WikiDer > Список программного обеспечения для масс-спектрометрии

List of mass spectrometry software

Программное обеспечение для масс-спектрометрии является программного обеспечения используется для сбора данных,[1] анализ или представление в масс-спектрометрии.

Программное обеспечение протеомики

Дальнейшая информация: масс-спектрометрия белков

В масс-спектрометрии белков тандемная масс-спектрометрия (также известный как MS / MS или MS2) эксперименты используются для белок/пептид идентификация. Алгоритмы идентификации пептидов делятся на два широких класса: поиск в базе данных и de novo поиск. Первый поиск проводится по базе данных, содержащей все аминокислота Предполагается, что последовательности присутствуют в анализируемом образце, тогда как последний предполагает пептидные последовательности без знания геномный данные.

Алгоритмы поиска в базе данных

имяТипОписание
ProSightPC и ProSightPDпроприетарныйProSightPC / PD - это программные инструменты для поиска данных тандемной масс-спектрометрии пептидов и белков в базах данных, полученных из UniProt. Используя набор известных протеоформ, программа может эффективно искать известное пространство протеоформ, идентифицируя и характеризуя протеоформы.
TopPICОткрытый исходный кодTopPIC (Идентификация и характеристика протеоформ на основе масс-спектрометрии сверху вниз) идентифицирует и характеризует протеоформы на уровне протеома путем поиска нисходящих тандемных масс-спектров в базе данных последовательностей белков. TopPIC является преемником MS-Align +. Он эффективно идентифицирует протеоформы с неожиданными изменениями, такими как мутации и посттрансляционные модификации (PTM), точно оценивает статистическую значимость идентификаций и характеризует зарегистрированные протеоформы с неизвестными массовыми сдвигами. Он использует несколько методов, таких как индексы, спектральное выравнивание, методы функции генерации и оценка идентификации модификации (MIScore), для увеличения скорости, чувствительности и точности.[2]
TopMGОткрытый исходный кодTopMG (идентификация протеоформ на основе масс-спектрометрии сверху вниз с использованием масс-графиков) - это программный инструмент для идентификации ультрамодифицированных протеоформ путем поиска нисходящих тандемных масс-спектров по базе данных последовательностей белков. Он способен идентифицировать протеоформы с множественными вариабельными PTM и неожиданными изменениями, такие как протеоформы гистонов и фосфорилированные. Он использует массовые графы, которые эффективно представляют кандидаты протеоформ с множеством переменных PTM, чтобы увеличить скорость и чувствительность идентификации протеоформ. Кроме того, методы приблизительной фильтрации на основе спектра используются для фильтрации последовательностей белков, а метод Монте-Карло с цепью Маркова (TopMCMC) используется для оценки статистической значимости идентификаций.[3]
Андромеда (часть MaxQuant)бесплатное ПОAndromeda - это поисковая система пептидов, основанная на вероятностной оценке. В отношении протеомных данных Andromeda работает так же, как Mascot, широко используемая коммерческая поисковая машина, если судить по анализу чувствительности и специфичности, основанному на поиске ложных целей. Он может обрабатывать данные с произвольно высокой точностью массы фрагментов, он способен назначать и оценивать сложные шаблоны посттрансляционных модификаций, таких как сильно фосфорилированные пептиды, и вмещает чрезвычайно большие базы данных. Andromeda может работать независимо или интегрироваться в MaxQuant. Эта комбинация позволяет анализировать большие наборы данных на настольном компьютере. Идентификация ко-фрагментированных пептидов увеличивает количество идентифицированных пептидов. Разработано Юргеном Коксом и другими в Институт биохимии Макса Планка.[4]
ByonicпроприетарныйАлгоритм поиска в базе данных, выпущенный в 2011 году компанией Protein Metrics Inc. с оригинальными разработками в PARC[5] который ищет данные MS / MS со всех типов инструментов и использует программу Combyne внутри компании,[6] который объединяет идентификацию пептидов для получения оценок белков и вероятностей идентификации.
КометаОткрытый исходный кодАлгоритм поиска в базе данных разработан в Вашингтонский университет доступно для Windows и Linux. Обратите внимание, что Comet - это просто двоичный файл командной строки, который выполняет поиск в базе данных MS / MS. Он принимает спектры в некотором поддерживаемом формате ввода и записывает файлы .pep.xml, .pin.xml, .sqt и / или .out. Вам понадобится какой-то другой инструмент (ы) поддержки, чтобы фактически использовать результаты Comet (доступен только графический интерфейс для Windows).[7]
Tide (переписывание Crux)Открытый исходный кодTide - это инструмент для идентификации пептидов по тандемным масс-спектрам. Это независимая реализация алгоритма SEQUEST, который идентифицирует пептиды путем сравнения наблюдаемых спектров с каталогом теоретических спектров, полученных in silico из базы данных известных белков. Непосредственным предком Tide является Crux, но Tide был полностью переработан, чтобы добиться тысячекратного увеличения скорости при точном воспроизведении результатов SEQUEST XCorr. Разработано в Вашингтонский университет.[8]
СерыйОткрытый исходный кодАлгоритм поиска в базе данных разработан в Институт медицинских исследований Стоуэрса разработан для выполнения большого поиска по вычислительные кластеры имея сотни узлов.
ОсмотретьОткрытый исходный кодАлгоритм поиска MS-выравнивания доступен на сайте Центр вычислительной масс-спектрометрии в Калифорнийском университете в Сан-Диего[9]
ТалисманпроприетарныйВыполняет анализ данных масс-спектрометрии посредством статистической оценки совпадений между наблюдаемыми и прогнозируемыми пептидными фрагментами.[10]
MassMatrixбесплатное ПОMassMatrix - это алгоритм поиска в базе данных тандемных масс-спектрометрических данных. Для ранжирования совпадений пептидов и белков используется модель вероятностной оценки, чувствительная к массе.
MassWizОткрытый исходный кодАлгоритм поиска разработан в Институт геномики и интегративной биологии доступен как инструмент командной строки Windows.
MS-GF +Открытый исходный кодMS-GF + (также известный как MSGF + или MSGFPlus) выполняет идентификацию пептидов путем оценки спектров MS / MS по отношению к пептидам, полученным из базы данных последовательностей белков. Он поддерживает стандартный входной файл HUPO PSI (mzML) и сохраняет результаты в формате mzIdentML, хотя результаты можно легко преобразовать в TSV. ProteomeXchange поддерживает отправку полных данных с использованием результатов поиска MS-GF +. Разработано в Центр вычислительной масс-спектрометрии в Калифорнийском университете в Сан-Диего, а затем работал в Тихоокеанская Северо-Западная национальная лаборатория (PNNL)
MSFraggerбесплатное ПОБыстрый поиск в базе данных на основе эффективной индексации ионных фрагментов. Способен к открытому (толерантному к массе) поиску посттрансляционная модификация открытие, O- и N-связанные гликопротеомика поиск, полу- и неферментативный поиск в дополнение к традиционному поиску в базе данных. Разработано в университет Мичигана.[11]
MyriMatchОткрытый исходный кодПрограмма поиска в базе данных, разработанная в Медицинский центр Университета Вандербильта предназначен для работы в среде с одним компьютером или во всем кластере узлов обработки.[12]
МС-ЛАМПАОткрытый исходный кодАвтономное программное обеспечение, способное помочь в интерпретации данных масс-спектрометрии липидов с помощью ионизации электрораспылением (ESI) и / или матричной лазерной десорбции и ионизации (MALDI).[13]
OMSSAбесплатное ПОАлгоритм открытого масс-спектрометрического поиска (OMSSA) - это эффективная поисковая машина для идентификации спектров пептидов МС / МС путем поиска в библиотеках известных последовательностей белков. OMSSA оценивает значимые совпадения с помощью шкалы вероятности, разработанной с использованием классической проверки гипотез, того же статистического метода, который используется в BLAST. Он разработан в Национальный центр биотехнологической информации.[14][15]
ПИКС БДпроприетарныйМеханизм поиска по базе данных, работающий параллельно с секвенированием de novo, для автоматической проверки результатов поиска, что позволяет найти большее количество найденных последовательностей при заданном уровне ложного обнаружения. Помимо обеспечения независимого поиска в базе данных, результаты могут быть включены как часть многопроцессорного программного инструмента (Sequest, Mascot, X! Tandem, OMSSA, PEAKS DB) для составления консенсусной отчетности inChorus.[16] Инструмент также предоставляет список последовательностей, идентифицированных исключительно путем секвенирования de novo.
pFindбесплатное ПОpFind Studio - это вычислительное решение для протеомики на основе масс-спектрометрии, оно зародилось в 2002 году в Институте вычислительных технологий Китайской академии наук, Пекин, Китай.
ФеникспроприетарныйРазработано Женевской биоинформатикой (GeneBio) в сотрудничестве с Швейцарский институт биоинформатики (SIB). Phenyx включает OLAV, семейство статистических моделей оценки, для создания и оптимизации схем оценки, которые могут быть адаптированы для всех видов инструментов, инструментальных установок и общей обработки образцов.[17]
ProbIDОткрытый исходный кодPI - это мощный пакет для анализа тандемного масс-спектра. ProbID стремится удовлетворить потребность в глубоком анализе тандемного масс-спектра, включая правила фрагментации, предпочтение расщепления, нейтральные потери и т. Д. Разработано в группе биоинформатики Института вычислительных технологий Китайской академии наук, Пекин, Китай.[18]
ProLuCIDбесплатное ПОProLuCID - это быстрая и чувствительная программа идентификации белков на основе тандемных масс-спектров, недавно разработанная Тао Сю и другими в лаборатории Йейтса в Исследовательском институте Скриппса.[19]
Программное обеспечение ProteinPilotпроприетарныйИспользует алгоритм поиска в базе данных Paragon, который объединяет создание тегов коротких последовательностей («taglets») для вычисления значений температуры последовательности и оценки вероятностей признаков, чтобы обеспечить идентификацию пептидов с учетом сотен модификаций, нетриптических расщеплений и аминокислотных замен. Использует алгоритм Pro Group для анализа логических выводов белков, чтобы сообщить минимальный набор белков, обоснованный на основе данных о пептидах. Поддерживает количественную оценку рабочих процессов на основе меток (реагенты iTRAQ, реагенты mTRAQ и маркировка SILAC). Слой перевода переводит элементы управления пользовательского интерфейса на языке исследователя-протеомика в базовые сложные информатические параметры.[20]
Исследователь протеинаОткрытый исходный кодProtein Prospector - это пакет из около двадцати инструментов протеомного анализа, разработанный в Калифорнийский университет в Сан-Франциско. Программное обеспечение для тандемного масс-спектрометрического поиска - это Batch-Tag / Batch-Tag Web, при этом результаты обрабатываются и отображаются с помощью Search Compare. Он использует системы оценки, адаптированные к инструментам и режиму фрагментации, чтобы оптимизировать анализ различных типов данных фрагментации.
RAIdпотерялРазработано в Национальном центре биотехнологической информации, надежная точная идентификация (RAId)[21] представляет собой набор инструментов протеомики для анализа данных тандемной масс-спектрометрии с точной статистикой.[22]
ЗАПРОСпроприетарныйИдентифицирует коллекции тандемных масс-спектров для пептидных последовательностей, которые были созданы из баз данных белок последовательности.[23]
SIMSОткрытый исходный кодSIMS (Sequential Interval Motif Search) - это программный инструмент, предназначенный для выполнения неограниченного поиска PTM по тандемным масс-спектрам; пользователям не нужно характеризовать потенциальные PTM. Вместо этого пользователям нужно только указать диапазон масс модификации для каждой отдельной аминокислоты.[24]
SimTandemбесплатное ПОМеханизм поиска по базе данных для идентификации пептидных последовательностей по данным ЖХ / МС / МС; двигатель можно использовать как внешний инструмент в OpenMS/ TOPP.[25]
SQIDОткрытый исходный кодSeQuence IDentification (SQID) - это алгоритм идентификации белков с включенной интенсивностью для тандемной масс-спектрометрии.
X! ТандемОткрытый исходный кодСоответствует тандемным масс-спектрам с пептидными последовательностями.
WsearchVS2020бесплатное ПОПрограммное обеспечение для анализа данных, которое может отображать спектры, полученные на коммерческих приборах МС. Может также искать / сопоставлять коммерческую базу данных NIST

