WikiDer > LRRC57

LRRC57
LRRC57
Идентификаторы
ПсевдонимыLRRC57, богатый лейцином повтор, содержащий 57
Внешние идентификаторыMGI: 1913856 ГомолоГен: 11995 Генные карты: LRRC57
Расположение гена (человек)
Хромосома 15 (человек)
Chr.Хромосома 15 (человек)[1]
Хромосома 15 (человек)
Геномное расположение LRRC57
Геномное расположение LRRC57
Группа15q15.2Начинать42,537,820 бп[1]
Конец42,548,802 бп[1]
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

255252

66606

Ансамбль

ENSG00000180979

ENSMUSG00000027286

UniProt

Q8N9N7

Q9D1G5

RefSeq (мРНК)

NM_153260

NM_001159609
NM_001159610
NM_001159612
NM_025657

RefSeq (белок)

NP_694992

н / д

Расположение (UCSC)Chr 15: 42,54 - 42,55 МбChr 2: 120,6 - 120,61 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Богатый лейцином повтор, содержащий 57, также известный как LRRC57, это белок что у людей кодируется LRRC57 ген.[5]

Функция

Точная функция LRRC57 неизвестна. Он является членом богатый лейцином повтор семейство белков, которые, как известно, участвуют во взаимодействиях белок-белок.

Белковая последовательность

Как это принято для белков с высоким содержанием лейцина,[6] последовательность[5] показан ниже, причем повторы начинаются с отдельных строк. Начало каждого повтора представляет собой β-цепь, которая образует β-лист вдоль вогнутой стороны белка. Выпуклая сторона белка образована второй половиной каждого повтора и может состоять из множества структур, включая α-спирали, 310 спирали, β-виткии даже короткие β-тяжи.[6]

Обратите внимание, что 5 'и 3' UTR оба богаты лейцинами, что позволяет предположить, что они могут быть вырожденными повторами (общий белок составляет 19,7% лейцина и 7,5% аспарагина, оба очень богаты).

Следующая компоновка аминокислотной последовательности LRRC57 позволяет легко различить консенсусную последовательность LxxLxLxxNxxL LRR.[6]

 1 М Г Н С А L R A H V E T A Q K T G V F Q L К Д Р Г Л Т Е Ф П А Д Л К К Л Т С Н 39 40 L R T I D L S N N К И Е С L П П Л Л И Г К Ф Т Л 63 64 L K S L S L N N N K L ТЕЛЕВИДЕНИЕ L P D E I C N L К К 86 87 L E T L S L N N N ЧАС L R E L P S T F G Q L S A 109 110 L K T L S L S G N Q L G A L P P Q L C S L R H 132 133 L Д В М Д L S K N В И Р С И П Д С Ф Г Е L Q 154 155 V I E L N L N Q N В И С В И С Ф К И С К П Р 177 178 L K I L р L E E N C L А Л С М Л П К С И L S D 200 201 S Q I C L L А В Е Г Н Л Ф Е И К К Л Р Е L Э Ж З Д К Й М Е Р Ф Т А Т К К К Ф А 239 L х х L Икс L х х N Икс L х х L х х х х х х L Икс

Гомология

LRRC57 чрезвычайно хорошо сохраняется, как показано следующим множественное выравнивание последовательностей, подготовленный с использованием ClustalX2.[7] Голубой и желтый свет выделяют области с высокой степенью сохранности и повторы.

LRRC57-MSA.png

В следующей таблице представлены некоторые подробности ортологов человеческой версии LRRC57. Для экономии места не все эти ортологи включены в приведенное выше множественное выравнивание последовательностей. Эти ортологи были взяты из BLAT.[8] и поиск BLAST[9]

