WikiDer > SETMAR
SETMAR
Гистон-лизин-N-метилтрансфераза SETMAR является фермент что у людей кодируется SETMAR ген.[3][4]
Функция
SETMAR содержит SET домен что дает гистон-метилтрансфераза активность на Lys-4 и Lys-36 Гистон H3, оба из которых являются специфическими метками для эпигенетической активации. Он был идентифицирован как репаративный белок, поскольку он опосредует диметилирование по Lys-36 при двухниточный разрыв локации, усиление сигнала NHEJ ремонт.[5][6]
Антропоидные приматы, в том числе люди, имеют версию белка, слитого с Маринер / Tc1 транспозаза. Эта область слияния обеспечивает ДНК-связывающую способность белка, а также некоторых нуклеаза Мероприятия. В транспозаза активность теряется из-за мутации D610N, но сам домен все еще может распознавать повторяющиеся элементы mariner и вводить трещины в ДНК.[7]
Модельные организмы
| Характеристика | Фенотип |
|---|---|
| Гомозигота жизнеспособность | Нормальный |
| Гомозиготная фертильность | Нормальный |
| Масса тела | Нормальный |
| Беспокойство | Нормальный |
| Неврологический осмотр | Нормальный |
| Сила захвата | Нормальный |
| Горячая тарелка | Нормальный |
| Дисморфология | Нормальный |
| Косвенная калориметрия | Нормальный |
| Тест толерантности к глюкозе | Нормальный |
| Слуховой ответ ствола мозга | Нормальный |
| DEXA | Нормальный |
| Рентгенография | Нормальный |
| Температура тела | Нормальный |
| Морфология глаза | Аномальный[8] |
| Клиническая химия | Нормальный |
| Плазма иммуноглобулины | Нормальный |
| Гематология | Нормальный |
| Лимфоциты периферической крови | Аномальный[9] |
| Микроядерный тест | Нормальный |
| Вес сердца | Нормальный |
| Гистопатология кожи | Нормальный |
| Гистопатология мозга | Нормальный |
| Сальмонелла инфекционное заболевание | Нормальный[10] |
| Citrobacter инфекционное заболевание | Нормальный[11] |
| Все тесты и анализы от[12][13] |
Модельные организмы были использованы при изучении функции SETMAR. Условный нокаутирующая мышь линия, называемая Сетмарtm1a (EUCOMM) Wtsi[14][15] был создан как часть Международный консорциум Knockout Mouse программа - проект по мутагенезу с высокой пропускной способностью для создания и распространения моделей болезней на животных среди заинтересованных ученых.[16][17][18] Обратите внимание, что ортолог мыши не имеет Tc1 / моряк («MAR») слияние; такое слияние встречается только у антропоидных приматов. Следовательно, мышь с нокаутом предназначена не для SETMAR, а только для домена SET этого химерного слитого белка.
Самцы и самки животных прошли стандартизованный фенотипический скрининг для определения последствий удаления.[12][19] Было проведено двадцать пять испытаний мутант мышей и двух значительных отклонений не наблюдалось.[12] Гомозиготные мутантные животные обоего пола имели аномалии сетчатки. пигментация и морфология, в то время как у мужчин также были нетипичные лимфоцит периферической крови параметры.[12]
Рекомендации
- ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000170364 - Ансамбль, Май 2017
- ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ Робертсон HM, Zumpano KL (декабрь 1997 г.). «Молекулярная эволюция древнего морского транспозона Hsmar1 в геноме человека». Ген. 205 (1–2): 203–17. Дои:10.1016 / S0378-1119 (97) 00472-1. PMID 9461395.
- ^ «Ген Entrez: домен SETMAR SET и ген слияния морской транспозазы».
