WikiDer > UPF3B

UPF3B
UPF3B
Белок UPF3B PDB 1uw4.png
Доступные конструкции
PDBПоиск Human UniProt: PDBe RCSB
Идентификаторы
ПсевдонимыUPF3B, HMRX62, MRXS14, RENT3B, UPF3X, Upf3p-X, UPF3BP1, UPF3BP2, UPF3BP3, UPF3 регулятор гомолога B бессмысленных транскриптов (дрожжи), UPF3 регулятор гомолога B бессмысленных транскриптов, регулятор несмыслового регулятора распада UPF3, опосредованного UPF3B msense распад мРНК, MRX82
Внешние идентификаторыOMIM: 300298 MGI: 1915384 ГомолоГен: 11307 Генные карты: UPF3B
Расположение гена (человек)
Х-хромосома (человек)
Chr.Х-хромосома (человек)[1]
Х-хромосома (человек)
Геномное расположение UPF3B
Геномное расположение UPF3B
ГруппаXq24Начните119,805,311 бп[1]
Конец119,852,998 бп[1]
Экспрессия РНК шаблон
PBB GE UPF3B 218757 s в формате fs.png
Дополнительные данные эталонного выражения
Ортологи
ВидыЧеловекМышь
Entrez
Ансамбль
UniProt
RefSeq (мРНК)

NM_023010
NM_080632

NM_026573

RefSeq (белок)

NP_075386
NP_542199

н / д

Расположение (UCSC)Chr X: 119,81 - 119,85 МбChr X: 37.09 - 37.11 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Регулятор бессмысленных транскриптов 3B это белок что у людей кодируется UPF3B ген.[5][6][7]

Этот ген кодирует белок, который является частью мультибелкового комплекса после сплайсинга, участвующего как в ядерном экспорте мРНК, так и в надзоре за мРНК. Кодируемый белок является одним из двух функциональных гомологов дрожжевого Upf3p. Наблюдение за мРНК обнаруживает экспортированные мРНК с усеченными открытыми рамками считывания и инициирует нонсенс-опосредованный распад мРНК (NMD). Когда трансляция заканчивается выше последнего соединения экзон-экзон, это запускает NMD для разрушения мРНК, содержащей преждевременные стоп-кодоны. Этот белок связывается с мРНК и остается связанным после ядерного экспорта, действуя как ядерно-цитоплазматический челночный белок. Он образует с Y14 комплекс, который специфически связывается на 20 нуклеотидов выше экзон-экзонных соединений. Этот ген расположен на длинном плече хромосомы X. Для этого гена были обнаружены два варианта сплайсинга, кодирующие разные изоформы.[7]

Взаимодействия

UPF3B был показан взаимодействовать с участием UPF2[6][8][9][10] и UPF1.[6][9][11]

использованная литература

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000125351 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000036572 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ Серин Г., Герсаппе А., Блэк Д. Д., Аронофф Р., Макват Л. Е. (январь 2001 г.). «Идентификация и характеристика человеческих ортологов белка Upf2 Saccharomyces cerevisiae и белка Upf3 (Caenorhabditis elegans SMG-4)». Mol Cell Biol. 21 (1): 209–23. Дои:10.1128 / MCB.21.1.209-223.2001. ЧВК 88795. PMID 11113196.
  6. ^ а б c Lykke-Andersen J, Shu MD, Steitz JA (февраль 2001 г.). «Человеческие белки Upf нацелены на мРНК для нонсенс-опосредованного распада при связывании ниже терминального кодона». Ячейка. 103 (7): 1121–31. Дои:10.1016 / S0092-8674 (00) 00214-2. PMID 11163187.
  7. ^ а б «Ген Entrez: UPF3B UPF3 регулятор гомолога B бессмысленных транскриптов (дрожжи)».
  8. ^ Ленер, Бен; Сандерсон Кристофер М. (июль 2004 г.). «Структура взаимодействия белков для деградации мРНК человека». Genome Res. 14 (7): 1315–23. Дои:10.1101 / gr.2122004. ISSN 1088-9051. ЧВК 442147. PMID 15231747.
  9. ^ а б Лежен, Фабрис; Ли Сяоцзе; Maquat Lynne E (сентябрь 2003 г.). «Нонсенс-опосредованный распад мРНК в клетках млекопитающих включает декапирование, деаденилирование и экзонуклеолитическую активность». Мол. Ячейка. 12 (3): 675–87. Дои:10.1016 / S1097-2765 (03) 00349-6. ISSN 1097-2765. PMID 14527413.
  10. ^ Ликке-Андерсен, Йенс (декабрь 2002 г.). «Идентификация человеческого комплекса декапирования, связанного с белками hUpf в нонсенс-опосредованном распаде». Мол. Cell. Биол. 22 (23): 8114–21. Дои:10.1128 / MCB.22.23.8114-8121.2002. ISSN 0270-7306. ЧВК 134073. PMID 12417715.
  11. ^ Шелл, Томас; Кехер Томас; Вильм Матиас; Серафин Бертран; Кулозик Андреас Э; Хентце Маттиас W (август 2003 г.). «Комплексы между опосредованным нонсенсом фактором пути распада мРНК человеческий upf1 (белок сдвига рамки 1 вверх) и основными факторами распада мРНК, опосредованными нонсенсом, в клетках HeLa». Biochem. J. 373 (Pt 3): 775–83. Дои:10.1042 / BJ20021920. ISSN 0264-6021. ЧВК 1223536. PMID 12723973.

дальнейшее чтение