Алгоритмы секвенирования de novo

Алгоритмы пептидного секвенирования de novo в целом основаны на подходе, предложенном Бартелсом. и другие. (1990).[26]

имяТипОписание
CycloBranchОткрытый исходный кодАвтономный кроссплатформенный механизм de novo с открытым исходным кодом для идентификации нерибосомных пептидов (линейных, циклических, разветвленных и разветвленных) по точным спектрам ионов-продуктов.[27]
DeNovoXпроприетарныйDe novo секвенирование на спектрах CID, полученных с помощью масс-спектрометров с ионной ловушкой, доставляющих полные и / или частичные пептидные последовательности (теги последовательностей).[28]
DeNoSСеквенирование пептидов с использованием всей информации из спектров CAD и ECD; часть программного инструмента Proteinmatching Analysis Software (PAS), который, в свою очередь, является частью программного пакета Medicwave Bioinformatics Suite (MBS).[29]
ЛютефискОткрытый исходный кодПрограмма для интерпретации de novo спектров CID пептидов.
Новорпроприетарный, бесплатно для академических исследованийМеханизм определения последовательности пептидов de novo в реальном времени, который является быстрым, точным и простым для интеграции в исследовательские программы. Novor может de novo секвенировать более 300 спектров МС / МС в секунду на портативном компьютере Macbook Pro.[30]
ПИКСпроприетарныйСеквенирование de novo для каждого пептида, оценка достоверности при назначении отдельных аминокислот в ручном режиме и автоматическое секвенирование de novo для всего цикла ЖХ обрабатывали данные быстрее, чем 1 спектр в секунду.[31][32]
СверхновопроприетарныйУникальное решение для непрерывного секвенирования de novo моноклональных антител без помощи рук

Алгоритмы поиска гомологий

имяТипОписание
MS-гомологияОткрытый исходный кодMS-Homology - это программа поиска в базе данных в пакете Protein Prospector, которая позволяет выполнять поиск по строкам, которые объединяют массы и аминокислотные отрезки, где можно указать количество допустимых несоответствий аминокислот.
ПАУКпроприетарныйАлгоритм SPIDER сопоставляет теги последовательностей с ошибками с последовательностями базы данных с целью идентификации белков и пептидов и может использоваться вместе с программным обеспечением для анализа данных масс-спектрометрии PEAKS.

Количественное определение пептидов МС / МС

Дальнейшая информация: Количественная протеомика
имяТипОписание
Программное обеспечение MarkerViewпроприетарныйКоммерческое программное обеспечение для статистического анализа наборов количественных данных масс-спектрометрии из приложений метаболомики и протеомного профилирования.
Талисман ДистилляторпроприетарныйПрограммное обеспечение для пикового пика и предварительной обработки необработанных данных. Имеет дополнительный набор инструментов для количественная оценка без этикеток а также изобарическая маркировка и изотопная маркировка. Поддерживает необработанные форматы файлов от всех основных поставщиков инструментов.
Сервер талисманапроприетарныйПоисковая система поддерживает количественную оценку на основе изобарическая маркировка при условии, что вся необходимая информация является частью спектра МС / МС.
MassChroQОткрытый исходный кодКоличественный анализ пептидов этикетка бесплатно или различные изотопная маркировка методы (СИЛАК, ICAT, N-15, C-13…), работает со спектрометрическими системами высокого и низкого разрешения, поддерживает комплексную обработку данных, например фракционирование пептидов или белков перед анализом ЖХ-МС (SCX, SDS-PAGE и т. Д.).
MaxQuantбесплатное ПОПрограммное обеспечение для количественной протеомики, разработанное Юргеном Коксом и другими в Институт биохимии Макса Планка в Мартинсрид, Германия написано в C # что позволяет анализировать этикетка бесплатно и СИЛАК основанные на протеомических экспериментах.
Программное обеспечение MultiQuantпроприетарныйМожет обрабатывать наборы количественных данных из систем TripleTOF или QTRAP, включая MRM и SWATH Приобретение.
OpenMS / TOPPОткрытый исходный кодПрограммное обеспечение Библиотека C ++ для управления и анализа данных ЖХ-МС / МС, которая предлагает инфраструктуру для разработки программного обеспечения, связанного с масс-спектрометрией. Позволяет определять количество пептидов и метаболитов, поддерживая без этикеток и количественная оценка на основе изотопных меток (например, iTRAQ и TMT и СИЛАК), а также целевой SWATH-MS количественная оценка.[33]
OpenPIPсайт, открытый доступOpenPIP - это веб-инструмент с открытым доступом, разработанный InterVenn Biosciences для интеграции пиков, полученных в экспериментах по мониторингу множественных реакций (MRM). Программное обеспечение работает на рекуррентных нейронных сетях и было обучено массивному набору аннотированных вручную хроматографических пиков.
ProtMaxбесплатное ПОProtMAX[34] это программный инструмент для анализа наборов данных масс-спектрометрии протеомики дробовика, разработанный Фолькером Эгельхофером из Венского университета.
СпектронавтпроприетарныйКоммерческое программное обеспечение для количественной протеомики, разработанное Biognosys AG (Шлирен, Швейцария) на основе алгоритма mProphet[35] что позволяет целенаправленно анализировать независимый сбор данных (DIA) наборы данных для количественного определения пептидов без меток, также называемого сбором SWATH.[36]
ГоризонтОткрытый исходный кодКлиентское программное обеспечение для Windows с открытым исходным кодом (Apache 2.0), разработанное в лаборатории MacCoss Вашингтонского университета[37] который поддерживает создание мониторинга выбранных реакций (SRM) / мониторинга множественных реакций (MRM), мониторинга параллельных реакций (PRM - Target MS / MS), сбора данных независимо от данных (DIA / SWATH) и целевого DDA с помощью количественных методов MS1 и анализа полученного масс-спектрометра данные.
Программное обеспечение SWATH 2.0проприетарныйИнструмент обработки коммерческого программного обеспечения в PeakView, который позволяет целенаправленно обрабатывать данные Данные сбора SWATH. Используя библиотеку белков / пептидных ионов, генерируют ионные хроматограммы с экстракцией ионных фрагментов (XIC), оценивают и количественно определяют пептиды из библиотеки. После анализа частоты ложных открытий (FDR) результаты фильтруются, и количественные данные о пептидах / белках могут быть экспортированы для статистического анализа.
BACIQОткрытый исходный кодBACIQ - это математически строгий подход, который объединяет интенсивности пептидов и соответствие измерения пептидов в доверительные интервалы для соотношений белков (BACIQ). Основными преимуществами BACIQ являются: 1) он устраняет необходимость порогового значения сообщаемого пептидного сигнала на основе произвольного отсечения, тем самым сообщая больше измерений из данного эксперимента; 2) доверие может быть присвоено без повторов; 3) для повторных экспериментов BACIQ обеспечивает доверительные интервалы для объединения, а не пересечения количественно определенных белков; 4) для повторных экспериментов доверительные интервалы BACIQ более предсказуемы, чем доверительные интервалы, основанные на согласовании измерения белка.

