WikiDer > CLIP4

CLIP4
Белок CLIP4 предсказал третичную структуру. Взято из PhyreRisk.[1]
CLIP4
Доступные конструкции
PDBПоиск ортолога: PDBe RCSB
Идентификаторы
ПсевдонимыCLIP4, RSNL2, член семейства линкерных белков, содержащий домен CAP-Gly 4
Внешние идентификаторыMGI: 1919100 ГомолоГен: 11662 Генные карты: CLIP4
Расположение гена (человек)
Хромосома 2 (человек)
Chr.Хромосома 2 (человек)[2]
Хромосома 2 (человек)
Геномное расположение CLIP4
Геномное расположение CLIP4
Группа2п23.2Начинать29,097,705 бп[2]
Конец29,189,643 бп[2]
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

79745

78785

Ансамбль

ENSG00000115295

ENSMUSG00000024059

UniProt

Q8N3C7

Q8CI96

RefSeq (мРНК)

NM_001287527
NM_001287528
NM_024692

NM_001271483
NM_001271484
NM_030179
NM_175378

RefSeq (белок)

NP_001274456
NP_001274457
NP_078968

NP_001258412
NP_001258413
NP_084455
NP_780587

Расположение (UCSC)Chr 2: 29.1 - 29.19 МбChr 17: 71,77 - 71,86 Мб
PubMed поиск[4][5]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

CAP-Gly домен, содержащий член семейства линкерных белков 4 представляет собой белок, который у человека кодируется геном CLIP4.[6] Что касается консервативных доменов, ген CLIP4 содержит в основном анкириновые повторы и одноименные домены CAP-Gly.[6] Структура белка CLIP4 в основном состоит из клубков, причем альфа-спирали доминируют над остальной частью белка.[7] Экспрессия мРНК CLIP4 происходит в основном в коре надпочечников и атриовентрикулярном узле.[8] Литература, охватывающая консервативные домены и паралоги CLIP4, указывает на регуляцию микротрубочек как возможную функцию CLIP4.

Ген

Ген CLIP4 человека, также известный как Restin-Like Protein 2 (RSNL2),[9] расположен на плюсовой нити короткого (p) плеча хромосомы 2 в области 2, полоса 3[9] от пары оснований 29 096 676 к паре оснований 29 189 643. CLIP4 имеет длину 92 968 пар оснований и состоит из 23 экзонов.[9]

Стенограмма

Варианты стенограммы

Стенограммаразмер мРНК (нуклеотиды)
Вариант транскрипции CLIP4 1[10]4299
Вариант транскрипции CLIP4 2[11]4295
Вариант транскрипции CLIP4 3[12]2353

Протеин

Белок CLIP4 человека имеет длину 705 аминокислот и состоит из двух основных типов консервативных доменов: двух доменов CAP-Gly и множества анкириновых повторов.[9] Вторичная структура CLIP4 состоит в основном из случайных клубков, причем альфа-спирали являются второй по распространенности структурой, а бета-листы - третьей по распространенности структурой.[7]

Изоэлектронная точка необработанного белка CLIP4 слегка основная (8,62 мкл), что означает небольшой избыток основных аминокислот по сравнению с кислыми аминокислотами.[13] Молекулярная масса составляет около 65 кДа.[13] Самой распространенной аминокислотой в CLIP4 является серин, который составляет 10,7% белка.[14] Выровненные совпадающие блоки разделенных, тандемных и периодических повторов находятся между позициями 340-345 и 542-547, а также между позициями 447-547 и 564-568.[14] Необычный 9-значный периодический элемент единственного числа лизина, за которым следуют восемь других аминокислот, встречается в белке пять раз по сравнению с набором данных swp23s.q.[14] Еще одно необычное явление - это периодический элемент из семи цифр, состоящий из отрицательно заряженной аминокислоты, за которой следуют шесть других гидрофобных аминокислот, что шесть раз встречается в белке по сравнению с набором данных swp23s.q.[14] Есть два случая интервала серина и два случая интервала фенилаланина, которые составляют необычно большие расстояния по сравнению с набором данных swp23s.q.[14]

