WikiDer > Анализ межгенного спейсера рибосом - Википедия
 | Эта статья нужны дополнительные цитаты для проверка. (Ноябрь 2017 г.) (Узнайте, как и когда удалить этот шаблон сообщения) |
Рибосомная РНК (рРНК) межгенный спейсерный анализ (RISA) - метод микробное сообщество анализ, который обеспечивает средства сравнения различных сред или воздействий лечения без предвзятости, налагаемой культурозависимыми подходами.[1] Этот тип анализа часто называют дактилоскопия сообщества. RISA включает ПЦР усиление области рРНК генный оперон между малыми (16S) и большой (23S) подразделения, называемые межгенная спейсерная область ISR.[2]
Используя олигонуклеотидные праймеры нацеленные на консервативные области генов 16S и 23S, фрагменты RISA могут быть получены из большинства доминирующих бактерии в экологическом образце. Хотя большая часть оперона рРНК выполняет структурную функцию, части межгенной области 16S-23S могут кодировать тРНК в зависимости от вида бактерий. Однако таксономическая ценность ISR заключается в значительной гетерогенности как по длине, так и по нуклеотидной последовательности. В RISA мы пытаемся использовать неоднородность длины ISR, которая, как было показано, находится в диапазоне от 150 до 1500 п.н., при этом большая часть длин ISR составляет от 150 до 500 п.н.[3]
Полученный продукт ПЦР будет представлять собой смесь фрагментов, внесенных несколькими доминирующими членами сообщества. Этот продукт подвергается электрофорезу в полиакриламидный гель, и ДНК визуализируется после окрашивания. Результатом является сложный рисунок полос, который обеспечивает профиль, специфичный для сообщества, с каждой полосой ДНК, соответствующей бактериальной популяции в исходной совокупности.
Рекомендации
- ^ Sigler, W.V .; Зейер, Дж. (2002). «Микробное разнообразие и активность на переднем крае двух отступающих ледников». Microb. Ecol. 43 (4): 397–407. Дои:10.1007 / s00248-001-0045-5. PMID 11953808.
- ^ Borneman, J .; Triplett, E.W. (1997). «Молекулярное микробное разнообразие в почвах Восточной Амазонии: свидетельства необычных микроорганизмов и изменений микробной популяции, связанных с обезлесением». Appl. Environ. Микробиол. 63 (7): 2647–2653. Дои:10.1128 / AEM.63.7.2647-2653.1997.
- ^ Sigler, W.V .; Crivii, S; Зейер, Дж (2002). «Бактериальная сукцессия в ледниковых почвах переднего поля, характеризующаяся структурой сообществ, активностью и динамикой оппортунистического роста» Microb. Ecol. 44 (4): 306–316. Дои:10.1007 / s00248-002-2025-9. PMID 12399899.