WikiDer > Коронавирус 5 ′ UTR - Википедия
 | Эта статья включает в себя список общих Рекомендации, но он остается в основном непроверенным, потому что ему не хватает соответствующих встроенные цитаты. (Апрель 2020) (Узнайте, как и когда удалить этот шаблон сообщения) |
Коронавирус геномы положительный смысл одноцепочечный РНК молекулы с непереведенный регион (UTR) в 5 ′ конец который называется 5 ′ UTR. 5 'UTR отвечает за важные биологические функции, такие как вирусная репликация, транскрипция[1] и упаковка.[2] 5'-UTR имеет консервативную РНК. вторичная структура но разные роды коронавирусов (альфа-, бета-, гамма- и дельтакоронавирусы) имеют разные структурные особенности, описанные ниже.
Первые 150 на 200 нуклеотиды в пределах 5 ′ UTR Альфакоронавирусы хорошо структурированы и консервированный на структурном уровне. Предполагается, что 5 'UTR будут содержать три консервативных стебель-петли:[3]
- SL1 важен для репликации вируса, скорее всего, играет роль в переключении шаблона вирусного субгеномная РНК (sgRNA) транскрипция. Мутации верхней части SL1, по-видимому, сильнее влияет на уровень репликации вируса.
- SL2 имеет решающее значение для жизнеспособности вирусов. Нуклеотиды взаимозаменяемы, пока структура остается стабильной. Нарушение любого спаривания G-C вызывает серьезные дефекты репликации вируса.
- SL4 предполагается, что он играет роль в управлении субгеномным синтезом РНК во время репликации вируса.
После SL4 лежит SL5, который совпадает с первым ORF вирусного генома. Три концевые петли SL5 содержат консервативную последовательность 5′-UUCCGU-3 ′ и считаются сигналом упаковки.[2]
Подобно альфакоронавирусу, первые 150–200 нуклеотидов в Бетакоронавирус 5'-UTR высоко структурированы и содержат три консервативных стволовых петли (SL1, SL2 и SL4).
SARS-CoV и BCoV иметь дополнительную стебель-петлю, называемую SL3, который содержит последовательность TRS-L в области петли.[4] Это важно для синтеза sgRNA во время репликации вируса. Однако, согласно прогнозам, SL3 нестабилен у других бета-коронавирусов, таких как MHV.
Подобно другим сарбековирусам, 5 'UTR SARS-CoV-2 предполагается, что он состоит из 4 различных стеблевых петель, а именно SL1, SL2, SL3 и SL4. Далее есть более крупная структура, SL5, присутствует, который включает первые ORF полипротеин. Обратите внимание, что SL3 обычно присутствует в коронавирусах SARS, но не обязательно сохраняется среди других бета-коронавирусов.
5 ′ UTR Гаммакоронавирусы похож на 5'-UTR альфа- и бета-коронавирусов, поскольку они также содержат три спирали, обозначенные как SL1, SL2 и SL4. Кроме того, в субпопуляции гаммакоронавирусов третья стеблевая петля, SL3, наблюдается. SL1 и SL2 оказывают основное влияние на уровень репликации вируса, тогда как предполагается, что SL4 играет роль «спейсера» во время переключения матрицы в синтезе sgRNA.
5′UTR Дельтакоронавирусы похож на 5'UTR альфа- и бетакоронавирусов, поскольку они также содержат три спирали, обозначенные как SL1, SL2 и SL4. Прогнозы показывают сохранность четвертой стеблевой петли (SL3) между SL2 и SL4, иногда также наблюдается у бета- и гаммакоронавирусов. SL3 обычно экспонирует последовательность TRS-L в области петли.
Смотрите также
- Коронавирус 3 'UTR
- Псевдоузел Coronavirus 3 ′ UTR
- Мотив, подобный 3'-петле II коронавируса (s2m)
- Элемент стимуляции сдвига кадра коронавируса
- Сигнал упаковки коронавируса
Рекомендации
- ^ Мадхугири, Рамакант; Фрике, Маркус; Марз, Манья; Зибур, Джон (2014-12-19). «Анализ структуры РНК концевых участков генома альфа-коронавируса». Вирусные исследования. 194: 76–89. Дои:10.1016 / j.virusres.2014.10.001. ISSN 0168-1702. ЧВК 7114417. PMID 25307890.
- ^ а б Мастерс, Пол С. (ноябрь 2019 г.). «Упаковка геномной РНК коронавируса». Вирусология. 537: 198–207. Дои:10.1016 / j.virol.2019.08.031. ISSN 0042-6822. ЧВК 7112113. PMID 31505321.
- ^ Мадхугири, Рамакант; Карл, Надя; Петерсен, Даниэль; Ламкевич, Кевин; Фрике, Маркус; Венд, Ульрике; Шойер, Робина; Марз, Манья; Зибур, Джон (апрель 2018 г.). «Структурная и функциональная консервация цис-действующих элементов РНК в 5'-концевых областях генома коронавируса». Вирусология. 517: 44–55. Дои:10.1016 / j.virol.2017.11.025. ISSN 1096-0341. ЧВК 7112051. PMID 29223446.
- ^ Сола, Изабель; Mateos-Gomez, Pedro A .; Алмазан, Фернандо; Зунига, Соня; Энжуанес, Луис (март 2011 г.). «РНК-РНК и РНК-белковые взаимодействия при репликации и транскрипции коронавируса». РНК Биология. 8 (2): 237–248. Дои:10.4161 / rna.8.2.14991. ISSN 1555-8584. ЧВК 3230552. PMID 21378501.