WikiDer > Ядерный ансамблевой подход

Nuclear ensemble approach

В Ядерно-ансамблевой подход (NEA) - это общий метод моделирования различных типов молекулярных спектров.[1] Он работает путем выборки ансамбля молекулярных конформаций (ядерной геометрии) в исходном состоянии, вычисления вероятностей перехода в целевые состояния для каждой из этих геометрий и выполнения суммы по всем этим переходам, свернутым с функцией формы. В результате получается некогерентный спектр, содержащий полосы абсолютной формы из-за неоднородного уширения.

Шаги NEA.
NEA моделирует спектр в три этапа: во-первых, создается ансамбль молекулярной геометрии. 2) Во-вторых, вероятность перехода между начальным и конечным состояниями вычисляется для каждой геометрии. Наконец, сумма по всем вероятностям перехода выполняется свернутой с помощью функции формы.

Мотивация

Спектральное моделирование - одна из фундаментальных задач в квантовая химия. Это позволяет сравнивать теоретические результаты с экспериментальными измерениями. Существует множество теоретических методов моделирования спектров. Некоторые из них представляют собой простые приближения (например, палочные спектры); другие представляют собой высокоуровневые точные приближения (например, основанные на преобразовании Фурье распространения волновых пакетов). NEA находится посередине. С одной стороны, он интуитивно понятен и прост в применении, обеспечивая гораздо лучшие результаты по сравнению со спектром стиков. С другой стороны, он не восстанавливает все спектральные эффекты и обеспечивает ограниченное спектральное разрешение.

Исторический

NEA - это многомерное расширение принципа отражения,[2] подход, часто используемый для оценки спектров в фотодиссоциативных системах. С популяризацией молекулярная механика, ансамбли геометрий стали также использоваться для оценки спектров через некогерентные суммы.[3] Таким образом, в отличие от принципа отражения, который обычно осуществляется путем прямого интегрирования аналитических функций, NEA представляет собой численный подход. В 2012 году формальное описание NEA показало, что оно соответствует приближению подхода к моделированию спектра, зависящему от времени, с использованием Интеграция Монте-Карло временной эволюции перекрытия волновых пакетов.[1]

NEA для спектра поглощения

Рассмотрим ансамбль молекул поглощающее излучение в УФ / видимом диапазоне. Изначально все молекулы находятся в основном электронном состоянии

Из-за молекулярного энергия нулевой точки и температуры, молекулярная геометрия имеет распределение вокруг равновесной геометрии. С классической точки зрения, если предположить, что поглощение фотона - это мгновенный процесс, каждый раз, когда молекула возбуждается, ее геометрия меняется. Как следствие, энергия перехода не всегда имеет одно и то же значение, но является функцией ядерных координат.

NEA улавливает этот эффект, создавая ансамбль геометрий, отражающих энергию нулевой точки, температуру или и то, и другое.

В NEA спектр поглощения (или сечение поглощения) σ(E) при энергии возбуждения E рассчитывается как[1]

куда е и м электрон обвинять и масса, c это скорость света, ε0 то диэлектрическая проницаемость вакуума, и ћ то приведенная постоянная Планка. Суммы превышают Nфс возбужденные состояния и Nп ядерная геометрия Икся. Для каждой из таких геометрий ансамбля энергии переходов ΔE0п(Икся) и силы осцилляторов ж0п(Икся) между землей (0) и возбужденным (п) состояния вычисляются. Каждый переход в ансамбле свернут с нормированной функцией формы линии с центром в ΔE0п(Икся) и шириной δ. Каждый Икся вектор, собирающий декартовы компоненты геометрии каждого атома.

Функция формы линии может быть, например, нормализованной функцией Гаусса, задаваемой формулой

Несмотря на то что δ - произвольный параметр, он должен быть намного уже ширины полосы, чтобы не мешать его описанию. Поскольку среднее значение ширины полосы составляет около 0,3 эВ, рекомендуется использовать δ ≤ 0,05 эВ.[4]

Геометрии Икся может быть сгенерирован любым методом, способным описать распределение основного состояния. Два из наиболее используемых - динамика и Распределение Вигнера ядерные нормальные режимы.[5]

Молярный коэффициент экстинкции ε можно получить из сечения поглощения через

Из-за зависимости ж0п на Икся, NEA является посткондоновским приближением и может предсказывать темные вибронные полосы.[1]

NEA для спектра излучения

В случае флуоресценция, дифференциальная интенсивность выбросов определяется выражением[1]

.

Это выражение предполагает справедливость Правило Каши, с излучением из первого возбужденного состояния.