Изоформы белков

ИзоформаРазмер белка (аминокислоты)
CLIP4 изоформа 1[15]705
CLIP4 изоформа 2[16]599

Выражение

Экспрессия РНК CLIP4 неизменно в высокой степени измеряется в щитовидной железе.[6] Кроме того, высокая степень транскрипции наблюдается в коре надпочечников и атриовентрикулярном узле.[8] Атлас человеческого белка указывает на высокие значения экспрессии РНК в мышечных тканях, а также в коже, эндокринных тканях и проксимальных отделах пищеварительного тракта.[17] Наибольшие значения экспрессии белка были обнаружены в мышечных тканях, а также в легких, желудочно-кишечном тракте, печени и желчном пузыре, костном мозге и лимфоидных тканях.[17]

Экспрессия белка CLIP4, по-видимому, сильно выражается во время дефицита Ada3.[18] Также существует более высокая тенденция к более высокой экспрессии CLIP4 в отсутствие U28.[18]

Регулирование

Ген

Сайты связывания общих факторов транскрипции

Эти факторы транскрипции были выбраны и организованы на основе близости к промотору и сходства матрикса.[19]

Фактор транскрипцииПодробная информация о матрицеЯкорная базаМатричное сходствоПоследовательность
NOLFФактор ранних В-клеток 1


17
0.98taagagTCCCcagggcagaaaca


PAX2Парный домен PAX2 рыбок данио


180.8aagagtccccagggcagAAACaa


AP2FФактор транскрипции AP-2, альфа


160.98ctgcCCTGgggactc


AP2FФактор транскрипции AP-2, бета


160.899gagTCCCcagggcag


СОРИSRY (пол-определяющая область Y) блок 9, димерные сайты связывания


350.768aAACAaaatccagtgagggagag


HNF6CUT-гомеодоменный фактор транскрипции Onecut-2


320.827aaacaaAATCcagtgag


PAX5Белок-активатор, специфичный для В-клеток


400.815acaaaaTCCAgtgagggagagatgcaggg


ZF16PR / SET домен 15


360.852aaatccagtgaGGGA


СОРИHMGI (Y) белок группы высокой подвижности I (Y), архитектурный фактор транскрипции, организующий каркас транскрипционного комплекса ядерный белок-ДНК


780.945tggaAATTttctaccttaggagc


NFATЯдерный фактор активированных Т-клеток 5


830.955ttttGGAAattttctacct


NFATЯдерный фактор активированных Т-клеток 5


830.871agtAGAAaatttccaaaa


CEBPCCAAT / связывающий белок энхансер (C / EBP), эпсилон


890.975agccttttGGAAatt


CAATКлеточный и вирусный бокс CCAAT


1100.91gcagCCATttaatct


CAATЯщик Avian C-type LTR CCAAT


1650.875cccaCCAAgcagtgg


CEBPCCAAT / связывающий белок энхансер (C / EBP), гамма


6500.866ctaaTTGCtcaacgt


CEBPCCAAT / энхансер связывающий белок альфа


6510.971cacgttgaGCAAtta


ВТБПКоробка LTR TATA млекопитающих типа C


6800.903tgctgTAAAaggcctaa


TF2BЭлемент распознавания фактора транскрипции II B (TFIIB)


9831ccgCGCC


TF2BЭлемент распознавания фактора транскрипции II B (TFIIB)


11571ccgCGCC


TF2BЭлемент распознавания фактора транскрипции II B (TFIIB)


12281ccgCGCC


Транскрипционный

Последовательность мРНК CLIP4 человека имеет 12 структур «ствол-петля» в 5'-UTR и 13 структур «ствол-петля» в 3'-UTR. Из этих вторичных структур имеется 12 консервативных вторичных структур «стебель-петля» в 5'UTR, а также 1 консервативная вторичная структура «стебель-петля» в 3'-UTR.[20]

