WikiDer > Пероксидаза марганца

Manganese peroxidase
пероксидаза марганца
Идентификаторы
Номер ЕС1.11.1.13
Количество CAS114995-15-2
Базы данных
IntEnzПросмотр IntEnz
БРЕНДАBRENDA запись
ExPASyПросмотр NiceZyme
КЕГГЗапись в KEGG
MetaCycметаболический путь
ПРИАМпрофиль
PDB структурыRCSB PDB PDBe PDBsum
Генная онтологияAmiGO / QuickGO

В энзимология, а пероксидаза марганца (EC 1.11.1.13) является фермент который катализирует в химическая реакция

2 Mn (II) + 2 H+ + H2О2 2 Mn (III) + 2 H2О

3 субстраты этого фермента Mn (II), ЧАС+, и ЧАС2О2, а его два товары находятся Mn (III) и ЧАС2О.

Этот фермент принадлежит к семейству оксидоредуктазы, а именно те, которые действуют на пероксид как акцептор (пероксидазы). В систематическое название этого класса ферментов Mn (II): перекись водорода оксидоредуктаза. Другие широко используемые имена включают пероксидаза-M2, и Mn-зависимая (НАДН-окисляющая) пероксидаза. Здесь работает один кофактор, гем. Этот фермент нуждается в Ca2+ для деятельности.

Грибы белой гнили выделяют этот фермент, чтобы помочь лигнин деградация.

Открытие и характеристика

Пероксидаза марганца (обычно называемая MnP) была открыта в 1985 году одновременно исследовательскими группами Майкла Х. Голда.[1] и Рональд Кроуфорд[2] в грибке Phanerochaete chrysosporium. В белок был генетически секвенированный в П. хризопориум в 1989 г.[3] Считается, что этот фермент уникален для Базидиомицеты как нет бактерия, дрожжи, или же плесень еще не найден вид, который его производит естественным образом.

Механизм реакции

Схема механизма пероксидазы марганца, показывающая исходное состояние, комплекс пероксида железа и соединения I и II. Здесь кофактор гема представлен в виде комплекса железо-азот. Оксопорфириновый радикал Fe (IV) резонирует по всему гему.

Катализ MnP происходит в серии необратимых окислительно-восстановительных (редокс) реакции, следующие за механизм для пинг-понга с кинетика второго порядка.[4] На первом этапе каталитического цикла ЧАС2О2, или органический пероксид, входит в активный сайт МнП. Там кислород в H2О2 связывается с Fe (III) ион в кофакторе гема с образованием комплекса пероксида железа. Два электрона переносятся из Fe3+ в пероксид, разрывая связь кислород-пероксид с образованием H2O и Fe (IV) оксо-порфирин радикальный сложный. Этот окисленный промежуточный продукт известен как MnP-соединение I. Затем MnP-соединение I связывается с монохелатный Ион Mn (II), который отдает электрон для гашения радикала и образования Mn (III) и соединения MnP II, оксо-порфиринового комплекса Fe (IV). MnP Соединение II окисляет другой ион Mn (II) до Mn (III) и восстанавливается в результате реакции двух ионов H + и связанного с железом кислорода. Это преобразовывает ион Fe (III) в гем и высвобождает вторую молекулу воды.[5]Есть много отклонений от этого традиционного каталитического цикла. MnP Соединение I можно использовать для окисления свободного Mn (II), ферроцианид, а также фенольные смолы, и другие ароматические соединения.[6]

Хелаторы

Mn (III) неустойчив в водный СМИ, поэтому MnP выделяет его как Mn (III) -карбоновая кислота хелат. Существует множество хелаторов карбоновых кислот, включая оксалат, малонатный, тартрат, и лактат, однако оксалат является наиболее распространенным. Структура пероксидазы отдает предпочтение хелатам Mn (III) по сравнению со свободными ионами Mn (III). Хелат Mn (III) взаимодействует с активным центром, облегчая высвобождение продукта из фермента.[7] Хелатор может влиять на кинетическую скорость и даже на катализируемую реакцию. Если субстрат Mn (II) хелатирован лактатом, MnP вместо этого катализирует выделение О2. Однако эта побочная реакция мало влияет на ферментативную активность, потому что она следует более медленной кинетике третьего порядка.[4]

Структурные исследования

Структура пероксидазы марганца. Связанные ионы марганца и кальция выделены фиолетовым и розовым цветом соответственно.

