WikiDer > BAT1

DDX39B
Доступные конструкции
PDB	Поиск ортолога: PDBe RCSB
Список идентификационных кодов PDB
	1T5I, 1T6N, 1XTI, 1XTJ, 1XTK
Идентификаторы
Псевдонимы	DDX39B, BAT1, D6S81E, UAP56, DEAD-бокс-геликаза 39B, DExD-бокс-геликаза 39B
Внешние идентификаторы	OMIM: 142560 MGI: 99240 ГомолоГен: 48376 Генные карты: DDX39B
Расположение гена (человек)
Chr.	Хромосома 6 (человек)
Конец	31,542,448 бп
Расположение гена (Мышь)
Chr.	Хромосома 17 (мышь)
Конец	35,253,707 бп
Экспрессия РНК шаблон
	Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология
Молекулярная функция	• связывание нуклеотидов; • GO: 0008026 геликазная активность; • GO: 0032403 связывание макромолекулярного комплекса; • Связывание мяРНК U4; • Связывание с АТФ-зависимым белком; • GO: 0001948 связывание с белками; • связывание нуклеиновой кислоты; • гидролазная активность; • Связывание АТФ; • Связывание мяРНК U6; • РНК-зависимая активность АТФазы; • АТФазная активность; • идентичное связывание с белками; • Связывание РНК;
Сотовый компонент	• цитоплазма; • комплекс экспорта транскрипции; • ядерная матрица; • U6 snRNP; • сплайсосомальный комплекс; • U4 snRNP; • ядро клетки; • нуклеоплазма; • ядерное пятнышко; • ядрышко; • макромолекулярный комплекс;
Биологический процесс	• Сплайсинг мРНК через сплайсосомы; • транспорт мРНК; • отрицательное регулирование контрольной точки повреждения ДНК; • обработка мРНК; • вирусный экспорт мРНК из ядра клетки-хозяина; • положительное регулирование перевода; • экспорт мРНК из ядра; • позитивная регуляция ДНК-темплатной транскрипции, элонгации; • сборка сплайсосомального комплекса; • Раскрутка вторичной структуры РНК; • Сплайсинг РНК; • положительная регуляция процесса биосинтеза ДНК; • развитие печени; • положительное регулирование роста клеток, участвующих в развитии клеток сердечной мышцы; • положительное регулирование пролиферации клеток гладких мышц сосудов; • Обработка 3'-конца мРНК; • прекращение транскрипции РНК-полимеразы II; • Экспорт РНК из ядра; • транспорт;
	Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
	7919
	53817
ENSG00000198563; ENSG00000225073; ENSG00000237889; ENSG00000229496; ENSG00000215425;
	ENSG00000235439; ENSG00000225859; ENSG00000230624
	ENSMUSG00000019432
	Q13838
	Q9Z1N5
	NM_004640; NM_080598
	NM_001252457; NM_019693
	NP_004631; NP_542165
	NP_001239386; NP_062667
	Викиданные
Просмотр / редактирование человека	Просмотр / редактирование мыши

BAT1

Сплайсосомная РНК-геликаза BAT1 является фермент что у людей кодируется BAT1 ген.^[5]^[6]^[7]

Этот ген кодирует член МЕРТВАЯ коробка семейство РНК-зависимых АТФазы это посредник Гидролиз АТФ в течение сплайсинг пре-мРНК. Кодируемый белок является важным коэффициент сращивания требуется для объединения малых ядерных У2 рибонуклеопротеин с участием пре-мРНК, а также играет важную роль в мРНК экспорт из ядра в цитоплазма. Кластер генов, BAT1-BAT5, локализован поблизости от генов для TNF альфа и TNF бета. Все эти гены находятся внутри человека главный комплекс гистосовместимости класса III область, край. Мутации в этом гене может быть связан с ревматоидный артрит. Альтернативно сращивание варианты расшифровки кодирующие тот же белок.^[7]

использованная литература

^ ^а ^б ^c ENSG00000225073, ENSG00000237889, ENSG00000229496, ENSG00000215425, ENSG00000235439, ENSG00000225859, ENSG00000230624 GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000198563, ENSG00000225073, ENSG00000237889, ENSG00000229496, ENSG00000215425, ENSG00000235439, ENSG00000225859, ENSG00000230624 - Ансамбль, Май 2017
^ ^а ^б ^c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000019432 - Ансамбль, Май 2017
^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
^ Пилман Л.Дж., Шардон П., Нуньес М., Ренар С., Геффротин С., Вайман М., Ван Зеверен А., Коппитерс В., ван де Веге А., Букет Y и др. (Август 1995 г.). «Ген BAT1 в MHC кодирует эволюционно консервативную предполагаемую ядерную РНК-геликазу из семейства DEAD». Геномика. 26 (2): 210–8. Дои:10.1016 / 0888-7543 (95) 80203-X. PMID 7601445.
^ Шпионы Т., Бреснахан М., Строминджер Дж. Л. (декабрь 1989 г.). «Главный комплекс гистосовместимости человека содержит минимум 19 генов между кластером комплемента и HLA-B». Proc Natl Acad Sci U S A. 86 (22): 8955–8. Bibcode:1989PNAS ... 86.8955S. Дои:10.1073 / pnas.86.22.8955. ЧВК 298409. PMID 2813433.
^ ^а ^б «Ген Entrez: транскрипт 1, связанный с HLA-B BAT1».