Другое ПО

имяТипОписание
ЗДРАВСТВУЙквантОткрытый исходный кодМодель из первых принципов и алгоритм для количественной оценки стехиометрии протеоформ на основе восходящих данных.[38]
TopFDОткрытый исходный кодTopFD (Нисходящее масс-спектральное обнаружение) - это программный инструмент для нисходящей спектральной деконволюции, преемник MS-Deconv. Он группирует нисходящие спектральные пики в изотопомерные оболочки и конвертирует изотопомерные оболочки в моноизотопные нейтральные массы. Кроме того, он извлекает свойства протеоформ из данных ЖХ-МС или КЭ-МС.
ArtIST от Clover Biosoftпроприетарный(Искусственный интеллект Straing Typing) MALDI-TOF MS-анализ данных и инструменты обнаружения биомаркеров, основанные на алгоритмах искусственного интеллекта и машинного обучения. ArtIST - это онлайн-сервис.
Продвинутая разработка химиипроприетарныйКоммерческие решения для интерпретации данных MS и xC / MS с сопоставлением спектра / структуры, идентификации известных и неизвестных метаболитов, а также для идентификации соединений посредством спектрального сравнения.
АналитикпроприетарныйПрограммное обеспечение AB Sciex, подразделения The Danaher Corporation.
AnalyzerProпроприетарныйНезависимое от производителя программное обеспечение от SpectralWorks для обработки данных масс-спектрометрии. Он может обрабатывать данные как ГХ-МС, так и ЖХ-МС с использованием качественной и количественной обработки данных и используется в метаболомике с помощью MatrixAnalyzer для сравнения нескольких наборов данных. Недавно расширен и включает инструменты статистического анализа и визуализации (PCA). AnalyzerPro XD - это 64-битная версия, которая включает поддержку двухмерной обработки данных, такой как GCxGC-MS.
CFM-IDОткрытый исходный кодПрограммное обеспечение для in-silico предсказания спектров ESI-MS / MS, аннотации спектров MS / MS и идентификации соединений на основе спектра MS / MS. Разработано в Wishartlab[39][40][41][42]
ХромелеонпроприетарныйПрограммное обеспечение от Thermo Fisher Scientific используется с масс-спектрометрическими приборами, а также с приборами для хроматографии.
CrosslinxОткрытый исходный кодОпределите сшитые пептиды из файлов mzML. Скрипт Python или автономные исполняемые файлы для Linux и Windows. Возможно для больших баз данных с двухэтапным подходом.[43]
DeNovoGUIОткрытый исходный кодПрограммное обеспечение с графическим пользовательским интерфейсом для запуска параллельных версий свободно доступных программных инструментов для секвенирования de novo Novor и PepNovo +.[44]
ИзотопОткрытый исходный кодПрограммное обеспечение для архивирования, систематизации и анализа данных масс-спектрометра. В настоящее время ориентирована на концентрированный CO2 анализ, но также полезен для большого количества CO2 работать и расширяться до других изотопных систем.
[Эль-МАВЕН]Открытый исходный кодНастольное программное обеспечение от Elucidata для обработки меченых данных ЖХ-МС, ГХ-МС и ЖХ-МС / МС в открытых форматах (mzXML, mzML, CDF). Программное обеспечение имеет графический интерфейс и интерфейс командной строки с интеграцией с облачной платформой для хранения и дальнейшего анализа, такого как относительный поток и количественная оценка.[45]
ESIprotОбеспечивает определение зарядового состояния и расчет молекулярной массы для данных масс-спектрометрии (МС) с ионизацией электрораспылением (ESI) низкого разрешения (МС) белков.[46]
ЭкспрессионистпроприетарныйКорпоративное программное решение от Genedata для обработки, анализа и представления данных масс-спектрометрии в таких областях применения, как определение характеристик биотерапевтических средств, мониторинг качества и связанные с ними приложения для протеомики и метаболомики.
Знаю все это Программное обеспечение для спектроскопии и библиотека масс-спектровпроприетарныйПрограммное обеспечение от Wiley с решениями для масс-спектрометрии, включая: спектральный анализ, поиск в базе данных (спектр, структура, пик, свойства и т. д.), обработку, создание базы данных (МС или несколько методов, включая ИК, Раман, ЯМР, УФ, хроматограммы), спектральное вычитание, а также инструменты для отчетности и ChemWindow чертеж конструкции.
LabSolutions ЖХМСпроприетарныйПрограммное обеспечение от Shimadzu Corporation используется с масс-спектрометрией и приборами ВЭЖХ.
Масса ++Открытый исходный кодПрограммное обеспечение для анализа масс-спектрометрии, которое может импортировать и экспортировать файлы с открытыми форматами (mzXML, mzML) и загружать некоторые форматы поставщиков приборов; пользователи могут разрабатывать и добавлять оригинальные функции как плагины Mass ++.
MassBank.jpинтернет сайтвеб-сайт Института перспективных биологических наук в Университет Кейо, Цуруока Город, Ямагата, Япония с масс-спектрометрическими данными для органических соединений.
MassBank.euинтернет сайтЕвропейский сервер MassBank. Веб-сайт поддерживается и размещается на Центр экологических исследований им. Гельмгольца (Лейпциг, Германия)
MassBankОткрытый исходный кодВеб-сайт разработки MassBank и RMassBank предоставлен консорциумом MassBank. Данные MassBank доступны по лицензии Creative Commons.
MassCenterпроприетарныйПрограммное обеспечение от JEOL используется с масс-спектрометрическими приборами.
Массовая границапроприетарныйПрограммное обеспечение от HighChem используется для интерпретации и управления масс-спектрами малых молекул.
MassLynxпроприетарныйПрограммное обеспечение от Waters Corporation.
MassMapпроприетарныйУниверсальный программный комплекс для автоматической оценки данных МС MassMap GmbH & Co. KG, подходит для данных ЖХ / МС и ГХ / МС всех видов молекул, анализа неповрежденных масс-спектров белков, анализа общих экспериментов HDX и анализа фрагментов HDX пептидов с определенным методом для идентификации неожиданных / неизвестных компоненты даже в очень сложных смесях.
Массой доОткрытый исходный кодУтилита для протеомики, предназначенная для поддержки предварительной обработки и анализа данных масс-спектрометрии MALDI-TOF, которая загружает данные из файлов mzML, mzXML и CSV и позволяет пользователям применять коррекцию базовой линии, нормализацию, сглаживание, обнаружение пиков и сопоставление пиков. Кроме того, он позволяет применять различные методы машинного обучения и статистические методы к предварительно обработанным данным для обнаружения биомаркеров, неконтролируемой кластеризации и контролируемой классификации образцов.[47]
massXpertGPL с открытым исходным кодомПрограммное обеспечение на основе графического интерфейса пользователя (GUI) для моделирования и анализа масс-спектрометрических данных, полученных на известных последовательностях биополимеров.[48] Преемник polyxmass. Программа msxpertsuite.org программный комплекс.
матчиОткрытый исходный кодБиблиотека Python для импорта, очистки, обработки и количественного сравнения спектров МС / МС. Разработано в Нидерландский центр электронной науки.[49]