На конец 2007 г. 6 структуры были решены для этого класса ферментов, с PDB коды доступа 1МН1, 1МН2, 1ГГ, 1ГГ, 1YZP, и 1YZR.

Хотя MnP, как и другие лигнин пероксидазы, относится ко II степени пероксидаза, он имеет третичную структуру, аналогичную прокариотический Пероксидазы I класса, но содержат дисульфидные мостики как пероксидазы класса III в растениях.[8] MnP имеет глобулярную структуру, содержащую 11-12 α-спиралей, в зависимости от вида, в котором он продуцируется. Он стабилизирован 10 цистин аминокислота остатки, образующие 5 дисульфидных мостиков, один из которых находится вблизи C-терминал площадь. Активный центр содержит кофактор гема, который связан двумя Ca2+ ионы, один выше и один ниже гема. Рядом с внутренним гемом пропионат три кислый остатки, которые используются для стабилизации Mn (II) или Mn (III), когда он связан с ферментом. Конкретные остатки различаются между видами, но их количество и относительное расположение в свернутом белке сохраняется. Всего в MnP белка 357 аминокислотных остатков. P. chrysosoporiumи такое же количество ферментов, продуцируемых другими базидомицетами.[9]

Биохимическое значение

Основная функция ионов Mn (III), продуцируемых MnP, - это окисление и разложение лигнина.[10] С этой целью базидомицеты секретируют MnP, а не Mn (III), и фермент действует вне клетки гриба. Ионы Mn (III) из MnP могут непосредственно окислять фенольные соединения в лигнине, но они также могут окислять некоторые органические соединения серы и ненасыщенные жирные кислоты. Это окисление образует тиил и пероксильные радикалы, которые в присутствии O2, может окислять лигнин или реагировать с водой с образованием H2О2.[11][12] Сам ион Mn3 + может разлагать лигнин, катализируя алкил-арил расщепления и α-углерод окисление в фенолах.[13]

Регулирование

Активность MnP контролируется через транскрипционная регуляция. MnP активируется увеличением внеклеточного Mn (II)[14] и H2О2 концентрации. Было обнаружено, что увеличение O2 концентрация и тепловой стресс также активируют MnP.[15]

