WikiDer > Ошибка катастрофа

Эта статья включает в себя список общих Рекомендации, но он остается в основном непроверенным, потому что ему не хватает соответствующих встроенные цитаты. Пожалуйста, помогите улучшать эта статья введение более точные цитаты. (Июль 2018 г.) (Узнайте, как и когда удалить этот шаблон сообщения)

Ошибка катастрофа это вымирание организм (часто в контексте микроорганизмы Такие как вирусы) в результате чрезмерных мутаций. Катастрофа, связанная с ошибкой, предсказывается математическими моделями и также наблюдалась эмпирически.^[1]

Как и любой организм, вирусы «ошибаются» (или мутировать) во время репликации. В результате мутации увеличиваются биоразнообразие среди населения и помочь подорвать способность иммунной системы хозяина распознавать его при последующей инфекции. Чем больше мутаций делает вирус во время репликации, тем больше вероятность того, что он избежит распознавания иммунной системой и тем более разнообразной будет его популяция (см. биоразнообразие для объяснения избирательных преимуществ этого). Однако, если он производит слишком много мутаций, он может потерять некоторые из своих биологических свойств, которые эволюционировали в его пользу, в том числе способность вообще воспроизводиться.

Возникает вопрос: сколько мутаций может произойти во время каждой репликации, прежде чем популяция вирусов начнет терять самоидентичность?

Базовая математическая модель

Рассмотрим вирус, генетическая идентичность которого представлена ​​цепочкой нулей и единиц (например, 11010001011101 ....). Предположим, что строка имеет фиксированную длину L и что при репликации вирус копирует каждую цифру одну за другой, с вероятностью ошибаясь q независимо от всех остальных цифр.

Из-за мутаций, возникших в результате ошибочной репликации, существует до 2^L отдельные штаммы, происходящие от родительского вируса. Позволять Икс_я обозначают концентрацию деформации я; позволять а_я обозначают скорость, с которой деформация я воспроизводит; и разреши Q_ij обозначают вероятность вируса штамма я мутирует в штамм j.

Тогда скорость изменения концентрации Икс_j дан кем-то

${ displaystyle { dot {x}} _ {j} = sum _ {i} a_ {i} Q_ {ij} x_ {i}}$

На этом этапе мы проводим математическую идеализацию: мы выбираем наиболее подходящий штамм (тот, у которого наибольшая скорость воспроизводства а_j) и предположим, что она единственная (т. е. выбранная а_j удовлетворяет а_j > а_я для всех я); а затем мы группируем оставшиеся штаммы в одну группу. Пусть концентрации двух групп равны х, у с коэффициентами воспроизводства а> б, соответственно; позволять Q вероятность вируса в первой группе (Икс) мутируя в член второй группы (у) и разреши р быть вероятностью возвращения члена второй группы в первую (через маловероятную и очень специфическую мутацию). Уравнения, управляющие развитием популяций:

${ displaystyle { begin {case} { dot {x}} = & a (1-Q) x + bRy { dot {y}} = & aQx + b (1-R) ​​y end { случаи}}}$

Нас особенно интересует случай, когда L очень большой, поэтому можно смело пренебрегать р и вместо этого рассмотрите:

${ displaystyle { begin {cases} { dot {x}} = & a (1-Q) x { dot {y}} = & aQx + by end {cases}}}$

Затем установка г = х / у у нас есть

${ displaystyle { begin {matrix} { frac { partial z} { partial t}} & = & { frac {{ dot {x}} yx { dot {y}}} {y ^ { 2}}} && & = & { frac {a (1-Q) xy-x (aQx + by)} {y ^ {2}}} && & = & a (1- Q) z- (aQz ^ {2} + bz) && & = & z (a (1-Q) -aQz-b) end {matrix}}}$.

Предполагая z с течением времени достигает постоянной концентрации, z успокаивается, чтобы удовлетворить

${ Displaystyle г ( infty) = { гидроразрыва {а (1-Q) -b} {aQ}}}$

(который выводится установкой производной от z по времени до нуля).

Итак, важный вопрос: при каких значениях параметров сохраняется (продолжает существовать) исходная популяция? Популяция сохраняется тогда и только тогда, когда значение устойчивого состояния z строго положительный. то есть тогда и только тогда, когда:

${ Displaystyle Z ( infty)> 0 iff a (1-Q) -b> 0 iff (1-Q)> b / a.}$

Этот результат чаще выражается в терминах отношения а: б и частота ошибок q отдельных цифр: набор б / а = (1-с), то условие принимает вид

${ Displaystyle Z ( infty)> 0 iff (1-Q) = (1-q) ^ {L}> 1-s}$

Логарифмируя с обеих сторон и приближая малые q и s один получает

${ Displaystyle L ln {(1-q)} приблизительно -Lq> ln {(1-s)} приблизительно -s}$

сокращение состояния до:

${ displaystyle Lq$

РНК-вирусы которые реплицируются близко к порогу ошибки, имеют размер генома порядка 10⁴ (10000) пар оснований. Человек ДНК около 3.3 миллиард (10⁹) базовые единицы длинные. Это означает, что механизм репликации ДНК человека должен быть порядки величины точнее, чем для РНК вирусов РНК.

Презентация на основе теории информации

Чтобы избежать катастрофических ошибок, количество информации, теряемой в результате мутации, должно быть меньше количества информации, полученной в результате естественного отбора. Этот факт можно использовать для получения по существу тех же уравнений, что и при более общем дифференциальном представлении.^[2]

Утерянную информацию можно количественно определить как длину генома. L умноженное на частоту ошибок репликации q. Вероятность выживания, S, определяет объем информации, вносимой естественным отбором - и Информация - отрицательный логарифм вероятности. Следовательно, геном может выжить без изменений только тогда, когда

${ Displaystyle Lq <- ln {S}}$

Например, очень простой геном, в котором L = 1 и q = 1 это геном с одним битом, который всегда мутирует. С Lq тогда 1, то S должно быть ½ или меньше. Это соответствует половине выживших потомков; а именно половинка с правильным геномом.

Приложения

Некоторые вирусы, такие как полиомиелит или же гепатит С работают очень близко к критической скорости мутации (т.е. q который L позволит). Лекарства были созданы, чтобы увеличить скорость мутаций вирусов, чтобы подтолкнуть их к критической границе, чтобы они потеряли самоидентификацию. Однако, учитывая критику основного предположения математической модели, этот подход проблематичен.

Результат представляет собой Словить 22 загадка для биологов, Парадокс Эйгена: как правило, для точной репликации требуются большие геномы (высокая скорость репликации достигается с помощью ферменты), но большой геном требует высокой точности q настаивать. Что приходит первым и как это происходит? Иллюстрацией этой трудности является L может быть только 100, если q ' 0,99 - очень маленькая длина строки с точки зрения генов.^{[нужна цитата]}

Смотрите также

• Порог ошибки
• Вихрь угасания
• Мутационный крах

Рекомендации

внешняя ссылка

• Ошибка-катастрофа и антивирусная стратегия
• Изучение теории ошибки-катастрофы