поиска TimeLogic.
  • Тера-ВЗРЫВ ускоренный ВЗРЫВ реализация алгоритма, который включает Tera-BLASTN, Tera-BLASTP, Tera-BLASTX, Tera-TBLASTN и Tera-TBLASTX. Tera-BLAST также включает Tera-Probe, запатентованный алгоритм для разработки зонда.
  • Де Сайфер Смит-Уотерман ускоренный Смит-Уотерман реализация алгоритма, который также включает FrameSearch.
  • DeCypherHMM ускоренный HMMER реализация алгоритма, который также включает HFST, поиск HMM, допускающий сдвиг кадра.
  • GeneDetective это ускоренная реализация, похожая на Юэн БирниGeneWise[12] за открытие генов, интронов, экзонов и сайтов сплайсинга в геномах эукариот.
  • PipeWorks представляет собой графический интерфейс с перетаскиванием для проектирования конвейеров ускоренной биоинформатики.

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Штатный корреспондент GenomeWeb (26 августа 2003 г.). «Активный мотив фирмы-реагента приобретает TimeLogic». GenomeWeb. Получено 20 сентября 2011.
  2. ^ «Новейшая технология TimeLogic FPGA будет объединена с Geneious Server». 18 января 2011 г.. Получено 20 ноября 2011.
  3. ^ «Active Motif и CeBiTec создают партнерство для совместной разработки вычислительных инструментов для платформы аппаратной ускоренной биоинформатики TimeLogic Corporation на базе FPGA». 14 ноября 2011 г. Архивировано с оригинал 14 февраля 2012 г.. Получено 1 декабря 2011.
  4. ^ Blattner, F. R .; Plunkett g, G .; Bloch, C.A .; Perna, N.T .; Burland, V .; Райли, М .; Collado-Vides, J .; Glasner, J.D .; Rode, C.K .; Mayhew, G.F .; Грегор, Дж .; Дэвис, Н. У .; Киркпатрик, Х. А .; Goeden, M. A .; Роуз, Д. Дж .; Mau, B .; Шао, Ю. (1997). «Полная последовательность генома Escherichia coli K-12». Наука. 277 (5331): 1453–1462. Дои:10.1126 / science.277.5331.1453. PMID 9278503.
  5. ^ Гиллис, Джастинг (11 августа 2005 г.). «Геном риса полностью отображен». washtonpost.com.
  6. ^ Goff, S. A .; Ricke, D .; Lan, T. H .; Presting, G .; Wang, R .; Dunn, M .; Glazebrook, J .; Сессии, А .; Oeller, P .; Varma, H .; Hadley, D .; Hutchison, D .; Martin, C .; Катагири, Ф .; Lange, B.M .; Moughamer, T .; Xia, Y .; Budworth, P .; Чжун, Дж .; Miguel, T .; Paszkowski, U .; Zhang, S .; Colbert, M .; Sun, W. L .; Chen, L .; Купер, Б .; Парк, С .; Wood, T. C .; Mao, L .; Перепел, П. (2002). «Проект последовательности генома риса (Oryza sativa L. Ssp. Japonica)». Наука. 296 (5565): 92–100. Дои:10.1126 / science.1068275. PMID 11935018. S2CID 2960202.
  7. ^ Scholl, E.H .; Thorne, J. L .; McCarter, J. P .; Берд, Д. М. (2003). «Горизонтально переносимые гены нематод, паразитирующих на растениях: высокопроизводительный геномный подход». Геномная биология. 4 (6): R39. Дои:10.1186 / gb-2003-4-6-r39. ЧВК 193618. PMID 12801413.
  8. ^ Yooseph, S .; Sutton, G .; Rusch, D. B .; Halpern, A. L .; Уильямсон, С. Дж .; Ремингтон, К .; Eisen, J. A .; Гейдельберг, К. Б .; Manning, G .; Li, W .; Ярошевский, Л .; Cieplak, P .; Miller, C. S .; Li, H .; Mashiyama, S.T .; Joachimiak, M. P .; Van Belle, C .; Chandonia, J.M .; Soergel, D. A .; Zhai, Y .; Натараджан, К .; Lee, S .; Raphael, B.J .; Бафна, В .; Friedman, R .; Brenner, S.E .; Годзик, А .; Eisenberg, D .; Dixon, J.E .; Тейлор, С. С. (2007). «Глобальная экспедиция по отбору проб океана Sorcerer II: расширение вселенной белковых семей». PLOS Биология. 5 (3): e16. Дои:10.1371 / journal.pbio.0050016. ЧВК 1821046. PMID 17355171.
  9. ^ Вентер, Дж. Крейг (18 октября 2007 г.). Расшифрованная жизнь: мой геном: моя жизнь. Нью Йорк, Нью Йорк: Викинг Взрослый. ISBN 978-0-670-06358-1. OCLC 165048736.
  10. ^ Shultz, J. L .; Али, С .; Ballard, L .; Лайтфут, Д. А. (2007). «Разработка физической карты патогена сои Fusarium virguliforme на основе синтении с геномной ДНК Fusarium graminearum». BMC Genomics. 8: 262. Дои:10.1186/1471-2164-8-262. ЧВК 1978504. PMID 17683537.
  11. ^ Жан, Б .; Fadista, J .; Thomsen, B .; Hedegaard, J .; Panitz, F .; Бендиксен, К. (2011). «Глобальная оценка геномной изменчивости крупного рогатого скота с помощью ресеквенирования генома и высокопроизводительного генотипирования». BMC Genomics. 12: 557. Дои:10.1186/1471-2164-12-557. ЧВК 3248099. PMID 22082336.
  12. ^ Бирни, Э.; Зажим, М .; Дурбин, Р. (2004). "GeneWise и Genomewise". Геномные исследования. 14 (5): 988–995. Дои:10.1101 / гр.1865504. ЧВК 479130. PMID 15123596.