NEA для других типов спектра

NEA можно использовать для многих типов моделирования стационарного и временного спектра.[6] Некоторые примеры помимо спектров поглощения и излучения:

  • двумерный[7]
  • дифференциальная передача[8]
  • фотоэлектрон[9]
  • сверхбыстрый шнек[10]
  • Рентгеновское фоторассеяние[6]

Ограничения NEA

По конструкции NEA не включает информацию о целевых (конечных) состояниях. По этой причине любая спектральная информация, которая зависит от этих состояний, не может быть описана в рамках NEA. Например, вибронно разрешенные пики в спектре поглощения не будет отображаться при моделировании, только огибающая полосы вокруг них, потому что эти пики зависят от перекрытия волновых функций между основным и возбужденным состояниями.[11] Однако NEA можно связать с динамикой возбужденного состояния, чтобы восстановить эти эффекты.[12]

NEA может быть слишком затратным с точки зрения вычислений для больших молекул. Моделирование спектра требует расчета вероятностей переходов для сотен различных ядерных геометрий, что может стать недопустимым из-за высоких вычислительных затрат. Машинное обучение методы, связанные с NEA, были предложены для снижения этих затрат.[13][4]

Рекомендации

  1. ^ а б c d е Креспо-Отеро Р., Барбатти М. (июнь 2012 г.). «Моделирование и разложение спектра с помощью ядерного ансамбля: формальное происхождение и применение к бензолу, фурану и 2-фенилфурану». Счета теоретической химии. 131 (6): 1237. Дои:10.1007 / s00214-012-1237-4. ISSN 1432-881X. S2CID 95758853.
  2. ^ Шинке Р. (апрель 1993 г.). Динамика фотодиссоциации: спектроскопия и фрагментация малых многоатомных молекул (1-е изд.). Издательство Кембриджского университета. Дои:10.1017 / cbo9780511586453. ISBN 978-0-521-48414-5.
  3. ^ Бергсма Дж. П., Беренс PH, Уилсон К. Р., Фредкин Д. Р., Хеллер Э. Дж. (Февраль 1984 г.). «Электронные спектры из молекулярной динамики: простой подход». Журнал физической химии. 88 (3): 612–619. Дои:10.1021 / j150647a05 (неактивно 10.11.2020).CS1 maint: DOI неактивен по состоянию на ноябрь 2020 г. (связь)
  4. ^ а б Xue BX, Barbatti M, Dral PO (август 2020 г.). «Машинное обучение для поперечных сечений поглощения». Журнал физической химии A. 124 (35): 7199–7210. Дои:10.1021 / acs.jpca.0c05310. ЧВК 7511037. PMID 32786977.
  5. ^ Барбатти М., Сен К. (май 2016 г.). «Влияние различных выборок начальных условий на фотодинамику и спектр пиррола» (PDF). Международный журнал квантовой химии. 116 (10): 762–771. Дои:10.1002 / qua.25049.
  6. ^ а б Беннет К, Ковалевски М, Мукамель С (2015). «Исследование электронной и колебательной динамики в молекулах с помощью фотоэлектронной, оже-электронной и рентгеновской спектроскопии рассеяния фотонов с временным разрешением». Фарадеевские дискуссии. 177: 405–28. Bibcode:2015FaDi..177..405B. Дои:10.1039 / C4FD00178H. ЧВК 4401660. PMID 25730500.
  7. ^ Сегарра-Марти Дж., Сегатта Ф., Маккензи Т.А., Ненов А., Ривальта I, Bearpark MJ, Гаравелли М. (декабрь 2019 г.). «Моделирование многомерных спектральных линий из первых принципов: приложение к водосольватированному аденину». Фарадеевские дискуссии. 221: 219–244. Дои:10.1039 / C9FD00072K. PMID 31544178.
  8. ^ Полли Д., Альтоэ П., Вейнгарт О., Спиллейн К.М., Манцони С., Брида Д. и др. (Сентябрь 2010 г.). «Коническая динамика пересечения первичного события фотоизомеризации в зрении». Природа. 467 (7314): 440–3. Bibcode:2010Натура.467..440П. Дои:10.1038 / природа09346. PMID 20864998. S2CID 4354278.
  9. ^ Арбело-Гонсалес В., Креспо-Отеро Р., Барбатти М. (октябрь 2016 г.). «Устойчивые и разрешенные во времени фотоэлектронные спектры на основе ядерных ансамблей» (PDF). Журнал химической теории и вычислений. 12 (10): 5037–5049. Дои:10.1021 / acs.jctc.6b00704. PMID 27588827.
  10. ^ МакФарланд Б.К., Фаррелл Дж. П., Миябе С., Тарантелли Ф., Агилар А., Берра Н. и др. (Июнь 2014 г.). «Сверхбыстрое рентгеновское оже-зондирование фотовозбужденной молекулярной динамики». Nature Communications. 5 (1): 4235. Bibcode:2014 НатКо ... 5,4235 млн. Дои:10.1038 / ncomms5235. PMID 24953740.
  11. ^ Heller EJ (декабрь 1981 г.). «Полуклассический путь к молекулярной спектроскопии 2». Отчеты о химических исследованиях. 14 (12): 368–375. Дои:10.1021 / ar00072a002.
  12. ^ Пети А.С., Суботник Ю.Е. (октябрь 2014 г.). «Расчет с временным разрешением дифференциальных спектров поглощения для сверхбыстрых экспериментов с накачкой и зондом с траекториями прыжков по поверхности». Журнал химической физики. 141 (15): 154108. Bibcode:2014ЖЧФ.141о4108П. Дои:10.1063/1.4897258. PMID 25338882.
  13. ^ Е ЗР, Хуанг И.С., Чан Ю.Т., Ли З.Дж., Ляо С.Ч., Цай Х.Р. и др. (2020). «Прогнозирование длины волны излучения органических молекул с использованием комбинаторного метода QSAR и машинного обучения». RSC Advances. 10 (40): 23834–23841. Дои:10.1039 / D0RA05014H.