WikiDer > SAFB

SAFB
Идентификаторы
Псевдонимы	SAFB, HAP, HET, SAF-B1, SAFB1, SAB-B1, SAF-B, коэффициент прикрепления каркаса B
Внешние идентификаторы	OMIM: 602895 MGI: 2146974 ГомолоГен: 2229 Генные карты: SAFB
Расположение гена (человек)
Chr.	Хромосома 19 (человек)
Конец	5,668,478 бп
Расположение гена (Мышь)
Chr.	Хромосома 17 (мышь)
Конец	56,606,294 бп
Экспрессия РНК шаблон
	; ;
	Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология
Молекулярная функция	• Связывание ДНК; • связывание хроматина; • GO: 0001948 связывание с белками; • связывание нуклеиновой кислоты; • связывание двухцепочечной ДНК; • последовательное связывание ДНК; • Связывание РНК; • GO: 0000980 Связывание ДНК, специфичное для последовательности цис-регуляторной области РНК-полимеразы II;
Сотовый компонент	• нуклеоплазма; • ядро клетки;
Биологический процесс	• регуляция транскрипции, ДНК-шаблон; • организация хроматина; • транскрипция, ДНК-шаблон; • гормональный метаболический процесс; • положительная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II; • регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II; • сигнальный путь внутриклеточного рецептора эстрогена; • регуляция обработки мРНК; • рост; • регулирование роста;
	Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
	6294
	224903
	ENSG00000160633
	ENSMUSG00000071054
	Q15424
	D3YXK2
NM_001201338; NM_001201339; NM_001201340; NM_002967; NM_001320571;
	NM_001320572
	NM_001163300; NM_001374619
NP_001188267; NP_001188268; NP_001188269; NP_001307500; NP_001307501;
	NP_002958
	NP_001156772; NP_001361548
	Викиданные
Просмотр / редактирование человека	Просмотр / редактирование мыши

SAFB

Фактор крепления лесов B, также известен как SAFB, это ген с гомологами, которые были изучены на людях и мышах.^[5]

Функция

Этот ген кодирует ДНК-связывающий белок, который обладает специфичностью в отношении элементов ДНК области прикрепления каркаса или матрицы (S / MAR ДНК). Считается, что этот белок участвует в прикреплении основы петель хроматина к ядерному матриксу, но существуют противоречивые мнения относительно того, является ли этот белок компонентом хроматина, ядерного матрикса или обоих. Факторы прикрепления каркаса представляют собой подмножество белков ядерного матрикса (NMP) с усиленным связыванием с AT-богатыми последовательностями S / MAR. Считается, что белок SAF-B служит молекулярной основой для сборки «транскриптосомного комплекса» рядом с активно транскрибируемыми генами. Он участвует в регуляции транскрипции белка теплового шока 27, а также может действовать как корепрессор рецептора эстрогена. Этот ген является геном-кандидатом на онкогенез груди.^[5]

Взаимодействия

SAFB было показано взаимодействовать с участием:

использованная литература

^ ^а ^б ^c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000160633 - Ансамбль, Май 2017
^ ^а ^б ^c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000071054 - Ансамбль, Май 2017
^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
^ ^а ^б «Entrez Gene: фактор B прикрепления каркаса SAFB».
^ ^а ^б Таунсон С.М., Канг К., Ли А.В., Эстеррайх С. (июнь 2004 г.). "Структурно-функциональный анализ фактора прикрепления каркаса корепрессорного альфа-рецептора эстрогена-B1: идентификация домена мощной репрессии транскрипции". J. Biol. Chem. 279 (25): 26074–81. Дои:10.1074 / jbc.M313726200. PMID 15066997.
^ Oesterreich S, Zhang Q, Hopp T., Fuqua SA, Michaelis M, Zhao HH, Davie JR, Osborne CK, Lee AV (март 2000 г.). «Тамоксифен-связанный рецептор эстрогена (ER) сильно взаимодействует с белком ядерного матрикса HET / SAF-B, новым ингибитором ER-опосредованной трансактивации». Мол. Эндокринол. 14 (3): 369–81. Дои:10.1210 / исправление.14.3.0432. PMID 10707955.
^ Арао Ю., Курияма Р., Каяма Ф., Като С. (август 2000 г.). «Фактор, связанный с ядерным матриксом, SAF-B, взаимодействует со специфическими изоформами AUF1 / hnRNP D». Arch. Biochem. Биофизы. 380 (2): 228–36. Дои:10.1006 / abbi.2000.1938. PMID 10933876.
^ Таунсон С.М., Добжицка К.М., Ли А.В., Эйр М., Дэн В., Канг К., Цзян С., Киока Н., Михаэлис К., Остеррайх С. (май 2003 г.). «SAFB2, новый гомолог фактора прикрепления каркаса и корепрессор рецептора эстрогена». J. Biol. Chem. 278 (22): 20059–68. Дои:10.1074 / jbc.M212988200. PMID 12660241.