Протеин

Белок CLIP4 человека локализован внутри ядерной мембраны клетки.[21] CLIP4 не имеет сигнального пептида из-за его внутриклеточной локализации.[22] По той же причине он также не имеет сайтов N-связанного гликозилирования.[23] CLIP4 не расщепляется.[24] Однако присутствуют многочисленные O-связанные сайты гликозилирования.[25] Сайты фосфорилирования с высокой плотностью присутствуют в позициях 400-599 аминокислот на белке CLIP4, хотя многие из них также присутствуют в остальной части белка.[26]

Функция

Домены CAP-Gly часто связаны с регуляцией микротрубочек.[27] Кроме того, известно, что анкириновые повторы опосредуют белок-белковые взаимодействия.[28] Более того, CLIP1, паралог CLIP4 у людей, как известно, связывается с микротрубочками и регулирует цитоскелет микротрубочек.[29] Также предполагается, что белок CLIP4 взаимодействует с различными белками, связанными с микротрубочками.[30] В результате вполне вероятно, что белок CLIP4, хотя и не охарактеризован, связан с регуляцией микротрубочек.

Взаимодействующие белки

Предполагается, что белок CLIP4 взаимодействует со многими белками, связанными с микротрубочками; а именно MAPRE1, MAPRE2 и MAPRE3. Также предполагается, что он взаимодействует с CKAP5 и DCTN1, белком, связанным с цитоскелетом, и белком, связанным с динактином, соответственно.[30]

Клиническое значение

Важность при различных формах рака

Активность CLIP4 коррелирует с распространением почечно-клеточного рака (ПКР) в организме хозяина и, следовательно, может быть потенциальным биомаркером метастазов ПКР у онкологических больных.[31] Кроме того, измерение уровней промоторного метилирования CLIP4 с использованием глобального индекса метилирования ДНК показывает, что более высокое метилирование CLIP4 связано с увеличением степени тяжести гастрита до, возможно, рака желудка.[32] Это указывает на то, что CLIP4 можно использовать для ранней диагностики рака желудка.[33] Аналогичное открытие было также зарегистрировано для рака простаты, при котором было обнаружено, что CLIP4 гиперметилирован у пациентов с раком простаты.[34]

Важность при других заболеваниях

Было обнаружено, что присутствие CLIP4 сильно увеличивается в образцах с прогнозируемым тяжелым фиброзом в результате вируса хронического гепатита С (ВГС).[35] Кроме того, присутствие CLIP4 в качестве нового аутоантигена в Systmic Lupus Arythematosus указывает на его потенциальную роль в механизме заболевания.[36]

Гомология

Ортологи CLIP4

Эти ортологи были выбраны и организованы на основе предполагаемой даты расхождения с человеческим белком, а также глобальной идентичности последовательностей.[37]

