WikiDer > Цзихэн Ян
Цзихэн Ян | |
---|---|
Родившийся | 1 ноября 1964 г. Ганьсу, Китай | (возраст56)
Гражданство | объединенное Королевство |
Альма-матер | Пекинский сельскохозяйственный университет |
Известен | Модели эволюции последовательности ДНК и методы статистического вывода в молекулярной эволюции и филогенетике |
Награды | Медаль Фринка (2010) Премия Королевского общества за заслуги перед исследованием Вольфсона (2009) Премия президентов SSB за пожизненные достижения (2008) |
Научная карьера | |
Поля | молекулярная эволюция молекулярная филогенетика популяционная генетика вычислительная биология вычислительная статистика Цепь Маркова Монте-Карло |
Учреждения | Университетский колледж Лондона Пекинский сельскохозяйственный университет |
Интернет сайт | счеты |
Цзихэн Ян ФРС (Китайский: 杨子恒; родился 1 ноября 1964 г.) китаец биолог. Он держит R.A. Кафедра статистической генетики им. Фишера[1] в Университетский колледж Лондона,[2] и является директором R.A. Центр вычислительной биологии им. Фишера при UCL. Он был избран Член Королевского общества в 2006 году.[2]
Академическая карьера
Ян закончил Ганьсуский сельскохозяйственный университет со степенью бакалавра в 1984 г. и Пекинский сельскохозяйственный университет Имеет степень магистра в 1987 г. и доктора наук в 1992 г.[3]
После получения докторской степени он работал научным сотрудником на кафедре зоологии Кембриджского университета (1992-3), Музея естественной истории (Лондон) (1993-4), Государственного университета Пенсильвании (1994-5) и Калифорнийского университета. в Беркли (1995-7), прежде чем занять должность преподавателя на факультете биологии Лондонского университетского колледжа. Он был лектором (1997 г.), читателем (2000 г.), а затем профессором (2001 г.) на той же кафедре. Он был назначен в Р.А. Фишер кафедры статистической генетики в UCL в 2010 году.
Ян провел несколько встреч. Он был приглашенным доцентом Института статистической математики (Токио, 1997-8), приглашенным профессором Токийского университета (2007-8), Института зоологии в Пекине (2010-1), Пекинского университета (2010), Национального института генетики. , Мисима, Япония (2011 г.), и Швейцарский технологический институт (ETH), Цюрих (2011 г.). В 2008-2011 гг. Он был профессором кафедры Чанцзян в Университет Сунь Ятсена, с наградой от Министерство образования Китая. С 2016 по 2019 год он был приглашенным профессором в Национальном институте генетики Японии. Совсем недавно он был удостоен стипендии Рэдклиффа в Институте перспективных исследований Рэдклиффа Гарвардского университета, 2017-8.[4]
Работа в области молекулярной эволюции и филогенетики
Янг разработал ряд статистических моделей и методов в 1990-х годах, которые были реализованы в программах максимального правдоподобия и байесовских программах для филогенетического анализа данных ДНК и последовательностей белков. Два десятилетия назад Фельзенштейн описал алгоритм отсечения для вычисления вероятности филогении.[5][6] Однако предполагаемая модель смены символов была простой и, например, не учитывала переменную скорость среди сайтов в последовательности. Проиллюстрировав способность статистических моделей учитывать основные особенности эволюционного процесса и решать важные эволюционные вопросы с использованием данных молекулярных последовательностей, разработанные Яном модели и методы оказали большое влияние на кладистско-статистические противоречия в то время и сыграли важную роль. в трансформации молекулярной филогенетики.
Янг разработал модель максимального правдоподобия гамма-распределенной вариации скорости эволюции между участками в последовательности в 1993-4 годах.[7][8] Разработанные им модели для комбинированного анализа разнородных данных. [9][10] позже известны как модели перегородок и модели смеси.