База данных и технологическая платформа МЕТЛИНпроприетарныйСозданный в 2003 году, METLIN теперь включает более миллиона молекул, включая липиды, стероиды, метаболиты растений и бактерий, малые пептиды, углеводы, экзогенные лекарства / метаболиты, метаболиты центрального углерода и токсические вещества. Метаболиты и другие малые молекулы были индивидуально проанализированы для получения как эмпирических, так и in silico данных МС / МС.
mineXpertGPL с открытым исходным кодомПрограммное обеспечение на основе графического пользовательского интерфейса для визуализации / анализа масс-спектральных данных. Поддерживает масс-спектрометрию ионной подвижности. [50]. Программа msxpertsuite.org программный комплекс.
мМассаОткрытый исходный кодМультиплатформенный пакет инструментов для анализа и интерпретации масс-спектрометрических данных, написанный на Python (больше не развито).
МоланаMolAna была разработана Phenomenome Discoveries Inc (PDI) для использования в молекулярном анализаторе 3Q компании IONICS Mass Spectrometry Group. Тройной квадрупольный масс-спектрометр
ms2mzбесплатное ПОУтилита для преобразования файлов масс-спектрометрических форматов, например для преобразования проприетарных двоичных файлов в файлы списка пиков MGF для подготовки файлов для загрузки в Proteome Cluster.
MSGraphОткрытый исходный код
MSightбесплатное ПОПрограммное обеспечение для масс-спектрометрической визуализации, разработанное Швейцарский институт биоинформатики.[51]
MSiReaderбесплатное ПОНе зависящий от производителя интерфейс, созданный на платформе Matlab, предназначен для просмотра и анализа данных масс-спектрометрических изображений (MSI).[52] Matlab не требуется для использования MSiReader.
mspireОткрытый исходный кодНабор инструментов для разработчиков масс-спектрометрии и информатики, написанный на ruby, который включает в себя считывающее / записывающее устройство mzML, расщепление in-silico и расчет изотопных структур и т. Д .; субмодули, такие как mspire-lipidomics, mspire-sequest и mspire-simulator, расширяют функциональность.[53]
MSqRobОткрытый исходный кодПакет R с графическим пользовательским интерфейсом для надежного дифференциального анализа численности количественных протеомных данных без меток.[54][55][56]
MultimagingпроприетарныйПрограммное обеспечение для масс-спектрометрической визуализации, предназначенное для нормализации, проверки и интерпретации МС-изображений.
multiMS-toolboxОткрытый исходный кодms-alone и multiMS-toolbox - это набор инструментов для извлечения пиков данных масс-спектрометрии и статистического анализа.
mzCloudинтернет сайтИнтернет-база данных масс-спектров, которая включает в себя набор данных тандемной масс-спектрометрии с высоким и низким разрешением, полученных при различных экспериментальных условиях.
MZmine 2Открытый исходный кодПрограммное обеспечение с открытым исходным кодом для обработки данных масс-спектрометрии с основным упором на данные ЖХ-МС.
OmicsHub ProteomicsOmicsHub Proteomics сочетает в себе LIMS для управления информацией массовых спецификаций с функциями анализа данных на одной платформе.
OpenChromОткрытый исходный кодПрограммное обеспечение для хроматографии и масс-спектрометрии, которое может быть расширено с помощью плагинов и доступно для нескольких операционных систем (Microsoft Windows, Linux, Unix, Mac OS X) и архитектур процессоров (x86, x86_64, ppc). с конвертерами для собственного доступа к различным файлам данных, например конвертеры для форматов файлов mzXML, netCDF, Agilent, Finnigan и Varian.
ОРИГАМИОткрытый исходный кодПрограммный пакет для анализа наборов данных масс-спектрометрии и масс-спектрометрии ионной подвижности. ORIGAMI изначально был разработан для улучшения рабочих процессов анализа активированных наборов данных IM-MS / развертки, вызванной столкновениями (CIU), и обеспечения бесшовной визуализации результатов.Недавно ORIGAMI был изменен, чтобы в большей степени воспринимать результаты, не относящиеся к MS, и позволяет визуализировать результаты из других источников, а также позволяет экспортировать все результаты в интерактивном формате, где пользователь может поделиться любым набором данных и визуализировать его в интернет-браузере.[57]
PatternLabбесплатное ПОПрограммное обеспечение для пост-анализа результатов поиска в базе данных SEQUEST, ProLuCID или Comet, отфильтрованных с помощью DTASelect или Census.[58]
pyOpenMSОткрытый исходный кодpyOpenMS - это библиотека Python с открытым исходным кодом для масс-спектрометрии, специально для анализа данных протеомики и метаболомики в Python.
SIM-XLбесплатное ПОМашина для определения спектра для сшитых пептидов (SIM-XL) - это быстрая и чувствительная поисковая машина XL, которая является частью PatternLab для среды протеомики и предназначена для анализа данных тандемной масс-спектрометрии, полученных из сшитых пептидов.[59]
ПавлинОткрытый исходный кодПриложение для Mac OS X разработано Йохан Кул которые можно использовать для интерпретации файлов данных газовой хроматографии / масс-спектрометрии (ГХ / МС).
PeakInvestigatorпроприетарныйЭффективное улучшение разрешения в 3-4 раза при постобработке исходных данных профиля, выводимых из массовых спецификаций. Усовершенствованное программное обеспечение Veritomyx для обработки сигналов для обнаружения пиков, деконволюции и центроида необработанных данных масс-спектрометрии выявляет несколько пиков, скрытых в перекрывающихся данных. Примечательные особенности: улучшение на порядок точности массы и содержания для деконволюционных пиков; локальная динамическая базовая линия; усовершенствованный алгоритм пороговой обработки увеличивает чувствительность в широком динамическом диапазоне; статистически управляемый и полностью автоматизированный (без изменений от пользователя к пользователю). Более полные и точные результирующие списки масс позволяют более быстрое и экономичное последующее определение правильных биомолекулярных идентификаций.
PinnacleПроприетарныйОт всестороннего количественного определения многих тысяч белков в сотнях образцов с использованием DDA, DIA, PRM или SRM с полностью интегрированной статистикой и биологической интерпретацией до полной процедуры идентификации N-связанных гликопротеинов и очень глубокого анализа характеристик белков, включая картирование пептидов, поиск устойчивых к ошибкам и анализ дисульфидов - все это доступно в одном программном обеспечении. Анализ сотен образцов создает большие проблемы с вариациями ЖХ и МС в течение нескольких месяцев после сбора данных, и программное обеспечение может автоматически исправить это. Возможности визуализации, редактирования и аннотации могут быть настроены для работы на высоком уровне белков или на гораздо более низком уровне переходов или изотопов.
PIQMIeсетьProteomics Identification / Quantitations Data Management and Integration Service - это веб-инструмент, который помогает в надежном и масштабируемом управлении данными, анализе и визуализации полуколичественных (СИЛАК) протеомические эксперименты.[60]
