WikiDer > Пик вызова

Peak calling

Пик вызова вычислительный метод, используемый для определения областей в геном которые были обогащены выровненные чтения как следствие выполнения ChIP-секвенирование или эксперимент с MeDIP-seq. Это те области, где белок взаимодействует с ДНК.[1] Когда белок представляет собой фактор транскрипции, обогащенная область - это его сайт связывания фактора транскрипции (TFBS). Популярные программы включают MACS.[2] Уилбэнкс и его коллеги[3] представляет собой обзор участников пиковой нагрузки ChIP-seq, а Bailey et al.[4] представляет собой описание практических рекомендаций для пиковых вызовов в данных ChIP-seq.

Определение пиков может проводиться на транскриптоме / экзоме, а также на данных секвенирования РНК-эпигенома из MeRIPseq[5] или же m6Aseq[6] для обнаружения посттранскрипционных сайтов модификации РНК с помощью программ, таких как exomePeak.[7]Многие инструменты вызова пиков оптимизированы только для некоторых видов анализов, например только для ChIP-seq транскрипционного фактора или только для DNase-seq.[8] Однако новое поколение пиковых вызовов, таких как DFilter[9] основаны на обобщенной оптимальной теории обнаружения и, как было показано, работают практически для всех типов сигналов профиля метки из данных секвенирования следующего поколения. Также можно проводить более сложный анализ с использованием таких инструментов, как объединение нескольких сигналов ChIP-seq для обнаружения регуляторных сайтов. [10]

В контексте ChIP-exo этот процесс известен как «вызов пиковой пары».[11]

Дифференциальный пиковый вызов заключается в выявлении существенных различий в двух сигналах ChIP-seq. Можно различать одноэтапные и двухступенчатые дифференциальные пиковые вызывающие. Вызывающие одноэтапные дифференциальные пики работают в два этапа: во-первых, пики вызова на отдельных сигналах ChIP-seq, а во-вторых, объединяют отдельные сигналы и применяют статистические тесты для оценки дифференциальных пиков. ДБЧИП[12] и MAnorm[13] являются примерами одноэтапных дифференциальных пиковых вызовов.

