WikiDer > БПТФ

БПТФ
Доступные конструкции
PDB	Поиск Human UniProt: PDBe RCSB
Список идентификационных кодов PDB
	2F6J, 2F6N, 2FSA, 2FUI, 2FUU, 2RI7, 3QZS, 3QZT, 3QZV, 3UV2
Идентификаторы
Псевдонимы	БПТФ, FAC1, FALZ, NURF301, фактор транскрипции пальца бромодомена PHD, NEDDFL
Внешние идентификаторы	OMIM: 601819 MGI: 2444008 ГомолоГен: 114397 Генные карты: БПТФ
Расположение гена (человек)
Chr.	Хромосома 17 (человек)
Конец	67,984,378 бп
Расположение гена (Мышь)
Chr.	Хромосома 11 (мышь)
Конец	107,132,127 бп
Экспрессия РНК шаблон
	; ;
	Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология
Молекулярная функция	• последовательное связывание ДНК; • ДНК-зависимая активность АТФазы; • связывание фактора транскрипции; • связывание ионов металлов; • GO: 0001948 связывание с белками; • связывание метилированного гистона;
Сотовый компонент	• цитоплазма; • Тело клетки; • нуклеоплазма; • дендрит; • НУРФ комплекс; • перинуклеарная область цитоплазмы; • проекция нейрона; • внеклеточная экзосома; • ядро клетки; • ядерный хроматин; • Комплекс Set1C / COMPASS;
Биологический процесс	• ремоделирование хроматина; • клеточный ответ на стимул фактора роста нервов; • развитие энтодермы; • регуляция транскрипции, ДНК-шаблон; • эмбриональное развитие плаценты; • отрицательная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II; • транскрипция, ДНК-шаблон; • позитивная регуляция транскрипции, ДНК-шаблон; • развитие мозга; • ответ на ранение; • спецификация переднего / заднего рисунка; • ковалентная модификация хроматина; • организация хроматина; • регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II; • положительная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II;
	Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
	2186
	207165
	ENSG00000171634
	ENSMUSG00000040481
	Q12830
	н / д
	NM_004459; NM_182641
	NM_001080832; NM_176850; NM_001359590
	NP_004450; NP_872579
	н / д
	Викиданные
Просмотр / редактирование человека	Просмотр / редактирование мыши

BPTF

Субъединица фактора ремоделирования нуклеосом BPTF это белок что у людей кодируется БПТФ ген.^[5]^[6]^[7]^[8]

Этот ген был идентифицирован по реактивности кодируемого им белка к моноклональному антителу, полученному против гомогенатов мозга пациентов с болезнью Альцгеймера. Анализ исходного белка (фетальный реактивный клон 1 Alz-50 или FAC1), идентифицированный как белок из 810 аминокислотных остатков, содержащий ДНК-связывающий домен и мотив цинкового пальца, предположил, что он может играть роль в регуляции транскрипции. Высокие уровни FAC1 были обнаружены в мозге плода и у пациентов с нейродегенеративными заболеваниями. Белок, кодируемый этим геном, на самом деле намного больше, чем первоначально предполагалось, и он также содержит С-концевой бромодомен, характерный для белков, которые регулируют транскрипцию во время пролиферации. Кодируемый белок очень похож на самую большую субъединицу комплекса Drosophila NURF (фактор ремоделирования нуклеосом). У Drosophila комплекс NURF, который катализирует скольжение нуклеосом по ДНК и взаимодействует со специфическими для последовательности факторами транскрипции, необходим для ремоделирования хроматина, необходимого для транскрипции. Полностью описаны два альтернативных транскрипта, кодирующие разные изоформы.^[8]

Взаимодействия

BPTF был показан взаимодействовать с участием МАЗ.^[9]

использованная литература

^ ^а ^б ^c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000171634 - Ансамбль, Май 2017
^ ^а ^б ^c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000040481 - Ансамбль, Май 2017
^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
^ Баузер Р. (март 1997 г.). «Присвоение человеческого гена FAC1 хромосоме 17q24 путем флуоресцентной гибридизации in situ». Геномика. 38 (3): 455–7. Дои:10.1006 / geno.1996.0657. PMID 8975731.
^ Джонс М. Х., Хамана Н., Симанэ М. (апрель 2000 г.). «Идентификация и характеристика BPTF, нового фактора транскрипции бромодомена». Геномика. 63 (1): 35–9. Дои:10.1006 / geno.1999.6070. PMID 10662542.
^ Wysocka J, Swigut T, Xiao H, Milne TA, Kwon SY, Landry J, Kauer M, Tackett AJ, Chait BT, Badenhorst P, Wu C, Allis CD (июль 2006 г.). "Палец PHD NURF связывает триметилирование лизина 4 гистона H3 с ремоделированием хроматина". Природа. 442 (7098): 86–90. Bibcode:2006 Натур 442 ... 86 Вт. Дои:10.1038 / природа04815. PMID 16728976. S2CID 4389087.
^ ^а ^б «Ген Entrez: фактор транскрипции пальца PHD бромодомена BPTF».
^ Jordan-Sciutto, K L; Драгич Дж.М. Caltagarone J; Зал D J; Баузер Р. (март 2000 г.). «Фетальный белок клона 1 Alz-50 (FAC1) взаимодействует с Myc-ассоциированным белком цинкового пальца (ZF87 / MAZ) и изменяет его транскрипционную активность». Биохимия. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ. 39 (12): 3206–15. Дои:10.1021 / bi992211q. ISSN 0006-2960. ЧВК 3667205. PMID 10727212.