ПОТАМООткрытый исходный кодВеб-приложение, которое предоставляет рассчитанные данные масс-спектрометрии независимо от оборудования, ориентированного на хорошо известное семейство белков гистонов, чьи PTMs, как полагают, играют решающую роль в регуляции генов; вычисляет вид, количество и комбинации возможных PTM, соответствующих данной пептидной последовательности и данной массе.
ProMassпроприетарныйProMass - это автоматизированный пакет программного обеспечения для деконволюции биомолекул и составления отчетов, который используется для обработки данных ESI / LC / MS или отдельных масс-спектров ESI. Он использует новый алгоритм деконволюции, ZNova, для получения деконволюционных масс-спектров без артефактов. ProMass в настоящее время доступен для платформ Thermo, Waters и Shimadzu. Он также доступен в "облегченном" формате на основе браузера под названием ProMass для Интернета, который не требует установки или загрузки программного обеспечения.
ПРОТРАЛЕРПриложение для обработки данных ЖХ / МС, которое считывает необработанные данные поставщиков масс-спектрометрии (от множества хорошо известных производителей приборов) и создает списки триплетов {масса, время удерживания, интегральная интенсивность сигнала}, обобщая хроматограмму ЖХ / МС.
ProteoIQпроприетарныйПрограммное обеспечение для пост-анализа результатов поиска в базе данных Mascot, SEQUEST или X! Tandem.[61][62][63]
ПротеоматическийБесплатное ПОКонвейер обработки данных, созданный с целью оценки масс-спектрометрических протеомических экспериментов.[64]
ProteomicsИнструментыОткрытый исходный кодПрограммное обеспечение для пост-анализа результатов поиска по базам данных MASCOT, SEQUEST, Comet, XTandem, PFind, PeptidePhophet, MyriMatch, MSGF, OMSSA, MSAmanda или Percolator.[65]
ProteoWizardОткрытый исходный кодБиблиотека ссылок и инструменты, которые представляют собой набор модульных и расширяемых кроссплатформенных инструментов и программных библиотек с открытым исходным кодом, которые облегчают анализ протеомических данных.
ProteoWorkerпроприетарныйОблачное программное обеспечение для анализа данных протеомики, включая COMET, Peptide Prophet, ProteinProphet и обширные инструменты сортировки, фильтрации и аннотации данных.
ОбеспечениеОткрытый исходный кодОблачное программное обеспечение, написанное на р для анализа протеомических данных, созданных MaxQuant. Это программное обеспечение предназначено для анализа данных дифференциальной количественной оценки и предоставляет инструменты, а также варианты визуализации для облегчения анализа. Возможна обработка данных без меток и данных с тандемными массовыми метками.[66]
pymzMLОткрытый исходный кодPython модуль для интерфейса данные mzML в Python на основе cElementTree с дополнительными инструментами для MS-информатики.[67]
ПитеомикаОткрытый исходный кодА Python структура для анализа данных протеомики.[68]
QuantemПрограммное обеспечение для количественной оценки ESI-MS без аналитических стандартов. Разработано в Крувелаб, распространяется Quantem Analytics
КвантинетикспроприетарныйПрограммное обеспечение для масс-спектрометрической визуализации, предназначенное для количественной оценки и нормализации изображений МС в различных типах исследований, которое совместимо с различными приборами MSI, включая Bruker, Sciex, Thermo и iMZML.
Надстройка Rational Numbers для ExcelпроприетарныйИнструмент идентификации de novo, который работает с Microsoft Excel 2010, Excel 2013 и Excel 2016.
Рациональный поиск чиселпроприетарныйИдентификация малых молекул путем сравнения точных данных о фрагментации массы с базой данных из 250000 молекул, представленных в виде математических разделов
РЕГАТАПриложение для сравнения списков ЖХ / МС, которое работает с ProTrawler (но принимает ввод в форме Excel / CSV), чтобы обеспечить среду для списков фильтрации и нормализации списков результатов ЖХ / МС {масса, время удерживания, интегрированная интенсивность}.
RemoteAnalyzerпроприетарныйПрограммное обеспечение от SpectralWorks для независимых от поставщиков решений на основе клиент / сервер с открытым доступом для обеспечения доступа и использования системы данных ЖХ-МС и ГХ-МС; поддержка управления приборами и обработки данных для оборудования различных производителей. Также поддерживает приборы ЯМР и обработку данных.
Строительные лесапроприетарныйНабор инструментов протеомики для анализа спектров, пептидов и белков в нескольких образцах.
ОС SCIEXпроприетарныйПрограммное обеспечение нового поколения от SCIEX управление масс-спектрометрами серии X и поддержка анализа данных, полученных с помощью пакета программного обеспечения Analyst.
Лаборатория SCiLSпроприетарныйМультивендорное программное обеспечение для статистического анализа данных масс-спектрометрии.
SimGlycanпроприетарныйПредсказывает структуру гликанов и гликопептидов, используя данные масс-спектрометрии MS / MS.
SIMIONпроприетарныйПрограмма моделирования ионной оптики
СпектролизерSpectrolyzer - это программный пакет на базе Microsoft Windows, который предоставляет инструменты анализа биоинформатических данных для различных масс-спектрометров, которые фокусируются на поиске белковых биомаркеров и обнаружении белковых отклонений.
СпектроманияпроприетарныйПрограммное обеспечение для анализа и визуализации масс-спектрометрических данных.[69]
Ставроксбесплатное ПОПрограммное обеспечение для идентификации сшитых пептидов по масс-спектрометрическим данным, записанным на Ява которые можно использовать для широкого ряда сшивающих агентов и протеаз, используемых в эксперименте по сшиванию МС; он сравнивает теоретические комбинации пептид-пептидных поперечных связей для анализируемых белков с данными МС / МС.[70]
Швейцарские массовые счетыОткрытый исходный кодSwiss Mass Abacus - это калькулятор масс пептидов и гликопептидов. Он специально сделан таким же простым, как базовый калькулятор, выполняющий арифметические операции.
TOF-DSпроприетарныйПрограммное обеспечение от Markes International используется с времяпролетными масс-спектрометрами BenchTOF
ТурбоМасспроприетарныйПрограммное обеспечение ГХ / МС от ПеркинЭлмер.
Транс-протеомный трубопровод (TPP)Открытый исходный кодTrans-Proteomic Pipeline (TPP) - это набор интегрированных инструментов для протеомики MS / MS, который включает PeptideProphet для статистической проверки PSM с использованием результатов поисковой системы, iProphet для проверки отдельной пептидной последовательности с использованием результатов PeptideProphet (также может объединять результаты несколько поисковых систем) и ProteinProphet для идентификации и проверки белков с использованием результатов PeptideProphet ИЛИ iProphet. TPP также выполняет количественную оценку белков с помощью XPRESS (расчет относительных количеств пептидов и белков из меченных изотопами образцов МС / МС), ASAPRatio (автоматический статистический анализ отношения белков; альтернатива XPRESS) и Libra (количественная оценка образцов с изобарической меткой (например, iTraq, TMT и др.) для любого количества каналов). В настоящее время TPP поддерживает Sequest, Mascot, ProbID, X! Tandem, Comet, SpectraST, MSGF +, Inspect, MyriMatch и Phenyx. Разработано в Сиэтлский протеомный центр (SPC).[71]

