WikiDer > Экспрессия гена кэп-анализа

Cap analysis gene expression

Экспрессия гена кэп-анализа (КЛЕТКА) это экспрессия гена метод, используемый в молекулярной биологии для получения снимка 5'-конца информационная РНК популяция в биологической выборке ( транскриптом). Небольшие фрагменты (исторически 27 нуклеотиды длинный, но теперь ограниченный только технологиями секвенирования) с самого начала мРНК (5'-концы закрытый стенограммы) извлекаются, переписанный к ДНК, ПЦР усиленный и последовательный. CAGE была впервые опубликована Хаясизаки, Карнинчи и соавторами в 2003 году.[1]CAGE широко используется в ФАНТОМ исследовательские проекты.

Анализ

Результатом CAGE является набор коротких нуклеотидных последовательностей (часто называемых теги) с их наблюдаемым количеством.

Используя эталонный геном, исследователь обычно может с некоторой уверенностью определить исходный геном. мРНК (и, следовательно, который ген) тег был извлечен из.

Количество копий тегов CAGE обеспечивает простой способ цифровой количественной оценки содержания транскриптов РНК в биологических образцах.

В отличие от аналогичной техники серийный анализ экспрессии генов (SAGE, superSAGE), в которых теги происходят из других частей транскриптов, CAGE в основном используется для определения точного транскрипция стартовые сайты в геноме. Это знание, в свою очередь, позволяет исследователю исследовать промоутер структура, необходимая для экспрессии гена.

Однако протокол CAGE имеет известную предвзятость с неспецифическим гуанин (G) не более 5'-конца тегов CAGE, который приписывается свободному от шаблона 5'-расширению во время первой цепи кДНК синтез.[2] Это может вызвать ошибочное отображение тегов CAGE, например, в нетранскрибируемые псевдогены.[2] С другой стороны, это добавление G также использовалось в качестве сигнала для фильтрации более надежных пиков TSS.[3]

История

Оригинальный метод CAGE (Shiraki и другие., 2003)[1] использовал CAP Trapper[4] для захвата 5'-концов, праймеры oligo-dT для синтеза кДНК, рестрикционный фермент типа II MmeI за расщепление тегов, а Метод Сенгера для их последовательности.

Случайные праймеры для обратной транскрипции были введены в 2006 году Кодзиусом. и другие.[5] для лучшего обнаружения неполиаденилированных РНК.

В DeepCAGE (Вален и другие., 2008),[6] конкатемеры тегов были секвенированы с более высокой пропускной способностью на 454 “следующее поколениеПлатформа для секвенирования.

В 2008 году мультиплексирование штрих-кода было добавлено к протоколу DeepCAGE (Maeda и другие., 2008).[7]

В nanoCAGE (Плесси и другие., 2010),[8] 5'-концы или РНК были захвачены методом переключения шаблона вместо CAP Trapper, чтобы проанализировать меньшие исходные количества общей РНК. Более длинные метки были расщеплены рестрикционный фермент III типа EcoP15I и непосредственно секвенированный на Солекса (затем Illumina) платформа без конкатенации.

В CAGEscan методология (Плесси и другие., 2010),[8] где ферментативное расщепление метки пропускается, а 5'-кДНК секвенированы парный конец, был введен в той же статье для связи новых промоутеров с известными аннотациями.

С HeliScopeCAGE (Канамори-Катаяма и другие., 2011),[9] протокол CAGE с ловушкой CAP был изменен, чтобы пропустить расщепление ферментативной метки и упорядочить непосредственно кэпированные 5'-концы на HeliScope платформа без ПЦР-амплификации. Затем он был автоматизирован Ито и другие.[10] в 2012.

В 2012 году Такахаши обновил стандартный протокол CAGE. и другие.[11] для расщепления тегов с помощью EcoP15I и секвенирования их на платформе Illumina-Solexa.

В 2013 году Батут и другие.[12] комбинированный ловушка CAP, переключение матрицы и 5'-фосфат-зависимое расщепление экзонуклеазой в РАМПАЖ чтобы максимизировать специфичность промотора.

В 2014 году Мурата и другие.[13] опубликовал nAnTi-CAGE протокол, в котором кэпированные 5'-концы секвенируются на платформе Illumina без амплификации ПЦР и расщепления метки.

В 2017 году Пулен и другие.[14] обновил nanoCAGE протокол для использования пометка метод (на основе Транспозиция Tn5) для мультиплексирования.

В 2018 году Cvetesic и другие.[15] увеличили чувствительность CAP-захваченного CAGE путем введения селективно деградируемой РНК-носителя (SLIC-CAGE, «CAGE-CAGE со сверхнизким входом»).

