WikiDer > R.EcoRII
Эндонуклеаза рестрикции (REase) ЭкоРИИ (произносится как «эко Р два») - это фермент из система модификации ограничений (RM) естественным образом встречается в кишечная палочка, а Грамотрицательные бактерии. это молекулярная масса составляет 45,2 кДа, в составе 402 аминокислоты.[1]
Способ действия
EcoRII - это бактериальный Тип IIE[2] REase который взаимодействует с двумя[3] или три[4] копии псевдопалиндромных ДНК последовательность распознавания 5'-CCWGG-3' (W = А или Т), одна из которых является действительной целью расщепления, другая (и) служит аллостерический активатор(s). EcoRII сокращает цель ДНК последовательность CCWGG, генерирующая липкие концы.[5]
Схема разреза
| Сайт признания | Вырезать результаты |
5 'NNCCWGGNN3 'NNGGWCCNN | 5 'NN CCWGGNN3 'NNGGWCC NN |
Структура
| Эндонуклеаза рестрикции EcoRII, N-концевой | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 кристаллическая структура рестрикционной эндонуклеазы ecorii мутант r88a | |||||||||
| Идентификаторы | |||||||||
| Символ | ЭкоРИИ-Н | ||||||||
| Pfam | PF09217 | ||||||||
| Pfam клан | CL0405 | ||||||||
| ИнтерПро | IPR015300 | ||||||||
| SCOP2 | 1na6 / Объем / СУПФАМ | ||||||||
| |||||||||
| Терминал EcoRII C | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
кристаллическая структура рестрикционной эндонуклеазы ecorii мутант r88a | |||||||||
| Идентификаторы | |||||||||
| Символ | EcoRII-C | ||||||||
| Pfam | PF09019 | ||||||||
| Pfam клан | CL0236 | ||||||||
| ИнтерПро | IPR015109 | ||||||||
| |||||||||
В апо кристалл структура ЭкоРИИ мутант R88A (PDB: 1NA6)[6] было решено в 2.1 Å разрешающая способность. ЭкоРИИ мономер имеет два домены, N-концевой и C-терминал, связанный через петля петля.
Эффектор-связывающий домен
N-терминал эффектор-связывающий домен имеет архетипическую ДНК-связывающую псевдобаррелевую складку (SCOP 101936) с заметным расщелина. Структурная суперпозиция показал, что это эволюционно связано с:
- ДНК-связывающий домен B3 (SCOP 117343) от факторы транскрипции в высшие растения (PDB: 1WID)[7]
- С-концевой домен эндонуклеаза рестрикции BfiI[8] (PDB: 2C1L)[9]
Каталитический домен
C-терминал каталитический домен имеет типичный[10] рестрикционная эндонуклеазоподобная складка (SCOP 52979) и принадлежит к большим (более 30 участников) эндонуклеаза рестрикции надсемейство (SCOP 52980).
Механизм автоингибирования / активации
Последовательность на основе структуры выравнивание и сайт-направленный мутагенез идентифицировал предполагаемый PD..D / EXK активные сайты димера каталитического домена EcoRII, которые в структуре апо пространственно блокируются N-концевыми доменами.[6]
Смотрите также
- EcoRI, еще один фермент нуклеазы из кишечная палочка.
- EcoRV, еще один фермент нуклеазы из кишечная палочка.
- ДНК-связывающий домен B3 от высшие растения эволюционно связана с EcoRII
- FokI, еще один фермент нуклеазы из Flavobacterium okeanokoites
внешние ссылки
- EcoRII в базе данных рестрикционных ферментов REBASE
использованная литература
- ^ Ричард Дж. Робертс. «ЭкоРИИ». REBASE - База данных рестрикционных ферментов. Получено 2008-03-23.
- ^ Робертс Р.Дж., Белфорт М., Бестор Т. и др. (2003). «Номенклатура рестрикционных ферментов, ДНК-метилтрансфераз, самонаводящихся эндонуклеаз и их генов». Нуклеиновые кислоты Res. 31 (7): 1805–12. Дои:10.1093 / nar / gkg274. ЧВК 152790. PMID 12654995. PDF
- ^ Mücke M, Lurz R, Mackeldanz P, Behlke J, Krüger DH, Reuter M (2000). «Визуализация петель ДНК, индуцированных эндонуклеазой рестрикции EcoRII. Замена одной аминокислоты отделяет распознавание мишени от взаимодействия и расщепления кооперативной ДНК». J. Biol. Chem. 275 (39): 30631–7. Дои:10.1074 / jbc.M003904200. PMID 10903314.PDF
- ^ Шляхтенко Л.С., Гилмор Дж., Портильо А., Тамулайтис Г., Сикснис В., Любченко Ю.Л. (2007). «Прямая визуализация тройного синаптического комплекса EcoRII-ДНК с помощью атомно-силовой микроскопии». Биохимия. 46 (39): 11128–36. Дои:10.1021 / bi701123u. PMID 17845057. S2CID 27800123.
- ^ Гриффитс, Энтони Дж. Ф. (1999). Введение в генетический анализ. Сан-Франциско: W.H. Фримен. ISBN 978-0-7167-3520-5.
- ^ а б Чжоу XE, Ван Y, Reuter M, Mücke M, Krüger DH, Meehan EJ, Chen L (2004). «Кристаллическая структура эндонуклеазы рестрикции типа IIE EcoRII выявляет механизм аутоингибирования за счет новой складки связывания эффектора». J. Mol. Биол. 335 (1): 307–19. Дои:10.1016 / j.jmb.2003.10.030. PMID 14659759.
- ^ Ямасаки К., Кигава Т., Иноуэ М., Татено М., Ямасаки Т., Ябуки Т., Аоки М., Секи Е., Мацуда Т., Томо И., Хаями Н., Терада Т., Широудзу М., Осанай Т., Танака А., Секи М., Шинозаки К. , Ёкояма S (2004). «Структура раствора ДНК-связывающего домена B3 чувствительного к холоду транскрипционного фактора RAV1 Arabidopsis». Растительная клетка. 16 (12): 3448–59. Дои:10.1105 / tpc.104.026112. ЧВК 535885. PMID 15548737.PDF
- ^ Ричард Дж. Робертс. «БфиИ». REBASE - База данных рестрикционных ферментов. Получено 2008-03-23.
- ^ Гразулис С., Манакова Е., Рёссле М., Бохтлер М., Тамулайтен Г., Хубер Р., Сикснис В. (2005). «Структура металл-независимого рестрикционного фермента BfiI выявляет слияние специфического ДНК-связывающего домена с неспецифической нуклеазой» (PDF). Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 102 (44): 15797–802. Bibcode:2005PNAS..10215797G. Дои:10.1073 / pnas.0507949102. ЧВК 1266039. PMID 16247004. PDF
- ^ Niv MY, Ripoll DR, Vila JA, Liwo A, Vanamee ES, Aggarwal AK, Weinstein H, Scheraga HA (2007). «Пересмотр топологии REases типа II; структурные классы и общее консервативное ядро». Исследования нуклеиновых кислот. 35 (7): 2227–37. Дои:10.1093 / нар / гкм045. ЧВК 1874628. PMID 17369272.