[72]

Универсальный калькулятор массыУниверсальный калькулятор массы (UMC) для Windows, написанный на C ++, представляет собой проприетарный набор инструментов для вычисления релевантной информации по формулам сумм, например распределение изотопов, разность масс, отклонения массы и информация о массе / изотопах элементов, степень дейтерирования.
VIPERАнализ точной массы и хроматографический анализ времени удерживания характеристик ЖХ-МС (подход с точной массой и временной меткой).[73]
XcaliburпроприетарныйПрограммное обеспечение от Thermo Fisher Scientific используется с масс-спектрометрическими приборами.
XCMS Онлайн (Облачный)проприетарныйСвободно доступная и наиболее широко используемая платформа обработки метаболомных и липидомных данных с более чем 21000 пользователей по состоянию на 2017 год.

Смотрите также

использованная литература

  1. ^ Кри, Дункан; Плия, Проспер (ноябрь 2019 г.). «Влияние повышенной температуры на яичную скорлупу, порошок яичной скорлупы и порошковые растворы яичной скорлупы для кладочных работ». Журнал строительной техники. 26: 100852. Дои:10.1016 / j.jobe.2019.100852. ISSN 2352-7102.
  2. ^ ко, Цян; Сюнь, Ликунь; Лю, Сяовэнь (2016). «TopPIC: программный инструмент для нисходящей масс-спектрометрической идентификации и характеристики протеоформ». Биоинформатика. 32 (22): 3495–3497. Дои:10.1093 / биоинформатика / btw398. ISSN 1460-2059. ЧВК 5181555. PMID 27423895.
  3. ^ ко, Цян; Ву, Си; Толич, Никола; Паша-Толич, Лиляна; Лю Юньлун; Лю, Сяовэнь (2017). «Основанный на масс-графике подход для идентификации модифицированных протеоформ с использованием нисходящих тандемных масс-спектров». Биоинформатика. 33 (9): 1309–1316. Дои:10.1093 / биоинформатика / btw806. ISSN 1460-2059. ЧВК 5860502. PMID 28453668.
  4. ^ Кокс, Юрген; Нойхаузер, Надин; Михальски, Аннетт; Scheltema, Richard A .; Olsen, Jesper V .; Манн, Матиас (2011). «Андромеда: поисковая машина по пептидам, интегрированная в среду MaxQuant». Журнал протеомных исследований. 10 (4): 1794–1805. Дои:10.1021 / pr101065j. ISSN 1535-3893. PMID 21254760.
  5. ^ Берн, Маршалл; Цай, Юхан; Гольдберг, Дэвид (2007). «Пики поиска: гибрид de Novo-секвенирования и поиска в базе данных для идентификации белков с помощью тандемной масс-спектрометрии». Аналитическая химия. 79 (4): 1393–1400. Дои:10.1021 / ac0617013. PMID 17243770.
  6. ^ Берн, Маршалл; Гольдберг, Дэвид (2008). «Улучшенные функции ранжирования для идентификации белков и сайтов модификации». Журнал вычислительной биологии. 15 (7): 705–719. Дои:10.1089 / cmb.2007.0119. PMID 18651800.
  7. ^ Eng, Джимми К .; Jahan, Tahmina A .; Хупманн, Майкл Р. (2013). «Комета: инструмент поиска по базе данных MS / MS с открытым исходным кодом». Протеомика. 13 (1): 22–24. Дои:10.1002 / pmic.201200439. ISSN 1615-9853. PMID 23148064. S2CID 13533125.
  8. ^ Diament, Бенджамин Дж .; Благородный, Уильям Стаффорд (2011). «Ускоренный поиск SEQUEST для идентификации пептидов по тандемным масс-спектрам». Журнал протеомных исследований. 10 (9): 3871–3879. Дои:10.1021 / pr101196n. ISSN 1535-3893. ЧВК 3166376. PMID 21761931.
  9. ^ «Осмотр и MS-выравнивание».
  10. ^ Перкинс, Дэвид Н .; Паппин, Дэррил Дж. С .; Кризи, Дэвид М .; Коттрелл, Джон С. (1999). «Вероятностная идентификация белков путем поиска в базах данных последовательностей с использованием данных масс-спектрометрии». Электрофорез. 20 (18): 3551–67. Дои:10.1002 / (SICI) 1522-2683 (19991201) 20:18 <3551 :: AID-ELPS3551> 3.0.CO; 2-2. PMID 10612281.
  11. ^ Конг, Энди Т .; Leprevost, Felipe V .; Автономов, Дмитрий М .; Меллачеруву, Даттатрея; Несвижский, Алексей И. (2017). «MSFragger: сверхбыстрая и всесторонняя идентификация пептидов в протеомике на основе масс-спектрометрии». Природные методы. 14 (5): 513–520. Дои:10.1038 / nmeth.4256. ЧВК 5409104. PMID 28394336.
  12. ^ Табб, Дэвид Л .; Фернандо, Кристофер Дж .; Чемберс, Мэтью С. (2007). «MyriMatch: высокоточная тандемная масс-спектральная идентификация пептидов с помощью многомерного гипергеометрического анализа». Журнал протеомных исследований. 6 (2): 654–61. Дои:10.1021 / pr0604054. ЧВК 2525619. PMID 17269722.
  13. ^ Сабариш, Варатхараджан; Сингх, Гурприт (2013). «Анализатор липидов (ом) на основе масс-спектрометрии и молекулярная платформа: новое программное обеспечение для интерпретации и анализа данных масс-спектрометрии липидов с помощью электроспрея и / или лазерной десорбции / ионизации с использованием матрицы: пример из Mycobacterium tuberculosis». Журнал масс-спектрометрии. 48 (4): 465–477. Bibcode:2013JMSp ... 48..465S. Дои:10.1002 / jms.3163. ISSN 1096-9888. PMID 23584940.
  14. ^ "Поисковая система OMSSA ms / ms". Pubchem.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2011-09-27.
  15. ^ Geer, Lewis Y .; Марки, Сэнфорд П .; Ковалак, Джеффри А .; Вагнер, Лукас; Сюй, Мин; Maynard, Dawn M .; Ян, Сяоюй; Ши, Вэньяо; Брайант, Стивен Х. (2004). «Открытый алгоритм масс-спектрометрического поиска». Журнал протеомных исследований. 3 (5): 958–64. arXiv:q-bio / 0406002. Bibcode:2004q.bio ..... 6002G. Дои:10.1021 / pr0499491. PMID 15473683. S2CID 12218715.
  16. ^ Liang, C; Смит, JC; Хендри, Кристофер (2003). «Сравнительное исследование программных средств секвенирования пептидов для МС / МС».
  17. ^ Колиндж, Жак; Массело, Александр; Жирон, Марк; Дессинги, Тьерри; Маньен, Жером (2003). «OLAV: к высокопроизводительной тандемной масс-спектрометрической идентификации данных». Протеомика. 3 (8): 1454–63. Дои:10.1002 / pmic.200300485. PMID 12923771. S2CID 36666495.
  18. ^ Чжан, Чжо; Сунь, Шивэй; Чжу, Сяопэн; Чанг, Сухуа; Лю, Сяофэй; Ю, Чунгун; Бу, Донгбо; Чен, Runsheng (2006). «Новая схема оценки для идентификации пептидов путем поиска в базах данных последовательностей белков с использованием данных тандемной масс-спектрометрии». BMC Bioinformatics. 7 (1): 222. Дои:10.1186/1471-2105-7-222. ISSN 1471-2105. ЧВК 1463009. PMID 16638152.
  19. ^ Xu, T .; Парк, С.К .; Venable, J.D .; Wohlschlegel, J.A .; Дидрих, J.K .; Cociorva, D .; Лу, Б .; Liao, L .; Hewel, J .; Хан, X .; Wong, C.C.L .; Fonslow, B .; Delahunty, C .; Gao, Y .; Shah, H .; Йейтс, Дж. Р. (2015). «ProLuCID: улучшенный алгоритм, подобный SEQUEST, с повышенной чувствительностью и специфичностью». Журнал протеомики. 129: 16–24. Дои:10.1016 / j.jprot.2015.07.001. ISSN 1874-3919. ЧВК 4630125. PMID 26171723.
  20. ^ Шилов, Игнат В .; Сеймур, Шон Л .; Patel, Alpesh A .; Лобода, Алексей; Тан, Уилфред Х .; Китинг, Шон П .; Хантер, Кристи Л .; Nuwaysir, Lydia M .; Шеффер, Дэниел А. (2007). «Алгоритм Paragon, поисковая машина нового поколения, которая использует значения температуры последовательности и вероятности признаков для идентификации пептидов по тандемным масс-спектрам». Молекулярная и клеточная протеомика. 6 (9): 1638–1655. Дои:10.1074 / mcp.T600050-MCP200. ISSN 1535-9476. PMID 17533153. S2CID 7097773.
  21. ^ "Поисковая система RAId MS / MS". QMBP NCBI NLM NIH. Получено 2008-01-01.
  22. ^ Алвес, Гелио; Огурцов Алексей Юрьевич; Ю, И-Куо (2007). «RAId_DbS: идентификация пептидов с использованием поиска в базе данных с реалистичной статистикой». Биол Директ. 2: 25. Дои:10.1186/1745-6150-2-25. ЧВК 2211744. PMID 17961253.
  23. ^ Джимми К. Энг; Эшли Л. Маккормак; Джон Р. Йейтс, III (1994). «Подход к корреляции тандемных масс-спектральных данных пептидов с аминокислотными последовательностями в базе данных белков». J Am Soc масс-спектрометрия. 5 (11): 976–989. Дои:10.1016/1044-0305(94)80016-2. PMID 24226387. S2CID 18413192.
