WikiDer > HLA-A68 - Википедия
| HLA-A68 | ||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| (MHC Класс I, А антиген клеточной поверхности) | ||||||||||||||||
 Рендеринг или 2хлаПоказаны A * 6801 (голубой) и микроглобулин Beta-2 (розовый). На этом изображении нет связанного пептида. | ||||||||||||||||
| О | ||||||||||||||||
| Протеин | трансмембранный рецептор/лиганд | |||||||||||||||
| Структура | αβ гетеродимер | |||||||||||||||
| Подразделения | HLA-A*68--, β2-микроглобулин | |||||||||||||||
| Старые имена | A28 | |||||||||||||||
| Подтипы | ||||||||||||||||
| ||||||||||||||||
| Редкие аллели | ||||||||||||||||
| ||||||||||||||||
| Ссылка на все аллели на IMGT / HLA база данных в EBI | ||||||||||||||||
HLA-A68 (A68) - это человеческий лейкоцитарный антиген серотип в HLA-A группа серотипа. Серотип определяется по распознаванию антителом α68 подмножество α-цепей HLA-A. Для A68 альфа-цепь "A" кодируется HLA-A*68 аллельная группа и β-цепь кодируются B2M локус.[1] A68 и A*68 почти синонимы по значению. A68 - это расщепленный антиген из широкий антиген серотип A28. A68 является сестринским серотипом A69.
A68 чаще встречается в Северной Америке.
Серотип
| А * 68 | A68 | А28 | А69 | Образец |
| аллель | % | % | % | размер (N) |
| *6801 | 27 | 63 | 0 | 2736 |
A68 плохой, с низкой специфической детекцией, высокой неспецифической идентификацией по A28.
Ассоциации болезней
По аллелю
A * 68 связан с более высокой вирусной нагрузкой в ВИЧ.[3][4] A68 может быть защитным против симптоматического порока сердца при кардиомиопатии Чаги.[5]
Частоты аллелей
| Изучение населения | Freq. (в %)[6] |
|---|---|
| Бразилия Терена | 25.0 |
| Мексика Сонора Сери | 19.7 |
| США Аляска коренные жители юпиков | 15.5 |
| Мексика Mixtec Oaxaca | 13.7 |
| Индия Хандеш Павра | 12.0 |
| Мексика Сапотек Оахака | 11.2 |
| Буркина-Фасо-Мосси | 9.4 |
| Мексика штат Чиуауа Та… | 9.1 |
| Эквадор Каяпа | 9.0 |
| Южная Африка Натал Тамил | 8.0 |
| Пакистанский синдхи | 7.7 |
| Индия Мумбаи Маратхи | 7.5 |
| Пакистанские калаши | 7.5 |
| Индия Тамил Наду Надар | 7.4 |
| Сенегал Ниоколо Манденка | 7.0 |
| Грузия Тбилиси Курды | 6.7 |
| Грузия Сванети Сваны | 6.3 |
| Мексика Местис | 6.1 |
| Индия Вест Бхилс | 6.0 |
| Центр Португалии | 6.0 |
| Бельгия | 5.7 |
| Мексика Mixe Oaxaca | 5.6 |
| Саудовская Аравия Гураят и… | 5.6 |
| США Уроженец Северной Америки… | 5.6 |
| Латиноамериканцы из Южного Техаса | 5.2 |
| Камерунский карликовый бака | 5.0 |
| Кабо-Верде, северо-запад I… | 4.8 |
| Грузия Тбилиси Грузия… | 4.8 |
| Хорватия | 4.7 |
| Финляндия | 4.5 |
| Шотландия Оркнейские острова | 4.4 |
| Оман | 4.3 |
| Марокко «берберский» Надор Ме… | 4.2 |
| Австралия Новый Южный Уэльс | 4.1 |
| США Африканская Америка | 4.0 |
| Китай Внутренняя Монголия | 3.9 |
| Гвадалахара-Метис (2) | 3.9 |
| Камерун Сава | 3.8 |
| Мали Бандиагара | 3.6 |
| Тунис | 3.5 |
| Индия Андхра-Прадеш Голл… | 3.4 |
| Южная Ирландия | 3.4 |
| Камерун Бети | 3.2 |
| Пакистанский белудж | 3.2 |
| Буркина-Фасо Фулани | 3.1 |
| Парсы западного побережья Индии | 3.0 |
| Израильские арабские друзы | 3.0 |
| Япония Айну Хоккайдо | 3.0 |
| Южноафриканский Натал Зулу | 3.0 |
| Суданский | 3.0 |
| США Кавказский | 3.0 |
| Индия Северные индусы | 2.9 |
| Пакистан Брахуи | 2.9 |
| Уганда Кампала | 2.8 |
| Иран Белудж | 2.7 |
| Ирландия Северная | 2.7 |
| румынский | 2.6 |
| США испаноязычный | 2.6 |
| Бразилия | 2.5 |
| Юго-Восток Франции | 2.4 |
| Гвинея-Бисау | 2.3 |
| Испания Каталония Жирона | 2.3 |
| Китай Пекин | 2.2 |
| Франция Корсика | 2.0 |
| Сингапур яванский Индонезия | 2.0 |
| США Южная Дакота Лакота Сиу | 2.0 |
| Болгария | 1.8 |
| Монголия Бурятский | 1.7 |
| США Аризона Пима | 1.7 |
| Испания Восточная Андалусия | 1.5 |
| Кения | 1.4 |
| Камерун Бамилеке | 1.3 |
| Зимбабве Хараре Шона | 1.3 |
| Россия Тува (2) | 1.1 |
| Частоты аллелей представлены, только | |
A68 можно разделить на 3 аллеля, * 6801, * 6802, * 6803. * 6801 также может быть разделен на * 680101 и * 680102 (ранее назывался * 68011 и * 68012).