Вызывающие два этапа дифференциального пика сегментируют два сигнала ChIP-seq и идентифицируют дифференциальные пики за один этап. Они используют такие подходы к сегментации сигналов, как Скрытые марковские модели. Примеры двухступенчатых дифференциальных пиков: ChIPDiff,[14] ОДИН.[15] и ТОР. Дифференциальный пиковый вызов также может применяться в контексте анализа сайтов связывания РНК-связывающих белков.[16]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Валуев А, и др. (Сентябрь 2008 г.). «Полногеномный анализ сайтов связывания факторов транскрипции на основе данных ChIP-seq». Методы природы. 5 (9): 829–834. Дои:10.1038 / nmeth.1246. ЧВК 2917543. PMID 19160518.
  2. ^ Фэн, Цзяньсин; Лю, Тао; Цинь, Бо; Чжан, Юн; Лю, Сяоле Ширли (29 августа 2012 г.). «Определение обогащения ChIP-seq с использованием MACS». Протоколы природы. 7 (9): 1728–1740. Дои:10.1038 / nprot.2012.101. ЧВК 3868217. PMID 22936215.
  3. ^ Уилбэнкс, Элизабет Дж .; Факчиотти, Марк Т. (7 июля 2010 г.). «Оценка производительности алгоритма обнаружения пиков ChIP-Seq». PLOS ONE. 5 (7): e11471. Bibcode:2010PLoSO ... 511471W. Дои:10.1371 / journal.pone.0011471. ЧВК 2900203. PMID 20628599.
  4. ^ Бейли, TL; Krajewski P; Ladunga I; Lefebvre C; Li Q; Лю Т; Мадригал П; Таслим С; Чжан Дж. (14 ноября 2013 г.). «Практическое руководство по комплексному анализу данных ChIP-seq». PLOS Comput Biol. 9 (11): e1003326. Bibcode:2013PLSCB ... 9E3326B. Дои:10.1371 / journal.pcbi.1003326. ЧВК 3828144. PMID 24244136.
  5. ^ Мейер, Кейт Д .; Салюторе, Йогеш; Зумбо, Пол; Элементо, Оливье; Мейсон, Кристофер Э .; Джеффри, Сэми Р. (31 мая 2012 г.). «Комплексный анализ метилирования мРНК выявляет обогащение в 3 'UTRs и около стоп-кодонов». Клетка. 149 (7): 1635–1646. Дои:10.1016 / j.cell.2012.05.003. ЧВК 3383396. PMID 22608085.
  6. ^ Dominissini, Dan; Мошич-Мошковиц, Шарон; Шварц, Шрага; Лосось-Дивон, Мали; Унгар, Лиор; Осенберг, Сиван; Чесаркас, Карен; Якоб-Хирш, Жасмин; Амариглио, Нинетта; Купец, Мартин; Сорек, Ротем; Рехави, Гидеон (28 апреля 2012 г.). «Топология метиломов РНК m6A человека и мыши, выявленная с помощью m6A-seq». Природа. 485 (7397): 201–206. Bibcode:2012Натура.485..201Д. Дои:10.1038 / природа11112. PMID 22575960. S2CID 3517716.
  7. ^ Meng, J .; Cui, X .; Rao, M. K .; Chen, Y .; Хуанг, Ю. (14 апреля 2013 г.). «Экзомный анализ данных секвенирования РНК-эпигенома». Биоинформатика. 29 (12): 1565–1567. Дои:10.1093 / биоинформатика / btt171. ЧВК 3673212. PMID 23589649.
  8. ^ Кухи, Хашем; Вниз, Thomas A .; Спиваков, Михаил; Хаббард, Тим; Хельмер-Читтерих, Мануэла (8 мая 2014 г.). «Сравнение пиковых вызывающих абонентов, используемых для данных DNase-Seq». PLOS ONE. 9 (5): e96303. Bibcode:2014PLoSO ... 996303K. Дои:10.1371 / journal.pone.0096303. ЧВК 4014496. PMID 24810143.
  9. ^ Кумар, Вибхор; Масафуми Муратани; Нирмала Арул Райан; Петра Краус; Томас Луфкин; Хак Хуэй Нг; Шьям Прабхакар (июль 2013 г.). «Единая оптимальная обработка отображаемых данных глубокого секвенирования». Природа Биотехнологии. 31 (7): 615–622. Дои:10.1038 / nbt.2596. PMID 23770639. [1]
  10. ^ Вонг, Ка-Чун; и другие. (2014). «SignalSpider: обнаружение вероятностных паттернов на множественных нормализованных профилях сигналов ChIP-Seq». Биоинформатика. 31 (1): 17–24. Дои:10.1093 / биоинформатика / btu604. PMID 25192742.
  11. ^ Мадригал, Педро (2015). «Идентификация сайтов связывания транскрипционных факторов в ChIP-exo с использованием R / Bioconductor». Протоколы биоинформатики Epigenesys. 68.
  12. ^ Келес, Лян (26 октября 2011 г.). «Обнаружение дифференциального связывания факторов транскрипции с ChIP-seq». Биоинформатика. 28 (1): 121–122. Дои:10.1093 / биоинформатика / btr605. ЧВК 3244766. PMID 22057161.
  13. ^ Ваксман, Шао; Чжан; Юань; Оркин (16 марта 2012 г.). «MAnorm: надежная модель для количественного сравнения наборов данных ChIP-Seq». Геномная биология. 13 (3): R16. Дои:10.1186 / gb-2012-13-3-r16. ЧВК 3439967. PMID 22424423.
  14. ^ Сюй, Сун; Вэй; Линь (28 июля 2008 г.). «Подход HMM к полногеномной идентификации сайтов дифференциальной модификации гистонов по данным ChIP-seq». Биоинформатика. 24 (20): 2344–2349. Дои:10.1093 / биоинформатика / btn402. PMID 18667444.
  15. ^ Аллхофф, Коста; Сере; Шовистр; Линь; Зенке (24 октября 2014 г.). «Обнаружение дифференциальных пиков в сигналах ChIP-seq с помощью ODIN». Биоинформатика. 30 (24): 3467–3475. Дои:10.1093 / биоинформатика / btu722. PMID 25371479.
  16. ^ Холмквист Э., Райт П.Р., Ли Л., Бишлер Т., Барквист Л., Рейнхардт Р., Бекофен Р., Фогель Дж. (2016). «Глобальные паттерны распознавания РНК посттранскрипционных регуляторов Hfq и CsrA, выявленные с помощью УФ-сшивания in vivo». EMBO J. 35 (9): 991–1011. Дои:10.15252 / embj.201593360. ЧВК 5207318. PMID 27044921.