  24. ^ Гриковини, Милош; Тварошка, Игорь; Хирш, Ян; Дубен, Энтони Дж. (1991). «Ядерные эффекты overhauser и гибкость сахаридов: метил β-ксилобиозид». Исследование углеводов. 210: 13–20. Дои:10.1016 / 0008-6215 (91) 80109-Z. ISSN 0008-6215. PMID 1878875.
  25. ^ Новак, Иржи; Саксенберг, Тимо; Хокша, Давид; Скопал, Томас; Кольбахер, Оливер (2013). «О сравнении SimTandem с современными инструментами идентификации пептидов, эффективности фильтра масс-предшественников и работе с переменными модификациями». Журнал интегративной биоинформатики. 10 (3): 1–15. Дои:10.1515 / jib-2013-228. PMID 24231142. S2CID 22469656.
  26. ^ Бартельс, Кристиан (31 мая 1990 г.). «Быстрый алгоритм определения пептидов методом масс-спектроскопии». Биологическая масс-спектрометрия. 19 (6): 363–368. Дои:10.1002 / bms.1200190607. PMID 24730078.
  27. ^ Новак, Иржи; Лемр, Карел; Schug, Kevin A .; Гавличек, Владимир (2015). "CycloBranch: De Novo секвенирование нерибосомальных пептидов по точным масс-спектрам ионов продукта". Варенье. Soc. Масс-спектрометрия. 26 (10): 1780–1786. Bibcode:2015JASMS.tmp..155N. Дои:10.1007 / s13361-015-1211-1. PMID 26195308. S2CID 207470364.
  28. ^ thermo finnigan представляет denovox - Результаты поиска по HighBeam Business[мертвая ссылка]
  29. ^ Савицкий, Михаил М .; Nielsen, Michael L .; Кьельдсен, Франк; Зубарев, Роман А. (2005). "Подход к секвенированию Proteomics-Grade de Novo". Журнал протеомных исследований. 4 (6): 2348–54. Дои:10.1021 / pr050288x. PMID 16335984.
  30. ^ Ма, Бин (30 июня 2015 г.). "Novor: программное обеспечение для секвенирования пептидов de Novo в реальном времени". Журнал Американского общества масс-спектрометрии. 26 (11): 1885–1894. Bibcode:2015JASMS..26.1885M. Дои:10.1007 / s13361-015-1204-0. ЧВК 4604512. PMID 26122521.
  31. ^ Ма, Бин; Чжан, Кайчжун; Хендри, Кристофер; Лян, Чэнчжи; Ли, Мин; Доэрти-Кирби, Аманда; Лажуа, Жиль (2003). «ПИКС: мощное программное обеспечение для секвенирования пептидов novo методом тандемной масс-спектрометрии». Быстрые коммуникации в масс-спектрометрии. 17 (20): 2337–42. Bibcode:2003RCMS ... 17.2337M. Дои:10.1002 / RCM.1196. PMID 14558135.
  32. ^ Танну, Нилеш С; Хемби, Скотт Э (2007). «De novo анализ белковой последовательности Macaca mulatta». BMC Genomics. 8: 270. Дои:10.1186/1471-2164-8-270. ЧВК 1965481. PMID 17686166.
  33. ^ Röst HL, Sachsenberg T, Aiche S, Bielow C, Weisser H, Aicheler F, Andreotti S, Ehrlich HC, Gutenbrunner P, Kenar E, Liang X, Nahnsen S, Nilse L, Pfeuffer J, Rosenberger G, Rurik M, Schmitt U , Вейт Дж., Вальцер М., Войнар Д., Вольски В.Е., Шиллинг О., Чоудхари Дж. С., Мальмстрём Л., Эберсолд Р., Райнерт К., Кольбахер О. (2016). «OpenMS: гибкая программная платформа с открытым исходным кодом для анализа данных масс-спектрометрии» (PDF). Nat. Методы. 13 (9): 741–8. Дои:10.1038 / nmeth.3959. PMID 27575624. S2CID 873670.
  34. ^ Egelhofer V, Hoehenwarter W, Lyon D, Weckwerth W, Wienkoop S (2013). «Использование ProtMAX для создания выравниваний предшественников с высокой массой на основе безметочных количественных данных масс-спектрометрии, полученных в экспериментах по протеомике дробовика». Нат Проток. 8 (3): 595–601. Дои:10.1038 / nprot.2013.013. PMID 23449253. S2CID 29653992.
  35. ^ Reiter, L; и другие. (2011). «mProphet: автоматизированная обработка данных и статистическая проверка для крупномасштабных экспериментов SRM». Нат методы. 8 (5): 430–435. Дои:10.1038 / nmeth.1584. PMID 21423193. S2CID 205419625.
  36. ^ Закон, КП; Лим Ю.П. (2013). «Последние достижения в масс-спектрометрии: независимый анализ данных и мониторинг гиперреакций». Эксперт Rev Proteomics. 10 (6): 551–566. Дои:10.1586/14789450.2013.858022. PMID 24206228. S2CID 29969570.
  37. ^ Маклин, Б. (2010). "Skyline: редактор документов с открытым исходным кодом для создания и анализа целевых протеомических экспериментов". Биоинформатика. 26 (7): 966–968. Дои:10.1093 / биоинформатика / btq054. ЧВК 2844992. PMID 20147306.
  38. ^ Малиутов, Дмитрий; Чен, Тяньчи; Airoldi, Edoardo; Яффе, Джейкоб; Будник, Богдан; Славов, Николай (01.01.2019). «Количественная оценка гомологичных белков и протеоформ». Молекулярная и клеточная протеомика. 18 (1): 162–168. Дои:10.1074 / mcp.TIR118.000947. ISSN 1535-9476. ЧВК 6317479. PMID 30282776.
  39. ^ Аллен, Фелисити; Пон, Эллисон; Уилсон, Майкл; Greiner, Russ; Уишарт, Дэвид (2014). «CFM-ID: веб-сервер для аннотации, прогнозирования спектра и идентификации метаболитов по тандемным масс-спектрам». Исследования нуклеиновых кислот. 42 (Проблема с веб-сервером): W94 – W99. Дои:10.1093 / нар / gku436. ЧВК 4086103. PMID 24895432.
  40. ^ Аллен, Фелисити; Greiner, Russ; Уишарт, Дэвид (2015). «Конкурентное моделирование фрагментации спектров ESI-MS / MS для предполагаемой идентификации метаболитов». Метаболомика. 11: 98–110. arXiv:1312.0264. Дои:10.1007 / s11306-014-0676-4. S2CID 256589.
  41. ^ Аллен, Фелисити; Пон, Эллисон; Greiner, Russ; Уишарт, Дэвид (2016). «Вычислительное прогнозирование масс-спектров электронной ионизации для помощи в идентификации соединений с помощью ГХ / МС». Аналитическая химия. 88 (15): 7689–7697. Дои:10.1021 / acs.analchem.6b01622. PMID 27381172.
  42. ^ Джумбу-Феунанг, Янник; Пон, Эллисон; Кару, Наама; Чжэн, Цзяминь; Ли, Карин; Арндт, Дэвид; Гаутам, Махешвор; Аллен, Фелисити; Уишарт, Дэвид С. (2019). «CFM-ID 3.0: значительно улучшенное прогнозирование ESI-MS / MS и идентификация соединений». Метаболиты. 9 (4): 72. Дои:10.3390 / metabo9040072. PMID 31013937. S2CID 129941603.
  43. ^ Ozawa, SI; Лысый, Т; Ониши, Т; Сюэ, Н; Мацумура, Т; Кубо, Р. Такахаши, H; Hippler, M; Такахаши, Y (октябрь 2018 г.). "Конфигурация десяти светоуборочных хлорофиллов а/б Субъединицы комплекса I в Хламидомонада Reinhardtii Фотосистема I. " Физиология растений. 178 (2): 583–595. Дои:10.1104 / стр.18.00749. ЧВК 6181050. PMID 30126869.
  44. ^ Мут, Тило; Вайльнбек, Лиза; Рапп, Эрдманн; Huber, Christian G .; Мартенс, Леннарт; Водель, Марк; Барснес, Харальд (2014). «DeNovoGUI: графический интерфейс пользователя с открытым исходным кодом для de Novo секвенирования тандемных масс-спектров». Журнал протеомных исследований. 13 (2): 1143–1146. Дои:10.1021 / pr4008078. ISSN 1535-3893. ЧВК 3923451. PMID 24295440.
  45. ^ Сахил; Шубхра Агравал; Джордж Сабу; Ришаб Гупта; Панкадж Кумар; Сайфул Б. Хан; Кайлаш Ядав; Наман Гупта; Рагхав Сегал (11.01.2019), ElucidataInc / ElMaven: v0.6.1, Дои:10.5281 / zenodo.2537593
  46. ^ Винклер, Роберт (2010). «ESIprot: универсальный инструмент для определения зарядового состояния и расчета молекулярной массы белков по данным масс-спектрометрии с ионизацией электрораспылением». Быстрые коммуникации в масс-спектрометрии. 24 (3): 285–94. Дои:10.1002 / RCM.4384. PMID 20049890.
  47. ^ Лопес-Фернандес, Х; Сантос, HM; Capelo, JL; Фдез-Риверола, Ф; Глез-Пенья, Д; Ребойро-Джато, М. (2015). "Mass-Up: универсальное открытое программное приложение для открытия знаний масс-спектрометрии MALDI-TOF". BMC Bioinformatics. 16: 318. Дои:10.1186 / s12859-015-0752-4. ЧВК 4595311. PMID 26437641.
  48. ^ Рускони, Ф. (2009). «massXpert 2: кроссплатформенная программная среда для моделирования химии полимеров и моделирования / анализа масс-спектрометрических данных». Биоинформатика. 25 (20): 2741–2. Дои:10.1093 / биоинформатика / btp504. PMID 19740912.
  49. ^ Хубер, Флориан; Верховен, Стефан; Мейер, Христиан; Spreeuw, Hanno; Вильянуэва, Эфраин; Гэн, Цуньлян; ван дер Хоофт, Джастин Дж. Дж .; Роджерс, Саймон; Беллум, Адам; Диблен, Фарук; Спаакс, Джурриан Х. (2020). «matchms - обработка и оценка сходства данных масс-спектрометрии». JOSS. 5 (52): 2411. Дои:10.21105 / joss.02411.