внешние ссылки

Человек БПТФ расположение генома и БПТФ страница сведений о генах в Браузер генома UCSC.

дальнейшее чтение

Баузер Р., Джамброне А., Дэвис П. (1995). «FAC1, новый ген, идентифицированный с помощью моноклонального антитела Alz50, регулируется в процессе развития в мозге человека». Dev. Неврологи. 17 (1): 20–37. Дои:10.1159/000111270. PMID 7621746.
Боналдо М.Ф., Леннон Г., Соарес МБ (1997). «Нормализация и вычитание: два подхода к облегчению открытия генов». Genome Res. 6 (9): 791–806. Дои:10.1101 / гр.6.9.791. PMID 8889548.
Чжу П., Баузер Р. (1997). «Идентификация и анализ полной последовательности кДНК гена FAC1 человека». Биохим. Биофиз. Acta. 1309 (1–2): 5–8. Дои:10.1016 / s0167-4781 (96) 00127-3. PMID 8950167.
Mu X, Springer JE, Bowser R (1997). «Экспрессия и локализация FAC1 в двигательных нейронах развивающегося, взрослого и спинного мозга бокового амиотрофического склероза». Exp. Neurol. 146 (1): 17–24. Дои:10.1006 / exnr.1997.6508. PMID 9225734. S2CID 25924273.
Джордан-Скиутто К.Л., Драгич Дж. М., Баузер Р. (1999). «ДНК-связывающая активность фетального белка клона 1 Alz-50 (FAC1) усиливается за счет фосфорилирования». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 260 (3): 785–9. Дои:10.1006 / bbrc.1999.0986. PMID 10403843.
Джордан-Скиутто К.Л., Драгич Дж. М., Родс Дж. Л., Баузер Р. (2000). «Клон 1 плода Alz-50, новый белок цинкового пальца, связывает конкретную последовательность ДНК и действует как регулятор транскрипции». J. Biol. Chem. 274 (49): 35262–8. Дои:10.1074 / jbc.274.49.35262. ЧВК 3670955. PMID 10575013.
Jordan-Sciutto KL, Dragich JM, Caltagarone J, et al. (2000). «Фетальный белок клона 1 Alz-50 (FAC1) взаимодействует с Myc-ассоциированным белком цинкового пальца (ZF87 / MAZ) и изменяет его транскрипционную активность». Биохимия. 39 (12): 3206–15. Дои:10.1021 / bi992211q. ЧВК 3667205. PMID 10727212.
Jordan-Sciutto K, Rhodes J, Bowser R (2002). «Измененное внутриклеточное распределение регуляторов транскрипции в ответ на пептид Abeta и во время болезни Альцгеймера». Мех. Старение Дев. 123 (1): 11–20. Дои:10.1016 / S0047-6374 (01) 00334-7. PMID 11640947. S2CID 34907508.
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Bibcode:2002ПНАС ... 9916899М. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК 139241. PMID 12477932.
Родс Дж., Лутка Ф.А., Джордан-Скиутто К.Л., Баузер Р. (2003). «Измененная экспрессия и распределение FAC1 во время NGF-индуцированного разрастания нейритов из клеток PC12». NeuroReport. 14 (3): 449–52. Дои:10.1097 / 01.wnr.0000059782.23521.35 (неактивно 2020-10-05). PMID 12634501.CS1 maint: DOI неактивен по состоянию на октябрь 2020 г. (ссылка на сайт)
Барак О., Лаззаро М.А., Лейн В.С. и др. (2004). «Выделение человеческого NURF: регулятор экспрессии гена Engrailed». EMBO J. 22 (22): 6089–100. Дои:10.1093 / emboj / cdg582. ЧВК 275440. PMID 14609955.
Ота Т., Сузуки Ю., Нисикава Т. и др. (2004). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных кДНК человека». Nat. Genet. 36 (1): 40–5. Дои:10,1038 / ng1285. PMID 14702039. S2CID 21903526.
Босолей С.А., Едриховски М., Шварц Д. и др. (2004). «Широкомасштабная характеристика ядерных фосфопротеинов клеток HeLa». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 101 (33): 12130–5. Bibcode:2004ПНАС..10112130Б. Дои:10.1073 / pnas.0404720101. ЧВК 514446. PMID 15302935.
Страчан Г.Д., Морган К.Л., Отис Л.Л. и др. (2004). «Фетальный клон Alz-50 1 взаимодействует с человеческим ортологом Kelch-подобного Ech-ассоциированного белка». Биохимия. 43 (38): 12113–22. Дои:10.1021 / bi0494166. ЧВК 3670950. PMID 15379550.
Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). "Статус, качество и расширение проекта NIH полноразмерной кДНК: Коллекция генов млекопитающих (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. Дои:10.1101 / гр.2596504. ЧВК 528928. PMID 15489334.
Страчан Г.Д., Остров Л.А., Иордания-Скиутто К.Л. (2005). «Экспрессия фетального белка клона 1 Alz-50 вызывает апоптотическую гибель клеток». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 336 (2): 490–5. Дои:10.1016 / j.bbrc.2005.08.127. PMID 16137655.
Ли Х, Илин С., Ван В. и др. (2006). «Молекулярная основа для сайт-специфического считывания гистона H3K4me3 пальцем BPTF PHD NURF». Природа. 442 (7098): 91–5. Bibcode:2006Натура 442 ... 91л. Дои:10.1038 / природа04802. ЧВК 4690523. PMID 16728978.