WikiDer > FAM200A

FAM200A
FAM200A
CBLASTHermesTransposase.jpg
Идентификаторы
ПсевдонимыFAM200A, C7orf38, семейство со сходством последовательностей 200 член A
Внешние идентификаторыГомолоГен: 89159 Генные карты: FAM200A
Расположение гена (человек)
Хромосома 7 (человек)
Chr.Хромосома 7 (человек)[1]
Хромосома 7 (человек)
Геномное расположение FAM200A
Геномное расположение FAM200A
Группа7q22.1Начинать99,546,300 бп[1]
Конец99,558,536 бп[1]
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

221786

н / д

Ансамбль

ENSG00000221909

н / д

UniProt

Q8TCP9

н / д

RefSeq (мРНК)

NM_145111

н / д

RefSeq (белок)

NP_659802

н / д

Расположение (UCSC)Chr 7: 99,55 - 99,56 Мбн / д
PubMed поиск[2]н / д
Викиданные
Просмотр / редактирование человека

C7orf38 это ген, расположенный на хромосома 7 в геноме человека.[3] Ген экспрессируется почти во всех типах тканей на очень низком уровне.[4] Эволюционно его можно найти по всему королевству. животное. Хотя функция белка не совсем понятна научному сообществу, биоинформатические инструменты показали, что белок во многом похож на цинковый палец или же транспозаза белки. Многие из его ортологи, паралоги, а соседние гены обладают доменами из цинковых пальцев.[5] Белок содержит домен димеризации hAT, близкий к своему C-конец.[6] Этот домен очень консервативен в транспозаза ферменты.[7]

Ген

C7orf38 находится на хромосоме 7 по адресу q22.1. Его геномная последовательность содержит 5612 п.н. Преобладающая стенограмма содержит два экзоны и имеет длину 2507 п.н.[8] Переведенный белок содержит 573 аминокислоты.[9]

C7orf38 Gene Loci.

Белковый состав

Белок из 573 аминокислот имеет молекулярную массу 66 280,05.[10] В изоэлектрическая точка было обнаружено, что это происходит при pH 5,775, что примерно на 1,6 pH ниже, чем средний pH человека.[11] Очевидны два отклонения от прототипов человеческих белков. Белок содержит меньше, чем ожидалось, количество глицин остатки, и богат лейцин остатки.[12] Нет разделов сильных гидрофобность или же гидрофильность. Таким образом, это не предсказуемо. трансмембранный белок.

Анализ гидрофильности.

Джин соседство

Четыре гена в непосредственной близости от C7orf38 на хромосоме 7 обладают сходной функцией, многие из которых являются факторами транскрипции.[13]

Gene Neighborhood
ИмяОриентацияФункция
ZNF789Старт: 98 908 451 п.н. от pter

Конец: 98 923 153 п.н. от pter Размер: 14 703 п.о. Ориентация: положительная цепь

Ген кодирует белок 789 цинкового пальца. Предполагается, что функционально ген участвует в регуляции транскрипции. Ожидается использование связывания с ионами цинка.
ZNF394Старт: 98 928 790 п.н. от pter

Конец: 98 935 813 п.н. от pter Размер: 7024 п.о. Ориентация: минус нить

Ген кодирует белок 394 цинкового пальца. Сверхэкспрессия ZNF394 ингибирует транскрипцию c-jun и Ap-1. Предполагается, что это репрессор транскрипции.
ZKSCAN5Начало: 98 940 209 п.н. от pter

Конец: 98 969 381 п.н. от pter Размер: 29 173 п.о. Ориентация: положительная нить

Ген кодирует цинковый палец с доменами KRAB и SCAN 5. Этот ген кодирует белок цинкового пальца семейства Kruppel. Белок содержит SCAN-бокс и домен KRAB A.
ZNF655Старт: 98 993 981 п.н. от pter

Конец: 99 012 012 п.н. от pter Размер: 18 032 п.о. Ориентация: положительная нить

Ген кодирует белок 655 цинкового пальца. Было обнаружено множество альтернативно сплайсированных транскриптов, кодирующих различные изоформы.
МихуяНачало: 99 149 738 п.н. от pter

Конец: 99 149 626 п.н. от pter Размер: 112 оснований Ориентация: положительная нить

Ген Mihuya не кодирует большой или известный функциональный белок. Антисмысловая связь с C7orf38 повышает возможность регуляции экспрессии.

Паралоги

8 паралоги находятся в человеке протеом.[5] Подобно соседним генам, многие паралоги функционируют как цинковые пальцы, или же факторы транскрипции.

