WikiDer > Матрица сходства белков

Similarity Matrix of Proteins

Матрица сходства белков (SIMAP) это база данных из белок сходства, созданные с использованием распределенных вычислений.[1][2] Он находится в свободном доступе для научных целей. SIMAP использует ФАСТА алгоритм для предварительного расчета сходства белков, в то время как другое приложение использует скрытые марковские модели искать белковые домены. SIMAP - совместный проект Технический университет Мюнхена, то Helmholtz Zentrum München, а Венский университет.

Проект

В начале каждого месяца в проекте обычно появляются новые рабочие единицы. Совсем недавно (2010) включение экологических последовательностей в базу данных потребовало более длительных периодов активности, например, нескольких месяцев непрерывной работы. Обычно эти обновления производятся дважды в год.[нужна цитата]

В четвертом квартале 2010 года проект переехал в г. Венский университет из-за неисправной электрической инфраструктуры в Техническом университете Мюнхена. Частью этого упражнения было создание конкретного проекта. URL требуя от существующих добровольцев и пользователей отключиться / повторно подключиться к проекту.

30 мая 2014 года администраторы проекта объявили, что после 10-летней истории SIMAP покидает BOINC к концу 2014 года. Исследования SIMAP, однако, будут продвигаться вперед с использованием локального оборудования, состоящего из «обычных многоядерных процессоров (несколько сотен)», что создает оптимизированную для SSE версию Алгоритм Смита-Уотермана."

Вычислительная платформа

SIMAP использовал Открытая инфраструктура Беркли для сетевых вычислений (BOINC) распределенных вычислений Платформа.

Примечания по производительности приложения. Время ЦП рабочих единиц варьировалось от 15 минут до 3 часов. Размеры рабочих единиц варьировались от 1,5 до 2,2. МБ каждый, в среднем около 2 МБ. SIMAP предоставила клиентское программное обеспечение, оптимизированное для SSE включенные процессоры и x86-64 процессоры. Для более старых процессоров предусмотрены приложения, отличные от SSE, но они требуют ручной установки. Операционные системы поддерживаются SIMAP Linux, Windows, Mac OS, Androidи другие платформы UNIX. Поскольку база данных иногда пополнялась всеми общеизвестными белковые последовательности и метагеномы Поскольку проект был предварительно рассчитан, доступная работа состояла из недавно опубликованных последовательностей белков и метагеномов, которые необходимо было предварительно вычислить для SIMAP.

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Arnold, R .; Rattei, T .; Tischler, P .; Truong, M.-D .; Stümpflen, V .; Мьюз, Х. В. (2005). «SIMAP - Матрица подобия белков». Биоинформатика. 21 (Дополнение 2): ii42 – ii46. Дои:10.1093 / биоинформатика / bti1107. ISSN 1367-4803. PMID 16204123.
  2. ^ Rattei, T .; Arnold, R .; Tischler, P .; Lindner, D .; Stümpflen, V .; Мьюз, Х. В. (2006). «SIMAP: матрица подобия белков». Исследования нуклеиновых кислот. 34 (90001): D252 – D256. Дои:10.1093 / нар / gkj106. ISSN 0305-1048. ЧВК 1347468. PMID 16381858.

внешняя ссылка