Вместе с Ник ГольдманЯнг разработал кодонную модель нуклеотидного замещения в 1994 году.[11] Это легло в основу филогенетического анализа генов, кодирующих белок, для выявления молекулярной адаптации или дарвиновской эволюции на молекулярном уровне. За этим последовал поток статей, направленных на расширение исходной модели с учетом переменных давлений отбора (измеряемых соотношением dN / dS) между эволюционными линиями или между сайтами в последовательности белка. В отраслевые модели позволяют различным ветвям иметь разные отношения dN / dS между ветвями дерева и могут использоваться для проверки положительного отбора, влияющего на конкретные линии.[12] В модели сайтов допускают различное селективное давление на разные аминокислоты в белке и могут использоваться для проверки положительного отбора, затрагивающего только несколько аминокислотных участков.[13][14][15] И модели филиалов попытка обнаружить положительный отбор, затрагивающий только несколько аминокислотных участков по пре-специфическим линиям.[16][15] В недавно вышедшей книге дается обзор последних событий в этой области.[17]
Янг разработал статистический (эмпирический байесовский) метод восстановления наследственных последовательностей в 1995 году.[18] По сравнению с экономичным методом реконструкции наследственной последовательности (то есть алгоритмом Фитча-Хартигана),[19][20] это дает преимущества использования информации о длине ветвей и обеспечения вероятностной оценки неопределенностей реконструкции.
Вместе с Брюсом Раннала Ян ввел байесовскую статистику в молекулярную филогенетику в 1996 году.[21][22] Байесовский метод в настоящее время является одной из самых популярных статистических методологий, используемых при моделировании и выводе в молекулярной филогенетике. Последние захватывающие достижения в байесовской филогенетике обобщены в отредактированной книге.[23] и в главе 8 книги Янга.[24]
Ян и Раннала также разработали модель слияния нескольких видов,[25] который стал естественной основой для сравнительного анализа данных геномных последовательностей множества видов, включая процесс слияния как у современных видов, так и у вымерших предков. Модель использовалась для оценки дерева видов, несмотря на неоднородность дерева генов среди областей генома,[26][27][28] и для определения границ / идентификации видов.[29] Янг отстаивает байесовский метод вывода с полным правдоподобием, используя цепь Маркова Монте-Карло для усреднения по генеалогическим деревьям (генеалогиям), учитывая филогенетические неопределенности.[28]
Ян поддерживает программный пакет PAML (для филогенетического анализа по максимальному правдоподобию)[30] и программа Байесовской цепи Маркова Монте-Карло BPP (для байесовской филогенетики и филогеографии).[31]
Работа на принципах статистического вывода и вычислительной статистики
Ян изучил парадокс звездного дерева, заключающийся в том, что выбор байесовской модели дает ложно высокие апостериорные вероятности для двоичных деревьев, если данные моделируются под звездным деревом.[32][33] Более простой случай, демонстрирующий подобное поведение, - это парадокс честной монеты.[33] Работа предполагает, что выбор байесовской модели может привести к неприятному поляризованному поведению, которое поддерживает одну модель в полную силу и отвергает другие, когда все конкурирующие модели определены неверно и одинаково неверны.[34]
Янг много работал над алгоритмами Монте-Карло цепей Маркова, выведя множество алгоритмов Метрополиса-Гастингса в байесовской филогенетике.[35] Исследование, посвященное эффективности простых предложений MCMC, показало, что хорошо изученное гауссовское движение случайного блуждания менее эффективно, чем простое равномерное движение случайного блуждания, которое, в свою очередь, менее эффективно, чем бактрианские движения, бимодальные движения, которые подавляют значения очень близкие к текущему состоянию.[36]
Профессиональная деятельность
Ян преподавал на семинаре по молекулярной эволюции в Вудс-Холе.
Он был соорганизатором дискуссионной встречи Королевского общества на тему «Статистические и вычислительные проблемы в молекулярной филогенетике и эволюции» 28–29 апреля 2008 г.[37] и Дискуссионное собрание Королевского общества на тему «Выявление расхождения видов с помощью камней и часов» 9–10 ноября 2015 года.[38]
С 2009 года он был соорганизатором ежегодного семинара по вычислительной молекулярной эволюции (CoME), который проводился в Сангер / Хинкстон в нечетные годы и в Хираклионе на Крите в четные годы.[1]
Он также организовал и преподавал на ряде семинаров в Пекине, Китай.