ИмяРегистрационный номер NCBIДлина (AA)% Идентичность C7orf38% Сходство с C7orf38
гипотетический белок LOC285550NP_001138663.16577991
цинковый палец MYM-типа белок 6NP_009098.313253860
SCAN-домен, содержащий белок 3NP_443155.113253960
цинковый палец, содержащий домен BED 5NP_067034.26923557
полученный из транспозона Buster3 транспозазоподобныйNP_071373.25943253
белок 2B, содержащий домен повтора общего фактора транскрипции II-INP_001003795.19492546
Повторяющийся домен GTF2I, содержащий 2NP_775808.29492445
EPM2A взаимодействующий белок 1NP_055620.16072242

Ортологи

Ортологи C7orf38 можно проследить эволюционно через растения.[5] Ниже приводится далеко не полный список ортологов. Он предназначен для обеспечения эволюционного обзора сохранения C7orf38.

Распространенное имяРод и видыРегистрационный номер NCBIДлина (AA)% Идентичность C7orf38% Сходство с C7orf38
ШимпанзеПан троглодитыXP_001139775.15739999
Обезьяна макакаMacaca fascicularisBAE01234.15739698
ЛошадьEquus caballusXP_001915370.15738184
СвиньяSus scrofaXP_00192919413233961
КороваBos taurusXP_875656.213203861
МышьMus musculusCAM15594.111573760
Домашняя собакаОбыкновенная волчанкаABF22701.16093760
КрысаРаттус раттусNP_001102151.112493759
ОпоссумMonodelphis domesticaXP_001372983.16083759
КурицаGallus gallusXP_424913.26413758
ЛягушкаXenopus (Silurana) tropicalisABF20551.16563756
Рыба-зебраДанио РериоXP_001340213.16093756
Гороховая тляAcyrthosiphon pisumXP_001943527.16593654
БитлзTribolium castaneumABF20545.15993555
Морской брызгЦиона кишечникаXP_002119512.15243452
ГидраHydra magnipapillataXP_002165429.15722952
рыба фугуТетраодон нигровиридисCAF95678.15392847
КомарAnopheles gambiaeXP_558399.55912847
Морской ежСтронгилоцентротус пурпуратусABF20546.16252747
Травяное растениеСорго двухцветноеXP_002439156.15242540
Широколиственное деревоPopulus trichocarpaXP_002319808.17882139

Структура

Протеин

CBLast был использован для определения структурно родственного белка с экспериментально определенной структурой. Было показано, что белок Hermes ДНК-транспозаза суперсемейства Hermes DBD структурно подобен (оценка: 1E-6).[14]

Домен димеризации hAT
Идентификаторы
Символшляпа
PfamPF05699
ИнтерПроIPR008906

Домен димеризации hAT находится на C-конец из транспозаза элементы, принадлежащие к суперсемейству Activator (суперсемейство hAT-элементов). Изолированный домен димеризации образует чрезвычайно стабильные димеры in vitro.[7]

ДНК-транспозаза Гермеса.

мРНК

Программа MFOLD, доступная на Rensselaer BioInformatics Server, использовалась для предсказания вторичной структуры последовательности зрелой мРНК.[15]Первичная последовательность вторичных структур мРНК обнаруживает высокий уровень консервативности в ортологах, что указывает на структурную важность.

Прогнозирование вторичной структуры MFOLD.

Распределение тканей

Ген экспрессируется в большинстве типов тканей.[16] Очень низкие уровни экспрессии наблюдались в профилях est, и никаких отклонений между состояниями здоровья и развития не наблюдалось.

Расчетный профиль в зависимости от типа ткани.
Расчетный профиль основан на состоянии здоровья.
Ест-профиль основан на стадии развития.

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000221909 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  3. ^ «Калифорнийский университет Санта-Крус». Получено 2010-05-10.
  4. ^ «NCBI UniGene». Получено 2010-05-10.
  5. ^ а б c "NCBI BLAST". Получено 2010-05-10.
  6. ^ «КЕГГ». Получено 2010-05-10.
  7. ^ а б Эссерс Л., Адольфс Р., Кунце Р. (2000). «Высококонсервативный домен транспозазы-активатора кукурузы участвует в димеризации». Растительная клетка. 12 (2): 211–224. Дои:10.2307/3870923. JSTOR 3870923. ЧВК 139759. PMID 10662858.
  8. ^ «Фам200А». Получено 2010-05-10.
  9. ^ «Регистрационный номер белка NCBI». Получено 2010-05-10.
  10. ^ "AAStats. SDSC Biology WorkBench". Получено 2010-05-10.[постоянная мертвая ссылка]
  11. ^ "ИП. SDSC Биология WorkBench". Получено 2010-05-10.[постоянная мертвая ссылка]
  12. ^ "SAPS. SDSC Biology WorkBench". Получено 2010-05-10.[постоянная мертвая ссылка]
  13. ^ «AceView». Получено 2010-05-10.
  14. ^ «Транспозаза ДНК Гермеса». Получено 2010-05-10.
  15. ^ «Фам200А». Архивировано из оригинал на 2010-05-22. Получено 2010-05-10.
  16. ^ «NCBI UniGene». Получено 2010-04-22.