А * 6801
А * 6801 выше в некоторых Коренной американец группы, народы Южной Азии, африканские народы, однако * 6801 находится на низком уровне в большинстве стран Юго-Восточной Азии, особенно среди коренного населения. Это также отражается на низких уровнях вдоль Западно-Тихоокеанский регион включая Японию. Перерыв * 6801 в Северной Японии с частотой 3%, обнаруженной в Айны, который продолжает расти с арктическими народами и падает среди коренных американцев. А в северных регионах Западной Евразии A * 6801 отваливается. И в Африке, и в Новом Свете можно найти как A * 680101, так и A * 680102.[7] Хотя в Новом Свете более распространен A * 680102.
| частота | ||
| исх. | численность населения | (%) |
| [8] | Юкпа (Венесуэла) | 37.2 |
| [9] | Нанди (Кения) | 11.6 |
| [10] | Кения | 10.5 |
| [11] | Хараре Шона (Зимбабве) | 9.8 |
| [12] | Натал Зулу (Южная Африка) | 9.5 |
| [9] | Луо (Кения) | 7.6 |
| [9] | Мали Бандиагара | 6.2 |
| [7] | Суданский | 5.5 |
| [9] | Кампала (Уганда) | 5.2 |
| [13] | Пигмеи Бака (Камерун) | 5.0 |
| [14] | Местис (Гвадалахара, Мексика) | 4.9 |
| [15] | Восточный остров (Кабо-Верде) | 4.8 |
| [16] | Надор Металса (Марокко) | 4.8 |
| [7] | Чиригуанос (Аргентина) | 4.7 |
| [17] | Мосси (Буркина-Фасо) | 4.7 |
| [9] | Лусака (Замбия) | 4.7 |
| [13] | Бамилеке (Камерун) | 4.5 |
| [7] | Сава (Камерун) | 3.8 |
| [7] | Калаш (Пакистан) | 3.3 |
| [7] | Бети (Камерун) | 3.2 |
| [7] | ЮВ Франция | 3.1 |
| [7] | Сери (Сонора, Мексика) | 3.0 |
| [7] | Яунде (Камерун) | 2.8 |
| [7] | Тунис | 2.5 |
| [7] | Гвинея-Бисау | 2.3 |
| [7] | Фулани (Буркина-Фасо) | 2.0 |
| [7] | Южная Португалия | 2.0 |
| [7] | Оман (восточная Аравия) | 1.7 |
| [7] | Корсика (Франция) | 1.6 |
| [7] | Белудж (Пакистан) | 1.6 |
| [7] | Ниохоло Манденка (Сенегал) | 1.6 |
| [7] | Восточная Андалусия (Испания) | 1.5 |
| [7] | Оркнейские острова (Шотландия) | 1.4 |
| [7] | Местисос (Мексика) | 1.2 |
| [7] | Белудж (Иран) | 1.1 |
| [7] | Бергамо (Италия) | 1.1 |
| [7] | Северная Хань (Китай) | 1.0 |
| [7] | Центральная Португалия | 1.0 |
| [7] | Чехия | 0.9 |
| [7] | Северная Ирландия | 0.9 |
| [7] | Евреи (Израиль) | 0.9 |
| [7] | Mixe (Оахака, Мексика) | 0.9 |
| [7] | Мадейра (Испания) | 0.8 |
| [7] | Каяпа (Эквадор) | 0.6 |
| [7] | Сваны (Грузия) | 0.6 |
| [7] | Майорка / Менорка (Испания) | 0.6 |
| [7] | Бельгия | 0.5 |
| [7] | Лакота (сиу) | 0.5 |
А * 6802
А * 6802 имеет глобальный узел в пределах некоторых коренных народов Южной Америки, в 37%. Вторичный узел можно найти в Африке. Как и * 6801, в коренных популяциях Юго-Восточной Азии существует перерыв в * 6802, что указывает на то, что это население не является вероятным источником среди коренных народов Нового Света. Уровни, как правило, низкие (<1%) в Европе, за исключением побережья Средиземного моря. В Африке более высокие уровни можно найти в Кении, Западной Африке и на островах Кабо-Верде.