Биноминальная номенклатураРаспространенное имяТаксономическая группаРасчетная DoD от человека (MYA)Регистрационный номерДлина последовательности (AA)Глобальная идентичность последовательности человеческого белка (%)Глобальное сходство последовательностей с человеческим белком (%)
Homo sapiens (Hsa) - человек разумныйЧеловекПримас0AAP97312601100100
Aotus nancymaae (Ана)Ночная обезьяна мамыПримас43.2XP_01233089570483.583.7
Sorex araneus (Сар)Обыкновенная бурозубкаEulipotyphla96XP_0046200567077478.5
Antrostomus carolinensis (Aca)Вдова Чака УиллаАвес312XP_02894299770266.575.4
Gekko japonicus (Гья)Японский геккон ШлегеляРептилии312XP_01527036670263.873.1
Rhinatrema bivittatum (Rbi)Цецилион двоякостнойАмфибии351.8XP_02944886270759.570.5
Callorhinchus milii (Cmi)Слоновая акулаChondrichthyes473XP_00789501671552.565.6
Branchiostoma floridae (Bfl)Флоридский ланцетникЛептокардии684XP_00260682448140.452.8
Saccoglossus kowalevskii (Sko)Желудь червьЭнтеропнеуста684XP_00682268664835.747.5
Ixodes scapularis (Isc)Черноногий клещПаукообразный797XP_02983109052738.953
Limulus polyphemus (ЛПо)Атлантический подковообразный крабПаукообразный797XP_0137863764623851.6
Lottia gigantea (Lgi)СоваБрюхоногие моллюски797XP_00904684366936.349.3
Mizuhopecten yessoensis (Ми)Йессо гребешокДвустворчатые моллюски797XP_02135974763335.447.2
Parasteatoda tepidariorum (Pte)Обычный домашний паукПаукообразный797XP_01591496661634.747.6
Аплизия калифорнийская (Ака)Калифорнийский морской заяцБрюхоногие моллюски797XP_01294534665333.745.7
Crassostrea virginica (Cvi)Восточная устрицаДвустворчатые моллюски797XP_02231587964632.745.1
Tetranychus urticae (Tur)Двухпятнистый паутинный клещПаукообразный797XP_01579053665231.943.5
Centruroides sculpturatus (Csc)Кора скорпионаПаукообразный797XP_02322948460530.643.4
Penaeus vannamei (Pva)Тихоокеанские белые креветкиМалакостраки797XP_02720674668122.934
Monosiga brevicollis (Mbr)ХоанофлагеллятаЧоанофлагеллятея1023XP_00174858057625.340.8