Награды и награды
2010, медаль Фринка для британских зоологов, Лондонское зоологическое общество[39]
2009, награда Королевского общества за заслуги перед исследованием Вольфсона
2008, Президентская награда за заслуги перед обществом систематической биологии [40]
2006, член Королевского общества Лондонского королевского общества [2]
1995 год, премия молодых исследователей, Американское общество естествоиспытателей. [3]
Книги
- Вычислительная молекулярная эволюция. Издательство Оксфордского университета. 2006 г. ISBN 978-0-19-856702-8.
- Молекулярная эволюция: статистический подход. Издательство Оксфордского университета. 2014 г. ISBN 978-0-19-960261-2.
Рекомендации
- ^ «Генетика, эволюция и окружающая среда». Ucl.ac.uk. Получено 2017-06-23.
- ^ а б «ЯН, профессор Цзихэн», Who's Who 2011, A&C Black, 2011; онлайн-издание, Oxford University Press, декабрь 2010 г .; online edn, октябрь 2010 г. по состоянию на 11 мая 2011 г.(требуется подписка)
- ^ "Ирис Просмотр профиля". Iris.ucl.ac.uk. Получено 2017-06-23.
- ^ "Ziheng Yang | Институт Рэдклиффа перспективных исследований при Гарвардском университете". www.radcliffe.harvard.edu. Получено 2017-12-01.
- ^ Фельзенштейн, Джо (1973). «Методы максимального правдоподобия и минимальных шагов для оценки эволюционных деревьев по данным о дискретных признаках». Syst. Zool. 22 (3): 240–249. Дои:10.2307/2412304. JSTOR 2412304.
- ^ Фельзенштейн, Джо (1981). «Эволюционные деревья из последовательностей ДНК: подход максимального правдоподобия». J. Mol. Evol. 17 (6): 368–376. Bibcode:1981JMolE..17..368F. Дои:10.1007 / bf01734359. PMID 7288891. S2CID 8024924.
- ^ Ян, Цзихэн (1993). «Оценка максимального правдоподобия филогении по последовательностям ДНК, когда скорости замены различаются по сайтам». Мол. Биол. Evol. 10 (6): 1396–1401. Дои:10.1093 / oxfordjournals.molbev.a040082. PMID 8277861.
- ^ Ян, З (1994). «Филогенетическая оценка максимального правдоподобия из последовательностей ДНК с переменной скоростью по сайтам: приблизительные методы». Дж Мол Эвол. 39 (3): 306–314. Bibcode:1994JMolE..39..306Y. CiteSeerX 10.1.1.305.951. Дои:10.1007 / bf00160154. PMID 7932792. S2CID 17911050.
- ^ Ян З., Лаудер И. Дж., Лин Х. Дж. (1995). «Молекулярная эволюция генома вируса гепатита В». J. Mol. Evol. 41 (5): 587–596. Bibcode:1995JMolE..41..587Y. Дои:10.1007 / bf00175817. PMID 7490773. S2CID 9176917.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
- ^ Ян З. (1996). «Модели максимального правдоподобия для комбинированного анализа данных нескольких последовательностей». J. Mol. Evol. 42 (5): 587–596. Bibcode:1996JMolE..42..587Y. CiteSeerX 10.1.1.19.6773. Дои:10.1007 / bf02352289. PMID 8662011. S2CID 12660243.
- ^ Голдман Н., Ян З. (1994). «Основанная на кодонах модель нуклеотидного замещения для последовательностей ДНК, кодирующих белок». Мол Биол Эвол. 11 (5): 725–736. Дои:10.1093 / oxfordjournals.molbev.a040153. PMID 7968486.