[7] Примечание о чистоте: представление о том, что A * 6802 имеет коренное индейское происхождение, может быть оспорено на основании возможности интрогрессии со стороны европейцев и африканцев. В случае с юкпой это неверно. У Yucpa частота HLA-DQ8 составляет ~ 80%, самая высокая частота аллеля DQ в мире, это племя демонстрирует мало доказательств европейской генетической интрогрессии, кроме того, ближайшая частота DQ8 с точки зрения Африки - изолированные ! Кунг из Намибия. Есть два возможных источника A * 6802: Африка напрямую и Африка через Азию. Связанные аллели B (B * 48, B * 61) указывают на азиатское происхождение или на африканский источник очень древнего происхождения, поскольку для рекомбинации типичных азиатских аллелей B с A68 потребуется время. На испанском языке уровни A28 составляют 3,1%, из них ~ 0,5% - A * 6901, A * 6802 - около 2,0%, что означает, что чистый уровень от A * 6802 до A * 6805 на испанском языке составляет ~ 0,5%. Из 11 опрошенных групп АН 9 выше и 2 ниже 0,5%. Из двух испанских групп 1 (Андалусия - 1,5%) находится выше, а другая (Каталония 0,0%) - ниже. В модели примеси испанская интрогрессия не объясняет A * 6802 в Новом Свете. Азиатская модель миграции не показывает ни одного народа к северо-востоку от Пакистана с A * 6802.
А * 6803
| частота | ||
| исх. | численность населения | (%) |
| [18] | Майя (Гватемала) | 7.6 |
| [19] | Карликовый бакало (Камерун) | 6.0 |
| [14] | Местис (Гвадалахара, Мексика) | 3.9 |
| [20] | Метисы (мексика) | 3.7 |
| [19] | Мбензеле Пигмей (Центральноафриканский) | 1.5 |
| [21] | Лакота (сиу) | 1.2 |
| [22] | Юпик (Эскимосско-Аляскинский) | 1.0 |
| [11] | Бурят (Монголия) | 0.4 |
| [11] | Северная Ирландия, Румыния, Чехия, | 0.0 |
А * 6803 можно найти у коренных народов Нового Света и в Центральной Азии, в Африке он, по-видимому, ограничен жителями Западной и Центральной Африки. Это распределение вместе с информацией о 6801 и 6802 предполагает вероятное перераспределение аллелей * 68 из Африки после первоначальной миграции из Восточной Африки, которая колонизировала Юго-Восточную Азию. Он также обеспечивает поддержку 2 волн миграции из Азии в Новый Свет или, как минимум, неизвестной области смешения гаплотипов Западно-Тихоокеанского региона и гаплотипов, полученных из Западной Африки / Ближнего Востока, в Восточной Азии до первой миграции. В настоящее время вторжение народов Западной Евразии в Восточную Азию следует за свидетельствами повторного использования забайкальского региона спустя 18 300 лет и коррелирует с зарождающимся Период Дзёмон Японии несколько тысяч лет спустя. Определенные аллели и гаплотипы HLA у южноамериканцев нацелены на предполагаемый состав Японии до яёй, но другие народы, например в западной Мексике, больше всего похожи на айнов и народы бассейна Амура.
A * 6805
A * 6805 обнаружен в мбензеле Гватемалы и Центральной Африки в небольших количествах.
Гаплотипы A68
Генетическая дистанция между коренными американцами и евразийцами слишком велика для сохранения общих гаплотипов, особенно в свете более низких уровней в большей части Сибири. Связь гаплотипов с Западной Африкой может быть значительной и может указывать на быструю миграцию на восток и смешение в течение позднего палеолита.
Коренные американские гаплотипы
Гаплотипы A * 680102-B35
- A * 680102 Cw * 0304 B * 3506 (A68-Cw10-B35)
- A68-Cw4-B35 (Терена, Сери (Мексика))
- A * 680102 Cw * 0401 B3521 (A68-Cw4-B35) (Терена)
A * 6802-B35
- A * 6802-B3501 Гвадалахара
- A * 6802-B3502 Гвадалахара
A68-B35 Майя (A * 6803).