Рекомендации

  1. ^ "PhyreRisk". phyrerisk.bc.ic.ac.uk. Получено 2020-05-03.
  2. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000115295 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000024059 - Ансамбль, Май 2017
  4. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  6. ^ а б c «CLIP4 CAP-Gly-домен, содержащий член семейства линкерных белков 4 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI». ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-05-01.
  7. ^ а б "CFSSP: Сервер прогнозирования вторичной структуры Chou & Fasman". biogem.org. Получено 2020-05-03.
  8. ^ а б «BioGPS - ваша система генного портала». biogps.org. Получено 2020-05-01.
  9. ^ а б c d "Ген CLIP4 - Генные карты | Белок CLIP4 | Антитело против CLIP4". genecards.org. Получено 2020-05-01.
  10. ^ «Член 4 семейства линкерных белков (CLIP4), содержащий домен CAP-Gly человека (Homo sapiens), вариант транскрипта 1, мРНК». 2020-04-25. Цитировать журнал требует | журнал = (помощь)
  11. ^ «Член 4 семейства линкерных белков (CLIP4), вариант транскрипта 2, мРНК, содержащий домен CAP-Gly (Homo sapiens)». 2020-04-25. Цитировать журнал требует | журнал = (помощь)
  12. ^ «Член 4 семейства линкерных белков (CLIP4), содержащий домен CAP-Gly человека (Homo sapiens), вариант транскрипта 3, мРНК». 2020-04-25. Цитировать журнал требует | журнал = (помощь)
  13. ^ а б «ExPASy - инструмент вычисления pI / Mw». web.expasy.org. Получено 2020-05-03.
  14. ^ а б c d е «SAPS <Статистика последовательностей . ebi.ac.uk. Получено 2020-05-03.
  15. ^ «Изоформа 1 линкерного белка 4, содержащего домен CAP-Gly [Homo sapiens] - белок - NCBI». ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-05-03.
  16. ^ "Изоформа 2 линкерного белка 4, содержащего домен CAP-Gly [Homo sapiens] - Белок - NCBI". ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-05-03.
  17. ^ а б «Резюме экспрессии белка CLIP4 - Атлас белков человека». proteinatlas.org. Получено 2020-05-01.
  18. ^ а б «CLIP4 - Профили GEO - NCBI». ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-05-01.
  19. ^ «Утилиты последовательности». bioline.com. Получено 2020-05-01.
  20. ^ «Прогноз вторичной структуры РНК». genebee.msu.su. Получено 2020-05-01.
  21. ^ «Прогноз PSORT II». psort.hgc.jp. Получено 2020-05-03.
  22. ^ «СигналП-5.0». cbs.dtu.dk. Получено 2020-05-03.
  23. ^ "Сервер NetNGlyc 1.0". cbs.dtu.dk. Получено 2020-05-03.
  24. ^ «Сервер ProP 1.0». cbs.dtu.dk. Получено 2020-05-03.
  25. ^ «Сервер NetOGlyc 4.0». cbs.dtu.dk. Получено 2020-05-03.
  26. ^ "Сервер NetPhos 3.1". cbs.dtu.dk. Получено 2020-05-03.
  27. ^ Вайсбрих А., Хоннаппа С., Яусси Р., Охрименко О., Фрей Д., Желесаров И. и др. (Октябрь 2007 г.). «Взаимосвязь структуры и функции доменов CAP-Gly». Структурная и молекулярная биология природы. 14 (10): 959–67. Дои:10.1038 / nsmb1291. PMID 17828277. S2CID 37088265.
  28. ^ Ли Дж., Махаджан А., Цай, доктор медицины (декабрь 2006 г.). «Анкириновый повтор: уникальный мотив, опосредующий белок-белковые взаимодействия». Биохимия. 45 (51): 15168–78. Дои:10.1021 / bi062188q. PMID 17176038.
  29. ^ "UniProtKB - P30622 (CLIP1_HUMAN)". UniProt. Получено 3 мая 2020.
  30. ^ а б «Белок CLIP4 (человек) - сеть взаимодействия STRING». string-db.org. Получено 2020-05-03.
  31. ^ «CLIP4 - линкерный белок 4, содержащий домен CAP-Gly - Homo sapiens (человек) - ген и белок CLIP4». uniprot.org. Получено 2020-05-01.
  32. ^ Пирини Ф., Ноазин С., Джахуира-Ариас М. Х., Родригес-Торрес С., Фрисс Л., Михайлиди С. и др. (Июнь 2017 г.). «Раннее выявление рака желудка с использованием глобального, полногеномного метилирования ДНК и IRF4, ELMO1, CLIP4 и MSC при эндоскопической биопсии». Oncotarget. 8 (24): 38501–38516. Дои:10.18632 / oncotarget.16258. ЧВК 5503549. PMID 28418867.
  33. ^ Пирини Ф., Ноазин С., Джахуира-Ариас М. Х., Родригес-Торрес С., Фрисс Л., Михайлиди С. и др. (Июнь 2017 г.). «Раннее выявление рака желудка с использованием глобального, полногеномного метилирования ДНК и IRF4, ELMO1, CLIP4 и MSC при эндоскопической биопсии». Oncotarget. 8 (24): 38501–38516. Дои:10.18632 / oncotarget.16258. ЧВК 5503549. PMID 28418867.
  34. ^ Kron K, Pethe V, Briollais L, Sadikovic B, Ozcelik H, Sunderji A, et al. (2009-03-13). «Открытие новых гиперметилированных генов при раке простаты с использованием микрочипов геномных островов CpG». PLOS ONE. 4 (3): e4830. Bibcode:2009PLoSO ... 4,48 30 тыс.. Дои:10.1371 / journal.pone.0004830. ЧВК 2653233. PMID 19283074.
  35. ^ Гехрау Р., Мас В., Арчер К., Малуф Д. (2012-06-06). «Биомаркеры дифференциации болезни: рецидив ВГС против острого клеточного отторжения». Фиброгенез и восстановление тканей. 5 (Приложение 1): S11. Дои:10.1186 / 1755-1536-5-S1-S11. ЧВК 3368799. PMID 23259646.
  36. ^ "Барбара Дема". Открытие медицины.
  37. ^ «Nucleotide BLAST: поиск в базах данных нуклеотидов с помощью нуклеотидного запроса». blast.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-05-03.