Рекомендации

  1. ^ Гленн Дж. К., Gold MH (ноябрь 1985 г.). «Очистка и характеристика внеклеточной Mn (II) -зависимой пероксидазы из разлагающего лигнин базидиомицета Phanerochaete chrysosporium». Arch. Biochem. Биофизы. 242 (2): 329–41. Дои:10.1016/0003-9861(85)90217-6. PMID 4062285.
  2. ^ Пащинский А., Хюин В.Б., Кроуфорд Р. (август 1985 г.). "Ферментативная активность внеклеточной марганец-зависимой пероксидазы из Phanerochaete chrysosporium". FEMS Microbiol. Латыш. 29 (1–2): 37–41. Дои:10.1111 / j.1574-6968.1985.tb00831.x.
  3. ^ Прибнов Д., Мэйфилд МБ, Ниппер В.Дж., Браун Д.А., Голд М.Х. (март 1989 г.). «Характеристика кДНК, кодирующей пероксидазу марганца, из разлагающего лигнин базидиомицета Phanerochaete chrysosporium». J. Biol. Chem. 264 (9): 5036–40. PMID 2925681.
  4. ^ а б Варииши Х., Валли К., Голд МХ (ноябрь 1992 г.). «Окисление марганца (II) пероксидазой марганца из базидиомицета». Phanerochaete chrysosporium. Кинетический механизм и роль хелаторов ». J. Biol. Chem. 267 (33): 23688–95. PMID 1429709.
  5. ^ Хофрихтер М. (апрель 2002 г.). "Обзор: преобразование лигнина пероксидазой марганца (MnP).". Ферментные и микробные технологии. 30 (4): 454–66. Дои:10.1016 / S0141-0229 (01) 00528-2.
  6. ^ Heinfling A, Ruiz-Dueñas FJ, Martínez MJ, Bergbauer M, Szewzyk U, Martínez AT (май 1998 г.). «Исследование по восстановлению субстратов окисляющих марганец пероксидаз из Pleurotus eryngii и Bjerkandera adusta». FEBS Lett. 428 (3): 141–6. Дои:10.1016 / s0014-5793 (98) 00512-2. PMID 9654123. S2CID 39842460.
  7. ^ Банчи Л., Бертини И., Даль Поццо Л., Дель Конте Р., Тьен М. (июнь 1998 г.). «Мониторинг роли оксалата в пероксидазе марганца». Биохимия. 37 (25): 9009–15. Дои:10.1021 / bi972879 +. PMID 9636044.
  8. ^ Велиндер КГ (июнь 1992 г.). "Надсемейство растительных, грибковых и бактериальных пероксидаз.". Текущее мнение в структурной биологии. 2 (3): 388–93. Дои:10.1016 / 0959-440X (92) 90230-5.
  9. ^ Мартинес А. (апрель 2002 г.). "Молекулярная биология и структура-функция лигнин-разлагающих пероксидазы гема". Ферментные и микробные технологии. 30 (4): 425–444. Дои:10.1016 / S0141-0229 (01) 00521-X.
  10. ^ Forrester IT, Grabski AC, Burgess RR, Leatham GF (декабрь 1988 г.). «Марганец, Mn-зависимые пероксидазы и биодеградация лигнина». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 157 (3): 992–9. Дои:10.1016 / S0006-291X (88) 80972-0. PMID 3207431.
  11. ^ Варииши Х., Валли К., Ренганатан В., Голд М. Х. (август 1989 г.). «Опосредованное тиолом окисление модельных соединений нефенольного лигнина пероксидазой марганца Phanerochaete chrysosporium». J. Biol. Chem. 264 (24): 14185–91. PMID 2760063.
  12. ^ Капич А.Н., Йенсен К.А., Хаммель К.Е. (ноябрь 1999 г.). «Пероксильные радикалы - потенциальные агенты биоразложения лигнина». FEBS Lett. 461 (1–2): 115–9. Дои:10.1016 / s0014-5793 (99) 01432-5. PMID 10561507. S2CID 25335594.
  13. ^ Туор У, Варииши Х., Шумейкер Х. Э., Голд М. Х. (июнь 1992 г.). "Окисление модельных соединений фенольного бета-арилэфира лигнина арилглицерин пероксидазой марганца из Phanerochaete chrysosporium: окислительное расщепление модельного альфа-карбонильного соединения ». Биохимия. 31 (21): 4986–95. Дои:10.1021 / bi00136a011. PMID 1599925.
  14. ^ Браун Дж. А., Алик М., Голд М. Х. (июль 1991 г.). «Транскрипция гена пероксидазы марганца в Phanerochaete chrysosporium: активация марганцем». J. Bacteriol. 173 (13): 4101–6. Дои:10.1128 / jb.173.13.4101-4106.1991. ЧВК 208059. PMID 2061289.
  15. ^ Ли Д., Алик М., Браун Дж. А., Голд М. Х. (январь 1995 г.). «Регулирование транскрипции гена пероксидазы марганца перекисью водорода, химическим стрессом и молекулярным кислородом». Appl. Environ. Микробиол. 61 (1): 341–5. Дои:10.1128 / AEM.61.1.341-345.1995. ЧВК 167287. PMID 7887613.

дальнейшее чтение

  • Гленн Дж. К., Акилесваран Л., Голд М. Х. (1986). «Окисление Mn (II) является основной функцией внеклеточной Mn-пероксидазы Phanerochaete chrysosporium». Arch. Biochem. Биофизы. 251 (2): 688–96. Дои:10.1016/0003-9861(86)90378-4. PMID 3800395.
  • Пащинский А., Хюин В.Б., Кроуфорд Р. (1986). «Сравнение лигниназы-I и пероксидазы-М2 из гриба белой гнили Phanerochaete chrysosporium». Arch. Biochem. Биофизы. 244 (2): 750–65. Дои:10.1016/0003-9861(86)90644-2. PMID 3080953.
  • Вариши Х., Акилесваран Л., Голд М. Х. (1988). «Пероксидаза марганца из базидиомицета Phanerochaete chrysosporium: спектральная характеристика окисленных состояний и каталитического цикла». Биохимия. 27 (14): 5365–5370. Дои:10.1021 / bi00414a061. PMID 3167051.