WikiDer > C7orf61

C7orf61
C7orf61
Идентификаторы
ПсевдонимыC7orf61, хромосома 7 открытая рамка считывания 61
Внешние идентификаторыГомолоГен: 52845 Генные карты: C7orf61
Расположение гена (человек)
Хромосома 7 (человек)
Chr.Хромосома 7 (человек)[1]
Хромосома 7 (человек)
Геномное расположение C7orf61
Геномное расположение C7orf61
Группа7q22.1Начинать100,456,620 бп[1]
Конец100,464,260 бп[1]
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

402573

н / д

Ансамбль

ENSG00000185955

н / д

UniProt

Q8IZ16

н / д

RefSeq (мРНК)

NM_001004323

н / д

RefSeq (белок)

NP_001004323

н / д

Расположение (UCSC)Chr 7: 100.46 - 100.46 Мбн / д
PubMed поиск[2]н / д
Викиданные
Просмотр / редактирование человека

Неохарактеризованный белок хромосомы 7 открытая рамка считывания 61 представляет собой белок с низким содержанием аспарагина у людей, кодируемый геном c7orf61. Функция белка относительно неизвестна и очень консервативна у млекопитающих.

Ген

Locus

C7orf61 расположен на обратной (или отрицательной) цепи ДНК и расположен в хромосоме 7 (7q22.1) из пар оснований 100,456,615–100,464,271 - примерно 7,656 п.н.[3] Он имеет всего 3 экзона и не имеет изоформ.

мРНК

Длина мРНК составляет приблизительно 1019 п.н. и принадлежит домену с неизвестной функцией 4703 (PFAM15775).[4]

Протеин

У человека в белке содержится 206 аминокислоты.[3] Молекулярная масса белка составляет 23,71 кДа, а его изоэлектрическая точка - 10,41.[5] DUF4703 находится на 22-206 аминокислотных позициях белка.[3] Ни ген, ни его белок не имеют другого известного псевдонима, но могут быть обнаружены с высоким сродством у нескольких видов приматов.[6]

Сочинение

Аминокислотный состав C7orf61 состоит из высоких частот в лейцин, серин, и заряжен валин.[7] Белок имеет необычно низкую частоту в аспарагин, что делает его белком с дефицитом аспарагина,[7] и содержит более высокие частоты образования соляных мостиков между глютаминовая кислота, аспарагиновая кислота, лизин и аргинин.[7]

Характеристики и состав

Согласие в инструментах прогнозирования вторичной структуры CFSSP,[8] ССПРЕД,[9] и GOR4 [10] состоит в том, что вторичная структура белка состоит в основном из α-спиралей (51,2%) со значительным количеством спиралей (38,2%) и меньшими фрагментами бета-цепей (10,3%).

Предсказанная трехмерная структура белка C7orf61 через PHYRE2.[11]

Посттрансляционные модификации

C7orf61 имеет несколько сайтов посттрансляционных модификаций, большинство из которых включает серин / треонинкиназы - протеинкиназа C, Казеин киназа II, ДНК-зависимая протеинкиназа, и Циклинзависимая киназа 1. Предполагается, что он содержит сигнал двухчастичной ядерной локализации (NLS_BP), вариантный домен, богатый лейцином (LRV), и бактериальный Ig-подобный домен (BIG-1).[12]

Субклеточная локализация

C7orf61 не содержит трансмембранных доменов или сигнальных пептидов.[13][14] Предполагается, что белок локализуется в митохондриях с незначительными признаками внеклеточной активности.[15][16] Расширенный анализ аминокислотной последовательности KFFRWVRRAWQRIISWVF рядом с N-концом предполагает наличие сигнала нацеливания на митохондрии.[17]

Генная регуляция

C7orf61 имеет высокие уровни экспрессии в яичках и более низкие уровни в головном мозге и соединительных тканях.[18] По результатам оценки экспериментов с микрочипами, доступных на NCBI Geo, делается вывод, что c7orf61 находится под негативным регулированием.[19]

Гомология

C7orf61 не имеет паралогов. Анализ с помощью инструмента NCBI BLASTt[20] обнаружили, что ген является высококонсервативным у млекопитающих и не может быть прослежен раньше, чем 160 млн лет назад. В следующей таблице содержится список ортологов, обнаруженных в нескольких подклассах млекопитающих - это не полный список для ортологии белков.

РазновидностьРаспространенное имяДивергенция (MYA)Регистрационный номер (из NCBI [21])Длина последовательностиПроцент идентичностиПроцент сходства
Homo sapiensЧеловек0NP_001004323.1206100%100%
Цератотерий симумБелый носорог96XP_014652622.120464%81%
Canis lupusВолк96XP_008963687.120364%78%
Bos taurusКорова96XP_005225278.120464%78%
Physeter catodonКашалот96XP_007110691.120463%76%
Condylura cristataКрот96XP_004691685.120462%75%
Eptesicus fuscusКоричневая летучая мышь96XP_008139625.121361%75%
Элефантулус ЭдвардаСлоновая землеройка105XP_006896643.114758%78%
Phascolarctos cinereusКоала159XP_020834746.116041%58%
Sarcophilus harrisiiТасманский дьявол160XP_012404266.116237%61%

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000185955 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  3. ^ а б c "NCBI h. Sapiens Protein C7orf61". Получено 4 января 2018.
  4. ^ "NCBI h. Sapiens мРНК C7orf61". Получено 20 февраля 2018.
  5. ^ "Инструмент ExPASy Compute pl / Mw". Получено 4 января 2018.
  6. ^ "NCBI p. Troglodytes Protein C7orf61". Получено 4 января 2018.
  7. ^ а б c «EMBL-EBI SAP». Получено 24 апреля 2018.
  8. ^ «ЦФССП». Получено 23 апреля 2018.
  9. ^ «СофтБерри ССПРЕД». Получено 23 апреля 2018.
  10. ^ «ГОР4». Получено 23 апреля 2018.
  11. ^ «ФИРЭ2». Получено 23 апреля 2018.
  12. ^ "SIB Motif Scan". Получено 23 апреля 2018.
  13. ^ «Инструмент прогнозирования сервера SignalP 4.1». Получено 20 апреля 2018.
  14. ^ «ТМпред инструмент». Получено 21 апреля 2018.
  15. ^ «DeepLoc-1.0». Получено 24 апреля 2018.
  16. ^ «ProtComp 9.0». Получено 24 апреля 2018.
  17. ^ «Винтовое колесо». Получено 25 апреля 2018.
  18. ^ "Профиль NCBI EST - C7orf61". Получено 1 апреля 2018.
  19. ^ "NCBI Geo". Получено 2 апреля 2018.
  20. ^ "NCBI BLAST". Получено 4 февраля 2018.
  21. ^ "NCBI C7orf61". Получено 4 января 2018.