WikiDer > Discovery Studio
Discovery Studio
Discovery Studio это набор программного обеспечения для моделирования малая молекула и макромолекула системы. Он разработан и распространяется Dassault Systemes BIOVIA (ранее Accelrys).
Набор продуктов имеет сильную программа академического сотрудничества, поддерживает научные исследования и использует ряд программных алгоритмов, первоначально разработанных в научном сообществе, в том числе Очарование,[1] МОДЕЛЛЕР,[2] ДЕЛЬФИ,[3] ZDOCK,[4] DMol3[5][6] и больше.
Объем
Discovery Studio предоставляет программные приложения, охватывающие следующие области:
- Симуляции
- Включая Молекулярная механика, Молекулярная динамика, Квантовая механика
- Для моделирования на основе молекулярной механики: включите неявные и явные модели растворителей и модели мембран
- Также включает возможность выполнения гибридных QM / MM расчеты
- Дизайн лиганда
- Включая инструменты для перечисление молекулярных библиотек и оптимизация библиотеки
- Фармакофорное моделирование
- Включая создание, проверку и виртуальный просмотр[7][8]
- Структурный дизайн
- Включая инструменты для размещение и уточнение на основе фрагментов,[9] стыковка рецептор-лиганд и утонченность позы, дизайн de novo
- Дизайн и проверка макромолекул
- Макромолекулярная инженерия
- Специальные инструменты для белок-белковая стыковка[10]
- Специальные инструменты для Дизайн антител[11] и оптимизация
- Специальные инструменты для мембраносвязанные белки, включая GPCR
- QSAR
- Такие методы покрытия, как множественная линейная регрессия, частичные наименьшие квадраты, рекурсивное разбиение, Аппроксимация генетической функции и QSAR на основе трехмерного поля
- ADME
- Прогнозирующая токсичность
Смотрите также
- Программы молекулярной механики
- Программное обеспечение для квантовой механики
- Молекулярное моделирование
- Программное обеспечение для молекулярного дизайна
- Моделирование гомологии белков
- MDL Chime
внешняя ссылка
- Accelrys.com
- Discovery Studio
- Поддержка бесплатных программных инструментов: Визуализатор Discovery Studio и элементы управления ActiveX
Последние новостные статьи
Рекомендации
- ^ Brooks BR, Brooks III CL, Mackerell AD, Nilsson L., Petrella RJ, Roux B., Won Y., Archontis G., Bartels C., Boresch S., Caflisch A., Caves L., Cui Q., Ужин А.Р., Фейг М., Фишер С., Гао Дж., Ходошек М., Им В., Кучера К., Лазаридис Т., Ма Дж., Овчинников В., Пачи Э., пастор Р. У., Пост CB, Пу Дж. З. , Schaefer M., Tidor B., Venable RM, Woodcock HL, Wu X., Yang W., York DM и Karplus M. CHARMM: Программа биомолекулярного моделирования, J. Comput. Chem. 2009, 30, 1545-1615.
- ^ Эсвар Н., Марти-Реном М.А., Уэбб Б., Мадхусудхан М.С., Эрамиан Д., Шен М., Пипер У., Сали А. Сравнительное моделирование структуры белков с помощью MODELLER. Текущие протоколы в биоинформатике, John Wiley & Sons, Inc., 2006, Приложение 15, 5.6.1-5.6.30.
- ^ W.Rocchia, E.Alexov, B.Honig. Расширение применимости нелинейного уравнения Пуассона-Больцмана: множественные диэлектрические проницаемости и многовалентные ионы. J. Phys. Chem. B, 2001, 105, 6507-6514.
- ^ Чен Р., Вен З. ZDOCK: Алгоритм стыковки белков на начальном этапе. Белки 2003, 52, 80-87.
- ^ Мацузава Н., Сето Дж., Диксон Д. А., J. Phys. Chem. А, 1997, 101, 9391.
- ^ Делли Би, J. Chem. Phys., 1990, 92, 508; там же, 1991, 94, 7245; там же, 2000, 7756.
- ^ Саттер А., Джиабо Л., Мейнард А.Дж., Гупил А., Луу Т., Каталин Н., Новые функции, улучшающие инструменты фармакофоров от Accelrys
- ^ Луу Т., Малкольм Н., Надасси К., Методы моделирования фармакофоров в целевом выборе библиотеки - приложения в контексте новой схемы классификации, Гребень. Chem. & High Thr. Скрининг, 2011, 14 (6), с. 488-499 (12)
- ^ Хайдер М.К., Бертран Х.-О., Хаббард Р.Э., Прогнозирование поз связывания фрагментов с использованием комбинированного подхода MCSS MM-GBSA, J. Chem. Инф. Модель., 2011, 51 (5), с. 1092–1105
- ^ Коррадия В., Мансиниб М., Сантуччиб М.А., Карломаньок Т., Санфеличек Д., Мория М., Виньяролия Г., Фалчиа Ф., Манеттия Ф., Радиа М., Ботта М., Вычислительные методы являются ценными инструментами для открытия ингибиторов белок-белкового взаимодействия: случай 14-3-3σ
- ^ Альмагро Дж. К., Бобры М. П., Эрнандес-Гусман Ф., Майер Дж., Шаульски Дж., Бутенхоф К., Лабуте П., Торстейнсон Н., Келли К., Тепляков А., Луо Дж., Суит Р., Гиллиланд Г. Л. , Оценка моделирования антител, Белки: структура, функции и биоинформатика, 2011, 79 (11), страницы 3050–3066.