дальнейшее чтение

Oesterreich S (2004). «Факторы прикрепления к каркасу SAFB1 и SAFB2: невиновные свидетели или важные игроки в онкогенезе груди?». J. Cell. Биохим. 90 (4): 653–61. Дои:10.1002 / jcb.10685. PMID 14587024. S2CID 39178501.
Romig H, Fackelmayer FO, Renz A, Ramsperger U, Richter A (1992). «Характеристика SAF-A, нового связывающего ядерную ДНК белка из клеток HeLa с высоким сродством к элементам ДНК ядерного матрикса / прикрепления каркаса». EMBO J. 11 (9): 3431–40. Дои:10.1002 / j.1460-2075.1992.tb05422.x. ЧВК 556878. PMID 1324173.
Ренц А., Факельмайер Ф.О. (1996). «Очистка и молекулярное клонирование фактора B прикрепления каркаса (SAF-B), нового ядерного белка человека, который специфически связывается с S / MAR-ДНК». Нуклеиновые кислоты Res. 24 (5): 843–9. Дои:10.1093 / nar / 24.5.843. ЧВК 145707. PMID 8600450.
Остеррайх С., Ли А.В., Салливан Т.М., Самуэль С.К., Дэви-младший, Фукуа С.А. (1997). «Новый ядерный матричный белок HET связывается с промотором HSP27 и влияет на его активность в клетках рака груди человека». J. Cell. Биохим. 67 (2): 275–86. Дои:10.1002 / (SICI) 1097-4644 (19971101) 67: 2 <275 :: AID-JCB13> 3.0.CO; 2-E. PMID 9328833.
DuPont BR, Garcia DK, Sullivan TM, Naylor SL, Oesterreich S (1998). «Отнесение SAFB, кодирующего Hsp27 ERE-TATA-связывающий белок (HET) / фактор прикрепления каркаса B (SAF-B) к полосе р13 хромосомы 19 человека». Cytogenet. Cell Genet. 79 (3–4): 284–5. Дои:10.1159/000134744. PMID 9605873.
Найлер О., Стретлинг В., Буркин Дж. П., Стэглир И., Линдеманн Л., Яспер Г., Хартманн А. М., Факельмайер Ф. О., Ульрих А., Штамм С. (1998). «Белок SAF-B сочетает транскрипцию и сплайсинг пре-мРНК с элементами SAR / MAR». Нуклеиновые кислоты Res. 26 (15): 3542–9. Дои:10.1093 / nar / 26.15.3542. ЧВК 147731. PMID 9671816.
Вайгардт Ф., Кобианки Ф., Картеньи Л., Кьоди I, Вилла А, Рива С, Биамонти Дж. (1999). «Новый белок hnRNP (HAP / SAF-B) входит в подмножество комплексов hnRNP и перемещается в ядерные гранулы в ответ на тепловой шок». J. Cell Sci. 112 (10): 1465–76. PMID 10212141.
Oesterreich S, Zhang Q, Hopp T., Fuqua SA, Michaelis M, Zhao HH, Davie JR, Osborne CK, Lee AV (2000). «Тамоксифен-связанный рецептор эстрогена (ER) сильно взаимодействует с белком ядерного матрикса HET / SAF-B, новым ингибитором ER-опосредованной трансактивации». Мол. Эндокринол. 14 (3): 369–81. Дои:10.1210 / исправление.14.3.0432. PMID 10707955.
Шнырева М, Шуллери Д.С., Сузуки Х, Хигаки Ю., Бомштык К. (2000). «Взаимодействие двух многофункциональных белков. Гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин К и Y-бокс-связывающий белок». J. Biol. Chem. 275 (20): 15498–503. Дои:10.1074 / jbc.275.20.15498. PMID 10809782.
Арао Й, Курияма Р., Каяма Ф, Като С. (2000). «Фактор, связанный с ядерным матриксом, SAF-B, взаимодействует со специфическими изоформами AUF1 / hnRNP D». Arch. Biochem. Биофизы. 380 (2): 228–36. Дои:10.1006 / abbi.2000.1938. PMID 10933876.
Стосс О., Ольбрих М., Хартманн А.М., Кениг Х., Меммотт Дж., Андредис А., Штамм С. (2001). «Белок семейства STAR / GSG rSLM-2 регулирует выбор альтернативных сайтов сплайсинга». J. Biol. Chem. 276 (12): 8665–73. Дои:10.1074 / jbc.M006851200. PMID 11118435.
Oesterreich S, Allredl DC, Mohsin SK, Zhang Q, Wong H, Lee AV, Osborne CK, O'Connell P (2001). «Высокие показатели потери гетерозиготности по хромосоме 19p13 при раке груди человека». Br. J. Рак. 84 (4): 493–8. Дои:10.1054 / bjoc.2000.1606. ЧВК 2363776. PMID 11207044.
Николакаки Э., Коэн Р., Хартманн А.М., Штамм С., Георгацу Э., Джаннакурос Т. (2001). «Клонирование и характеристика альтернативно сплайсированной формы протеинкиназы 1 SR, которая специфически взаимодействует с фактором прикрепления каркаса-B». J. Biol. Chem. 276 (43): 40175–82. Дои:10.1074 / jbc.M104755200. PMID 11509566.
Пол С, Манеро Ф, Гонин С, Крец-Реми С, Вирот С, Арриго А.П. (2002). «Hsp27 как отрицательный регулятор высвобождения цитохрома c». Мол. Cell. Биол. 22 (3): 816–34. Дои:10.1128 / MCB.22.3.816-834.2002. ЧВК 133538. PMID 11784858.
Traweger A, Fuchs R, Krizbai IA, Weiger TM, Bauer HC, Bauer H (2003). «Белок плотных контактов ZO-2 локализуется в ядре и взаимодействует с гетерогенным ядерным рибонуклеопротеидным фактором прикрепления каркаса-B». J. Biol. Chem. 278 (4): 2692–700. Дои:10.1074 / jbc.M206821200. PMID 12403786.
Таунсон С.М., Добжицка К.М., Ли А.В., Эйр М., Дэн В., Канг К., Цзян С., Киока Н., Михаэлис К., Остеррайх С. (2003). «SAFB2, новый гомолог фактора прикрепления каркаса и корепрессор рецептора эстрогена». J. Biol. Chem. 278 (22): 20059–68. Дои:10.1074 / jbc.M212988200. PMID 12660241.
ван ден Эйссел П., Уилок Р., Прескотт А., Рассел П., Куинлан Р. А. (2003). «Ядерная спекл-локализация малого белка теплового шока альфа-B-кристаллина и его ингибирование мутацией, связанной с кардиомиопатией R120G». Exp. Cell Res. 287 (2): 249–61. Дои:10.1016 / S0014-4827 (03) 00092-2. PMID 12837281.
Тай Х. Х., Гейстерфер М., Белл Дж. К., Монива М., Дэви Дж. Р., Баучер Л., МакБерни М. В. (2003). «CHD1 связывается с NCoR и гистондеацетилазой, а также с белками сплайсинга РНК». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 308 (1): 170–6. Дои:10.1016 / S0006-291X (03) 01354-8. PMID 12890497.
Ли Дж., Хокинс И.С., Харви С.Д., Дженнингс Дж. Л., Линк А. Дж., Паттон Дж. Г. (2003). «Регулирование альтернативного сплайсинга с помощью SRrp86 и взаимодействующих с ним белков». Мол. Cell. Биол. 23 (21): 7437–47. Дои:10.1128 / MCB.23.21.7437-7447.2003. ЧВК 207616. PMID 14559993.