Эти два гаплотипа согласуются с присутствием Cw4-B35 и A68 в Азии и на Ближнем Востоке, а A68-B35, возможно, является предковым гаплотипом A68. A28 (A * 6802) -B35 находится в Сенегале.[23]
A6801-B4002 / 4 - терена, эскимосы, метисы, племенные индейцы (Азия)
A * 680102-B * 520102 в популяции мексиканских метисов. A28 (A * 6802) -B52 также встречается в Сенегале.[23]
Гаплотипы A68 Старого Света
A28 (~ A68) -B51 Армения, Сенегал, Эскимосский[23]
A28 (~ A68) -B70 W. Afr, Заир, Зимбабве, Северная и Южная Африка (некаказы), Khoi (готтентоты)[23]
Рекомендации
- ^ Арсе-Гомес Б., Джонс Э.А., Барнстейбл С.Дж., Соломон Э., Бодмер В.Ф. (февраль 1978 г.). «Генетический контроль антигенов HLA-A и B в гибридах соматических клеток: потребность в бета2-микроглобулине». Тканевые антигены. 11 (2): 96–112. Дои:10.1111 / j.1399-0039.1978.tb01233.x. PMID 77067.
- ^ Аллельная форма запроса IMGT / HLA - Европейский институт биоинформатики
- ^ Тан Дж., Тан С., Лобашевский Э., Миракл А., Фидели У., Альдрованди Дж., Аллен С., Мусонда Р., Каслоу Р. (2002). «Благоприятные и неблагоприятные аллели и гаплотипы HLA класса I у замбийцев, преимущественно инфицированных вирусом иммунодефицита человека Clade C типа 1». J Virol. 76 (16): 8276–84. Дои:10.1128 / JVI.76.16.8276-8284.2002. ЧВК 155130. PMID 12134033.
- ^ Gostick E, Cole DK, Hutchinson SL, et al. (2007). «Функциональная и биофизическая характеристика HLA-A * 6801-ограниченного рецептора ВИЧ-специфических Т-клеток». Евро. J. Immunol. 37 (2): 479–86. Дои:10.1002 / eji.200636243. ЧВК 2699040. PMID 17273992.
- ^ Крус-Роблес Д., Рейес П.А., Монтеон-Падилья В.М., Ортис-Муньис АР, Варгас-Аларкон Г. (2004). «Гены MHC класса I и класса II у мексиканских пациентов с болезнью Шагаса». Гм. Иммунол. 65 (1): 60–5. Дои:10.1016 / j.humimm.2003.10.008. PMID 14700597.
- ^ Миддлтон, Д .; Menchaca, L .; Rood, H .; Комеровский, Р. (2003). «Новая база данных частот аллелей: http://www.allelefrequencies.net». Тканевые антигены. 61 (5): 403–407. Дои:10.1034 / j.1399-0039.2003.00062.x. PMID 12753660.
- ^ а б c d е ж грамм час я j k л м п о п q р s т ты v ш Икс у z аа ab ac объявление ае аф аг ах ай Миддлтон Д., Менчака Л., Руд Н., Комеровски Р. (2003). «Новая база данных частот аллелей: http://www.allelefrequencies.net". Тканевые антигены. 61 (5): 403–7. Дои:10.1034 / j.1399-0039.2003.00062.x. PMID 12753660. Внешняя ссылка в
| название =(помощь) - ^ Layrisse Z, Guedez Y, Domínguez E, et al. (2001). «Расширенные гаплотипы HLA в популяции карибских индейцев: Юкпа хребта Периджа». Гм. Иммунол. 62 (9): 992–1000. Дои:10.1016 / S0198-8859 (01) 00297-X. PMID 11543901.
- ^ а б c d е Цао К., Мурманн А.М., Лайк К.Е. и др. (2004). «Дифференциация африканских популяций подтверждается разнообразием аллелей и гаплотипов локусов HLA класса I». Тканевые антигены. 63 (4): 293–325. Дои:10.1111 / j.0001-2815.2004.00192.x. PMID 15009803.
- ^ Луо М., Эмбри Дж., Рамдахин С. и др. (2002). «HLA-A и HLA-B в Кении, Африка: частоты аллелей и идентификация HLA-B * 1567 и HLA-B * 4426». Тканевые антигены. 59 (5): 370–80. Дои:10.1034 / j.1399-0039.2002.590503.x. PMID 12144620.