  50. ^ Рускони, Ф. (2019). "mineXpert: визуализация и анализ данных биологической масс-спектрометрии с полной поддержкой JavaScript" (PDF). J. Proteome Res. 18 (5): 2254–2259. Дои:10.1021 / acs.jproteome.9b00099. PMID 30950277.
  51. ^ Palagi, Patricia M .; Вальтер, Даниэль; Квадрони, Манфредо; Катрин, Себастьен; Берджесс, Дженнифер; Циммерманн-Ивол, Екатерина Г .; Санчес, Жан-Шарль; Бинц, Пьер-Ален; Hochstrasser, Denis F .; Аппель, Рон Д. (2005). «MSight: программное обеспечение для анализа изображений для жидкостной хроматографии-масс-спектрометрии». Протеомика. 5 (9): 2381–4. Дои:10.1002 / pmic.200401244. PMID 15880814. S2CID 33296427.
  52. ^ Робишо, Гийом; Garrard, Kenneth P .; Барри, Джереми А .; Муддиман, Дэвид К. (март 2013 г.). "MSiReader: интерфейс с открытым исходным кодом для просмотра и анализа файлов изображений MS с высокой разрешающей способностью на платформе Matlab". Журнал Американского общества масс-спектрометрии. 24 (5): 718–721. Bibcode:2013JASMS..24..718R. Дои:10.1007 / s13361-013-0607-z. ЧВК 3693088. PMID 23536269.
  53. ^ Prince, J. T .; Маркотт, Э. М. (2008). "Mspire: Масс-спектрометрическая протеомика в Ruby". Биоинформатика. 24 (23): 2796–2797. Дои:10.1093 / биоинформатика / btn513. ЧВК 2639276. PMID 18930952.
  54. ^ Goeminne, L.J.E .; Gevaert, K ​​.; Клемент, Л. (2016). «Робастная гребенчатая регрессия на уровне пептидов улучшает оценку, чувствительность и специфичность в зависящей от данных количественной безмаркированной протеомике дробовика». Молекулярная и клеточная протеомика. 15 (2): 657–668. Дои:10.1074 / mcp.M115.055897. ЧВК 4739679. PMID 26566788.
  55. ^ Goeminne, L.J.E .; Gevaert, K ​​.; Клемент, Л. (2018). «Экспериментальный дизайн и анализ данных в безметочной количественной протеомике ЖХ / МС: учебное пособие с MSqRob». Журнал протеомики. 171: 23–26. Дои:10.1016 / j.jprot.2017.04.004. PMID 28391044.
  56. ^ Goeminne, L.J.E .; Наклейка А .; Martens, M .; Gevaert, K ​​.; Клемент, Л. (2020). «MSqRob преодолевает недостающее препятствие: объединяет протеомику, основанную на интенсивности и подсчете». Аналитическая химия. XXXX (XX): 6278–6287. Дои:10.1021 / acs.analchem.9b04375. PMID 32227882.
  57. ^ Migas, Lukasz G .; Франция, Aidan P .; Беллина, Бруно; Барран, Пердита Э. (апрель 2018 г.). «ORIGAMI: набор программ для масс-спектрометрии подвижности активированных ионов (AIM-MS), применяемый к мультимерным белковым сборкам». Международный журнал масс-спектрометрии. 427: 20–28. Bibcode:2018IJMSp.427 ... 20M. Дои:10.1016 / j.ijms.2017.08.014. ISSN 1387-3806.
  58. ^ Карвалью, Пауло К.; Фишер, Джулиана С.Г .; Чен, Эмили I; Йейтс, Джон Р.; Барбоза, Валмир C (2008). «PatternLab для протеомики: инструмент для дифференциальной протеомики дробовика». BMC Bioinformatics. 9: 316. Дои:10.1186/1471-2105-9-316. ЧВК 2488363. PMID 18644148.
  59. ^ Lima, D. B .; De Lima, T. B .; Balbuena, T. S .; Невеш-Феррейра, А.Г .; Barbosa, V.C .; Gozzo, F.C .; Карвалью, П. С. (2015). «SIM-XL: мощный и удобный инструмент для анализа сшивания пептидов». Журнал протеомики. 129: 51–5. Дои:10.1016 / j.jprot.2015.01.013. HDL:11449/158584. PMID 25638023.
  60. ^ Кузняр, А .; Канаар, Р. (2014). «PIQMIe: веб-сервер для полуколичественного управления данными протеомики и анализа». Нуклеиновые кислоты Res. 42 (W1): W100 – W106. Дои:10.1093 / нар / gku478. ЧВК 4086067. PMID 24861615.
  61. ^ Уэтерли, Д. Б.; Этвуд Джа, 3-й; Миннинг, TA; Cavola, C; Tarleton, RL; Орландо, Р. (2005). «Эвристический метод для присвоения уровня ложного обнаружения для идентификации белков из результатов поиска в базе данных талисманов». Молекулярная и клеточная протеомика. 4 (6): 762–72. Дои:10.1074 / mcp.M400215-MCP200. PMID 15703444. S2CID 18408543.
  62. ^ Келлер, Эндрю; Несвижский, Алексей И .; Колкер, Юджин; Эберсольд, Руеди (2002). «Эмпирическая статистическая модель для оценки точности идентификации пептидов, сделанных с помощью MS / MS и поиска в базе данных». Аналитическая химия. 74 (20): 5383–92. Дои:10.1021 / ac025747h. PMID 12403597.
  63. ^ Несвижский А.И.; Келлер, А; Колкер, Э; Эберсольд, Р. (2003). «Статистическая модель для идентификации белков тандемной масс-спектрометрией». Аналитическая химия. 75 (17): 4646–58. Дои:10.1021 / ac0341261. PMID 14632076.
  64. ^ Шпехт, Майкл; Кульгерт, Себастьян; Фуфезан, Кристиан; Хипплер, Майкл (2011). «Протеомика на ходу: Proteomatic позволяет с легкостью создавать универсальные рабочие процессы для оценки данных МС / МС». Биоинформатика. 27 (8): 1183–1184. Дои:10.1093 / биоинформатика / btr081. PMID 21325302.
  65. ^ Шэн, Цюаньху; Дай, Джи; Ву, Ибо; Тан, Хайсю; Цзэн, Ронг (2012). «BuildSummary: использование группового подхода для повышения чувствительности идентификации пептидов / белков в протеомике дробовика». J Proteome Res. 11 (3): 1494–1502. Дои:10.1021 / pr200194p. PMID 22217156.
  66. ^ Галант, Джеймс; Heunis, Tiaan; Сэмпсон, Саманта; Горький, Уилберт (2020). «ProVision: веб-платформа для быстрого анализа протеомических данных, обрабатываемых MaxQuant». Биоинформатика. 36. Дои:10.1093 / биоинформатика / btaa620. PMID 32638008.
  67. ^ Лысый, Тилль; Барт, Йоханнес; Ниеуэс, Анна; Шпехт, Майкл; Хипплер, Майкл; Фуфезан, Кристиан (2012). «pymzML - модуль Python для высокопроизводительной биоинформатики по данным масс-спектрометрии». Биоинформатика. 28 (7): 1052–3. Дои:10.1093 / биоинформатика / bts066. PMID 22302572.
  68. ^ Голобородько, Антон; Левицкий, Лев; Иванов, Марк; Горшков, Михаил (2013). «Pyteomics - среда Python для исследовательского анализа данных и быстрого прототипирования программного обеспечения в протеомике». J Am Soc масс-спектрометрия. 24 (2): 301–4. Bibcode:2013JASMS..24..301G. Дои:10.1007 / s13361-012-0516-6. PMID 23292976. S2CID 22009929.
  69. ^ Зухт, Ханс-Дитер; Ламерц, Йенс; Хамения, Валерий; Шиллер, Карстен; Аппель, Аннетт; Таммен, Харальд; Крамери, Рето; Селле, Хартмут (2005). "Методология анализа данных для профилирования пептидов на основе LC-MALDI-MS". Комбинаторная химия и высокопроизводительный скрининг. 8 (8): 717–23. Дои:10.2174/138620705774962481. PMID 16464158.
  70. ^ Гётце, Майкл; Петтелькау Дж; Schaks S; Bosse K; Ihling CH; Krauth F; Fritzsche R; Kühn U; Синз А. (январь 2012 г.). «StavroX - программа для анализа сшитых продуктов в исследованиях взаимодействия белков». J Am Soc масс-спектрометрия. 23 (1): 76–87. Bibcode:2012JASMS..23 ... 76G. Дои:10.1007 / s13361-011-0261-2. PMID 22038510. S2CID 38037472.
  71. ^ Педриоли, Патрик Г. А. (2010). «Транс-протеомный трубопровод: трубопровод для протеомного анализа». Протеомная биоинформатика. Методы молекулярной биологии. 604. С. 213–238. Дои:10.1007/978-1-60761-444-9_15. ISBN 978-1-60761-443-2. PMID 20013374.
  72. ^ Deutsch, Eric W .; Мендоса, Луис; Штейнберг, Давид; Фарра, Терри; Лам, Генри; Тасман, Натали; Сунь, Чжи; Нильссон, Эрик; Пратт, Брайан; Празен, Брайан; Eng, Джимми К .; Мартин, Дэниел Б .; Несвижский, Алексей И .; Эберсольд, Руеди (2010). «Экскурсия по Транс-протеомному трубопроводу». Протеомика. 10 (6): 1150–1159. Дои:10.1002 / pmic.200900375. ISSN 1615-9853. ЧВК 3017125. PMID 20101611.
  73. ^ Monroe, M.E .; Толич, Н .; Jaitly, N .; Shaw, J. L .; Adkins, J. N .; Смит, Р. Д. (2007). «VIPER: расширенный пакет программного обеспечения для поддержки идентификации пептидов методом ЖХ-МС с высокой пропускной способностью». Биоинформатика. 23 (15): 2021–3. Дои:10.1093 / биоинформатика / btm281. PMID 17545182.

внешние ссылки