WikiDer > UPF1

UPF1
UPF1
Белок UPF1 PDB 2gjk.png
Доступные конструкции
PDBПоиск ортолога: PDBe RCSB
Идентификаторы
ПсевдонимыUPF1, HNORF1, RENT1, pNORF1, smg-2, РНК-геликаза и АТФаза, РНК-геликаза UPF1 и АТФаза
Внешние идентификаторыOMIM: 601430 MGI: 107995 ГомолоГен: 2185 Генные карты: UPF1
Расположение гена (человек)
Хромосома 19 (человек)
Chr.Хромосома 19 (человек)[1]
Хромосома 19 (человек)
Геномное расположение UPF1
Геномное расположение UPF1
Группа19п13.11Начинать18,831,938 бп[1]
Конец18,868,236 бп[1]
Экспрессия РНК шаблон
PBB GE UPF1 211168 s в формате fs.png

PBB GE UPF1 208947 s в формате fs.png
Дополнительные данные эталонного выражения
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez
Ансамбль
UniProt
RefSeq (мРНК)

NM_002911
NM_001297549

NM_001122829
NM_030680

RefSeq (белок)

NP_001284478
NP_002902
NP_001284478.1

NP_001116301
NP_109605

Расположение (UCSC)Chr 19: 18.83 - 18.87 МбChr 8: 70.33 - 70.35 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Регулятор бессмысленных расшифровок 1 это белок что у людей кодируется UPF1 ген.[5][6]

Функция

Этот ген кодирует белок, который является частью мультипротеинового комплекса после сплайсинга, комплекс экзонов, участвует в обоих мРНК ядерный экспорт и мРНК наблюдение. Наблюдение за мРНК обнаруживает экспортированные мРНК с усеченными открытыми рамками считывания и инициирует нонсенс-опосредованный распад мРНК (NMD). Когда трансляция заканчивается выше последнего соединения экзон-экзон, это запускает NMD для разрушения мРНК, содержащей преждевременные стоп-кодоны. Этот белок находится как в цитоплазма и ядро ячейки.[7] Когда трансляция заканчивается, он взаимодействует с белком, который является функциональным гомологом дрожжевого Upf2p, чтобы вызвать декапирование мРНК. Для этого гена было отмечено использование множественных сайтов полиаденилирования.[8]

Взаимодействия

UPF1 был показан взаимодействовать с:

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000005007 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000058301 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ Perlick HA, Medghalchi SM, Spencer FA, Kendzior RJ Jr, Dietz HC (ноябрь 1996 г.). «Ортологи млекопитающих дрожжевого регулятора стабильности нонсенс-транскрипта». Proc Natl Acad Sci U S A. 93 (20): 10928–32. Дои:10.1073 / пнас.93.20.10928. ЧВК 38260. PMID 8855285.
  6. ^ Applequist SE, Selg M, Raman C, Jack HM (март 1997 г.). «Клонирование и характеристика HUPF1, человеческого гомолога нонсенс-уменьшающего мРНК белка UPF1 Saccharomyces cerevisiae». Нуклеиновые кислоты Res. 25 (4): 814–21. Дои:10.1093 / nar / 25.4.814. ЧВК 146496. PMID 9064659.
  7. ^ Сингх А.К., Чоудхури С.Р., Де С., Чжан Дж., Киссан С., Двиведи В. и др. (Март 2019 г.). Певица RH, Мэнли JL (ред.). «РНК-геликаза UPF1 ассоциируется с мРНК котранскрипционно и требуется для высвобождения мРНК из локусов генов». eLife. 8: e41444. Дои:10.7554 / eLife.41444. PMID 30907728.
  8. ^ "Ген Entrez: UPF1 UPF1 регулятор гомолога бессмысленных транскриптов (дрожжи)".
  9. ^ а б Lykke-Andersen J (2002). «Идентификация человеческого комплекса декапирования, связанного с белками hUpf в нонсенс-опосредованном распаде». Мол. Клетка. Биол. 22 (23): 8114–21. Дои:10.1128 / MCB.22.23.8114-8121.2002. ЧВК 134073. PMID 12417715.
  10. ^ а б c Lejeune F, Li X, Maquat LE (2003). «Нонсенс-опосредованный распад мРНК в клетках млекопитающих включает декапирование, деаденилирование и экзонуклеолитическую активность». Мол. Клетка. 12 (3): 675–87. Дои:10.1016 / S1097-2765 (03) 00349-6. PMID 14527413.
  11. ^ а б c Ямасита А., Охниши Т., Кашима И., Тая Ю., Оно С. (2001). «Человеческий SMG-1, новая протеинкиназа, связанная с фосфатидилинозитол-3-киназой, ассоциируется с компонентами комплекса наблюдения за мРНК и участвует в регуляции нонсенс-опосредованного распада мРНК». Genes Dev. 15 (17): 2215–28. Дои:10.1101 / gad.913001. ЧВК 312771. PMID 11544179.
  12. ^ а б c Шелл Т., Кехер Т., Вильм М., Серафин Б., Кулозик А.Е., Хентце М.В. (2003). «Комплексы между опосредованным нонсенсом фактором пути распада мРНК человеческий upf1 (белок сдвига рамки 1 вверх) и основными факторами распада мРНК, опосредованными нонсенсом, в клетках HeLa». Biochem. J. 373 (Pt 3): 775–83. Дои:10.1042 / BJ20021920. ЧВК 1223536. PMID 12723973.
  13. ^ Mendell JT, Medghalchi SM, Lake RG, Noensie EN, Dietz HC (2000). «Новые ортологи Upf2p предполагают функциональную связь между инициацией трансляции и бессмысленными комплексами наблюдения». Мол. Клетка. Биол. 20 (23): 8944–57. Дои:10.1128 / MCB.20.23.8944-8957.2000. ЧВК 86549. PMID 11073994.
  14. ^ а б c Lykke-Andersen J, Shu MD, Steitz JA (2000). «Человеческие белки Upf нацелены на мРНК для нонсенс-опосредованного распада при связывании ниже терминального кодона». Клетка. 103 (7): 1121–31. Дои:10.1016 / S0092-8674 (00) 00214-2. PMID 11163187. S2CID 18417600.

дальнейшее чтение