WikiDer > Пептид деформилаза - Википедия

В энзимология, а пептид деформилаза (EC 3.5.1.88) является фермент который катализирует то химическая реакция

формил-L-метионил пептид + H₂О ${ displaystyle rightleftharpoons}$ формиат + метионил пептид

Таким образом, два субстраты этого фермента формил-L-метионил пептид и ЧАС₂О, а его два товары находятся форматировать и метионил пептид.

Этот фермент принадлежит к семейству гидролазыте, которые действуют на связи углерод-азот, отличные от пептидных связей, особенно в линейных амидах. В систематическое название этого класса ферментов формил-L-метионилпептид амидогидролаза.

Структурные исследования

На конец 2007 г. 34 структуры были решены для этого класса ферментов, с PDB коды доступа 1IX1, 1LM4, 1LM6, 1LME, 1LQW, 1LQY, 1LRU, 1LRY, 1N5N, 1Q1Y, 1С17, 1SV2, 1SZZ, 1V3Y, 1VEV, 1VEY, 1VEZ, 1WS0, 1WS1, 1XEM, 1XEN, 1XEO, 1Y6H, 1ZXZ, 1ZY0, 1ZY1, 2AI7, 2AI8, 2AI9, 2AIA, 2AIE, 2EW5, 2EW6, и 2EW7.

Рекомендации

• Адамс Дж. М. (1968). «О высвобождении формильной группы из формирующегося белка». J. Mol. Биол. 33 (3): 571–89. Дои:10.1016/0022-2836(68)90307-0. PMID 4973445.
• Мазель Д., Почет С., Марлиер П. (1994). «Генетическая характеристика полипептид-деформилазы, отличительного фермента эубактериальной трансляции». EMBO J. 13 (4): 914–23. Дои:10.1002 / j.1460-2075.1994.tb06335.x. ЧВК 394892. PMID 8112305.
• Чан М.К., Гонг В., Раджагопалан П.Т., Хао Б., Цай С.М., Пей Д. (1997). «Кристаллическая структура пептидной деформилазы Escherichia coli». Биохимия. 36 (45): 13904–9. Дои:10.1021 / bi9711543. PMID 9374869.
• Беккер А., Шлихтинг I, Кабш В., Шульц С., Вагнер А.Ф. (1998). «Структура пептиддеформилазы и идентификация сайта связывания субстрата». J. Biol. Chem. 273 (19): 11413–6. Дои:10.1074 / jbc.273.19.11413. PMID 9565550.
• Беккер А., Шлихтинг I, Кабш В., Гроче Д., Шульц С., Вагнер А.Ф. (1998). «Железный центр, распознавание субстрата и механизм пептидной деформилазы». Nat. Struct. Биол. 5 (12): 1053–8. Дои:10.1038/4162. PMID 9846875. S2CID 40528211.
• Rajagopalan PT, Yu XC, Pei D (1997). «Пептид деформилаза: новый тип мононуклеарного белка железа». Варенье. Chem. Soc. 119 (50): 12418–12419. Дои:10.1021 / ja9734096.
• Groche D, Becker A, Schlichting I, Kabsch W, Schultz S, Wagner AF (1998). «Выделение и кристаллизация функционально компетентных форм пептид-деформилазы Escherichia coli, содержащих железо или никель в активном центре». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 246 (2): 342–6. Дои:10.1006 / bbrc.1998.8616. PMID 9610360.
• Раджагопалан П. Т., Гримме С., Пей Д. (2000). «Характеристика кобальт (II) -замещенной пептид-деформилазы: функция иона металла и каталитического остатка Glu-133». Биохимия. 39 (4): 779–90. Дои:10.1021 / bi9919899. PMID 10651644.
• Ху YJ, Wei Y, Zhou Y, Rajagopalan PT, Pei D (1999). «Определение субстратной специфичности пептид-деформилазы посредством скрининга комбинаторной пептидной библиотеки». Биохимия. 38 (2): 643–50. Дои:10.1021 / bi9820412. PMID 9888804.
• Ragusa S, Mouchet P, Lazennec C, Dive V, Meinnel T (1999). «Распознавание субстрата и селективность пептид-деформилазы. Сходства и различия с метцинцинами и термолизином». J. Mol. Биол. 289 (5): 1445–57. Дои:10.1006 / jmbi.1999.2832. PMID 10373378.
• Джильоне С, Пьер М, Мейннель Т (2000). «Пептид деформилаза как мишень для нового поколения противомикробных средств широкого спектра действия». Мол. Микробиол. 36 (6): 1197–205. Дои:10.1046 / j.1365-2958.2000.01908.x. PMID 10931273. S2CID 23289620.
• Пей Д. (2001). «Пептид деформилаза: мишень для новых антибиотиков?». Новые терапевтические цели. 5 (1): 23–40. Дои:10.1517/14728222.5.1.23. PMID 15992166. S2CID 11385977.