- ^ а б c Материалы семинара IHW, Сиэтл, 2002 г., через http://www.allelefrequencies.net через Миддлтон Д., Менчака Л., Руд Н., Комеровски Р. (2003). «Новая база данных частот аллелей: http://www.allelefrequencies.net". Тканевые антигены. 61 (5): 403–7. Дои:10.1034 / j.1399-0039.2003.00062.x. PMID 12753660. Внешняя ссылка в
| название =(помощь) - ^ Миддлтон Д., Уильямс Ф., Мина А. и др. (2000). «Анализ распределения аллелей HLA-A в популяциях пяти континентов». Гм. Иммунол. 61 (10): 1048–52. Дои:10.1016 / S0198-8859 (00) 00178-6. PMID 11082518.
- ^ а б Торимиро Дж. Н., Карр Дж. К., Вулф Н. Д. и др. (2006). «Разнообразие HLA класса I среди жителей сельских тропических лесов Камеруна: идентификация гаплотипа A * 2612-B * 4407». Тканевые антигены. 67 (1): 30–7. Дои:10.1111 / j.1399-0039.2005.00527.x. PMID 16451198.
- ^ а б Leal CA, Mendoza-Carrera F, Rivas F, Rodriguez-Reynoso S., Portilla-de Buen E (2005). «Частоты аллелей HLA-A и HLA-B в популяции метисов из Гвадалахары, Мексика, определены типированием на основе последовательностей». Тканевые антигены. 66 (6): 666–73. Дои:10.1111 / j.1399-0039.2005.00495.x. PMID 16305683.
- ^ Спинола Х, Брюгге-Армас Дж, Миддлтон Д., Брем А (2005). «Полиморфизмы HLA в Кабо-Верде и Гине-Бисау, выведенные из типизации на основе последовательностей». Гм. Иммунол. 66 (10): 1082–92. Дои:10.1016 / j.humimm.2005.09.001. PMID 16386651.
- ^ Oumhani K, Canossi A, Piancatelli D, et al. (2002). «Последовательный анализ полиморфизма HLA-DRB1 в арабоязычных группах Metalsa Berber и Chaouya из Марокко». Гм. Иммунол. 63 (2): 129–38. Дои:10.1016 / S0198-8859 (01) 00370-6. PMID 11821160.
- ^ Модиано Д., Луони Г., Петрарка В. и др. (2001). «Класс HLA I в трех западноафриканских этнических группах: генетические расстояния от популяций южнее Сахары и европеоидов». Тканевые антигены. 57 (2): 128–37. Дои:10.1034 / j.1399-0039.2001.057002128.x. PMID 11260507.
- ^ Гомес-Касадо Э, Мартинес-Ласо Дж., Москосо Дж. И др. (2003). «Происхождение майя по генам HLA и уникальность индейцев». Тканевые антигены. 61 (6): 425–36. Дои:10.1034 / j.1399-0039.2003.00040.x. PMID 12823766.
- ^ а б Брюгге Армас Дж., Дестро-Бисол Дж., Лопес-Васкес А. и др. (2003). «Вариация HLA класса I у западноафриканских пигмеев и их генетическая связь с другими африканскими популяциями». Тканевые антигены. 62 (3): 233–42. Дои:10.1034 / j.1399-0039.2003.00100.x. PMID 12956877.
- ^ Уильямс Ф., Мина А., Дарк С. и др. (2001). «Анализ распределения аллелей HLA-B в популяциях пяти континентов». Гм. Иммунол. 62 (6): 645–50. Дои:10.1016 / S0198-8859 (01) 00247-6. PMID 11390040.
- ^ Леффелл М.С., Фаллин М.Д., Хильдебранд WH, Каветт Дж. В., Иглхарт Б.А., Захари А.А. (2004). «Аллели и гаплотипы HLA среди Lakota Sioux: отчет семинаров меньшинств ASHI, часть III». Гм. Иммунол. 65 (1): 78–89. Дои:10.1016 / j.humimm.2003.10.001. PMID 14700599.
- ^ Леффелл М.С., Фаллин М.Д., Эрлих Х.А. и др. (2002). «Антигены, аллели и гаплотипы HLA среди юпикских коренных жителей Аляски: отчет семинаров для меньшинств ASHI, часть II». Гм. Иммунол. 63 (7): 614–25. Дои:10.1016 / S0198-8859 (02) 00415-9. PMID 12072196.
- ^ а б c d [Примечание. Так как частота (A28) = частота (A68) + частота (A69) и A69 не так широко распространен в Африке (в основном Левант, острова Кап-Верде, определенные племена в Буркино-Фасо), частоты A28 обычно можно рассматривать как частоты A68]