WikiDer > Энтропия петли

Loop entropy

Энтропия петли это энтропия проиграл при соединении двух остатки из полимер на заданном расстоянии. Для одного цикла энтропия изменяется логарифмически с количеством остатков. в петле

куда это Постоянная Больцмана и - коэффициент, который зависит от свойств полимера. Эта формула энтропии соответствует степенное распределение для вероятности контакта остатков.

Энтропия петли также может изменяться в зависимости от положения контактирующих остатков. Остатки на концах полимера более склонны к контакту (количественно имеют более низкую ), чем посередине (т.е. далеко от концов), в первую очередь из-за исключенные эффекты объема.

Энтропия Ванга-Уленбека

Формула энтропии петли усложняется с несколькими петлями, но может быть определена для гауссова полимера с использованием матрица метод, разработанный Вангом и Уленбеком. Пусть будет контакты между остатками, которые определяют петли из полимеров. Матрица Ванга-Уленбека является симметричная вещественная матрица, элементы которой равное количество общих остатков между петлями и . Энтропия установления указанных контактов равна

В качестве примера рассмотрим потерю энтропии при установлении контактов между остатками 26 и 84 и остатками 58 и 110 в полимере (см. рибонуклеаза А). Первая и вторая петли имеют длину 58 (= 84-26) и 52 (= 110-58) соответственно, и они имеют 26 (= 84-58) общих остатков. Соответствующая матрица Ванга-Уленбека имеет вид

чей детерминант равно 2340. Логарифм и умножение на константы дает энтропию.

Рекомендации

  • Ван М. К. и Уленбек Г. Э. (1945). К теории броуновского движения II. Обзоры современной физики, 17(2-3), 323.[1]