WikiDer > ПЛИНК (генетический набор инструментов)

Эта статья поднимает множество проблем. Пожалуйста помоги Улучши это или обсудите эти вопросы на страница обсуждения. (Узнайте, как и когда удалить эти сообщения-шаблоны) Тема этой статьи может не соответствовать Википедии общее руководство по известности. Пожалуйста, помогите установить известность, указав надежные вторичные источники которые независимый темы и обеспечить ее подробное освещение, помимо банального упоминания. Если известность не может быть установлена, статья, вероятно, будет слился, перенаправлен, или же удалено. Найдите источники: Генетический инструментарий "ПЛИНК" – Новости · газеты · книги · ученый · JSTOR (Июль 2014 г.) (Узнайте, как и когда удалить этот шаблон сообщения) Эта статья может чрезмерно полагаться на источники слишком тесно связан с предметом, потенциально препятствуя публикации статьи проверяемый и нейтральный. Пожалуйста помоги Улучши это заменив их более подходящими цитаты к надежные, независимые сторонние источники. (Июль 2014 г.) (Узнайте, как и когда удалить этот шаблон сообщения) (Узнайте, как и когда удалить этот шаблон сообщения)

PLINK^[1] это бесплатный, широко используемый, с открытым исходным кодом полногеномная ассоциация набор инструментов для анализа, разработанный Шон Перселл. Программное обеспечение разработано гибко для выполнения широкого спектра базовых крупномасштабных генетических анализов.

В настоящее время PLINK поддерживает следующие функции:

• управление данными;
• базовая статистика (F_ST, недостающие данные, тесты Равновесие Харди – Вайнберга, коэффициент инбридинга, так далее.);
• Нарушение равновесия сцепления (LD) расчет;
• Идентичность по происхождению (IBD) и идентичность государством (IBS) расчет матрицы;
• стратификация населения, например Анализ главных компонентов;
• анализ ассоциации, такой как исследование ассоциации всего генома как для основных исследований случая / контроля, так и для количественных характеристик;
• тесты для эпистаз

Входные и выходные файлы

PLINK имеет собственный формат текстовых файлов (.ped) и двоичных текстовых файлов (.bed), которые служат в качестве входных файлов для большинства анализов. .Map сопровождает файл .ped и предоставляет информацию о вариантах, тогда как файлы .bim и .fam сопровождают файлы .bed как часть двоичного набора данных. Кроме того, PLINK принимает входные данные VCF, BCF, Oxford и файлы 23andMe, которые обычно извлекаются в двоичный формат .bed перед выполнением желаемого анализа. В некоторых форматах, таких как VCF, некоторая информация, такая как фаза и дозировка, будет отброшена.

PLINK имеет множество выходных файлов в зависимости от анализа. PLINK может выводить файлы для BEAGLE и перекодировать файл .bed в VCF для анализа в других программах. Кроме того, PLINK предназначен для работы вместе с р, и может выводить файлы для обработки определенными пакетами R.

Расширения и текущие разработки

• PLINK 2.0 - комплексное обновление PLINK, разработанное Кристофером Чангом, с улучшенной скоростью различных вычислений общегеномных ассоциаций (GWA), включая вычисление матриц идентичности по состояниям (IBS), отсечение на основе LD и анализ ассоциаций^[2].
• PLINK / SEQ - это библиотека C / C ++ с открытым исходным кодом, предназначенная для анализа крупномасштабных исследований всего генома и экзома.
• MQFAM - это многомерный тест ассоциации (MQFAM), который можно эффективно применять к большим выборкам на основе генеральной совокупности и реализован в PLINK.

Рекомендации

внешняя ссылка

• PLINK 1.07 домашняя страница
• PLINK 1.9 домашняя страница

Этот бесплатное программное обеспечение с открытым исходным кодом статья - это заглушка. Вы можете помочь Википедии расширяя это. v т е