внешние ссылки

Человек DDX39B расположение генома и DDX39B страница сведений о генах в Браузер генома UCSC.
PDBe-KB предоставляет обзор всей структурной информации, доступной в PDB для геликазы сплайсосомной РНК человека DDX39B (BAT1)

дальнейшее чтение

Шпионы Т., Бланк Г., Бреснахан М. и др. (1989). «Новый кластер генов в главном комплексе гистосовместимости человека». Наука. 243 (4888): 214–7. Bibcode:1989Sci ... 243..214S. Дои:10.1126 / science.2911734. PMID 2911734.
Кросс С.Х., Чарльтон Дж. А., Нэн Х, Берд А. П. (1994). «Очистка CpG-островков с использованием колонки для связывания метилированной ДНК». Nat. Genet. 6 (3): 236–44. Дои:10.1038 / ng0394-236. PMID 8012384. S2CID 12847618.
Маруяма К., Сугано С. (1994). «Олиго-кэппинг: простой метод замены кэп-структуры эукариотических мРНК олигорибонуклеотидами». Ген. 138 (1–2): 171–4. Дои:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.
Fleckner J, Zhang M, Valcárcel J, Green MR (1997). «U2AF65 привлекает новый человеческий DEAD-бокс-белок, необходимый для взаимодействия U2 snRNP-точки ветвления». Genes Dev. 11 (14): 1864–72. Дои:10.1101 / gad.11.14.1864. PMID 9242493.
Судзуки Ю., Ёситомо-Накагава К., Маруяма К. и др. (1997). «Создание и характеристика полноразмерной библиотеки кДНК, обогащенной по 5'-концу». Ген. 200 (1–2): 149–56. Дои:10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3. PMID 9373149.
Оллкок Р.Дж., Прайс П., Гаудиери С. и др. (1999). «Характеристика человеческого центрального гена MHC, BAT1: геномная структура и экспрессия». Exp. Clin. Иммуногенет. 16 (2): 98–106. Дои:10.1159/000019100. PMID 10343160. S2CID 22003689.
Ота М., Кацуяма Ю., Кимура А. и др. (2001). «Второй ген восприимчивости к развитию ревматоидного артрита в MHC человека локализован в пределах теломерного интервала 70 т.п.н. генов TNF в области HLA класса III». Геномика. 71 (3): 263–70. Дои:10.1006 / geno.2000.6371. PMID 11170743.
Оллкок Р. Дж., Уильямс Дж. Х., Прайс П (2001). «Центральный ген MHC, BAT1, может кодировать белок, который подавляет выработку цитокинов». Гены Клетки. 6 (5): 487–94. Дои:10.1046 / j.1365-2443.2001.00435.x. PMID 11380625. S2CID 10605522.
Ло М.Л., Чжоу З., Магни К. и др. (2001). «Сплайсинг пре-мРНК и экспорт мРНК связаны прямыми взаимодействиями между UAP56 и Aly». Природа. 413 (6856): 644–7. Bibcode:2001Натурал.413..644л. Дои:10.1038/35098106. PMID 11675789. S2CID 4395388.
Андерсен Дж. С., Лион CE, Фокс А. Х. и др. (2002). «Направленный протеомный анализ ядрышка человека». Curr. Биол. 12 (1): 1–11. Дои:10.1016 / S0960-9822 (01) 00650-9. PMID 11790298. S2CID 14132033.
Стрэссер К., Масуда С., Мейсон П. и др. (2002). «TREX - это консервативный комплекс, связывающий транскрипцию с экспортом информационной РНК». Природа. 417 (6886): 304–8. Bibcode:2002Натура.417..304С. Дои:10.1038 / природа746. PMID 11979277. S2CID 1112194.
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК 139241. PMID 12477932.
Маккракен С., Лонгман Д., Джонстон И.Л. и др. (2004). «Эволюционно законсервированная роль SRm160 в процессинге 3'-конца, которая функционирует независимо от образования комплекса экзонного соединения». J. Biol. Chem. 278 (45): 44153–60. Дои:10.1074 / jbc.M306856200. PMID 12944400.
Рейтер Т.Ю., Медхерст А.Л., Вайсфис К. и др. (2003). «Двухгибридный скрининг дрожжей предполагает участие белков анемии Фанкони в регуляции транскрипции, передаче сигналов в клетках, окислительном метаболизме и клеточном транспорте». Exp. Cell Res. 289 (2): 211–21. Дои:10.1016 / S0014-4827 (03) 00261-1. PMID 14499622.
Ли Дж., Хокинс И.К., Харви С.Д. и др. (2003). «Регулирование альтернативного сплайсинга с помощью SRrp86 и взаимодействующих с ним белков». Мол. Cell. Биол. 23 (21): 7437–47. Дои:10.1128 / MCB.23.21.7437-7447.2003. ЧВК 207616. PMID 14559993.
Мунгалл А.Дж., Палмер С.А., Симс С.К. и др. (2003). «Последовательность ДНК и анализ хромосомы 6 человека». Природа. 425 (6960): 805–11. Bibcode:2003Натура.425..805М. Дои:10.1038 / природа02055. PMID 14574404.
Ленер Б., Семпл Дж. И., Браун С. Е. и др. (2004). «Анализ высокопроизводительной двугибридной дрожжевой системы и ее использование для прогнозирования функции внутриклеточных белков, кодируемых в области III класса MHC человека». Геномика. 83 (1): 153–67. Дои:10.1016 / S0888-7543 (03) 00235-0. PMID 14667819.
Прайс П., Вонг А.М., Уильямсон Д. и др. (2004). «Полиморфизмы в положениях -22 и -348 в промоторе гена BAT1 влияют на транскрипцию и связывание ядерных факторов». Гм. Мол. Genet. 13 (9): 967–74. Дои:10,1093 / hmg / ddh113. PMID 15028669.