РазновидностьОбщее название организмаПрисоединение к NCBIИдентичность последовательностиСходство последовательностейДлина (AA)Общее имя гена
Homo sapiensЧеловекNP_694992100%100%239богатый лейцином повтор, содержащий 57
Пан троглодитыШимпанзеXP_51033899%100%165ПРОГНОЗ: гипотетический белок
Орангутанг99%99%238От BLAT - нет записи GenBank
Macaca mulattaМакака резусXP_00110063396%99%143ПРОГНОЗ: аналогично CG3040-PA
Mus musculusДомовая мышьNP_07993395%99%239богатый лейцином повтор, содержащий 57
Раттус норвегикусНорвежская крысаNP_00101235495%99%239богатый лейцином повтор, содержащий 57
Обыкновенная волчанкаСобакаXP_53544394%98%264ПРОГНОЗ: аналогично CG3040-PA
Equus caballusЛошадьXP_00150329894%97%273ПРЕДНАЗНАЧЕН: аналогичен богатому лейцином повтору, содержащему 57
Bos taurusКрупный рогатый скотNP_00102692494%97%239богатый лейцином повтор, содержащий 57
Monodelphis domesticaОпоссумXP_00136268284%94%239ПРОГНОЗ: гипотетический белок
Орниторинхус анатинусУтконосXP_00152040376%92%99ПРОГНОЗ: гипотетический белок
Gallus gallusКурицаXP_42116085%92%238ПРОГНОЗ: гипотетический белок
Taeniopygia guttataЗебра зябликXP_00220036985%92%238ПРОГНОЗ: богатый лейцином повтор, содержащий 57
Xenopus laevisАфриканская когтистая лягушкаNP_00108520876%88%238гипотетический белок LOC432302
Xenopus (Silurana) tropicalisЗападная когтистая лягушкаNP_00112019976%87%238гипотетический белок LOC100145243
Данио РериоДаниоNP_00100262769%83%238богатый лейцином повтор, содержащий 57
Тетраодон нигровиридисПятнистая зеленая рыба фугуCAF8964067%83%238безымянный белковый продукт
Branchiostoma floridaeФлоридский ланцетникXP_00220932557%78%237гипотетический белок BRAFLDRAFT_277364
Циона кишечника(морской брызг)XP_00212999250%71%237ПРЕДНАЗНАЧЕН: аналогичен богатому лейцином повтору, содержащему 57
Стронгилоцентротус пурпуратусФиолетовый ежXP_78298657%74%212ПРОГНОЗ: гипотетический белок
Ixodes scapularisЧерноногий клещEEC1786957%73%237белок, богатый лейцином, содержащий домен, предположительно
Apis melliferaПчелаXP_00112181853%72%238ПРОГНОЗ: аналогично CG3040-PA
Nasonia vitripennisДрагоценная осаXP_00160119057%73%238ПРОГНОЗ: аналогично ENSANGP00000011808
Tribolium castaneumКрасный мучной жукXP_97348656%70%238ПРОГНОЗ: аналогично AGAP001491-PA
Pediculus humanusВши на телеEEB1784452%72%238белок, богатый лейцином, содержащий повторы, предположительно
Aedes aegyptiКомар желтой лихорадкиXP_00165742050%66%239внутренний
Culex quinquefasciatusКомар Южный домXP_00186569149%67%238белок, богатый лейцином, содержащий повторы 57
Drosophila melanogasterПлодовая мухаNP_57237250%67%238CG3040
Drosophila simulansXP_00210634449%67%238GD16172
Drosophila sechelliaXP_00204319249%67%238GM17488
Дрозофила якубаXP_00210131250%68%238GE17554
Drosophila erectaXP_00197850350%67%238GG17646
Drosophila ananassaeXP_00196415851%68%238GF20868
Drosophila pseudoobscuraXP_00135527149%66%238GA15818
Drosophila persimilisXP_00202529849%66%238GL13411
Дрозофила вирилисXP_00205696351%68%238GJ16607
Drosophila mojavensisXP_00201040851%68%238GI14698
Дрозофила гримшавиXP_00199174552%68%238GH12826
Дрозофила виллистониXP_00207164550%67%238GK10093
Anopheles gambiaeXP_32163046%66%238AGAP001491-PA
Caenorhabditis elegans(а нематода)NP_74098343%63%485гипотетический белок ZK546.2
Caenorhabditis briggsae(нематода)XP_00167988141%64%439Гипотетический белок CBG02285

Джин соседство

Ген LRRC57 имеет интересные отношения со своими соседями - HAUS2 вверх по течению и SNAP23 ниже по потоку, как показано ниже для человека.[10]

LRRC57-Human-Neighbours.png

Ниже показано соседство для мыши.[11] ортолог. Обратите внимание, что соседи такие же, как и у большинства позвоночных.

LRRC57-Mouse-Neighbours.png

Обратите внимание на близость между LRRC57 и HAUS2 / CEP27 (один и тот же ген под разными названиями). У людей экзоны находятся на расстоянии 50 пар оснований, тогда как у мыши они перекрываются, как показано на крупном плане ниже. Это тесное родство может частично объяснить высокую консервативность LRRC57, так как это требует, чтобы мутация была стабильной в обоих генах одновременно.

