Открытая рамка считывания 62 хромосомы 6 (C6orf62), также известный как X-транс-активированный белок 12 (XTP12),[4] [5]
Ген и транскрипт
В ДНК C6orf62 имеет длину 12529 пар оснований и расположен в 6q22.3.[6] хромосома 6 по позиции 22.3 (6q22.3). Зрелый мРНК Последовательность составляет 2498 пар оснований с 5 экзонами и 4 интронными областями, которая транслирует белок длиной 229 аминокислот и две предсказанные изоформы из 160 и 200 аминокислот.[7] [8]
Протеин
Основной транскрипт состоит из 229 аминокислот и кодируется из 5 экзонных областей. Существует два варианта транскрипта, состоящие из 200 и 160 аминокислот. Существует область неизвестной функции (DUF4566) присутствует во всех трех вариантах и охватывает положения 1-226 основного транскрипта.[9] изоэлектрическая точка имеет pH 9,24.[10] [5]
Белковые взаимодействия Выражение
C6orf62 широко экспрессируется в организме человека, однако его содержание белка невелико.[13] желчный пузырь и яичко , но не ожидается, что он будет выражен в гладкая мышца , лимфатический узел , то селезенка , яичники , жировая ткань , и мягких тканей .
Гомология
C6orf62 высоко консервативен среди позвоночных и имеет ортологи, обнаруженные у беспозвоночных.
Ортологи у избранных млекопитающих[14] Род Разновидность Распространенное имя Дата расхождения (MYA) RefSeq Длина AA % Личность % Сходства Понго Abelii Суматранский орангутанг 15.2 NP_001126883.1 232 99 99 Иктидомис Tridecemlineatus Суслик 88 XP_005337081.1 231 99 98 Тупая китайский Treeshrew 85 XP_006162754.1 267 84 98 Раттус Norvegicus Коричневая крыса 88 NP_001017510.1 232 99 98
Ортологи в избранных лучепёрых рыбах[14] Род Разновидность Распространенное имя Дата расхождения (MYA) RefSeq Длина AA % Личность % Сходства Salmo зарплата Лосось 435 XP_014034327.1 233 82 93 Sinocyclocheilus носорог Штанга с золотой подкладкой 435 XP_016388718.1 230 87 94 Гиппокамп приходит Морской конек 435 XP_019729847.1 234 80 91
Ортологи в избранных амфибиях[14] Род Разновидность Распространенное имя Дата расхождения (MYA) RefSeq Длина AA % Личность % Сходства Nanorana Parkeri Высокая гималайская лягушка 353 XP_018411819.1 232 95 97 Ксенопус trpocalis Африканская когтистая лягушка 353 NP_001120278.1 232 93 98
Ортологи в избранных рептилиях[14] Род Разновидность Распространенное имя Дата расхождения (MYA) RefSeq Длина AA % Личность % Сходства Chrysemys пикта белли Нарисованная черепаха 320 XP_005281462.1 233 97 98 Python vbivittatus Бирманский питон 320 XP_007521998.1 233 96 99 Chelonia мыдас Зеленая морская черепаха 320 XP_007060449.1 231 97 98 Аллигатор Sinensis Китайский аллигатор 320 XP_006034488.1 232 98 99
Ортологи в Select Birds[14] Род Разновидность Распространенное имя Дата расхождения (MYA) RefSeq Длина AA % Личность % Сходства Таурако эритролофус Краснохохлый таурако 320 XP_009991398.1 232 97 Тениопигия каплевидный Зебра Финч 320 XP_002194166.1 232 98 Манак желточный Золотой манакин 320 XP_017925511.1 241 98
Ортологи у избранных беспозвоночных [14]
Род Разновидность Распространенное имя Дата расхождения (MYA) RefSeq Длина AA % Личность % Сходства Ciona кишечник Морской сквирт 677 XP_002119736.1 233 38 62 Крассострея гига Тихоокеанская устрица 758 XP_011438527.1 231 62 80 Hellobdella робуста Глоссифониевые пиявки 758 XP_009016977.1 264 35 51 Осьминог бимакулоиды Двупятнистый осьминог 758 XP_014780369.1 197 60 79 Саккоглосс Ковалевский Желудь червь 627 XP_002741666.1 230 66 83
Рекомендации
^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000112308 - Ансамбль , Май 2017^ "Справочник человека по PubMed:" . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .^ "Ссылка на Mouse PubMed:" . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .^ База данных, генокарты Human Gene. «Ген C6orf62 - GeneCards | Белок CF062 | Антитело CF062» . www.genecards.org . Получено 2017-02-21 . ^ а б «Тканевая экспрессия C6orf62 - Резюме - Атлас белков человека» . www.proteinatlas.org . Получено 2017-05-08 .^ Кент, WJ; Sugnet, CW; Фьюри, ТС; Роскин, КМ; Pringle, TH; Захлер, AM; Хаусслер, Д. (2002). "Браузер генома UCSC" . Браузер генома UCSC . Получено 2017-02-20 . ^ «ПРОГНОЗИРОВАННЫЙ: неохарактеризованная изоформа X1 белка C6orf62 [Homo sapiens] - белок - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2017-05-08 .^ «ПРОГНОЗИРОВАННЫЙ: неохарактеризованный белок C6orf62 изоформа X2 [Homo sapiens] - белок - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2017-05-08 .^ «Открытая рамка считывания 62 хромосомы 6 C6orf62 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2017-05-08 .^ Фолькер, Брендель (2006). "SAPS - SDSC Bio Workbench" . SDSC Biology Workbench . Получено 2017-05-01 . [постоянная мертвая ссылка ^ а б Лаборатория, Майк Тайерс. "C6orf62 (RP1-30M3.4) Сводка результатов | BioGRID" . thebiogrid.org . Получено 2017-05-08 . ^ "1 бинарное взаимодействие найдено для поискового запроса C6orf62" . База данных по молекулярным взаимодействиям IntAct . EMBL-EBI. Получено 2018-08-25 .^ «Изобилие белка C6orf62 в PaxDb» . pax-db.org . Получено 2017-05-08 .^ а б c d е ж «NCBI - Базовый инструмент поиска местного выравнивания» . NCBI .