Эта статья о ген на хромосома человека 19 это заглушка. Вы можете помочь Википедии расширяя это.

[refGRCh38Ensembl-1] а ^б ^c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000160633 - Ансамбль, Май 2017

[refGRCm38Ensembl-2] а ^б ^c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000071054 - Ансамбль, Май 2017

[3] "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.

[4] "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.

[entrez-5] а ^б «Entrez Gene: фактор B прикрепления каркаса SAFB».

[pmid15066997-6] а ^б Таунсон С.М., Канг К., Ли А.В., Эстеррайх С. (июнь 2004 г.). "Структурно-функциональный анализ фактора прикрепления каркаса корепрессорного альфа-рецептора эстрогена-B1: идентификация домена мощной репрессии транскрипции". J. Biol. Chem. 279 (25): 26074–81. Дои:10.1074 / jbc.M313726200. PMID 15066997.

[pmid10707955-7] Oesterreich S, Zhang Q, Hopp T., Fuqua SA, Michaelis M, Zhao HH, Davie JR, Osborne CK, Lee AV (март 2000 г.). «Тамоксифен-связанный рецептор эстрогена (ER) сильно взаимодействует с белком ядерного матрикса HET / SAF-B, новым ингибитором ER-опосредованной трансактивации». Мол. Эндокринол. 14 (3): 369–81. Дои:10.1210 / исправление.14.3.0432. PMID 10707955.

[pmid10933876-8] Арао Ю., Курияма Р., Каяма Ф., Като С. (август 2000 г.). «Фактор, связанный с ядерным матриксом, SAF-B, взаимодействует со специфическими изоформами AUF1 / hnRNP D». Arch. Biochem. Биофизы. 380 (2): 228–36. Дои:10.1006 / abbi.2000.1938. PMID 10933876.

[pmid12660241-9] Таунсон С.М., Добжицка К.М., Ли А.В., Эйр М., Дэн В., Канг К., Цзян С., Киока Н., Михаэлис К., Остеррайх С. (май 2003 г.). «SAFB2, новый гомолог фактора прикрепления каркаса и корепрессор рецептора эстрогена». J. Biol. Chem. 278 (22): 20059–68. Дои:10.1074 / jbc.M212988200. PMID 12660241.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

Navigation