- ^ Ян, Цзихэн (1998). «Тесты отношения правдоподобия для выявления положительного отбора и применения для эволюции лизоцима приматов». Мол. Биол. Evol. 15 (5): 568–573. Дои:10.1093 / oxfordjournals.molbev.a025957. PMID 9580986.
- ^ Нильсен, Р., Янг, З. (1998). «Модели правдоподобия для обнаружения положительно выбранных аминокислотных сайтов и приложений к гену оболочки ВИЧ-1». Генетика. 148 (3): 929–936. ЧВК 1460041. PMID 9539414.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
- ^ Янг З., Нильсен Р., Гольдман Н., Педерсен А.-М.К. (2000). «Модели замещения кодонов для давления гетерогенного отбора на аминокислотных сайтах». Генетика. 155 (1): 431–449. ЧВК 1461088. PMID 10790415.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
- ^ а б Ян, Цзихэн; Вонг, Венди С. У .; Нильсен, Расмус (1 апреля 2005 г.). «Байесовский эмпирический байесовский вывод аминокислотных сайтов при положительном отборе». Молекулярная биология и эволюция. 22 (4): 1107–1118. Дои:10.1093 / molbev / msi097. ISSN 0737-4038. PMID 15689528.
- ^ Ян З., Нильсен Р. (2002). «Модели замещения кодонов для обнаружения молекулярной адаптации на отдельных участках вдоль определенных линий». Мол. Биол. Evol. 19 (6): 908–917. Дои:10.1093 / oxfordjournals.molbev.a004148. PMID 12032247.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
- ^ Эволюция кодонов: механизмы и модели. Каннароцци, Джина М., Шнайдер, Адриан. Оксфорд: Издательство Оксфордского университета. 2012 г. ISBN 9780199601165. OCLC 784949340.CS1 maint: другие (связь)
- ^ Ян З., Кумар С., Ней М. (1995). «Новый метод определения наследственных нуклеотидных и аминокислотных последовательностей». Генетика. 141 (4): 1641–1650. ЧВК 1206894. PMID 8601501.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
- ^ Фитч, Уолтер М. (1971). «К определению хода эволюции: минимальные изменения для конкретной топологии дерева». Syst. Zool. 20 (4): 406–416. Дои:10.2307/2412116. JSTOR 2412116.
- ^ Хартиган, Дж. (1973). «Минимальная эволюция соответствует данному дереву». Биометрия. 29 (1): 53–65. Дои:10.2307/2529676. JSTOR 2529676.
- ^ Раннала Б., Ян З. (1996). «Распределение вероятностей молекулярных эволюционных деревьев: новый метод филогенетического вывода». J. Mol. Evol. 43 (3): 304–311. Bibcode:1996JMolE..43..304R. Дои:10.1007 / bf02338839. PMID 8703097. S2CID 8269826.
- ^ Ян З., Раннала Б. (1997). "Байесовский филогенетический вывод с использованием последовательностей ДНК: метод Монте-Карло цепи Маркова". Мол. Биол. Evol. 14 (7): 717–724. Дои:10.1093 / oxfordjournals.molbev.a025811. PMID 9214744.
- ^ Чен, Мин-Хуэй; Куо, Линн; Льюис, Пол О. (27 мая 2014 г.). Байесовская филогенетика: методы, алгоритмы и приложения. Чен, Мин-Хуэй, 1961-, Куо, Линн, 1949-, Льюис, Пол О., 1961-. Бока-Ратон. ISBN 9781466500792. OCLC 881387408.
- ^ Цзихэн, Ян (2014). Молекулярная эволюция: статистический подход (Первое изд.). Оксфорд. ISBN 9780199602605. OCLC 869346345.
- ^ Раннала Б., Ян З. (2003). «Байесовская оценка времени расхождения видов и размеров предковой популяции с использованием последовательностей ДНК из нескольких локусов». Генетика. 164 (4): 1645–1656. ЧВК 1462670. PMID 12930768.
- ^ Ян, Цзихэн; Раннала, Брюс (01.12.2014). «Определение границ неуправляемых видов с использованием данных последовательностей ДНК из нескольких локусов». Молекулярная биология и эволюция. 31 (12): 3125–3135. Дои:10.1093 / molbev / msu279. ISSN 0737-4038. ЧВК 4245825. PMID 25274273.
