WikiDer > MacVector
| Разработчики) | MacVector, Inc. |
|---|---|
| Стабильный выпуск | 17.5 / 5 февраля 2020 г. |
| Операционная система | macOS |
| Платформа | Xcode |
| Тип | Биоинформатика |
| Лицензия | коммерческий |
| Интернет сайт | macvector.com |
MacVector это коммерческое приложение для анализа последовательности для компьютеров Apple Macintosh, работающих под управлением Mac OS X. Он предназначен для использования молекулярные биологи чтобы помочь анализировать, разрабатывать, исследовать и документировать свои эксперименты в лаборатории.
Функции
MacVector - это набор алгоритмов анализа последовательностей, связанных с различными редакторами последовательностей, включая один редактор последовательностей, множественное выравнивание последовательностей редактор и редактор контигов. MacVector пытается использовать минимум окон и шагов для доступа ко всем функциям. Функции включают:
- Выравнивание последовательности (ClustalW, Мышцы и Т-кофе) и редактирование.
- Поиск подпоследовательности и открытые рамки для чтения (ORF) анализ.
- Филогенетическое дерево строительство UPGMA, Присоединение к соседу с начальной загрузкой и деревьями консенсуса
- Поиск в базе данных в Интернете - поиск в общедоступных базах данных в NCBI, таких как Генбанк, PubMed, и UniProt.
- Выполнять онлайн ВЗРЫВ поиски.
- Анализ белков.
- Сборка Contig и хроматограмма редактирование
- Выравнивание кДНК против геномных шаблонов
- Создание точечные графики ДНК в ДНК, белок в белок и ДНК в белок.
- Анализ ограничений - поиск и просмотр сайтов ограничения доступа. Использует переваренные фрагменты для клонирования генов в векторы. Хранит историю переваренных фрагментов, что позволяет выполнять лигирование нескольких фрагментов.
- ПЦР Дизайн грунтовки - легкий дизайн и тестирование грунтовки. Также использует грунтовка3
- Гель агарозы моделирование.
- CRISPR INDEL анализ.
В MacVector есть плагин сборки contig под названием Ассемблер который использует Фред, фрап, Галстук-бабочка, SPAdes, Бархат и перекрестный матч.
Начиная с версии 13.0.1 MacVector использует Искриться для обновления между выпусками.
История
MacVector был первоначально разработан IBI в 1994 году.[1] Он был приобретен Kodak, а затем Oxford Molecular в 1996 году.[2][3] Oxford Molecular была объединена с Accelrys в 2001 году.[4] Он был приобретен MacVector, Inc 1 января 2007 года.[5]
Рекомендации
- ^ «MacVector: интегрированная программа анализа последовательностей для Macintosh». Олсон С.А. Методы Мол Биол. (1994) 25,195-201.
- ^ "Программное обеспечение для секвенирования ДНК - специальный рекламный раздел". Наука. 7 июня 1996 г.
- ^ http://findarticles.com/p/articles/mi_hb197/is_/ai_n5566980#[мертвая ссылка]
- ^ «Об Accelrys, включая руководство компании, признание и новости». Accelrys.com. 2009-05-04. Получено 2012-07-26.
- ^ «Accelrys - Дополнительные товары». acclrys.com. Архивировано из оригинал на 2008-06-07. Получено 2012-07-24.