- ^ Ли SH, Oshige M, Durant ST, Rasila KK, Williamson EA, Ramsey H, Kwan L, Nickoloff JA, Hromas R (декабрь 2005 г.). «Белковая метназа домена SET опосредует интеграцию чужеродной ДНК и связывает интеграцию с репарацией негомологичного соединения концов». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 102 (50): 18075–80. Bibcode:2005PNAS..10218075L. Дои:10.1073 / pnas.0503676102. ЧВК 1312370. PMID 16332963.
- ^ Fnu S, Williamson EA, De Haro LP, Brenneman M, Wray J, Shaheen M, Radhakrishnan K, Lee SH, Nickoloff JA, Hromas R (январь 2011 г.). «Метилирование гистона H3 лизина 36 усиливает репарацию ДНК за счет негомологичного соединения концов». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 108 (2): 540–5. Дои:10.1073 / pnas.1013571108. ЧВК 3021059. PMID 21187428.
- ^ Miskey C, Papp B, Mátés L, Sinzelle L, Keller H, Izsvák Z, Ivics Z (июнь 2007 г.). «Древний мореплаватель снова плывет: транспозиция человеческого элемента Hsmar1 с помощью реконструированной транспозазы и активность белка SETMAR на концах транспозонов». Молекулярная и клеточная биология. 27 (12): 4589–600. Дои:10.1128 / MCB.02027-06. ЧВК 1900042. PMID 17403897.
- ^ «Данные морфологии глаза для Сетмар». Wellcome Trust Институт Сэнгера.
- ^ «Данные по лимфоцитам периферической крови для Сетмара». Wellcome Trust Институт Сэнгера.
- ^ "Сальмонелла данные о заражении Setmar ". Wellcome Trust Институт Сэнгера.
- ^ "Citrobacter данные о заражении Setmar ". Wellcome Trust Институт Сэнгера.
- ^ а б c d Гердин, АК (2010). "Программа генетики Sanger Mouse: характеристика мышей с высокой пропускной способностью". Acta Ophthalmologica. 88: 925–7. Дои:10.1111 / j.1755-3768.2010.4142.x. S2CID 85911512.
- ^ Портал ресурсов мыши, Институт Wellcome Trust Sanger.
- ^ «Международный консорциум нокаут-мышей».
- ^ "Информатика генома мыши".
- ^ Скарнес В.К., Розен Б., Вест А.П., Кутсуракис М., Бушелл В., Айер В., Мухика А.О., Томас М., Харроу Дж., Кокс Т., Джексон Д., Северин Дж., Биггс П., Фу Дж., Нефедов М., де Йонг П.Дж., Стюарт А.Ф., Брэдли А. (июнь 2011 г.). «Ресурс условного нокаута для полногеномного исследования функции генов мыши». Природа. 474 (7351): 337–42. Дои:10.1038 / природа10163. ЧВК 3572410. PMID 21677750.
- ^ Долгин Е. (июнь 2011 г.). "Библиотека мыши настроена на нокаут". Природа. 474 (7351): 262–3. Дои:10.1038 / 474262a. PMID 21677718.
- ^ Коллинз Ф.С., Россант Дж., Вурст В. (январь 2007 г.). «Мышь по всем причинам». Клетка. 128 (1): 9–13. Дои:10.1016 / j.cell.2006.12.018. PMID 17218247. S2CID 18872015.
- ^ ван дер Вейден Л., Уайт Дж. К., Адамс Д. Д., Логан Д. В. (июнь 2011 г.). «Набор инструментов генетики мышей: раскрытие функции и механизма». Геномная биология. 12 (6): 224. Дои:10.1186 / gb-2011-12-6-224. ЧВК 3218837. PMID 21722353.
дальнейшее чтение
- Берри Р., Стивенс Т. Дж., Уолтер Н. А., Уилкокс А. С., Рубано Т., Хопкинс Дж. А., Вебер Дж., Гулд Р., Соарес М. Б., Сикела Дж. М. (август 1995 г.). «Сайты с метками последовательностей на основе генов (STS) как основа для генной карты человека». Природа Генетика. 10 (4): 415–23. Дои:10.1038 / ng0895-415. PMID 7670491. S2CID 22277955.