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ а б Шираки, Т; Кондо, S; Катаяма, S; и другие. (2003-12-23). «Экспрессия гена анализа кэпа для высокопроизводительного анализа начальной точки транскрипции и идентификации использования промотора». Proc Natl Acad Sci U S A. 100 (26): 15776–81. Bibcode:2003ПНАС..10015776С. Дои:10.1073 / pnas.2136655100. ЧВК 307644. PMID 14663149.
  2. ^ а б Чжао, Сяобэй (2011). «Систематическая кластеризация ландшафтов сайтов начала транскрипции». PLOS ONE. 6 (8): e23409. Bibcode:2011PLoSO ... 623409Z. Дои:10.1371 / journal.pone.0023409. ЧВК 3160847. PMID 21887249.
  3. ^ Камби, Джейсон (2015). «NanoCAGE-XL и CapFilter: подход к полногеномной идентификации сайтов начала транскрипции с высокой степенью достоверности». BMC Genomics. 16: 597. Дои:10.1186 / s12864-015-1670-6. ЧВК 4534009. PMID 26268438.
  4. ^ Карнинчи, Пьеро (1996). «Высокоэффективное клонирование полноразмерной кДНК биотинилированным ловушкой CAP». Геномика. 37 (3): 327–36. Дои:10.1006 / geno.1996.0567. PMID 8938445.
  5. ^ Кодзиус, Римантас (2006). «CAGE: кеп-анализ экспрессии гена». Нат методы. 3 (3): 211–22. Дои:10.1038 / nmeth0306-211. PMID 16489339.
  6. ^ Вален, Эйвинд (2009). «Общегеномное обнаружение и анализ основных промоторов гиппокампа с использованием DeepCAGE». Genome Res. 19 (2): 255–265. Дои:10.1101 / гр.084541.108. ЧВК 2652207. PMID 19074369.
  7. ^ Маэда, Норихиро (2008). «Разработка метода маркировки штрих-кодом ДНК для мониторинга динамических изменений экспрессии генов с использованием сверхвысокопроизводительного секвенатора». Биотехнологии. 45 (1): 95–7. Дои:10.2144/000112814. PMID 18611171. Получено 2016-04-28.
  8. ^ а б Плесси, Чарльз (2010). «Общегеномное обнаружение и анализ ядерных промоторов гиппокампа с использованием DeepCAGE». Нат методы. 7 (7): 528–34. Дои:10.1038 / nmeth.1470. ЧВК 2906222. PMID 20543846.
  9. ^ Канамори-Катаяма, Муцуми (2011). «Неамплифицированный кэп-анализ экспрессии генов на одномолекулярном секвенаторе». Genome Res. 21 (7): 1150–9. Дои:10.1101 / гр.115469.110. ЧВК 3129257. PMID 21596820.
  10. ^ Ито, Масаёши (2012). «Автоматизированный рабочий процесс для подготовки кДНК для кэп-анализа экспрессии генов на секвенаторе одиночных молекул». PLOS ONE. 7 (1): e30809. Bibcode:2012PLoSO ... 730809I. Дои:10.1371 / journal.pone.0030809. ЧВК 3268765. PMID 22303458.
  11. ^ Такахаши, Хадзуки (2012). «Профилирование экспрессии с центром на 5 'концах с использованием экспрессии генов кэп-анализа и секвенирования следующего поколения». Нат Проток. 7 (3): 542–61. Дои:10.1038 / nprot.2012.005. ЧВК 4094379. PMID 22362160.
  12. ^ Батут, Филипп (2013). «Профилирование промотора с высокой точностью показывает широко распространенное использование альтернативных промоторов и экспрессию генов развития, управляемую транспозонами». Genome Res. 23 (1): 169–80. Дои:10.1101 / гр.139618.112. ЧВК 3530677. PMID 22936248.
  13. ^ Мурата, Мицуёси (2014). «Обнаружение экспрессируемых генов с помощью CAGE». Сети регулирования факторов транскрипции. Методы молекулярной биологии. 1164. С. 67–85. Дои:10.1007/978-1-4939-0805-9_7. ISBN 978-1-4939-0804-2. PMID 24927836.
  14. ^ Пулен, Стефан (2017). NanoCAGE: метод анализа кодирующих и некодирующих транскриптомов с 5'-кэпом. Методы молекулярной биологии. 1543. С. 57–109. Дои:10.1007/978-1-4939-6716-2_4. ISBN 978-1-4939-6714-8. PMID 28349422.
  15. ^ Цветешич, Невена (2018). «SLIC-CAGE: картирование сайтов начала транскрипции с высоким разрешением с использованием нанограммовых уровней общей РНК». Геномные исследования. 28 (12): 1943–1956. Дои:10.1101 / гр.235937.118. ЧВК 6280763. PMID 30404778.

внешняя ссылка