- ^ Раннала, Брюс; Ян Цзихэн (2017-09-01). «Эффективный байесовский вывод дерева видов при слиянии множества видов». Систематическая биология. 66 (5): 823–842. arXiv:1512.03843. Дои:10.1093 / sysbio / syw119. ISSN 1063-5157. PMID 28053140. S2CID 3554064.
- ^ а б Сюй, Бо; Ян Цзихэн (2016-12-01). «Проблемы оценки деревьев видов в рамках модели слияния нескольких видов». Генетика. 204 (4): 1353–1368. Дои:10.1534 / генетика.116.190173. ISSN 0016-6731. ЧВК 5161269. PMID 27927902.
- ^ Ян, Цзихэн; Раннала, Брюс (18 мая 2010 г.). «Байесовское определение границ с использованием данных мультилокусных последовательностей». Труды Национальной академии наук. 107 (20): 9264–9269. Bibcode:2010PNAS..107.9264Y. Дои:10.1073 / pnas.0913022107. ISSN 0027-8424. ЧВК 2889046. PMID 20439743.
- ^ Ян, Цзихэн (2007). «PAML 4: Филогенетический анализ по максимальной вероятности». Мол. Биол. Evol. 24 (8): 1586–1591. Дои:10.1093 / молбев / msm088. PMID 17483113.
- ^ Ян Цзихэн (2015-10-01). «Программа BPP для оценки древесных пород и определения границ пород». Современная зоология. 61 (5): 854–865. Дои:10.1093 / czoolo / 61.5.854. ISSN 1674-5507.
- ^ Ян, Цзихэн; Раннала, Брюс; Льюис, Пол (2005-06-01). "Априорное влияние на байесовскую апостериорную вероятность филогении". Систематическая биология. 54 (3): 455–470. Дои:10.1080/10635150590945313. ISSN 1063-5157. PMID 16012111.
- ^ а б Ян Цзихэн (2007-08-01). «Парадокс справедливого баланса, парадокс звездного дерева и байесовская филогенетика». Молекулярная биология и эволюция. 24 (8): 1639–1655. Дои:10.1093 / молбев / msm081. ISSN 0737-4038. PMID 17488737.
- ^ Ян, Цзихэн; Чжу, Тяньци (5 февраля 2018 г.). «Байесовский выбор неправильно определенных моделей чрезмерно уверен и может вызвать ложные апостериорные вероятности для филогенетических деревьев». Труды Национальной академии наук. 115 (8): 1854–1859. Дои:10.1073 / pnas.1712673115. ЧВК 5828583. PMID 29432193.
- ^ Цзихэн, Ян (2014). Молекулярная эволюция: статистический подход (Первое изд.). Оксфорд. ISBN 9780199602612. OCLC 869346345.
- ^ Ян, Цзихэн; Родригес, Карлос Э. (26 ноября 2013 г.). «В поисках эффективных ядер предложений Монте-Карло цепи Маркова». Труды Национальной академии наук. 110 (48): 19307–19312. Bibcode:2013ПНАС..11019307Г. Дои:10.1073 / pnas.1311790110. ISSN 0027-8424. ЧВК 3845170. PMID 24218600.
- ^ «Статистические и вычислительные задачи молекулярной филогенетики и эволюции». Королевское общество.
- ^ «Датирование расхождений видов с помощью камней и часов». Королевское общество.
- ^ «Обладатели медали ZSL Frink для британских зоологов» (PDF). Static.zsl.org. Получено 2017-06-23.
- ^ "Общество систематических биологов (SSB)". Общество систематических биологов.
внешняя ссылка
- Страница профессора Цзихэн Яна в UCL
- Вычислительная молекулярная эволюция, Oxford University Press
- Молекулярная эволюция: статистический подход, Oxford University Press
- «Калибровка молекулярных часов для определения расхождения видов», Конференция Darwin China 200