- Маруяма К., Сугано С. (январь 1994 г.). «Олиго-кэппинг: простой метод замены кэп-структуры эукариотических мРНК олигорибонуклеотидами». Ген. 138 (1–2): 171–4. Дои:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.
- Андерссон Б., Вентланд М.А., Рикафренте Ю.Ю., Лю В., Гиббс Р.А. (апрель 1996 г.). «Метод« двойного адаптера »для улучшения конструкции библиотеки дробовиков». Аналитическая биохимия. 236 (1): 107–13. Дои:10.1006 / abio.1996.0138. PMID 8619474.
- Ю. В., Андерссон Б., Уорли К. К., Музни Д. М., Дин Й., Лю В., Рикафренте Д. Ю., Вентланд М. А., Леннон Г., Гиббс Р. А. (апрель 1997 г.). «Крупномасштабное конкатенационное секвенирование кДНК». Геномные исследования. 7 (4): 353–8. Дои:10.1101 / гр. 7.4.353. ЧВК 139146. PMID 9110174.
- Судзуки Ю., Ёситомо-Накагава К., Маруяма К., Суяма А., Сугано С. (октябрь 1997 г.). «Создание и характеристика полноразмерной библиотеки кДНК, обогащенной по 5'-концу». Ген. 200 (1–2): 149–56. Дои:10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3. PMID 9373149.
- Ли SH, Oshige M, Durant ST, Rasila KK, Williamson EA, Ramsey H, Kwan L, Nickoloff JA, Hromas R (декабрь 2005 г.). «Белковая метназа домена SET опосредует интеграцию чужеродной ДНК и связывает интеграцию с репарацией негомологичного соединения концов». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 102 (50): 18075–80. Bibcode:2005PNAS..10218075L. Дои:10.1073 / pnas.0503676102. ЧВК 1312370. PMID 16332963.
- Cordaux R, Udit S, Batzer MA, Feschotte C (май 2006 г.). «Рождение химерного гена приматов путем захвата гена транспозазы из мобильного элемента». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 103 (21): 8101–6. Bibcode:2006PNAS..103.8101C. Дои:10.1073 / pnas.0601161103. ЧВК 1472436. PMID 16672366.
- Керавала А., Лю Д., Лехман Э. Р., Вулф Д., Нэш Д. А., Лампе Д. Д., Роббинс П. Д. (октябрь 2006 г.). «Гиперактивная транспозаза Himar1 опосредует транспозицию в культуре клеток и увеличивает экспрессию генов in vivo». Генная терапия человека. 17 (10): 1006–18. Дои:10.1089 / hum.2006.17.1006. PMID 16989604.
- Лю Д., Бишер Дж., Сиддик А., Бузин Н., Бигот И., Чалмерс Р. (февраль 2007 г.). «Белок SETMAR человека сохраняет большую часть активности предковой транспозазы Hsmar1». Молекулярная и клеточная биология. 27 (3): 1125–32. Дои:10.1128 / MCB.01899-06. ЧВК 1800679. PMID 17130240.
- Miskey C, Papp B, Mátés L, Sinzelle L, Keller H, Izsvák Z, Ivics Z (июнь 2007 г.). «Древний мореплаватель снова плывет: транспозиция человеческого элемента Hsmar1 реконструированной транспозазой и активность белка SETMAR на концах транспозонов». Молекулярная и клеточная биология. 27 (12): 4589–600. Дои:10.1128 / MCB.02027-06. ЧВК 1900042. PMID 17403897.
- Роман Й., Ошиге М., Ли Й.Дж., Гудвин К., Георгиадис М.М., Хромас Р.А., Ли С.Х. (октябрь 2007 г.). «Биохимическая характеристика слитого белка SET и транспозазы, метназы: его активность связывания ДНК и расщепления ДНК». Биохимия. 46 (40): 11369–76. Дои:10.1021 / bi7005477. ЧВК 3374406. PMID 17877369.