WikiDer > UPF3A

UPF3A
UPF3A
Доступные конструкции
PDBПоиск ортолога: PDBe RCSB
Идентификаторы
ПсевдонимыUPF3A, HRENT3A, UPF3, UPF3 регулятор гомолога А нонсенс транскриптов (дрожжи), регулятор нонсенс-опосредованного распада мРНК
Внешние идентификаторыOMIM: 605530 MGI: 1914281 ГомолоГен: 23395 Генные карты: UPF3A
Экспрессия РНК шаблон
PBB GE UPF3A 214323 s в формате fs.png

PBB GE UPF3A 206959 s в формате fs.png

PBB GE UPF3A 206958 s в формате fs.png
Дополнительные данные эталонного выражения
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez
Ансамбль
UniProt
RefSeq (мРНК)

NM_023011
NM_080687

NM_025924

RefSeq (белок)

NP_080200

Расположение (UCSC)н / дChr 8: 13.79 - 13.8 Мб
PubMed поиск[2][3]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Регулятор бессмысленных транскриптов 3А это белок что у людей кодируется UPF3A ген.[4][5][6]

Этот ген кодирует белок, который является частью мультибелкового комплекса после сплайсинга, участвующего как в ядерном экспорте мРНК, так и в надзоре за мРНК. Кодируемый белок является одним из двух функциональных гомологов дрожжевого Upf3p. Наблюдение за мРНК обнаруживает экспортированные мРНК с усеченными открытыми рамками считывания и инициирует нонсенс-опосредованный распад мРНК (NMD). Когда трансляция заканчивается выше последнего соединения экзон-экзон, это запускает NMD для разрушения мРНК, содержащей преждевременные стоп-кодоны. Этот белок связывается с мРНК и остается связанным после ядерного экспорта, действуя как ядерно-цитоплазматический челночный белок. Он образует с Y14 комплекс, который специфически связывается на 20 нуклеотидов выше экзон-экзонных соединений. Этот ген расположен на длинном плече хромосомы 13. Два варианта сплайсинга, кодирующие разные изоформы, были обнаружены для этого гена.[6]

Взаимодействия

UPF3A был показан взаимодействовать с RBM8A,[7] UPF2[5][8] и UPF1.[5][9][10]

Рекомендации

  1. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000038398 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  3. ^ «Ссылка на Mouse PubMed:». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ Серин Г., Герсаппе А., Блэк Д. Д., Аронофф Р., Макват Л. Е. (январь 2001 г.). «Идентификация и характеристика человеческих ортологов белка Upf2 Saccharomyces cerevisiae и белка Upf3 (Caenorhabditis elegans SMG-4)». Mol Cell Biol. 21 (1): 209–23. Дои:10.1128 / MCB.21.1.209-223.2001. ЧВК 88795. PMID 11113196.
  5. ^ а б c Lykke-Andersen J, Shu MD, Steitz JA (февраль 2001 г.). «Человеческие белки Upf нацелены на мРНК для нонсенс-опосредованного распада при связывании ниже терминального кодона». Клетка. 103 (7): 1121–31. Дои:10.1016 / S0092-8674 (00) 00214-2. PMID 11163187. S2CID 18417600.
  6. ^ а б «Ген Entrez: UPF3A UPF3 регулятор гомолога A бессмысленных транскриптов (дрожжи)».
  7. ^ Kim, V N; Катаока N; Дрейфус Г (сентябрь 2001 г.). «Роль нонсенс-опосредованного фактора распада hUpf3 в зависимом от сплайсинга комплексе экзон-экзонного соединения». Наука. 293 (5536): 1832–6. Bibcode:2001Научный ... 293.1832K. Дои:10.1126 / science.1062829. ISSN 0036-8075. PMID 11546873. S2CID 12018200.
  8. ^ Лежен, Фабрис; Ли Сяоцзе; Макват Линн Э (сентябрь 2003 г.). «Нонсенс-опосредованный распад мРНК в клетках млекопитающих включает декапирование, деаденилирование и экзонуклеолитическую активность». Мол. Клетка. 12 (3): 675–87. Дои:10.1016 / S1097-2765 (03) 00349-6. ISSN 1097-2765. PMID 14527413.
  9. ^ Шелл, Томас; Кехер Томас; Вильм Матиас; Серафин Бертран; Кулозик Андреас Э; Хентце Маттиас В (август 2003 г.). «Комплексы между опосредованным нонсенсом фактором пути распада мРНК человеческий upf1 (белок сдвига рамки 1 вверх) и основными факторами распада мРНК, опосредованными нонсенсом, в клетках HeLa». Biochem. J. 373 (Pt 3): 775–83. Дои:10.1042 / BJ20021920. ISSN 0264-6021. ЧВК 1223536. PMID 12723973.
  10. ^ Ямасита, А; Охниши Т; Кашима I; Taya Y; Оно С (сентябрь 2001 г.). «Человеческий SMG-1, новая протеинкиназа, связанная с фосфатидилинозитол-3-киназой, ассоциируется с компонентами комплекса наблюдения за мРНК и участвует в регуляции нонсенс-опосредованного распада мРНК». Genes Dev. 15 (17): 2215–28. Дои:10.1101 / gad.913001. ISSN 0890-9369. ЧВК 312771. PMID 11544179.

дальнейшее чтение