WikiDer > Целовать стебель-петлю

Kissing stem-loop
Пример стебля-петли РНК. Если теперь вторая стеблевая петля РНК имеет комплементарную последовательность оснований, две петли могут образовывать пару оснований, в результате чего получается петля поцелуя.
На этом анимированном GIF-изображении показаны две петли РНК (оранжевая и зеленая), связывающиеся друг с другом в структуре, называемой петлей поцелуев. Две петли РНК взаимодействуют посредством стэкинг-взаимодействий и посредством водородных связей (взаимодействующие основания показаны в представлении, заполняющем пространство).[1]

А целовать стебель-петлю, или взаимодействие целующейся стебельной петли, образуется в РНК, когда два основания между двумя петли для шпилек пара. Эти внутри- и межмолекулярные целующиеся взаимодействия важны для формирования третичной или четвертичной структуры многих РНК.[2]

Целующиеся взаимодействия РНК, также называемые петлевые псевдоузлы, возникают, когда непарные нуклеотиды в одной петле шпильки - пара оснований с неспаренными нуклеотидами в другой петле шпильки.[3] Когда петли шпильки расположены на отдельных молекулах РНК, их межмолекулярное взаимодействие называется комплексом поцелуев. Эти взаимодействия обычно образуются между стержнями-петлями. Однако наблюдались стабильные комплексы, содержащие только два межмолекулярных соединения.Пары оснований Уотсона – Крика.[4][5]

Биологическое значение

Молекулы рибонуклеиновой кислоты (РНК) выполняют свою функцию в живых клетках, принимая специфические и очень сложные трехмерные структуры. Считается, что рекомбинация может быть инициирована петлями поцелуев. Рекомбинация имеет решающее значение для успешной эволюции, особенно для адаптации и выживания вирусов.[6][7]

Значение взаимодействия стебель-петля у целующихся ретровирусов

Ретровирусы представляют собой вирусы, которые очень похожи по структуре, что позволяет им молча реплицироваться внутри хоста, поддерживая его до тех пор, пока репликация не будет завершена и хост больше не понадобится. Геномная РНК ретровирусов нековалентно связана с димерной структурой связи (DLS), некодирующей областью в 5 'UTR. Для взаимодействия петли поцелуя существует тройное взаимодействие, которое включает 5'-фланкирующий пурин и 2 централизованных основания в комплементарной цепи. Это взаимодействие транскрипции происходит в большой бороздке димера целующейся петли.[8]

Вирус иммунодефицита человека (ВИЧ) представляет собой ретровирус, который может передаваться через жидкости организма. Существует два типа вирусов ВИЧ: вирус иммунодефицита человека 1 типа (ВИЧ-1) и вируса иммунодефицита человека типа 2 (ВИЧ-2). Из двух типов штамма вируса иммунодефицита человека ВИЧ-1 является наиболее распространенным штаммом. РНК вируса ВИЧ-1 использует взаимодействие петли поцелуев стебля как средство распознавания, основной этап взаимодействия сайта инициации димеризации (DIS) с образованием дуплекса. Для изучения взаимодействия «целующаяся стебель-петля» было замечено, что комплекс сайта инициации димеризации (DIS) необходим для репликации вируса ВИЧ типа 1 в эукариотической клетке, и любые изменения в структуре петли стебля уменьшают взаимодействие димеризации. . Экспериментально было замечено, что in vivo мутация сайта инициации димеризации (DIS) препятствует димеризации комплекса DIS.[9]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Адаптировано со страницы Proteopedia.
  2. ^ Форсдайк Д.Р. (сентябрь 1995 г.). "Модель" поцелуя "стебель-петля для инициации рекомбинации и происхождения интронов". Молекулярная биология и эволюция. 12 (5): 949–58. Дои:10.1093 / oxfordjournals.molbev.a040273. PMID 7476142.
  3. ^ Новаковски Дж, Тиноко младший I (1997). «Семин». Вирусология. 8: 153–165. Дои:10.1006 / smvy.1997.0118.
  4. ^ Ким СН, Тиноко I (август 2000 г.). «Целующийся комплекс ретровирусной РНК, содержащий только две пары оснований G.C». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 97 (17): 9396–401. Дои:10.1073 / pnas.170283697. ЧВК 16875. PMID 10931958.
  5. ^ Андерсен А.А., Коллинз Р.А. (июль 2001 г.). «Внутримолекулярная перестройка вторичной структуры за счет целующего взаимодействия рибозима Neurospora VS». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 98 (14): 7730–5. Дои:10.1073 / pnas.141039198. ЧВК 35410. PMID 11427714.
  6. ^ Чен Ю и Варани, Габриэле (июнь 2010 г.) Структура РНК. В: eLS. John Wiley & Sons Ltd, Чичестер.
  7. ^ «Структура РНК». Энциклопедия наук о жизни. Дои:10.1002 / 9780470015902.a0001339.pub2.
  8. ^ Paillart JC, Westhof E, Ehresmann C, Ehresmann B, Marquet R (июль 1997 г.). «Неканонические взаимодействия в комплексе целующейся петли: сайт инициации димеризации геномной РНК ВИЧ-1». Журнал молекулярной биологии. 270 (1): 36–49. Дои:10.1006 / jmbi.1997.1096. PMID 9231899.
  9. ^ Пайларт Дж. К., Скрипкин Э., Эресманн Б., Эресманн С., Марке Р. (май 1996 г.). «Целующийся» комплекс петля-петля является неотъемлемой частью димерной связи геномной РНК ВИЧ-1 ». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 93 (11): 5572–7. Дои:10.1073 / пнас.93.11.5572. JSTOR 39474. ЧВК 39288. PMID 8643617.

дальнейшее чтение

внешняя ссылка

  • "Мотив петли поцелуев". Биомолекулярные изображения и фильмы для обучения. Калифорнийский университет в Санта-Барбаре.