LRRC57-Mouse-Neighbours-Zoom.png

Отношение к нижележащему соседу, SNAP23 тоже интересно. Цитата из AceView[12] Вход: «373 п.н. этого гена являются антисмысловыми по отношению к сплайсированному гену SNAP23, что повышает возможность регулируемой альтернативной экспрессии». Взяв обратный комплемент кДНК LRRC57 и выровняв его с кДНК SNAP23, действительно обнаруживается высокое сходство, как показано на этом частичном сопоставлении:

Snap23-lrrc57-alignment.png

Прогнозируемые посттрансляционные модификации

Инструменты на сайте ExPASy Proteomics[13] прогнозировать следующие посттрансляционные модификации:

ИнструментПрогнозируемое изменениеHomo sapiensMus musculusGallus gallusDrosophila melanogaster
ИноЯН[14]O-β-GlcNAcS166S166S165Т16, Т102
NetPhos[15]фосфорилированиеS145, S149, S169, S199, S201, T27 T234S139, S145, S169, S199, S201, T27, T149, T234S148, S198, S200, T22S46, S69, S200, T179, T193, Y230
Сульфинатор[16]сульфатированиеY224, Y227Y224, Y227Y223, Y226(никто)
SulfoSite[17]сульфатированиеY224Y224Y223Y223
SumoPlot[18]сумоилированиеK86, K15 и K236(не проверено)(не проверено)(не проверено)
Терминатор[19]N-конецG2G2G2G2

Прогнозируемые модификации для Homo sapiens показаны на следующем концептуальном переводе. Предсказаны голубые блики фосфорилирование сайты и выделенные желтым цветом помечены. Красные квадраты показывают прогнозы, которые сохраняются для всех четырех организмов.

LRRC57-PostMod-Predicts.png

Сайты для всех четырех организмов выделены при следующем выравнивании множественных последовательностей.

LRRC57-PostMod-Alignment.png

Обратите внимание, что фосфорилирование на S201 и сульфатирование на Y224 - единственные хорошо сохранившиеся прогнозы для всех четырех организмов.

Структура

Кристаллографическая структура богатый лейцином повтор регион вариабельный рецептор лимфоцитов на основе PDB: 2O6QКоординаты. Семь богатых лейцином повторов помечены как LRR 1–7. Этот рисунок был визуализирован с использованием Cn3D.[20][21]

Структура LRRC57 неизвестна. Однако поиск белка BLAST в базе данных белков возвращает аналогичный белок (PDB: 2O6Q), С E-значением 3E−14. Это также богатый лейцином повтор, содержащий семь повторов той же длины, что и LRRC57, описанный как Eptatretus burgeri (прибрежная миксина) Переменная лимфоцит рецепторы A29.[22]

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000180979 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000027286 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ а б «Ген Entrez: богатый лейцином повтор LRRC57, содержащий 57». Получено 4 мая 2009.
  6. ^ а б c Белла Дж., Хиндл К.Л., МакЭван, Пенсильвания, Ловелл, СК (август 2008 г.). «Богатая лейцином повторяющаяся структура». Клеточные и молекулярные науки о жизни. 65 (15): 2307–33. Дои:10.1007 / s00018-008-8019-0. PMID 18408889.
  7. ^ "Домашняя страница Clustal". Получено 4 мая 2009.
  8. ^ "Поисковый геном BLAT". Получено 4 мая 2009.
  9. ^ "ВЗРЫВ". Получено 4 мая 2009.
  10. ^ "Шлюз браузера генома человека (Homo sapiens)". Получено 27 апреля 2009.
  11. ^ "Шлюз браузера генома мыши (Mus musculus)". Получено 27 апреля 2009.
  12. ^ «AceView: ген LRRC57 человека Homo sapiens, кодирующий богатый лейцином повтор, содержащий 57». Получено 1 мая 2009.
  13. ^ «Инструменты протеомики ExPASy». Получено 24 апреля 2009.
  14. ^ "ИНОЯН". Получено 24 апреля 2009.
  15. ^ «НетФос». Получено 24 апреля 2009.
  16. ^ «Сульфинатор». Получено 24 апреля 2009.
  17. ^ «СульфоСайт». Архивировано из оригинал 24 июля 2008 г.. Получено 24 апреля 2009.
  18. ^ «СумоПлот». Архивировано из оригинал 20 апреля 2009 г.. Получено 24 апреля 2009.
  19. ^ "Терминатор". Архивировано из оригинал 16 апреля 2008 г.. Получено 24 апреля 2009.
  20. ^ "Домашняя страница Cn3D". Cn3D. Национальный центр биотехнологической информации, Национальные институты здравоохранения США. 2008-04-24. Получено 2009-05-06.
  21. ^ Ван И, Гир Л., Чаппи С., Канс Дж. А., Брайант Ш. (июнь 2000 г.). «Cn3D: последовательность и структура представлений для Entrez». Тенденции в биохимических науках. 25 (6): 300–2. Дои:10.1016 / S0968-0004 (00) 01561-9. PMID 10838572.
  22. ^ Ким Х.М., О СК, Лим KJ, Касамацу Дж., Хео Дж.Й., Пак Б.С., Ли Х., Ю О.Дж., Касахара М., Ли Джо (2007). «Структурное разнообразие вариабельных рецепторов лимфоцитов миксины». J Biol Chem. 282 (9): 6726–32. Дои:10.1074 / jbc.M608471200. PMID 17192264.